# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.105 0.008 0.002 0.035 0.016 0.029 0.117 0.004 0.001 0.058 0.625 2 I 0.030 0.008 0.001 0.033 0.013 0.016 0.154 0.002 0.001 0.029 0.714 3 G 0.036 0.044 0.001 0.032 0.011 0.029 0.126 0.003 0.001 0.062 0.657 4 T 0.038 0.061 0.001 0.029 0.040 0.037 0.112 0.005 0.001 0.091 0.584 5 Q 0.018 0.081 0.002 0.126 0.047 0.063 0.094 0.002 0.001 0.078 0.489 6 I 0.012 0.171 0.002 0.045 0.051 0.060 0.097 0.002 0.001 0.106 0.455 7 V 0.010 0.504 0.002 0.021 0.015 0.010 0.046 0.004 0.001 0.149 0.238 8 T 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.006 9 E 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.010 0.016 10 R 0.004 0.962 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 11 L 0.018 0.953 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.007 0.006 12 V 0.025 0.871 0.009 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.049 0.028 13 A 0.044 0.488 0.017 0.002 0.002 0.003 0.021 0.005 0.005 0.217 0.196 14 L 0.036 0.060 0.162 0.003 0.003 0.002 0.076 0.024 0.062 0.404 0.168 15 L 0.570 0.009 0.007 0.002 0.003 0.004 0.063 0.018 0.007 0.103 0.216 16 E 0.028 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.009 0.915 17 S 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 0.003 0.902 18 G 0.099 0.001 0.003 0.004 0.002 0.004 0.167 0.002 0.001 0.026 0.693 19 T 0.011 0.001 0.001 0.010 0.003 0.004 0.143 0.001 0.001 0.015 0.813 20 E 0.003 0.001 0.001 0.243 0.004 0.012 0.123 0.001 0.001 0.049 0.565 21 K 0.001 0.001 0.001 0.599 0.017 0.033 0.043 0.001 0.001 0.109 0.199 22 V 0.001 0.001 0.001 0.879 0.010 0.010 0.007 0.001 0.001 0.036 0.058 23 L 0.001 0.001 0.001 0.940 0.022 0.014 0.002 0.001 0.001 0.011 0.011 24 L 0.001 0.001 0.001 0.882 0.030 0.028 0.004 0.001 0.001 0.024 0.031 25 I 0.002 0.001 0.001 0.871 0.026 0.028 0.009 0.001 0.001 0.021 0.042 26 D 0.017 0.002 0.001 0.557 0.032 0.066 0.067 0.001 0.001 0.047 0.210 27 S 0.025 0.005 0.001 0.152 0.013 0.037 0.192 0.002 0.001 0.034 0.538 28 R 0.026 0.018 0.002 0.047 0.020 0.026 0.174 0.005 0.001 0.031 0.650 29 P 0.134 0.147 0.004 0.025 0.020 0.026 0.119 0.028 0.001 0.058 0.439 30 F 0.176 0.102 0.005 0.016 0.017 0.029 0.105 0.020 0.001 0.217 0.312 31 V 0.055 0.050 0.007 0.022 0.042 0.069 0.113 0.005 0.002 0.233 0.403 32 E 0.044 0.050 0.006 0.032 0.042 0.118 0.130 0.009 0.002 0.108 0.459 33 Y 0.076 0.037 0.009 0.022 0.045 0.053 0.106 0.010 0.003 0.091 0.546 34 N 0.094 0.049 0.004 0.039 0.064 0.119 0.090 0.008 0.002 0.067 0.464 35 T 0.036 0.020 0.001 0.025 0.023 0.058 0.092 0.003 0.001 0.035 0.707 36 S 0.012 0.013 0.005 0.101 0.130 0.214 0.109 0.002 0.002 0.049 0.364 37 H 0.027 0.028 0.003 0.075 0.105 0.132 0.105 0.003 0.001 0.056 0.465 38 I 0.236 0.039 0.003 0.057 0.062 0.073 0.100 0.021 0.002 0.063 0.345 39 L 0.081 0.016 0.006 0.064 0.037 0.048 0.138 0.007 0.004 0.078 0.519 40 E 0.062 0.017 0.001 0.123 0.022 0.121 0.133 0.004 0.001 0.047 0.470 41 A 0.043 0.009 0.001 0.069 0.041 0.081 0.117 0.004 0.001 0.073 0.563 42 I 0.008 0.004 0.001 0.333 0.120 0.144 0.078 0.001 0.001 0.027 0.283 43 N 0.014 0.011 0.001 0.090 0.044 0.140 0.098 0.001 0.001 0.036 0.566 44 I 0.007 0.016 0.001 0.100 0.103 0.066 0.112 0.001 0.001 0.015 0.576 45 N 0.233 0.514 0.001 0.015 0.010 0.011 0.027 0.018 0.001 0.022 0.147 46 C 0.168 0.667 0.001 0.004 0.002 0.003 0.021 0.018 0.001 0.012 0.105 47 S 0.051 0.670 0.004 0.004 0.004 0.004 0.022 0.005 0.001 0.022 0.214 48 K 0.134 0.592 0.006 0.009 0.010 0.017 0.027 0.009 0.001 0.037 0.157 49 L 0.149 0.444 0.013 0.009 0.009 0.010 0.053 0.016 0.002 0.064 0.231 50 M 0.144 0.366 0.012 0.016 0.018 0.026 0.047 0.014 0.003 0.047 0.307 51 K 0.097 0.246 0.004 0.011 0.007 0.014 0.062 0.008 0.002 0.030 0.517 52 R 0.133 0.151 0.023 0.016 0.016 0.020 0.084 0.018 0.006 0.073 0.458 53 R 0.243 0.071 0.006 0.013 0.010 0.014 0.094 0.011 0.002 0.052 0.484 54 L 0.120 0.042 0.004 0.014 0.006 0.009 0.087 0.005 0.001 0.028 0.685 55 Q 0.092 0.051 0.003 0.020 0.005 0.007 0.100 0.005 0.001 0.016 0.699 56 Q 0.101 0.093 0.002 0.013 0.005 0.008 0.080 0.010 0.001 0.033 0.653 57 D 0.114 0.118 0.002 0.016 0.014 0.014 0.085 0.007 0.001 0.036 0.594 58 K 0.041 0.062 0.002 0.039 0.016 0.027 0.106 0.002 0.001 0.118 0.586 59 V 0.017 0.105 0.003 0.042 0.023 0.029 0.108 0.003 0.001 0.060 0.609 60 L 0.104 0.456 0.005 0.022 0.014 0.011 0.047 0.016 0.001 0.028 0.295 61 I 0.147 0.617 0.003 0.008 0.004 0.004 0.024 0.017 0.001 0.025 0.150 62 T 0.049 0.678 0.004 0.005 0.003 0.004 0.023 0.008 0.001 0.044 0.182 63 E 0.040 0.623 0.004 0.008 0.004 0.007 0.034 0.005 0.001 0.094 0.181 64 L 0.024 0.260 0.007 0.007 0.007 0.006 0.046 0.005 0.001 0.496 0.141 65 I 0.027 0.688 0.007 0.005 0.005 0.004 0.034 0.011 0.002 0.093 0.124 66 Q 0.058 0.829 0.003 0.002 0.002 0.002 0.010 0.012 0.001 0.011 0.072 67 H 0.052 0.763 0.008 0.003 0.002 0.003 0.016 0.008 0.002 0.034 0.109 68 S 0.080 0.662 0.026 0.005 0.003 0.005 0.025 0.018 0.006 0.030 0.141 69 A 0.373 0.372 0.008 0.005 0.003 0.004 0.030 0.025 0.004 0.019 0.158 70 K 0.153 0.105 0.074 0.011 0.008 0.009 0.057 0.017 0.027 0.042 0.499 71 H 0.296 0.032 0.002 0.011 0.005 0.010 0.063 0.005 0.001 0.016 0.559 72 K 0.092 0.018 0.001 0.008 0.006 0.012 0.074 0.007 0.001 0.030 0.751 73 V 0.025 0.004 0.001 0.017 0.019 0.016 0.104 0.001 0.001 0.021 0.793 74 D 0.053 0.004 0.002 0.011 0.010 0.022 0.084 0.002 0.001 0.087 0.723 75 I 0.042 0.001 0.001 0.007 0.018 0.010 0.100 0.002 0.001 0.029 0.788 76 D 0.455 0.001 0.001 0.016 0.004 0.006 0.072 0.002 0.001 0.035 0.407 77 C 0.018 0.001 0.001 0.012 0.003 0.009 0.123 0.001 0.001 0.015 0.818 78 S 0.003 0.001 0.001 0.047 0.005 0.020 0.151 0.001 0.001 0.021 0.752 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.210 0.170 0.180 0.081 0.001 0.001 0.101 0.255 80 K 0.001 0.001 0.001 0.439 0.079 0.157 0.027 0.001 0.001 0.130 0.168 81 V 0.001 0.001 0.001 0.502 0.207 0.160 0.007 0.001 0.001 0.065 0.058 82 V 0.001 0.001 0.001 0.560 0.215 0.157 0.003 0.001 0.001 0.038 0.027 83 V 0.001 0.001 0.001 0.600 0.170 0.134 0.007 0.001 0.001 0.041 0.048 84 Y 0.002 0.001 0.001 0.567 0.126 0.141 0.021 0.001 0.001 0.042 0.100 85 D 0.141 0.006 0.001 0.193 0.069 0.090 0.092 0.006 0.001 0.080 0.319 86 Q 0.080 0.009 0.001 0.045 0.012 0.022 0.165 0.005 0.001 0.053 0.607 87 S 0.027 0.027 0.001 0.013 0.004 0.010 0.128 0.004 0.001 0.023 0.763 88 S 0.110 0.135 0.002 0.016 0.013 0.016 0.129 0.013 0.001 0.074 0.492 89 Q 0.059 0.110 0.008 0.017 0.028 0.019 0.135 0.010 0.002 0.185 0.428 90 D 0.108 0.254 0.007 0.019 0.021 0.035 0.086 0.015 0.002 0.101 0.352 91 V 0.215 0.129 0.005 0.014 0.014 0.020 0.084 0.014 0.002 0.184 0.318 92 A 0.078 0.139 0.010 0.018 0.014 0.020 0.097 0.008 0.003 0.207 0.406 93 S 0.070 0.193 0.004 0.012 0.006 0.013 0.071 0.009 0.001 0.110 0.510 94 L 0.042 0.277 0.007 0.025 0.009 0.010 0.107 0.011 0.001 0.078 0.434 95 S 0.016 0.656 0.004 0.006 0.005 0.004 0.034 0.006 0.001 0.081 0.188 96 S 0.007 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.030 0.031 97 D 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.955 0.003 98 C 0.001 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.069 0.006 99 F 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 100 L 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 101 T 0.004 0.920 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.046 0.017 102 V 0.013 0.896 0.012 0.004 0.002 0.002 0.006 0.002 0.002 0.025 0.035 103 L 0.074 0.814 0.014 0.002 0.002 0.001 0.011 0.012 0.001 0.024 0.044 104 L 0.187 0.409 0.063 0.006 0.003 0.004 0.048 0.017 0.013 0.068 0.180 105 G 0.198 0.200 0.007 0.005 0.002 0.004 0.065 0.008 0.004 0.035 0.470 106 K 0.124 0.048 0.029 0.006 0.003 0.004 0.071 0.008 0.010 0.052 0.645 107 L 0.270 0.013 0.005 0.005 0.005 0.005 0.094 0.007 0.002 0.034 0.559 108 E 0.134 0.004 0.002 0.005 0.002 0.003 0.072 0.002 0.001 0.027 0.747 109 K 0.021 0.001 0.001 0.007 0.002 0.003 0.094 0.001 0.001 0.011 0.859 110 S 0.031 0.002 0.001 0.020 0.003 0.006 0.128 0.001 0.001 0.024 0.784 111 F 0.031 0.002 0.001 0.037 0.013 0.015 0.159 0.002 0.001 0.046 0.693 112 N 0.009 0.004 0.001 0.146 0.010 0.018 0.120 0.001 0.001 0.066 0.625 113 S 0.004 0.007 0.001 0.400 0.041 0.097 0.076 0.001 0.001 0.075 0.299 114 V 0.004 0.008 0.001 0.548 0.043 0.054 0.040 0.001 0.001 0.047 0.255 115 H 0.002 0.005 0.001 0.793 0.059 0.055 0.014 0.001 0.001 0.020 0.051 116 L 0.033 0.042 0.003 0.447 0.037 0.059 0.040 0.003 0.001 0.141 0.194 117 L 0.188 0.110 0.002 0.182 0.026 0.034 0.068 0.013 0.001 0.077 0.299 118 A 0.033 0.122 0.002 0.097 0.012 0.024 0.128 0.005 0.001 0.050 0.526 119 G 0.012 0.318 0.003 0.057 0.009 0.024 0.094 0.003 0.001 0.049 0.431 120 G 0.036 0.748 0.003 0.008 0.011 0.007 0.021 0.011 0.001 0.079 0.075 121 F 0.047 0.281 0.002 0.007 0.004 0.004 0.033 0.009 0.001 0.570 0.043 122 A 0.033 0.560 0.009 0.007 0.007 0.007 0.032 0.007 0.002 0.253 0.083 123 E 0.130 0.608 0.017 0.005 0.003 0.006 0.023 0.022 0.004 0.057 0.124 124 F 0.184 0.246 0.138 0.009 0.006 0.011 0.043 0.079 0.043 0.073 0.166 125 S 0.393 0.032 0.006 0.008 0.007 0.011 0.064 0.009 0.004 0.054 0.412 126 R 0.035 0.009 0.002 0.014 0.004 0.011 0.081 0.001 0.001 0.019 0.824 127 C 0.009 0.013 0.002 0.030 0.007 0.016 0.132 0.002 0.001 0.021 0.769 128 F 0.179 0.033 0.004 0.009 0.018 0.018 0.145 0.013 0.001 0.067 0.511 129 P 0.085 0.022 0.002 0.011 0.025 0.021 0.140 0.006 0.001 0.040 0.648 130 G 0.040 0.013 0.004 0.035 0.015 0.046 0.121 0.004 0.002 0.062 0.658 131 L 0.070 0.005 0.002 0.039 0.032 0.050 0.130 0.004 0.001 0.058 0.608 132 C 0.169 0.004 0.001 0.039 0.019 0.028 0.118 0.003 0.001 0.058 0.560 133 E 0.014 0.002 0.001 0.037 0.009 0.018 0.096 0.001 0.001 0.021 0.800 134 G 0.038 0.006 0.001 0.018 0.008 0.016 0.115 0.002 0.001 0.029 0.768 135 K 0.039 0.010 0.001 0.020 0.031 0.026 0.145 0.003 0.001 0.046 0.680