# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.007 0.014 0.022 0.032 0.104 0.048 0.697 2 I 0.034 0.008 0.018 0.022 0.039 0.136 0.028 0.716 3 G 0.063 0.015 0.013 0.013 0.034 0.097 0.031 0.734 4 T 0.028 0.015 0.028 0.037 0.049 0.085 0.203 0.554 5 Q 0.018 0.056 0.111 0.065 0.083 0.115 0.101 0.452 6 I 0.011 0.064 0.067 0.062 0.075 0.090 0.064 0.568 7 V 0.019 0.432 0.064 0.042 0.031 0.044 0.045 0.323 8 T 0.032 0.908 0.005 0.002 0.003 0.004 0.025 0.020 9 E 0.010 0.909 0.012 0.005 0.003 0.007 0.022 0.032 10 R 0.006 0.969 0.004 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 11 L 0.042 0.934 0.006 0.001 0.001 0.002 0.010 0.005 12 V 0.087 0.790 0.017 0.005 0.003 0.007 0.053 0.037 13 A 0.079 0.160 0.046 0.012 0.010 0.026 0.339 0.329 14 L 0.112 0.037 0.039 0.010 0.009 0.068 0.378 0.347 15 L 0.430 0.006 0.015 0.010 0.006 0.043 0.112 0.378 16 E 0.081 0.001 0.001 0.001 0.002 0.032 0.009 0.872 17 S 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.070 0.005 0.918 18 G 0.035 0.001 0.014 0.004 0.006 0.156 0.021 0.765 19 T 0.077 0.002 0.027 0.009 0.007 0.163 0.086 0.628 20 E 0.002 0.001 0.136 0.009 0.015 0.169 0.031 0.638 21 K 0.001 0.001 0.792 0.019 0.046 0.029 0.042 0.071 22 V 0.001 0.001 0.705 0.057 0.044 0.018 0.063 0.113 23 L 0.001 0.001 0.945 0.016 0.018 0.002 0.012 0.006 24 L 0.002 0.001 0.772 0.048 0.076 0.014 0.038 0.049 25 I 0.007 0.001 0.741 0.079 0.058 0.029 0.029 0.056 26 D 0.030 0.007 0.401 0.032 0.083 0.111 0.085 0.251 27 S 0.035 0.020 0.093 0.015 0.036 0.214 0.038 0.550 28 R 0.035 0.027 0.095 0.025 0.030 0.190 0.038 0.560 29 P 0.131 0.201 0.027 0.010 0.017 0.120 0.107 0.387 30 F 0.229 0.128 0.025 0.010 0.014 0.089 0.279 0.225 31 V 0.059 0.052 0.016 0.016 0.019 0.084 0.448 0.306 32 E 0.052 0.055 0.015 0.016 0.038 0.100 0.237 0.487 33 Y 0.096 0.036 0.020 0.025 0.041 0.144 0.079 0.558 34 N 0.156 0.035 0.014 0.038 0.068 0.093 0.095 0.500 35 T 0.042 0.020 0.010 0.012 0.030 0.104 0.040 0.742 36 S 0.006 0.010 0.051 0.034 0.061 0.262 0.047 0.530 37 H 0.038 0.026 0.054 0.031 0.030 0.167 0.065 0.589 38 I 0.306 0.110 0.040 0.020 0.016 0.092 0.141 0.274 39 L 0.051 0.052 0.082 0.011 0.026 0.115 0.121 0.540 40 E 0.102 0.046 0.177 0.035 0.089 0.089 0.184 0.278 41 A 0.023 0.014 0.123 0.035 0.060 0.083 0.111 0.551 42 I 0.012 0.024 0.306 0.092 0.131 0.099 0.046 0.291 43 N 0.017 0.026 0.151 0.036 0.088 0.116 0.064 0.502 44 I 0.021 0.050 0.159 0.090 0.060 0.137 0.056 0.427 45 N 0.126 0.523 0.034 0.011 0.015 0.048 0.033 0.211 46 C 0.120 0.711 0.014 0.004 0.005 0.022 0.023 0.101 47 S 0.034 0.786 0.016 0.006 0.005 0.016 0.019 0.118 48 K 0.072 0.779 0.013 0.004 0.004 0.014 0.033 0.082 49 L 0.121 0.677 0.020 0.007 0.006 0.025 0.054 0.089 50 M 0.123 0.516 0.021 0.009 0.009 0.029 0.072 0.221 51 K 0.090 0.277 0.017 0.007 0.009 0.043 0.079 0.478 52 R 0.093 0.195 0.024 0.012 0.010 0.068 0.123 0.474 53 R 0.152 0.146 0.018 0.007 0.007 0.081 0.073 0.516 54 L 0.129 0.112 0.011 0.005 0.005 0.072 0.046 0.620 55 Q 0.097 0.107 0.008 0.004 0.004 0.071 0.035 0.674 56 Q 0.104 0.175 0.013 0.006 0.008 0.076 0.078 0.539 57 D 0.127 0.200 0.013 0.005 0.007 0.079 0.059 0.509 58 K 0.045 0.093 0.032 0.013 0.013 0.107 0.136 0.561 59 V 0.026 0.170 0.028 0.010 0.011 0.113 0.065 0.576 60 L 0.099 0.539 0.020 0.006 0.008 0.049 0.048 0.232 61 I 0.098 0.648 0.011 0.004 0.004 0.030 0.029 0.176 62 T 0.052 0.757 0.010 0.003 0.003 0.016 0.045 0.113 63 E 0.057 0.728 0.008 0.002 0.002 0.024 0.040 0.139 64 L 0.082 0.415 0.033 0.005 0.004 0.046 0.252 0.163 65 I 0.053 0.656 0.010 0.002 0.002 0.028 0.099 0.151 66 Q 0.095 0.723 0.007 0.001 0.001 0.016 0.034 0.122 67 H 0.050 0.559 0.013 0.003 0.003 0.038 0.090 0.244 68 S 0.050 0.653 0.012 0.003 0.003 0.028 0.058 0.193 69 A 0.134 0.568 0.011 0.003 0.003 0.036 0.048 0.198 70 K 0.094 0.184 0.074 0.014 0.012 0.078 0.193 0.351 71 H 0.269 0.158 0.018 0.007 0.009 0.064 0.048 0.428 72 K 0.163 0.030 0.029 0.012 0.014 0.078 0.056 0.618 73 V 0.033 0.013 0.018 0.014 0.018 0.125 0.030 0.750 74 D 0.023 0.004 0.016 0.017 0.026 0.088 0.056 0.771 75 I 0.043 0.001 0.010 0.008 0.008 0.094 0.041 0.793 76 D 0.516 0.003 0.017 0.005 0.006 0.055 0.110 0.289 77 C 0.067 0.001 0.011 0.003 0.006 0.123 0.016 0.774 78 S 0.004 0.001 0.055 0.005 0.021 0.168 0.021 0.727 79 Q 0.001 0.001 0.284 0.041 0.091 0.165 0.059 0.359 80 K 0.001 0.001 0.686 0.076 0.083 0.024 0.070 0.060 81 V 0.001 0.001 0.784 0.059 0.046 0.007 0.055 0.047 82 V 0.001 0.001 0.909 0.035 0.027 0.003 0.014 0.012 83 V 0.002 0.001 0.850 0.039 0.047 0.009 0.028 0.024 84 Y 0.008 0.003 0.683 0.044 0.069 0.042 0.072 0.078 85 D 0.080 0.014 0.228 0.033 0.060 0.183 0.095 0.307 86 Q 0.066 0.018 0.071 0.016 0.031 0.237 0.072 0.489 87 S 0.053 0.065 0.026 0.007 0.018 0.158 0.044 0.629 88 S 0.147 0.195 0.020 0.009 0.017 0.126 0.064 0.421 89 Q 0.054 0.137 0.026 0.022 0.021 0.138 0.092 0.509 90 D 0.106 0.345 0.012 0.012 0.016 0.066 0.113 0.328 91 V 0.275 0.265 0.011 0.007 0.010 0.059 0.132 0.241 92 A 0.059 0.094 0.016 0.015 0.021 0.071 0.369 0.355 93 S 0.044 0.181 0.013 0.009 0.013 0.077 0.174 0.488 94 L 0.062 0.458 0.009 0.007 0.008 0.085 0.030 0.342 95 S 0.027 0.668 0.008 0.004 0.006 0.040 0.019 0.228 96 S 0.039 0.792 0.002 0.001 0.003 0.019 0.046 0.098 97 D 0.003 0.085 0.001 0.001 0.001 0.006 0.891 0.012 98 C 0.001 0.654 0.002 0.001 0.002 0.006 0.323 0.010 99 F 0.001 0.977 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.006 100 L 0.002 0.977 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.004 101 T 0.008 0.858 0.016 0.003 0.005 0.004 0.098 0.009 102 V 0.010 0.951 0.005 0.003 0.002 0.003 0.015 0.010 103 L 0.030 0.907 0.012 0.001 0.002 0.007 0.016 0.025 104 L 0.031 0.765 0.041 0.004 0.003 0.012 0.105 0.039 105 G 0.047 0.771 0.022 0.004 0.004 0.012 0.034 0.106 106 K 0.146 0.146 0.153 0.007 0.005 0.040 0.202 0.301 107 L 0.394 0.081 0.029 0.008 0.004 0.046 0.188 0.251 108 E 0.241 0.014 0.009 0.001 0.001 0.035 0.046 0.653 109 K 0.005 0.003 0.008 0.001 0.001 0.082 0.017 0.883 110 S 0.024 0.014 0.022 0.003 0.006 0.106 0.049 0.776 111 F 0.083 0.018 0.024 0.008 0.008 0.186 0.065 0.609 112 N 0.022 0.021 0.108 0.016 0.030 0.129 0.059 0.615 113 S 0.022 0.029 0.222 0.033 0.080 0.103 0.096 0.415 114 V 0.008 0.016 0.410 0.047 0.059 0.073 0.070 0.317 115 H 0.003 0.007 0.741 0.066 0.064 0.024 0.035 0.059 116 L 0.021 0.027 0.456 0.055 0.077 0.064 0.060 0.239 117 L 0.136 0.070 0.327 0.048 0.043 0.080 0.104 0.192 118 A 0.085 0.134 0.097 0.027 0.040 0.089 0.051 0.477 119 G 0.031 0.219 0.073 0.015 0.034 0.087 0.044 0.498 120 G 0.038 0.588 0.035 0.017 0.023 0.048 0.061 0.189 121 F 0.079 0.366 0.045 0.020 0.018 0.053 0.274 0.145 122 A 0.046 0.340 0.025 0.020 0.019 0.040 0.344 0.166 123 E 0.103 0.436 0.030 0.012 0.024 0.046 0.162 0.186 124 F 0.228 0.168 0.036 0.030 0.041 0.059 0.146 0.291 125 S 0.229 0.065 0.017 0.027 0.032 0.063 0.070 0.496 126 R 0.025 0.017 0.009 0.011 0.017 0.082 0.027 0.813 127 C 0.022 0.016 0.013 0.014 0.021 0.152 0.020 0.743 128 F 0.154 0.024 0.019 0.023 0.029 0.137 0.061 0.553 129 P 0.130 0.017 0.016 0.017 0.023 0.106 0.045 0.645 130 G 0.051 0.014 0.060 0.053 0.094 0.093 0.077 0.559 131 L 0.025 0.004 0.038 0.033 0.059 0.108 0.035 0.699 132 C 0.075 0.004 0.056 0.073 0.075 0.101 0.058 0.558 133 E 0.038 0.002 0.018 0.024 0.035 0.096 0.023 0.764 134 G 0.035 0.004 0.015 0.015 0.033 0.095 0.028 0.776 135 K 0.044 0.006 0.018 0.038 0.053 0.113 0.033 0.695