# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.305 0.098 0.042 0.096 0.079 0.079 0.102 0.067 0.059 0.043 0.030 2 I 0.211 0.178 0.049 0.128 0.106 0.080 0.086 0.056 0.048 0.037 0.021 3 G 0.305 0.252 0.043 0.149 0.091 0.050 0.053 0.027 0.017 0.009 0.005 4 T 0.105 0.067 0.025 0.095 0.127 0.142 0.148 0.099 0.097 0.057 0.040 5 Q 0.301 0.199 0.061 0.160 0.116 0.073 0.051 0.016 0.012 0.007 0.003 6 I 0.044 0.060 0.044 0.171 0.171 0.111 0.154 0.110 0.062 0.048 0.025 7 V 0.001 0.006 0.005 0.009 0.011 0.020 0.069 0.186 0.237 0.238 0.218 8 T 0.018 0.139 0.072 0.220 0.224 0.125 0.116 0.047 0.020 0.014 0.005 9 E 0.806 0.061 0.073 0.035 0.009 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 10 R 0.036 0.051 0.034 0.288 0.255 0.207 0.095 0.019 0.010 0.004 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.025 0.058 0.223 0.291 0.397 12 V 0.001 0.004 0.028 0.097 0.189 0.318 0.248 0.065 0.030 0.015 0.005 13 A 0.004 0.015 0.723 0.158 0.063 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 14 L 0.001 0.002 0.009 0.011 0.019 0.066 0.266 0.282 0.175 0.105 0.065 15 L 0.001 0.002 0.010 0.007 0.007 0.019 0.099 0.148 0.246 0.293 0.167 16 E 0.013 0.026 0.288 0.242 0.234 0.087 0.065 0.024 0.010 0.008 0.002 17 S 0.067 0.104 0.275 0.171 0.151 0.099 0.085 0.025 0.012 0.006 0.003 18 G 0.431 0.225 0.042 0.084 0.053 0.044 0.060 0.021 0.021 0.013 0.007 19 T 0.344 0.198 0.020 0.077 0.081 0.071 0.096 0.051 0.030 0.015 0.017 20 E 0.418 0.263 0.076 0.127 0.058 0.024 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 21 K 0.078 0.120 0.041 0.244 0.219 0.161 0.089 0.029 0.012 0.004 0.002 22 V 0.001 0.002 0.003 0.006 0.011 0.025 0.080 0.167 0.242 0.220 0.242 23 L 0.002 0.012 0.013 0.066 0.112 0.214 0.261 0.149 0.092 0.048 0.029 24 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.006 0.022 0.082 0.186 0.359 0.332 25 I 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.010 0.045 0.158 0.212 0.296 0.264 26 D 0.003 0.007 0.017 0.021 0.025 0.041 0.098 0.168 0.185 0.268 0.168 27 S 0.005 0.009 0.014 0.037 0.049 0.068 0.146 0.168 0.164 0.194 0.146 28 R 0.030 0.034 0.024 0.081 0.112 0.144 0.174 0.149 0.118 0.088 0.045 29 P 0.308 0.280 0.061 0.134 0.086 0.046 0.035 0.021 0.014 0.011 0.004 30 F 0.172 0.092 0.033 0.141 0.148 0.144 0.112 0.067 0.043 0.030 0.017 31 V 0.239 0.145 0.076 0.135 0.112 0.080 0.069 0.042 0.044 0.037 0.021 32 E 0.090 0.098 0.075 0.175 0.146 0.117 0.131 0.067 0.050 0.033 0.019 33 Y 0.013 0.014 0.022 0.028 0.029 0.053 0.120 0.151 0.205 0.203 0.161 34 N 0.053 0.101 0.094 0.228 0.187 0.126 0.102 0.043 0.033 0.022 0.011 35 T 0.156 0.137 0.117 0.214 0.149 0.087 0.069 0.029 0.022 0.013 0.006 36 S 0.177 0.072 0.059 0.103 0.107 0.107 0.142 0.080 0.071 0.052 0.029 37 H 0.048 0.071 0.043 0.123 0.119 0.111 0.167 0.122 0.101 0.061 0.036 38 I 0.008 0.010 0.020 0.032 0.032 0.057 0.115 0.127 0.196 0.204 0.199 39 L 0.063 0.095 0.105 0.233 0.202 0.121 0.092 0.039 0.027 0.017 0.008 40 E 0.076 0.111 0.079 0.222 0.165 0.121 0.104 0.050 0.039 0.021 0.012 41 A 0.005 0.004 0.005 0.011 0.013 0.023 0.059 0.120 0.216 0.259 0.284 42 I 0.014 0.033 0.035 0.087 0.089 0.147 0.216 0.145 0.114 0.080 0.041 43 N 0.013 0.041 0.095 0.157 0.124 0.101 0.138 0.098 0.098 0.087 0.049 44 I 0.010 0.009 0.015 0.023 0.032 0.055 0.143 0.184 0.203 0.181 0.144 45 N 0.085 0.294 0.094 0.191 0.126 0.059 0.063 0.031 0.026 0.023 0.009 46 C 0.011 0.017 0.011 0.040 0.046 0.090 0.173 0.177 0.170 0.138 0.126 47 S 0.351 0.159 0.093 0.175 0.102 0.047 0.034 0.017 0.011 0.009 0.003 48 K 0.215 0.188 0.111 0.261 0.133 0.043 0.029 0.011 0.005 0.003 0.001 49 L 0.007 0.013 0.016 0.029 0.029 0.058 0.136 0.134 0.203 0.193 0.181 50 M 0.007 0.021 0.043 0.091 0.117 0.148 0.256 0.136 0.092 0.057 0.032 51 K 0.044 0.080 0.464 0.198 0.095 0.048 0.036 0.017 0.009 0.006 0.002 52 R 0.075 0.042 0.166 0.181 0.174 0.145 0.136 0.041 0.022 0.012 0.005 53 R 0.138 0.093 0.092 0.140 0.106 0.110 0.149 0.066 0.054 0.036 0.017 54 L 0.054 0.040 0.054 0.086 0.095 0.143 0.204 0.123 0.095 0.062 0.043 55 Q 0.216 0.191 0.246 0.144 0.082 0.041 0.037 0.019 0.012 0.007 0.004 56 Q 0.224 0.162 0.100 0.130 0.101 0.084 0.094 0.049 0.030 0.017 0.009 57 D 0.350 0.148 0.055 0.103 0.087 0.072 0.080 0.042 0.031 0.020 0.011 58 K 0.190 0.101 0.062 0.137 0.117 0.124 0.126 0.057 0.044 0.027 0.015 59 V 0.099 0.086 0.094 0.142 0.127 0.116 0.136 0.084 0.058 0.037 0.022 60 L 0.022 0.042 0.044 0.066 0.072 0.093 0.192 0.166 0.129 0.110 0.065 61 I 0.017 0.040 0.044 0.080 0.097 0.139 0.215 0.162 0.099 0.071 0.038 62 T 0.307 0.135 0.191 0.162 0.076 0.048 0.037 0.019 0.012 0.010 0.004 63 E 0.293 0.093 0.114 0.182 0.118 0.083 0.065 0.025 0.014 0.009 0.004 64 L 0.040 0.046 0.045 0.076 0.085 0.100 0.187 0.143 0.125 0.097 0.057 65 I 0.015 0.048 0.067 0.080 0.093 0.136 0.235 0.145 0.091 0.062 0.028 66 Q 0.088 0.104 0.385 0.154 0.089 0.067 0.060 0.029 0.013 0.009 0.003 67 H 0.302 0.084 0.232 0.147 0.073 0.068 0.054 0.021 0.010 0.006 0.002 68 S 0.155 0.086 0.119 0.176 0.120 0.128 0.119 0.043 0.028 0.019 0.008 69 A 0.026 0.032 0.064 0.083 0.096 0.137 0.225 0.132 0.100 0.064 0.040 70 K 0.044 0.058 0.280 0.141 0.125 0.112 0.109 0.057 0.038 0.027 0.011 71 H 0.054 0.062 0.349 0.157 0.110 0.098 0.091 0.036 0.022 0.014 0.006 72 K 0.059 0.078 0.151 0.166 0.124 0.128 0.148 0.059 0.044 0.029 0.014 73 V 0.030 0.025 0.035 0.058 0.083 0.136 0.247 0.169 0.111 0.066 0.040 74 D 0.220 0.234 0.196 0.179 0.076 0.040 0.028 0.011 0.008 0.006 0.002 75 I 0.020 0.017 0.027 0.046 0.055 0.142 0.223 0.156 0.147 0.087 0.079 76 D 0.433 0.264 0.089 0.107 0.047 0.019 0.017 0.009 0.006 0.006 0.003 77 C 0.077 0.086 0.037 0.140 0.125 0.142 0.161 0.090 0.066 0.039 0.037 78 S 0.315 0.266 0.072 0.141 0.106 0.035 0.026 0.015 0.011 0.007 0.006 79 Q 0.075 0.125 0.046 0.160 0.183 0.148 0.143 0.054 0.035 0.020 0.011 80 K 0.044 0.065 0.040 0.189 0.213 0.204 0.140 0.056 0.031 0.011 0.006 81 V 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.059 0.175 0.223 0.280 0.237 82 V 0.001 0.007 0.013 0.029 0.038 0.057 0.151 0.248 0.182 0.170 0.106 83 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.006 0.025 0.108 0.186 0.342 0.324 84 Y 0.001 0.003 0.010 0.016 0.022 0.039 0.111 0.150 0.197 0.249 0.201 85 D 0.009 0.010 0.020 0.043 0.050 0.074 0.146 0.138 0.184 0.194 0.131 86 Q 0.030 0.048 0.035 0.114 0.143 0.149 0.169 0.125 0.091 0.062 0.034 87 S 0.057 0.067 0.035 0.098 0.115 0.119 0.171 0.124 0.098 0.076 0.039 88 S 0.061 0.056 0.036 0.091 0.094 0.113 0.149 0.123 0.111 0.099 0.068 89 Q 0.302 0.165 0.102 0.148 0.087 0.064 0.051 0.031 0.022 0.019 0.010 90 D 0.188 0.156 0.076 0.168 0.111 0.099 0.092 0.045 0.032 0.022 0.013 91 V 0.043 0.031 0.020 0.053 0.062 0.090 0.150 0.158 0.149 0.125 0.118 92 A 0.342 0.175 0.089 0.145 0.076 0.067 0.051 0.023 0.016 0.010 0.005 93 S 0.209 0.136 0.126 0.194 0.112 0.089 0.064 0.028 0.021 0.013 0.007 94 L 0.030 0.019 0.018 0.037 0.045 0.077 0.154 0.173 0.171 0.145 0.131 95 S 0.118 0.127 0.069 0.170 0.140 0.123 0.118 0.053 0.039 0.028 0.015 96 S 0.046 0.062 0.081 0.111 0.107 0.117 0.133 0.105 0.107 0.081 0.049 97 D 0.040 0.038 0.049 0.093 0.116 0.130 0.173 0.109 0.112 0.085 0.054 98 C 0.016 0.020 0.026 0.067 0.080 0.122 0.186 0.152 0.136 0.122 0.073 99 F 0.003 0.015 0.031 0.107 0.141 0.165 0.191 0.170 0.093 0.057 0.026 100 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.009 0.043 0.100 0.220 0.325 0.291 101 T 0.001 0.003 0.017 0.030 0.030 0.081 0.191 0.129 0.214 0.175 0.130 102 V 0.001 0.006 0.076 0.116 0.135 0.183 0.210 0.127 0.080 0.046 0.020 103 L 0.001 0.002 0.010 0.012 0.016 0.050 0.177 0.234 0.209 0.177 0.113 104 L 0.001 0.001 0.008 0.006 0.006 0.012 0.055 0.105 0.232 0.329 0.245 105 G 0.006 0.011 0.127 0.156 0.178 0.150 0.181 0.083 0.053 0.041 0.014 106 K 0.006 0.030 0.162 0.156 0.161 0.176 0.180 0.058 0.037 0.023 0.010 107 L 0.004 0.007 0.014 0.017 0.019 0.047 0.160 0.209 0.216 0.191 0.116 108 E 0.096 0.079 0.107 0.153 0.133 0.097 0.145 0.082 0.053 0.040 0.015 109 K 0.236 0.180 0.224 0.148 0.085 0.045 0.038 0.020 0.012 0.009 0.004 110 S 0.201 0.217 0.077 0.140 0.092 0.101 0.094 0.033 0.024 0.013 0.007 111 F 0.048 0.026 0.013 0.040 0.051 0.105 0.187 0.169 0.154 0.111 0.097 112 N 0.330 0.254 0.123 0.155 0.061 0.036 0.022 0.009 0.006 0.004 0.002 113 S 0.042 0.077 0.064 0.242 0.209 0.162 0.112 0.051 0.025 0.010 0.006 114 V 0.003 0.003 0.005 0.008 0.012 0.021 0.064 0.107 0.209 0.248 0.320 115 H 0.006 0.025 0.041 0.152 0.178 0.221 0.209 0.085 0.047 0.023 0.012 116 L 0.001 0.010 0.066 0.042 0.034 0.050 0.095 0.130 0.189 0.242 0.142 117 L 0.001 0.002 0.005 0.009 0.014 0.027 0.094 0.201 0.217 0.238 0.192 118 A 0.047 0.090 0.120 0.210 0.165 0.097 0.101 0.059 0.048 0.046 0.018 119 G 0.052 0.049 0.069 0.115 0.124 0.118 0.164 0.101 0.085 0.080 0.043 120 G 0.012 0.036 0.030 0.054 0.052 0.078 0.169 0.132 0.184 0.153 0.098 121 F 0.003 0.005 0.007 0.020 0.025 0.066 0.162 0.188 0.209 0.176 0.140 122 A 0.242 0.133 0.235 0.211 0.076 0.045 0.025 0.014 0.009 0.007 0.003 123 E 0.030 0.068 0.083 0.245 0.210 0.169 0.116 0.041 0.022 0.011 0.005 124 F 0.003 0.003 0.005 0.007 0.006 0.011 0.045 0.083 0.207 0.253 0.378 125 S 0.012 0.018 0.059 0.112 0.141 0.208 0.235 0.086 0.068 0.040 0.023 126 R 0.024 0.061 0.495 0.203 0.110 0.045 0.029 0.014 0.010 0.007 0.003 127 C 0.016 0.018 0.033 0.055 0.063 0.144 0.255 0.173 0.123 0.079 0.042 128 F 0.063 0.050 0.036 0.072 0.059 0.077 0.156 0.146 0.139 0.131 0.072 129 P 0.105 0.117 0.071 0.135 0.107 0.130 0.132 0.079 0.062 0.041 0.021 130 G 0.320 0.170 0.109 0.138 0.087 0.061 0.050 0.027 0.020 0.012 0.006 131 L 0.046 0.037 0.024 0.068 0.070 0.087 0.161 0.143 0.149 0.133 0.083 132 C 0.039 0.050 0.025 0.068 0.070 0.096 0.148 0.141 0.143 0.113 0.107 133 E 0.170 0.372 0.106 0.152 0.098 0.038 0.029 0.016 0.009 0.007 0.004 134 G 0.514 0.168 0.048 0.092 0.068 0.039 0.031 0.019 0.011 0.006 0.004 135 K 0.509 0.190 0.038 0.096 0.072 0.035 0.027 0.014 0.010 0.007 0.003