# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.063 0.014 0.003 0.046 0.048 0.093 0.093 0.002 0.001 0.004 0.635 2 I 0.018 0.005 0.001 0.019 0.017 0.030 0.079 0.001 0.001 0.003 0.827 3 G 0.031 0.003 0.002 0.020 0.013 0.023 0.097 0.002 0.001 0.006 0.803 4 T 0.201 0.007 0.007 0.029 0.020 0.040 0.094 0.001 0.001 0.005 0.595 5 Q 0.048 0.005 0.001 0.047 0.033 0.040 0.140 0.001 0.001 0.005 0.680 6 I 0.026 0.005 0.002 0.026 0.018 0.028 0.147 0.001 0.001 0.002 0.745 7 V 0.146 0.029 0.005 0.115 0.049 0.112 0.164 0.001 0.001 0.009 0.370 8 T 0.029 0.051 0.002 0.060 0.024 0.061 0.327 0.001 0.001 0.005 0.440 9 E 0.004 0.016 0.001 0.006 0.003 0.006 0.038 0.001 0.001 0.013 0.913 10 R 0.002 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.569 0.001 0.001 0.003 0.407 11 L 0.155 0.356 0.003 0.006 0.001 0.006 0.164 0.001 0.001 0.006 0.301 12 V 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 13 A 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 14 L 0.049 0.924 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.009 15 L 0.039 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.003 16 E 0.114 0.716 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.119 0.001 0.001 0.031 17 S 0.153 0.452 0.029 0.002 0.002 0.002 0.010 0.244 0.001 0.002 0.103 18 G 0.309 0.096 0.150 0.009 0.003 0.004 0.013 0.144 0.001 0.032 0.240 19 T 0.094 0.004 0.518 0.010 0.003 0.002 0.163 0.006 0.001 0.004 0.196 20 E 0.026 0.001 0.006 0.025 0.006 0.006 0.135 0.001 0.001 0.004 0.790 21 K 0.034 0.001 0.003 0.153 0.026 0.039 0.243 0.001 0.001 0.003 0.497 22 V 0.032 0.001 0.002 0.441 0.038 0.047 0.087 0.001 0.001 0.002 0.348 23 L 0.004 0.001 0.001 0.754 0.101 0.107 0.009 0.001 0.001 0.001 0.024 24 L 0.002 0.001 0.001 0.604 0.088 0.168 0.011 0.001 0.001 0.001 0.126 25 I 0.001 0.001 0.001 0.892 0.036 0.062 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 26 D 0.002 0.002 0.001 0.507 0.072 0.076 0.061 0.001 0.001 0.003 0.277 27 S 0.002 0.003 0.001 0.538 0.040 0.101 0.067 0.001 0.001 0.006 0.242 28 R 0.014 0.002 0.001 0.247 0.027 0.051 0.264 0.001 0.001 0.014 0.379 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.972 30 F 0.017 0.002 0.001 0.015 0.006 0.027 0.068 0.001 0.001 0.001 0.863 31 V 0.067 0.018 0.001 0.018 0.011 0.016 0.139 0.001 0.001 0.008 0.722 32 E 0.179 0.045 0.002 0.010 0.012 0.020 0.130 0.001 0.001 0.006 0.595 33 Y 0.323 0.191 0.003 0.023 0.023 0.039 0.053 0.003 0.001 0.005 0.337 34 N 0.137 0.316 0.006 0.036 0.062 0.074 0.092 0.006 0.001 0.005 0.268 35 T 0.135 0.203 0.009 0.031 0.033 0.045 0.073 0.013 0.001 0.008 0.450 36 S 0.306 0.166 0.013 0.050 0.030 0.052 0.068 0.019 0.001 0.011 0.285 37 H 0.175 0.064 0.040 0.066 0.024 0.032 0.133 0.019 0.001 0.011 0.436 38 I 0.069 0.061 0.054 0.212 0.070 0.091 0.133 0.005 0.001 0.007 0.297 39 L 0.016 0.019 0.003 0.090 0.049 0.109 0.071 0.002 0.001 0.004 0.637 40 E 0.026 0.020 0.002 0.166 0.065 0.115 0.127 0.004 0.001 0.011 0.465 41 A 0.151 0.032 0.012 0.152 0.049 0.070 0.127 0.004 0.001 0.009 0.394 42 I 0.100 0.024 0.004 0.318 0.148 0.136 0.081 0.002 0.001 0.009 0.179 43 N 0.041 0.015 0.006 0.124 0.048 0.072 0.082 0.005 0.001 0.005 0.603 44 I 0.125 0.016 0.008 0.368 0.080 0.153 0.040 0.001 0.001 0.007 0.201 45 N 0.004 0.004 0.001 0.037 0.009 0.016 0.327 0.001 0.001 0.002 0.599 46 C 0.008 0.008 0.002 0.057 0.012 0.036 0.103 0.001 0.001 0.005 0.769 47 S 0.005 0.019 0.001 0.015 0.005 0.013 0.421 0.001 0.001 0.006 0.515 48 K 0.100 0.047 0.001 0.006 0.002 0.005 0.478 0.001 0.001 0.015 0.346 49 L 0.097 0.706 0.002 0.004 0.004 0.006 0.053 0.001 0.001 0.003 0.124 50 M 0.027 0.868 0.003 0.002 0.005 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.068 51 K 0.052 0.849 0.002 0.001 0.002 0.003 0.009 0.008 0.001 0.001 0.073 52 R 0.074 0.857 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 0.001 0.001 0.040 53 R 0.103 0.716 0.010 0.001 0.002 0.002 0.004 0.048 0.001 0.001 0.113 54 L 0.077 0.640 0.054 0.004 0.005 0.005 0.018 0.035 0.001 0.001 0.161 55 Q 0.129 0.503 0.026 0.009 0.005 0.006 0.032 0.035 0.001 0.003 0.252 56 Q 0.166 0.439 0.021 0.010 0.004 0.007 0.042 0.029 0.001 0.003 0.280 57 D 0.171 0.321 0.024 0.017 0.004 0.007 0.069 0.019 0.001 0.006 0.363 58 K 0.164 0.255 0.035 0.023 0.007 0.008 0.098 0.012 0.001 0.009 0.388 59 V 0.077 0.202 0.032 0.019 0.006 0.008 0.208 0.008 0.001 0.005 0.433 60 L 0.077 0.374 0.015 0.028 0.012 0.021 0.109 0.006 0.001 0.004 0.353 61 I 0.041 0.417 0.008 0.018 0.007 0.017 0.045 0.005 0.001 0.003 0.440 62 T 0.035 0.487 0.006 0.010 0.009 0.014 0.107 0.004 0.001 0.003 0.325 63 E 0.102 0.486 0.004 0.005 0.003 0.005 0.060 0.007 0.001 0.003 0.324 64 L 0.078 0.722 0.007 0.003 0.002 0.004 0.027 0.006 0.001 0.001 0.151 65 I 0.056 0.759 0.010 0.002 0.002 0.003 0.030 0.006 0.001 0.001 0.132 66 Q 0.034 0.830 0.006 0.002 0.001 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.109 67 H 0.028 0.825 0.005 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.001 0.001 0.124 68 S 0.051 0.795 0.007 0.002 0.001 0.002 0.016 0.008 0.001 0.001 0.117 69 A 0.063 0.841 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.010 0.001 0.001 0.071 70 K 0.053 0.852 0.007 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.001 0.001 0.064 71 H 0.064 0.803 0.009 0.003 0.005 0.004 0.010 0.022 0.001 0.001 0.079 72 K 0.135 0.695 0.012 0.005 0.004 0.005 0.009 0.042 0.001 0.001 0.092 73 V 0.166 0.509 0.018 0.010 0.010 0.011 0.020 0.065 0.001 0.001 0.189 74 D 0.182 0.160 0.035 0.019 0.015 0.021 0.038 0.094 0.001 0.007 0.430 75 I 0.205 0.074 0.085 0.042 0.021 0.030 0.089 0.018 0.001 0.003 0.433 76 D 0.038 0.027 0.006 0.030 0.031 0.032 0.240 0.007 0.001 0.006 0.583 77 C 0.025 0.005 0.002 0.022 0.010 0.012 0.044 0.003 0.001 0.011 0.866 78 S 0.054 0.004 0.009 0.049 0.018 0.029 0.432 0.002 0.001 0.011 0.390 79 Q 0.503 0.001 0.002 0.079 0.031 0.035 0.134 0.001 0.001 0.032 0.182 80 K 0.023 0.001 0.003 0.132 0.020 0.019 0.135 0.001 0.001 0.002 0.665 81 V 0.006 0.001 0.002 0.656 0.089 0.113 0.030 0.001 0.001 0.001 0.102 82 V 0.002 0.001 0.001 0.824 0.058 0.091 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 83 V 0.001 0.001 0.001 0.687 0.085 0.201 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.850 0.043 0.071 0.005 0.001 0.001 0.002 0.027 85 D 0.003 0.001 0.001 0.418 0.146 0.242 0.048 0.001 0.001 0.003 0.139 86 Q 0.004 0.001 0.001 0.226 0.029 0.062 0.271 0.001 0.001 0.012 0.393 87 S 0.012 0.001 0.001 0.047 0.006 0.010 0.526 0.001 0.001 0.019 0.378 88 S 0.206 0.003 0.001 0.036 0.006 0.013 0.200 0.001 0.001 0.090 0.443 89 Q 0.065 0.006 0.006 0.014 0.003 0.004 0.426 0.001 0.001 0.017 0.459 90 D 0.038 0.005 0.004 0.010 0.005 0.010 0.281 0.001 0.001 0.011 0.634 91 V 0.228 0.034 0.012 0.034 0.015 0.061 0.094 0.001 0.001 0.009 0.512 92 A 0.040 0.072 0.003 0.018 0.013 0.023 0.358 0.002 0.001 0.011 0.461 93 S 0.233 0.103 0.003 0.012 0.007 0.015 0.257 0.007 0.001 0.014 0.349 94 L 0.362 0.347 0.011 0.017 0.005 0.015 0.037 0.011 0.001 0.004 0.191 95 S 0.081 0.324 0.044 0.028 0.013 0.018 0.151 0.008 0.001 0.008 0.326 96 S 0.066 0.196 0.026 0.015 0.007 0.012 0.125 0.008 0.001 0.007 0.536 97 D 0.069 0.276 0.008 0.010 0.004 0.013 0.113 0.006 0.001 0.005 0.497 98 C 0.048 0.249 0.006 0.005 0.001 0.003 0.150 0.004 0.001 0.004 0.529 99 F 0.036 0.550 0.012 0.004 0.002 0.003 0.158 0.002 0.001 0.003 0.230 100 L 0.014 0.887 0.003 0.003 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.077 101 T 0.004 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.027 102 V 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 103 L 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 104 L 0.012 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.008 105 G 0.019 0.935 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.030 106 K 0.065 0.858 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 0.001 0.001 0.032 107 L 0.074 0.818 0.012 0.004 0.001 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.053 108 E 0.089 0.577 0.018 0.006 0.004 0.005 0.020 0.039 0.001 0.001 0.239 109 K 0.220 0.300 0.035 0.008 0.004 0.005 0.064 0.062 0.001 0.003 0.299 110 S 0.416 0.100 0.035 0.012 0.005 0.007 0.026 0.082 0.001 0.009 0.308 111 F 0.161 0.027 0.154 0.031 0.011 0.015 0.085 0.009 0.001 0.003 0.503 112 N 0.019 0.005 0.015 0.045 0.018 0.018 0.136 0.002 0.001 0.004 0.738 113 S 0.034 0.004 0.002 0.109 0.035 0.043 0.118 0.002 0.001 0.005 0.649 114 V 0.040 0.009 0.004 0.228 0.043 0.065 0.098 0.001 0.001 0.003 0.509 115 H 0.011 0.003 0.001 0.719 0.086 0.117 0.031 0.001 0.001 0.004 0.027 116 L 0.010 0.010 0.002 0.293 0.084 0.113 0.046 0.001 0.001 0.002 0.440 117 L 0.008 0.007 0.001 0.601 0.109 0.210 0.012 0.001 0.001 0.003 0.051 118 A 0.010 0.015 0.001 0.136 0.052 0.079 0.187 0.001 0.001 0.004 0.516 119 G 0.027 0.021 0.003 0.099 0.042 0.063 0.135 0.002 0.001 0.022 0.586 120 G 0.050 0.009 0.009 0.021 0.006 0.015 0.432 0.001 0.001 0.010 0.449 121 F 0.130 0.043 0.013 0.079 0.017 0.050 0.145 0.001 0.001 0.010 0.512 122 A 0.015 0.081 0.003 0.018 0.018 0.044 0.131 0.001 0.001 0.006 0.682 123 E 0.041 0.193 0.004 0.013 0.013 0.027 0.174 0.001 0.001 0.004 0.530 124 F 0.074 0.651 0.002 0.005 0.007 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 0.218 125 S 0.056 0.784 0.002 0.004 0.018 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.100 126 R 0.108 0.652 0.004 0.003 0.014 0.012 0.008 0.018 0.001 0.001 0.179 127 C 0.365 0.386 0.012 0.003 0.003 0.010 0.006 0.062 0.001 0.002 0.150 128 F 0.511 0.201 0.043 0.009 0.006 0.013 0.012 0.039 0.001 0.001 0.164 129 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.993 130 G 0.004 0.002 0.002 0.008 0.007 0.011 0.045 0.001 0.001 0.001 0.921 131 L 0.173 0.015 0.002 0.048 0.030 0.051 0.090 0.001 0.001 0.002 0.588 132 C 0.090 0.068 0.002 0.079 0.111 0.121 0.151 0.001 0.001 0.004 0.373 133 E 0.052 0.056 0.002 0.060 0.071 0.098 0.096 0.001 0.001 0.005 0.559 134 G 0.073 0.021 0.002 0.042 0.047 0.082 0.058 0.002 0.001 0.007 0.665 135 K 0.056 0.002 0.003 0.010 0.011 0.018 0.111 0.001 0.001 0.002 0.785