# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.012 0.059 0.039 0.071 0.083 0.009 0.669 2 I 0.019 0.009 0.035 0.027 0.041 0.069 0.005 0.795 3 G 0.028 0.007 0.024 0.016 0.029 0.069 0.008 0.818 4 T 0.114 0.008 0.035 0.016 0.022 0.075 0.007 0.724 5 Q 0.057 0.012 0.070 0.033 0.034 0.091 0.006 0.697 6 I 0.020 0.008 0.035 0.023 0.032 0.086 0.003 0.793 7 V 0.051 0.072 0.169 0.062 0.085 0.138 0.005 0.418 8 T 0.037 0.065 0.064 0.021 0.066 0.190 0.007 0.550 9 E 0.013 0.040 0.010 0.004 0.011 0.054 0.002 0.867 10 R 0.017 0.073 0.004 0.002 0.004 0.306 0.003 0.591 11 L 0.060 0.350 0.004 0.003 0.008 0.207 0.008 0.361 12 V 0.004 0.938 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.049 13 A 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 14 L 0.007 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 15 L 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 16 E 0.075 0.877 0.003 0.002 0.002 0.002 0.021 0.017 17 S 0.227 0.621 0.008 0.005 0.002 0.003 0.095 0.040 18 G 0.694 0.049 0.008 0.003 0.002 0.003 0.176 0.065 19 T 0.194 0.033 0.327 0.021 0.018 0.111 0.075 0.221 20 E 0.007 0.004 0.088 0.023 0.018 0.074 0.010 0.775 21 K 0.039 0.003 0.207 0.055 0.068 0.188 0.014 0.426 22 V 0.089 0.001 0.418 0.052 0.082 0.118 0.006 0.232 23 L 0.002 0.001 0.840 0.095 0.044 0.007 0.001 0.011 24 L 0.001 0.001 0.484 0.142 0.169 0.007 0.001 0.197 25 I 0.001 0.001 0.744 0.082 0.154 0.003 0.001 0.017 26 D 0.001 0.001 0.535 0.141 0.193 0.021 0.001 0.108 27 S 0.002 0.001 0.538 0.051 0.133 0.027 0.002 0.246 28 R 0.004 0.001 0.062 0.015 0.044 0.742 0.001 0.133 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.996 30 F 0.004 0.004 0.011 0.010 0.040 0.168 0.001 0.764 31 V 0.048 0.015 0.010 0.011 0.016 0.147 0.009 0.745 32 E 0.170 0.134 0.009 0.015 0.040 0.133 0.008 0.491 33 Y 0.170 0.564 0.012 0.027 0.054 0.029 0.006 0.137 34 N 0.097 0.648 0.015 0.020 0.032 0.033 0.018 0.138 35 T 0.152 0.444 0.025 0.021 0.030 0.021 0.043 0.264 36 S 0.297 0.293 0.033 0.032 0.026 0.029 0.060 0.231 37 H 0.227 0.112 0.061 0.030 0.041 0.084 0.063 0.382 38 I 0.098 0.139 0.163 0.064 0.130 0.085 0.021 0.300 39 L 0.015 0.041 0.053 0.033 0.055 0.079 0.006 0.716 40 E 0.052 0.070 0.056 0.029 0.045 0.142 0.022 0.583 41 A 0.467 0.057 0.089 0.018 0.035 0.084 0.020 0.230 42 I 0.176 0.100 0.266 0.123 0.070 0.060 0.029 0.176 43 N 0.061 0.032 0.219 0.058 0.081 0.049 0.022 0.477 44 I 0.046 0.022 0.487 0.068 0.085 0.050 0.008 0.233 45 N 0.009 0.013 0.045 0.017 0.035 0.259 0.003 0.621 46 C 0.030 0.021 0.061 0.011 0.052 0.132 0.004 0.688 47 S 0.014 0.028 0.014 0.003 0.007 0.599 0.003 0.332 48 K 0.072 0.057 0.004 0.002 0.004 0.575 0.008 0.277 49 L 0.062 0.800 0.003 0.002 0.004 0.045 0.002 0.080 50 M 0.024 0.891 0.004 0.003 0.007 0.019 0.004 0.048 51 K 0.053 0.847 0.004 0.004 0.006 0.013 0.010 0.064 52 R 0.095 0.819 0.006 0.004 0.006 0.007 0.016 0.048 53 R 0.097 0.766 0.009 0.006 0.007 0.010 0.022 0.084 54 L 0.106 0.628 0.033 0.011 0.015 0.024 0.033 0.151 55 Q 0.118 0.469 0.051 0.016 0.021 0.054 0.033 0.237 56 Q 0.155 0.303 0.050 0.011 0.015 0.073 0.035 0.359 57 D 0.138 0.198 0.054 0.010 0.011 0.073 0.030 0.485 58 K 0.179 0.144 0.070 0.014 0.015 0.091 0.028 0.460 59 V 0.127 0.099 0.083 0.015 0.022 0.213 0.016 0.424 60 L 0.105 0.181 0.078 0.028 0.052 0.199 0.011 0.345 61 I 0.048 0.280 0.050 0.021 0.046 0.078 0.006 0.471 62 T 0.035 0.234 0.029 0.013 0.033 0.150 0.009 0.496 63 E 0.107 0.263 0.014 0.006 0.012 0.149 0.016 0.432 64 L 0.132 0.544 0.010 0.006 0.010 0.100 0.014 0.184 65 I 0.087 0.607 0.011 0.006 0.010 0.074 0.013 0.191 66 Q 0.045 0.678 0.010 0.004 0.010 0.037 0.008 0.208 67 H 0.054 0.645 0.008 0.003 0.008 0.041 0.011 0.229 68 S 0.039 0.735 0.005 0.003 0.004 0.046 0.011 0.157 69 A 0.061 0.798 0.004 0.003 0.005 0.016 0.011 0.102 70 K 0.056 0.830 0.008 0.005 0.007 0.016 0.010 0.069 71 H 0.096 0.713 0.012 0.009 0.012 0.024 0.028 0.107 72 K 0.188 0.557 0.020 0.012 0.018 0.021 0.024 0.160 73 V 0.185 0.369 0.038 0.041 0.044 0.041 0.037 0.244 74 D 0.113 0.127 0.033 0.057 0.050 0.048 0.028 0.544 75 I 0.100 0.055 0.070 0.054 0.080 0.061 0.013 0.567 76 D 0.037 0.049 0.030 0.092 0.124 0.203 0.011 0.453 77 C 0.073 0.020 0.027 0.039 0.062 0.072 0.019 0.687 78 S 0.063 0.010 0.022 0.027 0.031 0.490 0.028 0.330 79 Q 0.398 0.005 0.062 0.074 0.044 0.159 0.055 0.203 80 K 0.066 0.002 0.119 0.071 0.099 0.209 0.008 0.425 81 V 0.005 0.001 0.339 0.220 0.280 0.048 0.002 0.105 82 V 0.001 0.001 0.476 0.261 0.239 0.008 0.001 0.015 83 V 0.001 0.001 0.512 0.176 0.281 0.002 0.001 0.028 84 Y 0.001 0.001 0.765 0.080 0.132 0.003 0.001 0.019 85 D 0.001 0.001 0.517 0.165 0.227 0.011 0.001 0.079 86 Q 0.002 0.001 0.281 0.053 0.215 0.133 0.001 0.314 87 S 0.003 0.001 0.008 0.002 0.011 0.901 0.001 0.074 88 S 0.325 0.002 0.018 0.007 0.008 0.118 0.020 0.501 89 Q 0.054 0.003 0.020 0.004 0.006 0.634 0.006 0.274 90 D 0.044 0.007 0.007 0.007 0.017 0.398 0.008 0.512 91 V 0.132 0.081 0.021 0.018 0.099 0.089 0.005 0.555 92 A 0.026 0.046 0.010 0.013 0.040 0.518 0.006 0.341 93 S 0.190 0.092 0.007 0.008 0.016 0.322 0.018 0.346 94 L 0.321 0.409 0.011 0.010 0.017 0.039 0.011 0.182 95 S 0.083 0.321 0.027 0.019 0.030 0.152 0.020 0.348 96 S 0.092 0.192 0.022 0.009 0.021 0.124 0.018 0.522 97 D 0.100 0.296 0.012 0.005 0.014 0.112 0.011 0.450 98 C 0.050 0.307 0.010 0.004 0.007 0.114 0.008 0.499 99 F 0.029 0.500 0.006 0.002 0.003 0.178 0.005 0.276 100 L 0.014 0.885 0.004 0.002 0.003 0.029 0.002 0.063 101 T 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 102 V 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 L 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 104 L 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 105 G 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 106 K 0.027 0.944 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.012 107 L 0.064 0.854 0.007 0.002 0.003 0.003 0.025 0.042 108 E 0.066 0.778 0.019 0.005 0.007 0.010 0.022 0.093 109 K 0.089 0.546 0.032 0.011 0.009 0.036 0.044 0.234 110 S 0.304 0.143 0.028 0.007 0.006 0.035 0.089 0.388 111 F 0.262 0.130 0.147 0.017 0.018 0.047 0.044 0.336 112 N 0.012 0.028 0.117 0.021 0.020 0.123 0.010 0.669 113 S 0.034 0.019 0.080 0.024 0.033 0.141 0.010 0.658 114 V 0.138 0.038 0.249 0.039 0.065 0.089 0.008 0.374 115 H 0.016 0.025 0.718 0.087 0.055 0.028 0.005 0.065 116 L 0.011 0.029 0.374 0.052 0.078 0.037 0.005 0.414 117 L 0.013 0.040 0.603 0.076 0.145 0.027 0.005 0.092 118 A 0.016 0.065 0.205 0.042 0.078 0.140 0.008 0.447 119 G 0.083 0.029 0.086 0.016 0.030 0.111 0.029 0.617 120 G 0.265 0.023 0.039 0.007 0.010 0.172 0.019 0.464 121 F 0.084 0.088 0.104 0.016 0.044 0.097 0.012 0.556 122 A 0.021 0.090 0.020 0.010 0.033 0.168 0.006 0.652 123 E 0.062 0.273 0.010 0.009 0.019 0.200 0.009 0.418 124 F 0.076 0.725 0.006 0.004 0.009 0.021 0.006 0.153 125 S 0.035 0.840 0.007 0.006 0.010 0.014 0.009 0.080 126 R 0.114 0.702 0.008 0.008 0.009 0.011 0.033 0.115 127 C 0.304 0.409 0.021 0.009 0.013 0.017 0.103 0.125 128 F 0.291 0.265 0.041 0.024 0.028 0.020 0.059 0.273 129 P 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.985 130 G 0.006 0.008 0.013 0.017 0.021 0.038 0.003 0.894 131 L 0.226 0.023 0.051 0.031 0.051 0.064 0.012 0.543 132 C 0.161 0.048 0.095 0.115 0.112 0.118 0.011 0.339 133 E 0.054 0.032 0.079 0.097 0.088 0.058 0.007 0.585 134 G 0.041 0.024 0.043 0.064 0.094 0.058 0.011 0.666 135 K 0.071 0.011 0.026 0.032 0.052 0.106 0.010 0.692