# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.193 0.243 0.293 0.123 0.048 0.035 0.020 0.005 0.033 0.006 0.001 2 I 0.245 0.135 0.345 0.193 0.029 0.016 0.019 0.001 0.011 0.002 0.002 3 G 0.057 0.023 0.072 0.026 0.115 0.018 0.108 0.415 0.008 0.157 0.001 4 T 0.161 0.232 0.429 0.069 0.049 0.028 0.010 0.001 0.018 0.002 0.001 5 Q 0.227 0.219 0.375 0.053 0.032 0.050 0.015 0.003 0.021 0.002 0.004 6 I 0.236 0.318 0.285 0.042 0.030 0.064 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 7 V 0.267 0.306 0.223 0.061 0.027 0.091 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 8 T 0.594 0.059 0.214 0.037 0.028 0.030 0.005 0.001 0.029 0.002 0.001 9 E 0.972 0.002 0.016 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.971 0.003 0.007 0.013 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.983 0.004 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.963 0.002 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.925 0.007 0.021 0.034 0.001 0.004 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 16 E 0.877 0.005 0.020 0.072 0.001 0.005 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 17 S 0.334 0.012 0.059 0.526 0.005 0.006 0.045 0.006 0.006 0.001 0.001 18 G 0.063 0.003 0.027 0.059 0.024 0.005 0.104 0.603 0.002 0.110 0.001 19 T 0.115 0.131 0.575 0.070 0.039 0.015 0.016 0.002 0.030 0.007 0.001 20 E 0.403 0.033 0.430 0.066 0.015 0.012 0.009 0.006 0.002 0.004 0.017 21 K 0.094 0.270 0.230 0.244 0.041 0.027 0.041 0.013 0.036 0.001 0.002 22 V 0.004 0.847 0.105 0.005 0.029 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 23 L 0.008 0.696 0.237 0.003 0.014 0.030 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 24 L 0.008 0.475 0.448 0.005 0.008 0.034 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 25 I 0.028 0.730 0.113 0.011 0.057 0.024 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 26 D 0.054 0.220 0.424 0.038 0.044 0.121 0.025 0.003 0.064 0.003 0.004 27 S 0.223 0.288 0.164 0.147 0.070 0.060 0.020 0.008 0.014 0.004 0.002 28 R 0.024 0.365 0.310 0.008 0.096 0.018 0.004 0.001 0.172 0.003 0.001 29 P 0.096 0.008 0.817 0.009 0.004 0.026 0.002 0.001 0.006 0.001 0.031 30 F 0.673 0.033 0.188 0.053 0.015 0.018 0.006 0.004 0.005 0.002 0.002 31 V 0.730 0.076 0.100 0.050 0.016 0.017 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 32 E 0.618 0.091 0.077 0.138 0.019 0.028 0.015 0.002 0.011 0.001 0.001 33 Y 0.521 0.172 0.109 0.113 0.039 0.017 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 34 N 0.498 0.081 0.125 0.179 0.030 0.040 0.027 0.005 0.012 0.002 0.001 35 T 0.429 0.152 0.095 0.226 0.038 0.017 0.025 0.003 0.013 0.002 0.001 36 S 0.320 0.120 0.135 0.116 0.155 0.018 0.064 0.040 0.010 0.022 0.001 37 H 0.165 0.320 0.256 0.073 0.078 0.050 0.029 0.004 0.021 0.003 0.001 38 I 0.086 0.364 0.386 0.015 0.016 0.054 0.004 0.001 0.073 0.001 0.001 39 L 0.436 0.029 0.380 0.101 0.008 0.025 0.006 0.001 0.008 0.001 0.007 40 E 0.221 0.050 0.060 0.178 0.126 0.015 0.123 0.185 0.008 0.033 0.001 41 A 0.193 0.304 0.230 0.114 0.067 0.035 0.023 0.008 0.022 0.004 0.001 42 I 0.155 0.544 0.174 0.056 0.035 0.020 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 43 N 0.075 0.268 0.210 0.089 0.076 0.126 0.081 0.010 0.061 0.003 0.002 44 I 0.056 0.551 0.260 0.028 0.031 0.030 0.005 0.001 0.039 0.001 0.001 45 N 0.083 0.083 0.453 0.042 0.017 0.248 0.012 0.001 0.056 0.001 0.004 46 C 0.634 0.063 0.172 0.059 0.024 0.030 0.004 0.001 0.008 0.004 0.002 47 S 0.857 0.014 0.041 0.054 0.013 0.008 0.005 0.001 0.003 0.002 0.001 48 K 0.778 0.029 0.046 0.090 0.020 0.015 0.012 0.003 0.005 0.002 0.001 49 L 0.836 0.030 0.047 0.061 0.005 0.011 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 50 M 0.842 0.036 0.052 0.047 0.006 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 51 K 0.819 0.028 0.053 0.065 0.008 0.012 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 52 R 0.726 0.039 0.077 0.101 0.011 0.017 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 53 R 0.586 0.049 0.150 0.141 0.010 0.024 0.018 0.004 0.016 0.001 0.001 54 L 0.496 0.062 0.208 0.161 0.011 0.023 0.023 0.003 0.011 0.002 0.001 55 Q 0.479 0.057 0.153 0.229 0.017 0.019 0.026 0.007 0.009 0.003 0.001 56 Q 0.338 0.087 0.178 0.173 0.055 0.029 0.065 0.034 0.025 0.016 0.001 57 D 0.412 0.070 0.220 0.172 0.022 0.038 0.039 0.008 0.013 0.003 0.003 58 K 0.476 0.126 0.181 0.118 0.024 0.030 0.022 0.006 0.013 0.002 0.002 59 V 0.346 0.188 0.295 0.071 0.018 0.040 0.008 0.001 0.030 0.001 0.002 60 L 0.306 0.095 0.429 0.055 0.013 0.054 0.007 0.001 0.035 0.001 0.004 61 I 0.568 0.055 0.284 0.043 0.010 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.002 62 T 0.762 0.029 0.139 0.035 0.009 0.012 0.003 0.001 0.006 0.001 0.002 63 E 0.868 0.015 0.050 0.038 0.007 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 64 L 0.750 0.043 0.095 0.074 0.005 0.017 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 65 I 0.723 0.047 0.136 0.036 0.007 0.026 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 66 Q 0.875 0.010 0.060 0.031 0.003 0.013 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 67 H 0.908 0.008 0.021 0.046 0.003 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 68 S 0.873 0.013 0.025 0.068 0.006 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 69 A 0.890 0.016 0.025 0.052 0.004 0.006 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 70 K 0.833 0.026 0.044 0.073 0.005 0.008 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 71 H 0.671 0.042 0.058 0.167 0.017 0.013 0.022 0.004 0.005 0.001 0.001 72 K 0.450 0.110 0.141 0.214 0.021 0.023 0.022 0.004 0.014 0.001 0.001 73 V 0.313 0.217 0.222 0.164 0.021 0.022 0.025 0.002 0.012 0.001 0.001 74 D 0.128 0.105 0.176 0.128 0.060 0.095 0.216 0.042 0.040 0.010 0.001 75 I 0.159 0.490 0.226 0.060 0.025 0.017 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 76 D 0.150 0.106 0.303 0.163 0.029 0.134 0.046 0.005 0.055 0.004 0.005 77 C 0.374 0.115 0.116 0.180 0.072 0.022 0.047 0.030 0.010 0.033 0.001 78 S 0.160 0.145 0.177 0.316 0.068 0.024 0.068 0.011 0.020 0.009 0.003 79 Q 0.051 0.346 0.386 0.066 0.074 0.011 0.032 0.006 0.021 0.005 0.002 80 K 0.023 0.244 0.621 0.024 0.017 0.020 0.016 0.002 0.028 0.001 0.005 81 V 0.002 0.831 0.129 0.002 0.026 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 82 V 0.003 0.749 0.199 0.001 0.015 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 V 0.005 0.709 0.210 0.003 0.020 0.032 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 84 Y 0.019 0.738 0.103 0.010 0.079 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 85 D 0.040 0.231 0.395 0.047 0.062 0.094 0.022 0.002 0.099 0.006 0.002 86 Q 0.446 0.113 0.186 0.117 0.049 0.032 0.020 0.013 0.011 0.010 0.002 87 S 0.250 0.095 0.147 0.341 0.060 0.026 0.044 0.010 0.012 0.015 0.001 88 S 0.267 0.049 0.114 0.119 0.138 0.020 0.081 0.087 0.012 0.111 0.001 89 Q 0.524 0.060 0.144 0.133 0.035 0.021 0.047 0.013 0.010 0.011 0.001 90 D 0.301 0.090 0.137 0.263 0.030 0.080 0.058 0.011 0.025 0.004 0.001 91 V 0.647 0.088 0.112 0.093 0.012 0.025 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 92 A 0.778 0.037 0.070 0.075 0.010 0.014 0.008 0.001 0.005 0.001 0.001 93 S 0.650 0.042 0.067 0.143 0.018 0.031 0.026 0.007 0.014 0.002 0.001 94 L 0.540 0.047 0.104 0.245 0.009 0.024 0.019 0.001 0.009 0.001 0.001 95 S 0.559 0.055 0.127 0.163 0.035 0.015 0.024 0.005 0.009 0.009 0.001 96 S 0.795 0.031 0.073 0.045 0.024 0.013 0.010 0.003 0.002 0.004 0.001 97 D 0.845 0.012 0.029 0.078 0.007 0.016 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 98 C 0.969 0.005 0.010 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.992 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.935 0.002 0.003 0.055 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.843 0.008 0.030 0.103 0.001 0.006 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 108 E 0.838 0.007 0.032 0.102 0.001 0.006 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 109 K 0.545 0.019 0.060 0.313 0.007 0.008 0.037 0.005 0.004 0.001 0.001 110 S 0.234 0.017 0.052 0.202 0.042 0.016 0.146 0.242 0.006 0.044 0.001 111 F 0.203 0.144 0.340 0.201 0.029 0.021 0.028 0.003 0.027 0.004 0.001 112 N 0.277 0.094 0.331 0.137 0.048 0.025 0.053 0.014 0.010 0.008 0.003 113 S 0.112 0.306 0.257 0.158 0.056 0.042 0.037 0.008 0.022 0.002 0.001 114 V 0.025 0.732 0.186 0.014 0.025 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 115 H 0.027 0.738 0.142 0.005 0.046 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 116 L 0.055 0.481 0.317 0.015 0.026 0.073 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 117 L 0.108 0.473 0.263 0.037 0.033 0.043 0.003 0.001 0.038 0.001 0.001 118 A 0.189 0.195 0.304 0.150 0.059 0.033 0.032 0.002 0.031 0.004 0.001 119 G 0.051 0.009 0.074 0.031 0.105 0.008 0.127 0.315 0.005 0.274 0.001 120 G 0.154 0.017 0.156 0.033 0.145 0.020 0.032 0.133 0.005 0.304 0.001 121 F 0.601 0.081 0.180 0.051 0.030 0.037 0.005 0.001 0.011 0.002 0.002 122 A 0.894 0.015 0.039 0.026 0.007 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 123 E 0.895 0.015 0.019 0.044 0.009 0.011 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 124 F 0.891 0.020 0.023 0.039 0.005 0.011 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 125 S 0.929 0.011 0.017 0.028 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 126 R 0.876 0.010 0.016 0.077 0.003 0.009 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 127 C 0.522 0.018 0.029 0.393 0.005 0.009 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 128 F 0.089 0.097 0.327 0.044 0.071 0.018 0.063 0.009 0.263 0.019 0.001 129 P 0.318 0.004 0.622 0.026 0.002 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.016 130 G 0.363 0.044 0.201 0.126 0.035 0.027 0.036 0.145 0.008 0.014 0.001 131 L 0.167 0.179 0.465 0.123 0.018 0.023 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 132 C 0.121 0.441 0.260 0.057 0.064 0.022 0.010 0.001 0.018 0.003 0.001 133 E 0.108 0.221 0.411 0.114 0.069 0.034 0.017 0.002 0.020 0.003 0.002 134 G 0.047 0.026 0.123 0.023 0.129 0.020 0.056 0.302 0.016 0.258 0.001 135 K 0.208 0.138 0.406 0.108 0.047 0.038 0.018 0.006 0.019 0.009 0.003