# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.182 0.088 0.055 0.044 0.187 0.033 0.037 0.094 0.059 0.112 0.108 2 I 0.033 0.255 0.156 0.105 0.099 0.090 0.087 0.078 0.043 0.037 0.017 3 G 0.092 0.094 0.100 0.098 0.093 0.033 0.032 0.057 0.051 0.237 0.113 4 T 0.122 0.264 0.078 0.016 0.253 0.008 0.013 0.075 0.077 0.052 0.043 5 Q 0.088 0.298 0.057 0.008 0.260 0.028 0.043 0.108 0.055 0.025 0.030 6 I 0.229 0.153 0.024 0.004 0.375 0.006 0.023 0.102 0.024 0.023 0.038 7 V 0.100 0.236 0.053 0.017 0.146 0.025 0.020 0.162 0.053 0.114 0.075 8 T 0.067 0.151 0.093 0.006 0.192 0.006 0.003 0.394 0.066 0.012 0.010 9 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.856 0.129 0.003 0.001 10 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.946 0.032 0.010 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.044 0.003 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.082 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.957 0.040 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.915 0.050 0.005 0.001 15 L 0.004 0.015 0.005 0.001 0.006 0.001 0.015 0.679 0.238 0.031 0.003 16 E 0.008 0.008 0.006 0.002 0.006 0.012 0.096 0.596 0.129 0.108 0.030 17 S 0.008 0.549 0.202 0.011 0.039 0.012 0.103 0.041 0.021 0.012 0.003 18 G 0.039 0.018 0.025 0.035 0.014 0.027 0.021 0.018 0.025 0.514 0.263 19 T 0.115 0.267 0.136 0.023 0.299 0.009 0.013 0.024 0.034 0.051 0.029 20 E 0.068 0.092 0.038 0.026 0.076 0.100 0.118 0.146 0.172 0.099 0.064 21 K 0.109 0.126 0.030 0.016 0.306 0.021 0.156 0.038 0.039 0.129 0.029 22 V 0.335 0.031 0.001 0.001 0.616 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.010 23 L 0.103 0.065 0.003 0.001 0.804 0.006 0.009 0.002 0.001 0.001 0.004 24 L 0.372 0.010 0.001 0.001 0.607 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 25 I 0.215 0.136 0.015 0.006 0.518 0.006 0.003 0.002 0.002 0.011 0.086 26 D 0.247 0.096 0.015 0.005 0.545 0.004 0.008 0.003 0.002 0.014 0.060 27 S 0.175 0.166 0.042 0.022 0.203 0.011 0.021 0.025 0.052 0.153 0.128 28 R 0.049 0.384 0.221 0.038 0.180 0.024 0.025 0.017 0.014 0.031 0.016 29 P 0.065 0.470 0.198 0.009 0.182 0.005 0.007 0.026 0.016 0.010 0.013 30 F 0.061 0.077 0.017 0.007 0.075 0.010 0.027 0.387 0.276 0.037 0.027 31 V 0.018 0.038 0.016 0.005 0.038 0.018 0.049 0.552 0.225 0.029 0.011 32 E 0.073 0.054 0.015 0.005 0.101 0.011 0.047 0.464 0.102 0.095 0.032 33 Y 0.106 0.083 0.028 0.014 0.120 0.019 0.040 0.335 0.094 0.109 0.052 34 N 0.062 0.072 0.055 0.028 0.088 0.048 0.050 0.328 0.127 0.104 0.039 35 T 0.029 0.109 0.040 0.022 0.064 0.034 0.098 0.277 0.183 0.125 0.019 36 S 0.048 0.099 0.083 0.035 0.082 0.035 0.077 0.213 0.108 0.185 0.035 37 H 0.083 0.116 0.056 0.013 0.119 0.010 0.033 0.174 0.101 0.237 0.057 38 I 0.174 0.152 0.070 0.031 0.210 0.025 0.024 0.120 0.077 0.051 0.066 39 L 0.020 0.112 0.057 0.082 0.042 0.188 0.122 0.213 0.126 0.028 0.010 40 E 0.046 0.041 0.029 0.022 0.058 0.013 0.042 0.098 0.084 0.488 0.078 41 A 0.261 0.135 0.028 0.003 0.379 0.004 0.007 0.069 0.041 0.037 0.036 42 I 0.078 0.261 0.032 0.006 0.392 0.031 0.038 0.080 0.035 0.021 0.026 43 N 0.290 0.088 0.037 0.012 0.239 0.013 0.019 0.040 0.026 0.096 0.140 44 I 0.030 0.382 0.188 0.029 0.142 0.032 0.039 0.081 0.031 0.031 0.015 45 N 0.106 0.375 0.177 0.014 0.192 0.005 0.009 0.042 0.012 0.031 0.037 46 C 0.023 0.043 0.011 0.004 0.042 0.005 0.009 0.480 0.332 0.036 0.013 47 S 0.005 0.016 0.007 0.004 0.011 0.010 0.018 0.731 0.176 0.019 0.003 48 K 0.008 0.010 0.004 0.001 0.015 0.002 0.011 0.763 0.132 0.048 0.005 49 L 0.015 0.007 0.002 0.001 0.014 0.002 0.015 0.784 0.117 0.035 0.008 50 M 0.010 0.018 0.007 0.003 0.017 0.006 0.016 0.703 0.182 0.033 0.005 51 K 0.012 0.031 0.013 0.004 0.025 0.008 0.045 0.652 0.145 0.056 0.008 52 R 0.024 0.082 0.041 0.005 0.071 0.008 0.052 0.469 0.160 0.074 0.014 53 R 0.043 0.073 0.034 0.006 0.076 0.011 0.050 0.413 0.165 0.101 0.027 54 L 0.048 0.083 0.034 0.009 0.079 0.013 0.063 0.390 0.154 0.098 0.029 55 Q 0.038 0.107 0.060 0.024 0.068 0.025 0.074 0.298 0.140 0.133 0.034 56 Q 0.040 0.142 0.098 0.033 0.082 0.023 0.044 0.237 0.142 0.124 0.035 57 D 0.034 0.116 0.051 0.015 0.083 0.015 0.035 0.263 0.203 0.152 0.034 58 K 0.041 0.088 0.033 0.007 0.094 0.009 0.037 0.317 0.198 0.147 0.029 59 V 0.051 0.195 0.069 0.008 0.137 0.011 0.037 0.263 0.112 0.091 0.026 60 L 0.085 0.278 0.108 0.007 0.178 0.006 0.017 0.177 0.062 0.054 0.029 61 I 0.032 0.134 0.043 0.005 0.075 0.008 0.015 0.448 0.196 0.032 0.013 62 T 0.011 0.046 0.016 0.003 0.034 0.006 0.023 0.642 0.193 0.022 0.005 63 E 0.009 0.015 0.005 0.001 0.016 0.003 0.021 0.727 0.153 0.045 0.006 64 L 0.016 0.019 0.007 0.002 0.023 0.003 0.018 0.706 0.130 0.065 0.011 65 I 0.018 0.043 0.015 0.003 0.033 0.005 0.014 0.718 0.106 0.035 0.010 66 Q 0.007 0.018 0.006 0.002 0.014 0.004 0.017 0.784 0.121 0.023 0.004 67 H 0.006 0.013 0.006 0.002 0.013 0.004 0.022 0.772 0.129 0.029 0.004 68 S 0.011 0.012 0.004 0.001 0.018 0.003 0.014 0.760 0.123 0.047 0.008 69 A 0.012 0.013 0.005 0.002 0.019 0.003 0.016 0.755 0.136 0.031 0.008 70 K 0.014 0.022 0.007 0.003 0.024 0.012 0.040 0.699 0.132 0.039 0.008 71 H 0.023 0.092 0.028 0.005 0.054 0.008 0.047 0.534 0.122 0.070 0.017 72 K 0.062 0.039 0.024 0.007 0.068 0.013 0.040 0.358 0.131 0.183 0.076 73 V 0.019 0.557 0.144 0.011 0.097 0.014 0.036 0.065 0.027 0.022 0.010 74 D 0.136 0.065 0.043 0.022 0.131 0.015 0.023 0.074 0.041 0.256 0.193 75 I 0.080 0.323 0.106 0.022 0.216 0.014 0.022 0.087 0.076 0.037 0.018 76 D 0.105 0.159 0.235 0.050 0.157 0.063 0.037 0.080 0.043 0.038 0.033 77 C 0.048 0.073 0.040 0.019 0.073 0.024 0.133 0.296 0.237 0.040 0.018 78 S 0.109 0.088 0.046 0.018 0.115 0.024 0.043 0.070 0.057 0.322 0.108 79 Q 0.096 0.317 0.043 0.006 0.357 0.017 0.054 0.020 0.015 0.040 0.034 80 K 0.266 0.045 0.002 0.001 0.652 0.003 0.015 0.003 0.002 0.003 0.009 81 V 0.201 0.045 0.002 0.001 0.739 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 82 V 0.227 0.040 0.002 0.001 0.716 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 83 V 0.377 0.034 0.002 0.001 0.561 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 84 Y 0.217 0.146 0.014 0.011 0.422 0.011 0.005 0.002 0.002 0.017 0.153 85 D 0.206 0.157 0.097 0.028 0.389 0.014 0.010 0.005 0.006 0.023 0.064 86 Q 0.054 0.078 0.052 0.038 0.085 0.042 0.099 0.167 0.221 0.127 0.036 87 S 0.054 0.204 0.129 0.047 0.117 0.036 0.055 0.064 0.070 0.193 0.031 88 S 0.082 0.280 0.166 0.021 0.235 0.014 0.013 0.044 0.041 0.064 0.040 89 Q 0.027 0.104 0.061 0.022 0.049 0.037 0.084 0.271 0.235 0.087 0.022 90 D 0.062 0.131 0.063 0.021 0.098 0.015 0.051 0.231 0.114 0.172 0.043 91 V 0.062 0.064 0.019 0.014 0.086 0.011 0.022 0.344 0.215 0.122 0.041 92 A 0.020 0.049 0.033 0.016 0.037 0.025 0.048 0.522 0.171 0.064 0.015 93 S 0.041 0.057 0.027 0.009 0.064 0.011 0.038 0.447 0.130 0.151 0.026 94 L 0.061 0.079 0.029 0.012 0.087 0.014 0.037 0.398 0.121 0.124 0.038 95 S 0.030 0.072 0.038 0.013 0.057 0.020 0.033 0.539 0.108 0.071 0.021 96 S 0.012 0.053 0.023 0.005 0.023 0.009 0.023 0.676 0.105 0.062 0.009 97 D 0.007 0.015 0.007 0.001 0.011 0.002 0.005 0.838 0.083 0.027 0.004 98 C 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.936 0.052 0.003 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.022 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.019 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.973 0.018 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.903 0.082 0.004 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.885 0.099 0.004 0.001 106 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.031 0.827 0.099 0.032 0.002 107 L 0.021 0.026 0.011 0.002 0.025 0.004 0.047 0.608 0.177 0.066 0.014 108 E 0.021 0.037 0.021 0.008 0.030 0.023 0.067 0.522 0.164 0.081 0.025 109 K 0.020 0.119 0.066 0.024 0.033 0.033 0.195 0.278 0.133 0.082 0.015 110 S 0.045 0.044 0.050 0.027 0.034 0.020 0.045 0.093 0.047 0.474 0.122 111 F 0.128 0.188 0.060 0.022 0.249 0.013 0.020 0.095 0.070 0.102 0.054 112 N 0.037 0.060 0.034 0.055 0.042 0.125 0.084 0.278 0.156 0.092 0.036 113 S 0.096 0.100 0.039 0.029 0.204 0.016 0.057 0.147 0.085 0.186 0.042 114 V 0.357 0.061 0.007 0.002 0.468 0.002 0.004 0.043 0.019 0.009 0.029 115 H 0.134 0.161 0.021 0.004 0.514 0.019 0.030 0.073 0.017 0.010 0.019 116 L 0.377 0.086 0.014 0.004 0.374 0.007 0.013 0.032 0.012 0.020 0.061 117 L 0.143 0.077 0.054 0.066 0.148 0.058 0.068 0.129 0.045 0.093 0.118 118 A 0.041 0.100 0.073 0.149 0.065 0.118 0.161 0.136 0.056 0.075 0.026 119 G 0.021 0.094 0.129 0.212 0.035 0.060 0.044 0.097 0.054 0.217 0.038 120 G 0.056 0.208 0.101 0.039 0.075 0.010 0.012 0.144 0.057 0.233 0.064 121 F 0.024 0.030 0.008 0.003 0.043 0.004 0.004 0.582 0.266 0.026 0.011 122 A 0.003 0.004 0.002 0.002 0.004 0.008 0.013 0.745 0.209 0.007 0.002 123 E 0.005 0.006 0.003 0.001 0.008 0.002 0.010 0.819 0.106 0.036 0.003 124 F 0.021 0.008 0.003 0.002 0.015 0.002 0.018 0.705 0.176 0.040 0.009 125 S 0.007 0.015 0.007 0.002 0.017 0.006 0.014 0.593 0.310 0.025 0.004 126 R 0.009 0.024 0.009 0.002 0.018 0.007 0.125 0.608 0.155 0.039 0.005 127 C 0.034 0.069 0.063 0.010 0.053 0.015 0.215 0.197 0.098 0.221 0.024 128 F 0.084 0.298 0.232 0.030 0.189 0.010 0.013 0.026 0.019 0.055 0.044 129 P 0.016 0.148 0.077 0.125 0.028 0.082 0.086 0.175 0.191 0.052 0.019 130 G 0.054 0.096 0.068 0.047 0.102 0.016 0.050 0.087 0.090 0.324 0.066 131 L 0.156 0.145 0.053 0.009 0.213 0.008 0.021 0.109 0.079 0.108 0.100 132 C 0.101 0.172 0.133 0.035 0.174 0.049 0.078 0.107 0.043 0.061 0.047 133 E 0.031 0.177 0.142 0.222 0.052 0.099 0.100 0.059 0.043 0.052 0.021 134 G 0.036 0.056 0.151 0.351 0.042 0.043 0.016 0.027 0.025 0.181 0.072 135 K 0.068 0.200 0.139 0.050 0.167 0.021 0.029 0.107 0.088 0.090 0.043