# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.473 0.206 0.137 0.107 0.057 0.018 0.002 2 I 0.574 0.237 0.112 0.053 0.019 0.005 0.001 3 G 0.539 0.263 0.124 0.054 0.014 0.005 0.001 4 T 0.251 0.199 0.212 0.190 0.112 0.034 0.002 5 Q 0.336 0.402 0.167 0.066 0.023 0.006 0.001 6 I 0.067 0.160 0.274 0.292 0.150 0.052 0.004 7 V 0.050 0.068 0.139 0.245 0.321 0.164 0.013 8 T 0.111 0.237 0.253 0.255 0.116 0.027 0.001 9 E 0.464 0.419 0.080 0.024 0.012 0.002 0.001 10 R 0.137 0.374 0.266 0.176 0.040 0.006 0.001 11 L 0.014 0.039 0.099 0.204 0.453 0.185 0.007 12 V 0.043 0.194 0.382 0.284 0.084 0.013 0.001 13 A 0.298 0.485 0.161 0.043 0.012 0.002 0.001 14 L 0.027 0.093 0.273 0.431 0.151 0.026 0.001 15 L 0.045 0.081 0.273 0.296 0.269 0.036 0.001 16 E 0.511 0.419 0.058 0.009 0.001 0.001 0.001 17 S 0.707 0.265 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 18 G 0.497 0.317 0.128 0.048 0.009 0.001 0.001 19 T 0.548 0.345 0.081 0.021 0.004 0.001 0.001 20 E 0.330 0.425 0.168 0.061 0.015 0.001 0.001 21 K 0.061 0.284 0.357 0.210 0.076 0.011 0.001 22 V 0.002 0.008 0.027 0.092 0.410 0.426 0.035 23 L 0.001 0.007 0.040 0.132 0.268 0.454 0.098 24 L 0.001 0.001 0.002 0.007 0.038 0.364 0.588 25 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.230 0.738 26 D 0.001 0.001 0.003 0.008 0.047 0.234 0.707 27 S 0.001 0.002 0.007 0.021 0.077 0.377 0.516 28 R 0.005 0.026 0.070 0.170 0.289 0.339 0.103 29 P 0.035 0.120 0.159 0.213 0.257 0.193 0.023 30 F 0.058 0.155 0.243 0.249 0.206 0.083 0.005 31 V 0.250 0.386 0.171 0.110 0.064 0.018 0.001 32 E 0.199 0.343 0.216 0.143 0.080 0.019 0.001 33 Y 0.078 0.092 0.174 0.319 0.263 0.070 0.004 34 N 0.413 0.373 0.143 0.050 0.017 0.003 0.001 35 T 0.400 0.324 0.184 0.076 0.014 0.003 0.001 36 S 0.284 0.300 0.189 0.147 0.063 0.016 0.001 37 H 0.044 0.100 0.170 0.297 0.246 0.130 0.014 38 I 0.038 0.052 0.085 0.154 0.274 0.309 0.087 39 L 0.080 0.166 0.250 0.230 0.161 0.091 0.021 40 E 0.071 0.144 0.195 0.233 0.184 0.123 0.050 41 A 0.021 0.030 0.052 0.097 0.203 0.366 0.230 42 I 0.019 0.041 0.063 0.107 0.213 0.355 0.201 43 N 0.039 0.088 0.125 0.180 0.207 0.225 0.135 44 I 0.022 0.035 0.059 0.122 0.234 0.355 0.174 45 N 0.052 0.108 0.143 0.193 0.224 0.201 0.079 46 C 0.036 0.063 0.101 0.174 0.282 0.268 0.076 47 S 0.168 0.312 0.248 0.161 0.080 0.028 0.004 48 K 0.133 0.279 0.274 0.200 0.080 0.030 0.003 49 L 0.047 0.067 0.114 0.232 0.344 0.178 0.018 50 M 0.088 0.156 0.254 0.285 0.162 0.053 0.003 51 K 0.341 0.329 0.193 0.096 0.031 0.009 0.001 52 R 0.338 0.275 0.182 0.132 0.059 0.013 0.001 53 R 0.288 0.261 0.203 0.156 0.069 0.021 0.001 54 L 0.241 0.209 0.253 0.188 0.082 0.026 0.001 55 Q 0.496 0.261 0.145 0.069 0.022 0.006 0.001 56 Q 0.528 0.251 0.120 0.066 0.027 0.008 0.001 57 D 0.408 0.248 0.154 0.114 0.055 0.018 0.002 58 K 0.298 0.282 0.189 0.138 0.065 0.025 0.002 59 V 0.195 0.266 0.206 0.175 0.106 0.047 0.005 60 L 0.082 0.122 0.162 0.245 0.239 0.137 0.014 61 I 0.106 0.155 0.206 0.244 0.181 0.098 0.009 62 T 0.281 0.257 0.202 0.142 0.082 0.033 0.004 63 E 0.369 0.272 0.164 0.116 0.056 0.020 0.003 64 L 0.170 0.171 0.219 0.230 0.144 0.060 0.006 65 I 0.222 0.222 0.226 0.188 0.095 0.044 0.003 66 Q 0.367 0.259 0.165 0.119 0.064 0.024 0.002 67 H 0.456 0.264 0.136 0.089 0.041 0.013 0.001 68 S 0.428 0.259 0.157 0.098 0.043 0.014 0.001 69 A 0.244 0.215 0.234 0.187 0.091 0.028 0.002 70 K 0.355 0.280 0.201 0.108 0.043 0.012 0.001 71 H 0.265 0.270 0.211 0.161 0.071 0.021 0.001 72 K 0.228 0.242 0.246 0.187 0.073 0.023 0.001 73 V 0.139 0.165 0.270 0.269 0.125 0.032 0.001 74 D 0.478 0.383 0.099 0.027 0.010 0.002 0.001 75 I 0.098 0.133 0.244 0.346 0.145 0.033 0.001 76 D 0.293 0.329 0.222 0.102 0.046 0.009 0.001 77 C 0.245 0.307 0.248 0.150 0.043 0.008 0.001 78 S 0.311 0.412 0.147 0.068 0.051 0.010 0.001 79 Q 0.027 0.134 0.169 0.344 0.240 0.081 0.004 80 K 0.002 0.022 0.117 0.320 0.342 0.185 0.011 81 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.072 0.621 0.297 82 V 0.001 0.001 0.006 0.023 0.093 0.379 0.498 83 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.034 0.267 0.690 84 Y 0.001 0.002 0.008 0.022 0.108 0.349 0.511 85 D 0.001 0.004 0.012 0.033 0.165 0.479 0.307 86 Q 0.018 0.094 0.195 0.261 0.239 0.155 0.038 87 S 0.057 0.139 0.220 0.262 0.182 0.123 0.017 88 S 0.167 0.161 0.179 0.217 0.174 0.092 0.010 89 Q 0.299 0.229 0.190 0.147 0.079 0.049 0.006 90 D 0.289 0.268 0.181 0.142 0.073 0.042 0.006 91 V 0.298 0.187 0.160 0.155 0.125 0.064 0.011 92 A 0.425 0.260 0.143 0.096 0.046 0.024 0.006 93 S 0.351 0.247 0.166 0.109 0.073 0.041 0.014 94 L 0.190 0.144 0.148 0.184 0.174 0.118 0.044 95 S 0.189 0.211 0.153 0.152 0.150 0.109 0.036 96 S 0.084 0.126 0.146 0.172 0.179 0.200 0.094 97 D 0.034 0.058 0.083 0.139 0.224 0.305 0.157 98 C 0.025 0.048 0.085 0.149 0.241 0.306 0.147 99 F 0.013 0.032 0.075 0.123 0.234 0.283 0.240 100 L 0.001 0.003 0.006 0.015 0.059 0.347 0.569 101 T 0.003 0.010 0.028 0.088 0.193 0.385 0.292 102 V 0.007 0.039 0.104 0.177 0.242 0.307 0.124 103 L 0.004 0.018 0.061 0.152 0.311 0.351 0.102 104 L 0.002 0.007 0.015 0.052 0.201 0.565 0.158 105 G 0.024 0.137 0.268 0.305 0.206 0.057 0.003 106 K 0.111 0.337 0.288 0.178 0.065 0.020 0.001 107 L 0.035 0.095 0.192 0.333 0.264 0.079 0.002 108 E 0.165 0.232 0.294 0.220 0.075 0.014 0.001 109 K 0.358 0.390 0.175 0.061 0.013 0.002 0.001 110 S 0.403 0.399 0.115 0.056 0.023 0.004 0.001 111 F 0.035 0.078 0.192 0.387 0.238 0.068 0.003 112 N 0.196 0.413 0.237 0.105 0.040 0.010 0.001 113 S 0.053 0.211 0.327 0.274 0.102 0.030 0.004 114 V 0.005 0.013 0.029 0.091 0.357 0.433 0.073 115 H 0.005 0.055 0.178 0.349 0.264 0.136 0.013 116 L 0.004 0.021 0.053 0.125 0.265 0.381 0.151 117 L 0.002 0.010 0.028 0.078 0.244 0.477 0.161 118 A 0.011 0.071 0.194 0.338 0.246 0.120 0.019 119 G 0.020 0.115 0.231 0.262 0.229 0.121 0.022 120 G 0.004 0.019 0.038 0.107 0.294 0.445 0.093 121 F 0.006 0.024 0.064 0.163 0.327 0.353 0.062 122 A 0.049 0.231 0.374 0.246 0.068 0.029 0.003 123 E 0.064 0.186 0.331 0.273 0.113 0.029 0.003 124 F 0.020 0.025 0.037 0.121 0.344 0.396 0.056 125 S 0.058 0.163 0.234 0.298 0.174 0.069 0.004 126 R 0.235 0.361 0.229 0.116 0.038 0.018 0.002 127 C 0.123 0.200 0.229 0.262 0.140 0.043 0.004 128 F 0.118 0.136 0.163 0.231 0.238 0.106 0.009 129 P 0.228 0.266 0.226 0.159 0.087 0.031 0.002 130 G 0.358 0.381 0.155 0.069 0.029 0.008 0.001 131 L 0.109 0.114 0.180 0.288 0.221 0.084 0.005 132 C 0.244 0.242 0.234 0.172 0.085 0.022 0.001 133 E 0.672 0.233 0.065 0.022 0.006 0.002 0.001 134 G 0.753 0.166 0.053 0.021 0.006 0.001 0.001 135 K 0.724 0.192 0.054 0.022 0.006 0.002 0.001