# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2430 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.092 0.103 0.114 0.134 0.124 0.097 0.068 0.050 0.029 0.015 0.007 0.003 0.001 2 I 0.168 0.102 0.099 0.129 0.132 0.122 0.091 0.070 0.038 0.025 0.014 0.006 0.003 0.001 3 G 0.207 0.153 0.139 0.144 0.129 0.081 0.059 0.035 0.026 0.013 0.010 0.004 0.001 0.001 4 T 0.103 0.077 0.105 0.132 0.148 0.152 0.110 0.066 0.049 0.031 0.018 0.006 0.003 0.001 5 Q 0.346 0.179 0.133 0.115 0.085 0.058 0.038 0.022 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 6 I 0.156 0.124 0.134 0.155 0.150 0.106 0.076 0.055 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 7 V 0.040 0.035 0.054 0.109 0.161 0.215 0.164 0.096 0.073 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 8 T 0.129 0.160 0.222 0.177 0.143 0.083 0.047 0.019 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 9 E 0.644 0.199 0.088 0.035 0.019 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.149 0.217 0.191 0.195 0.131 0.064 0.032 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.011 0.012 0.025 0.069 0.150 0.213 0.192 0.169 0.130 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 12 V 0.094 0.176 0.202 0.285 0.140 0.057 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.782 0.180 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.029 0.062 0.126 0.226 0.311 0.142 0.063 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.026 0.034 0.085 0.180 0.253 0.181 0.153 0.064 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.557 0.265 0.105 0.049 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.584 0.252 0.091 0.053 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.316 0.337 0.193 0.090 0.038 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.282 0.319 0.202 0.087 0.056 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.089 0.126 0.133 0.142 0.188 0.147 0.095 0.043 0.019 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 21 K 0.009 0.025 0.049 0.106 0.206 0.180 0.161 0.088 0.070 0.048 0.034 0.013 0.006 0.005 22 V 0.001 0.002 0.004 0.010 0.022 0.047 0.095 0.148 0.184 0.155 0.139 0.111 0.056 0.027 23 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.017 0.036 0.085 0.131 0.183 0.193 0.192 0.092 0.059 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.032 0.065 0.145 0.236 0.276 0.154 0.079 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.037 0.084 0.159 0.215 0.258 0.145 0.084 26 D 0.001 0.001 0.003 0.008 0.017 0.030 0.064 0.156 0.173 0.191 0.165 0.097 0.046 0.049 27 S 0.001 0.001 0.002 0.005 0.013 0.036 0.064 0.170 0.206 0.196 0.170 0.077 0.036 0.021 28 R 0.005 0.020 0.038 0.075 0.133 0.164 0.140 0.165 0.126 0.079 0.030 0.014 0.006 0.004 29 P 0.049 0.102 0.106 0.140 0.193 0.115 0.089 0.076 0.066 0.036 0.018 0.007 0.002 0.002 30 F 0.043 0.087 0.143 0.166 0.168 0.143 0.110 0.071 0.042 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 31 V 0.187 0.167 0.162 0.148 0.134 0.093 0.050 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 32 E 0.255 0.189 0.178 0.147 0.129 0.046 0.026 0.016 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.143 0.080 0.100 0.154 0.167 0.144 0.094 0.068 0.027 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 34 N 0.296 0.199 0.165 0.129 0.102 0.052 0.028 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 35 T 0.256 0.146 0.151 0.157 0.134 0.070 0.038 0.020 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 36 S 0.265 0.178 0.131 0.147 0.108 0.072 0.041 0.023 0.019 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 37 H 0.102 0.094 0.109 0.140 0.140 0.131 0.099 0.087 0.050 0.023 0.016 0.005 0.002 0.001 38 I 0.028 0.031 0.039 0.073 0.127 0.147 0.154 0.172 0.097 0.065 0.040 0.018 0.008 0.003 39 L 0.053 0.049 0.069 0.097 0.104 0.135 0.134 0.113 0.085 0.063 0.051 0.025 0.014 0.007 40 E 0.071 0.049 0.079 0.089 0.133 0.115 0.109 0.087 0.090 0.067 0.048 0.035 0.014 0.014 41 A 0.019 0.011 0.015 0.026 0.051 0.074 0.087 0.135 0.151 0.147 0.113 0.089 0.065 0.017 42 I 0.022 0.023 0.031 0.079 0.087 0.132 0.168 0.113 0.098 0.093 0.070 0.045 0.023 0.016 43 N 0.032 0.038 0.062 0.091 0.129 0.139 0.156 0.095 0.093 0.063 0.059 0.027 0.008 0.009 44 I 0.057 0.032 0.047 0.069 0.099 0.140 0.119 0.120 0.108 0.081 0.068 0.033 0.020 0.007 45 N 0.065 0.086 0.091 0.169 0.159 0.122 0.116 0.079 0.057 0.026 0.016 0.008 0.003 0.002 46 C 0.027 0.026 0.038 0.070 0.106 0.162 0.148 0.147 0.144 0.079 0.035 0.011 0.004 0.001 47 S 0.246 0.214 0.171 0.144 0.097 0.057 0.033 0.018 0.010 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 48 K 0.459 0.255 0.153 0.065 0.034 0.015 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 L 0.093 0.076 0.110 0.153 0.205 0.159 0.103 0.059 0.029 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 50 M 0.140 0.129 0.156 0.175 0.161 0.101 0.074 0.039 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 51 K 0.578 0.210 0.106 0.052 0.029 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.472 0.202 0.140 0.086 0.056 0.025 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.335 0.140 0.144 0.134 0.129 0.061 0.029 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.315 0.135 0.120 0.150 0.134 0.073 0.036 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.578 0.160 0.101 0.073 0.043 0.023 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.487 0.167 0.133 0.089 0.060 0.031 0.016 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.348 0.165 0.134 0.124 0.105 0.058 0.032 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 58 K 0.312 0.166 0.138 0.122 0.102 0.068 0.042 0.025 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 59 V 0.245 0.132 0.123 0.130 0.121 0.095 0.068 0.045 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 60 L 0.108 0.078 0.094 0.136 0.160 0.144 0.109 0.082 0.043 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 61 I 0.119 0.088 0.106 0.142 0.152 0.131 0.091 0.074 0.044 0.030 0.015 0.006 0.002 0.001 62 T 0.353 0.170 0.138 0.116 0.084 0.056 0.034 0.021 0.012 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 63 E 0.398 0.172 0.138 0.105 0.079 0.047 0.028 0.015 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 64 L 0.184 0.104 0.119 0.160 0.162 0.110 0.074 0.046 0.023 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 65 I 0.274 0.153 0.156 0.151 0.112 0.071 0.043 0.020 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 66 Q 0.543 0.167 0.127 0.072 0.046 0.023 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 H 0.623 0.161 0.092 0.059 0.037 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.491 0.205 0.123 0.087 0.055 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.403 0.146 0.125 0.115 0.102 0.057 0.029 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.450 0.173 0.148 0.109 0.068 0.026 0.014 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.671 0.143 0.080 0.047 0.027 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.361 0.168 0.138 0.134 0.123 0.039 0.018 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.168 0.085 0.095 0.171 0.165 0.146 0.082 0.055 0.016 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 74 D 0.396 0.208 0.148 0.110 0.084 0.030 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.149 0.091 0.138 0.246 0.171 0.099 0.052 0.028 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 76 D 0.225 0.197 0.157 0.162 0.123 0.070 0.031 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 77 C 0.046 0.073 0.119 0.212 0.202 0.138 0.081 0.073 0.026 0.022 0.007 0.001 0.001 0.001 78 S 0.063 0.130 0.117 0.191 0.166 0.134 0.080 0.051 0.032 0.022 0.010 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.007 0.018 0.039 0.086 0.132 0.158 0.157 0.094 0.117 0.077 0.072 0.022 0.013 0.009 80 K 0.001 0.002 0.005 0.018 0.039 0.073 0.118 0.181 0.189 0.156 0.127 0.046 0.027 0.019 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.014 0.044 0.088 0.139 0.268 0.234 0.141 0.064 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.051 0.086 0.158 0.266 0.217 0.142 0.068 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.030 0.078 0.151 0.245 0.285 0.132 0.072 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.020 0.119 0.147 0.204 0.227 0.141 0.088 0.044 85 D 0.001 0.003 0.005 0.011 0.024 0.042 0.067 0.172 0.173 0.175 0.165 0.079 0.042 0.041 86 Q 0.006 0.021 0.036 0.055 0.101 0.122 0.127 0.128 0.155 0.114 0.075 0.034 0.011 0.014 87 S 0.032 0.076 0.096 0.113 0.148 0.138 0.113 0.093 0.099 0.050 0.028 0.008 0.003 0.002 88 S 0.113 0.169 0.164 0.147 0.130 0.105 0.068 0.043 0.035 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 89 Q 0.285 0.219 0.181 0.111 0.084 0.050 0.031 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 90 D 0.327 0.216 0.155 0.103 0.091 0.046 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.194 0.127 0.131 0.127 0.138 0.105 0.080 0.053 0.023 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 92 A 0.337 0.178 0.134 0.113 0.091 0.062 0.039 0.022 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 93 S 0.303 0.154 0.149 0.118 0.109 0.067 0.043 0.024 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 94 L 0.110 0.070 0.084 0.126 0.146 0.154 0.118 0.087 0.049 0.033 0.014 0.006 0.003 0.001 95 S 0.164 0.142 0.130 0.139 0.123 0.111 0.078 0.054 0.029 0.015 0.009 0.004 0.001 0.001 96 S 0.107 0.096 0.108 0.139 0.140 0.135 0.101 0.080 0.045 0.026 0.013 0.005 0.002 0.001 97 D 0.051 0.060 0.079 0.122 0.162 0.164 0.146 0.104 0.060 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 98 C 0.051 0.059 0.080 0.100 0.122 0.166 0.162 0.120 0.069 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 99 F 0.038 0.056 0.080 0.121 0.165 0.179 0.149 0.110 0.052 0.026 0.012 0.007 0.003 0.002 100 L 0.010 0.010 0.021 0.042 0.079 0.133 0.207 0.228 0.141 0.072 0.034 0.014 0.006 0.003 101 T 0.014 0.020 0.044 0.077 0.135 0.200 0.182 0.154 0.095 0.052 0.016 0.008 0.003 0.001 102 V 0.084 0.127 0.131 0.161 0.190 0.109 0.065 0.063 0.036 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 103 L 0.013 0.024 0.041 0.129 0.149 0.176 0.216 0.171 0.046 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 104 L 0.006 0.009 0.027 0.064 0.115 0.207 0.248 0.159 0.114 0.042 0.007 0.002 0.001 0.001 105 G 0.179 0.195 0.205 0.178 0.129 0.062 0.027 0.014 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.288 0.259 0.190 0.135 0.073 0.030 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.067 0.060 0.079 0.194 0.195 0.185 0.128 0.060 0.024 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 108 E 0.316 0.262 0.216 0.107 0.056 0.022 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.664 0.198 0.091 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.412 0.241 0.183 0.070 0.053 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.095 0.082 0.115 0.161 0.256 0.139 0.071 0.045 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 112 N 0.194 0.132 0.092 0.137 0.133 0.108 0.086 0.063 0.028 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 113 S 0.052 0.059 0.081 0.136 0.173 0.146 0.110 0.091 0.066 0.040 0.026 0.012 0.004 0.003 114 V 0.014 0.012 0.019 0.038 0.064 0.095 0.118 0.159 0.152 0.121 0.087 0.076 0.034 0.011 115 H 0.028 0.026 0.041 0.079 0.083 0.114 0.142 0.146 0.126 0.090 0.059 0.038 0.018 0.010 116 L 0.020 0.015 0.023 0.039 0.072 0.106 0.115 0.134 0.142 0.116 0.110 0.064 0.028 0.016 117 L 0.021 0.012 0.020 0.032 0.056 0.109 0.114 0.114 0.114 0.130 0.118 0.085 0.057 0.019 118 A 0.085 0.088 0.119 0.161 0.172 0.111 0.107 0.055 0.042 0.025 0.016 0.010 0.003 0.004 119 G 0.060 0.052 0.073 0.118 0.149 0.151 0.124 0.091 0.077 0.055 0.030 0.013 0.005 0.002 120 G 0.065 0.074 0.070 0.134 0.160 0.157 0.122 0.093 0.071 0.028 0.016 0.006 0.003 0.001 121 F 0.044 0.066 0.084 0.139 0.157 0.153 0.134 0.096 0.064 0.037 0.018 0.006 0.002 0.001 122 A 0.339 0.169 0.151 0.102 0.082 0.065 0.039 0.024 0.015 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 123 E 0.217 0.165 0.170 0.139 0.129 0.075 0.048 0.025 0.017 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 124 F 0.050 0.036 0.055 0.100 0.159 0.171 0.159 0.125 0.077 0.044 0.014 0.005 0.003 0.001 125 S 0.187 0.166 0.178 0.161 0.125 0.075 0.051 0.027 0.014 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 126 R 0.459 0.179 0.132 0.081 0.059 0.035 0.023 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 127 C 0.100 0.082 0.097 0.152 0.181 0.142 0.100 0.074 0.036 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 128 F 0.067 0.068 0.092 0.132 0.169 0.144 0.118 0.105 0.058 0.029 0.011 0.004 0.001 0.001 129 P 0.191 0.128 0.121 0.148 0.135 0.099 0.064 0.050 0.029 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 130 G 0.283 0.169 0.153 0.130 0.099 0.067 0.041 0.022 0.017 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 131 L 0.100 0.062 0.082 0.129 0.163 0.159 0.117 0.082 0.052 0.030 0.014 0.006 0.002 0.001 132 C 0.124 0.101 0.110 0.157 0.159 0.138 0.097 0.057 0.031 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 133 E 0.367 0.166 0.138 0.112 0.088 0.056 0.033 0.018 0.012 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 134 G 0.426 0.171 0.142 0.098 0.072 0.041 0.023 0.011 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 135 K 0.389 0.175 0.147 0.104 0.081 0.046 0.026 0.014 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001