# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.005 0.017 0.666 0.007 0.008 0.003 0.001 0.001 0.030 0.131 0.017 0.067 0.047 2 I 0.003 0.012 0.719 0.009 0.012 0.006 0.003 0.001 0.058 0.077 0.020 0.020 0.061 3 G 0.003 0.011 0.600 0.017 0.099 0.010 0.004 0.002 0.046 0.098 0.040 0.032 0.038 4 T 0.005 0.010 0.416 0.015 0.115 0.021 0.010 0.002 0.087 0.117 0.071 0.059 0.073 5 Q 0.014 0.029 0.367 0.004 0.049 0.020 0.011 0.006 0.175 0.094 0.042 0.047 0.143 6 I 0.005 0.055 0.648 0.002 0.003 0.009 0.002 0.002 0.082 0.106 0.006 0.045 0.034 7 V 0.001 0.001 0.955 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.016 0.001 0.005 0.014 8 T 0.001 0.001 0.055 0.001 0.017 0.902 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.001 0.001 9 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.012 0.607 0.001 0.001 0.001 0.017 0.337 0.001 0.001 17 S 0.001 0.004 0.149 0.001 0.013 0.158 0.001 0.001 0.001 0.173 0.496 0.002 0.004 18 G 0.001 0.004 0.298 0.001 0.017 0.034 0.001 0.001 0.002 0.135 0.507 0.001 0.002 19 T 0.001 0.006 0.383 0.002 0.058 0.015 0.001 0.001 0.015 0.202 0.312 0.002 0.004 20 E 0.001 0.009 0.364 0.016 0.056 0.006 0.001 0.001 0.086 0.304 0.144 0.005 0.010 21 K 0.001 0.006 0.340 0.050 0.024 0.003 0.005 0.008 0.258 0.211 0.057 0.016 0.019 22 V 0.013 0.003 0.123 0.021 0.003 0.001 0.062 0.164 0.535 0.024 0.003 0.009 0.039 23 L 0.023 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.052 0.544 0.361 0.001 0.001 0.007 0.003 24 L 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.107 0.709 0.161 0.001 0.001 0.002 0.004 25 I 0.013 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.051 0.645 0.279 0.001 0.001 0.003 0.002 26 D 0.008 0.001 0.075 0.003 0.001 0.001 0.039 0.173 0.661 0.009 0.002 0.011 0.016 27 S 0.002 0.006 0.476 0.007 0.003 0.001 0.010 0.017 0.320 0.088 0.026 0.005 0.039 28 R 0.001 0.006 0.614 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.043 0.298 0.009 0.020 0.003 29 P 0.001 0.004 0.800 0.001 0.012 0.007 0.001 0.001 0.008 0.130 0.012 0.001 0.026 30 F 0.001 0.007 0.168 0.004 0.211 0.322 0.001 0.001 0.004 0.065 0.207 0.003 0.007 31 V 0.001 0.005 0.084 0.003 0.378 0.391 0.001 0.001 0.003 0.046 0.073 0.005 0.010 32 E 0.002 0.004 0.035 0.001 0.340 0.541 0.001 0.001 0.002 0.015 0.038 0.002 0.020 33 Y 0.003 0.012 0.057 0.005 0.156 0.611 0.001 0.001 0.006 0.018 0.099 0.011 0.021 34 N 0.006 0.007 0.086 0.007 0.069 0.579 0.001 0.001 0.007 0.056 0.147 0.020 0.015 35 T 0.008 0.008 0.103 0.006 0.069 0.428 0.001 0.001 0.007 0.080 0.258 0.007 0.024 36 S 0.008 0.013 0.153 0.007 0.044 0.276 0.002 0.002 0.009 0.164 0.273 0.034 0.016 37 H 0.017 0.050 0.351 0.006 0.047 0.172 0.005 0.008 0.025 0.113 0.109 0.022 0.076 38 I 0.027 0.030 0.473 0.012 0.056 0.086 0.004 0.009 0.038 0.090 0.049 0.059 0.066 39 L 0.006 0.006 0.168 0.098 0.103 0.085 0.002 0.003 0.031 0.088 0.363 0.016 0.029 40 E 0.003 0.002 0.101 0.023 0.068 0.061 0.002 0.002 0.022 0.101 0.596 0.007 0.013 41 A 0.036 0.010 0.415 0.014 0.082 0.072 0.019 0.022 0.075 0.112 0.040 0.021 0.081 42 I 0.074 0.022 0.147 0.005 0.020 0.052 0.065 0.056 0.207 0.067 0.024 0.196 0.064 43 N 0.078 0.029 0.202 0.010 0.012 0.048 0.064 0.050 0.154 0.033 0.045 0.036 0.239 44 I 0.032 0.022 0.385 0.017 0.004 0.033 0.011 0.021 0.120 0.135 0.013 0.182 0.025 45 N 0.006 0.005 0.705 0.001 0.004 0.020 0.002 0.001 0.023 0.064 0.009 0.010 0.150 46 C 0.002 0.006 0.173 0.007 0.160 0.453 0.001 0.001 0.012 0.052 0.100 0.011 0.023 47 S 0.001 0.001 0.056 0.005 0.144 0.642 0.001 0.001 0.002 0.028 0.113 0.003 0.005 48 K 0.001 0.001 0.024 0.001 0.315 0.605 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.001 0.005 49 L 0.001 0.002 0.029 0.001 0.083 0.825 0.001 0.001 0.001 0.012 0.035 0.002 0.009 50 M 0.001 0.003 0.033 0.001 0.048 0.823 0.001 0.001 0.002 0.014 0.062 0.003 0.009 51 K 0.002 0.003 0.047 0.002 0.065 0.736 0.001 0.001 0.002 0.021 0.109 0.004 0.010 52 R 0.002 0.003 0.068 0.002 0.050 0.684 0.001 0.001 0.002 0.037 0.135 0.005 0.013 53 R 0.002 0.005 0.102 0.003 0.062 0.594 0.001 0.001 0.002 0.047 0.164 0.006 0.014 54 L 0.002 0.009 0.165 0.002 0.070 0.462 0.001 0.001 0.004 0.077 0.182 0.010 0.016 55 Q 0.002 0.011 0.259 0.004 0.062 0.369 0.001 0.001 0.007 0.087 0.169 0.011 0.018 56 Q 0.002 0.012 0.291 0.004 0.083 0.256 0.001 0.001 0.009 0.132 0.180 0.013 0.017 57 D 0.001 0.008 0.300 0.006 0.070 0.230 0.001 0.001 0.010 0.107 0.239 0.007 0.019 58 K 0.002 0.014 0.256 0.005 0.143 0.269 0.001 0.001 0.014 0.108 0.153 0.015 0.019 59 V 0.006 0.028 0.315 0.005 0.067 0.268 0.003 0.002 0.031 0.097 0.093 0.020 0.065 60 L 0.006 0.025 0.410 0.005 0.043 0.238 0.002 0.001 0.033 0.098 0.054 0.041 0.045 61 I 0.003 0.019 0.397 0.004 0.031 0.330 0.001 0.001 0.021 0.084 0.051 0.015 0.043 62 T 0.001 0.006 0.430 0.003 0.042 0.371 0.001 0.001 0.009 0.071 0.032 0.012 0.022 63 E 0.001 0.001 0.038 0.001 0.067 0.830 0.001 0.001 0.002 0.015 0.040 0.001 0.004 64 L 0.001 0.002 0.028 0.001 0.080 0.838 0.001 0.001 0.001 0.013 0.032 0.002 0.004 65 I 0.001 0.002 0.028 0.001 0.056 0.869 0.001 0.001 0.001 0.010 0.023 0.002 0.008 66 Q 0.001 0.001 0.023 0.001 0.021 0.917 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.001 0.005 67 H 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.932 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.002 68 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.036 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.040 0.001 0.003 69 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.034 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.038 0.001 0.004 70 K 0.001 0.003 0.032 0.002 0.061 0.792 0.001 0.001 0.002 0.011 0.086 0.002 0.008 71 H 0.001 0.003 0.048 0.003 0.061 0.697 0.001 0.001 0.004 0.025 0.143 0.008 0.007 72 K 0.004 0.011 0.135 0.004 0.093 0.459 0.001 0.001 0.006 0.054 0.194 0.009 0.028 73 V 0.007 0.023 0.296 0.007 0.049 0.184 0.001 0.001 0.011 0.158 0.186 0.037 0.039 74 D 0.004 0.025 0.512 0.004 0.030 0.066 0.001 0.001 0.013 0.127 0.122 0.039 0.057 75 I 0.003 0.059 0.541 0.003 0.038 0.036 0.001 0.001 0.012 0.144 0.076 0.022 0.063 76 D 0.001 0.008 0.748 0.005 0.018 0.005 0.001 0.001 0.004 0.096 0.051 0.035 0.030 77 C 0.001 0.002 0.050 0.004 0.064 0.005 0.001 0.001 0.002 0.058 0.803 0.003 0.009 78 S 0.001 0.003 0.128 0.017 0.024 0.001 0.001 0.001 0.006 0.176 0.624 0.009 0.010 79 Q 0.009 0.007 0.417 0.020 0.014 0.001 0.001 0.001 0.017 0.317 0.039 0.094 0.064 80 K 0.065 0.008 0.240 0.042 0.002 0.001 0.047 0.009 0.125 0.041 0.010 0.063 0.350 81 V 0.364 0.002 0.022 0.024 0.001 0.001 0.118 0.080 0.173 0.003 0.001 0.158 0.055 82 V 0.486 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.273 0.091 0.034 0.001 0.001 0.026 0.082 83 V 0.464 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.220 0.120 0.070 0.001 0.001 0.078 0.042 84 Y 0.267 0.004 0.034 0.012 0.001 0.001 0.160 0.073 0.123 0.005 0.001 0.103 0.218 85 D 0.025 0.003 0.535 0.033 0.003 0.001 0.013 0.006 0.076 0.047 0.010 0.098 0.150 86 Q 0.003 0.003 0.140 0.013 0.043 0.009 0.001 0.001 0.014 0.166 0.555 0.010 0.042 87 S 0.001 0.009 0.052 0.002 0.024 0.005 0.001 0.001 0.002 0.253 0.636 0.010 0.006 88 S 0.002 0.031 0.281 0.001 0.056 0.011 0.001 0.001 0.001 0.485 0.106 0.011 0.016 89 Q 0.002 0.029 0.359 0.005 0.072 0.055 0.001 0.001 0.003 0.188 0.248 0.012 0.026 90 D 0.004 0.056 0.174 0.006 0.144 0.106 0.001 0.001 0.004 0.162 0.302 0.013 0.028 91 V 0.009 0.038 0.217 0.008 0.132 0.137 0.001 0.001 0.003 0.182 0.218 0.017 0.037 92 A 0.005 0.022 0.240 0.007 0.074 0.111 0.001 0.001 0.005 0.172 0.315 0.025 0.023 93 S 0.002 0.019 0.201 0.003 0.084 0.142 0.001 0.001 0.003 0.180 0.342 0.008 0.015 94 L 0.002 0.026 0.241 0.003 0.071 0.233 0.001 0.001 0.004 0.197 0.202 0.008 0.013 95 S 0.002 0.019 0.207 0.002 0.043 0.425 0.001 0.001 0.003 0.155 0.128 0.006 0.009 96 S 0.001 0.006 0.076 0.001 0.025 0.785 0.001 0.001 0.001 0.052 0.050 0.001 0.003 97 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 98 C 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 107 L 0.001 0.001 0.016 0.001 0.009 0.578 0.001 0.001 0.001 0.018 0.374 0.001 0.001 108 E 0.001 0.003 0.117 0.001 0.009 0.092 0.001 0.001 0.001 0.064 0.708 0.002 0.002 109 K 0.001 0.010 0.636 0.001 0.013 0.034 0.001 0.001 0.004 0.173 0.117 0.004 0.007 110 S 0.001 0.018 0.676 0.002 0.015 0.019 0.001 0.001 0.014 0.168 0.070 0.005 0.012 111 F 0.001 0.013 0.505 0.007 0.086 0.022 0.001 0.001 0.038 0.176 0.130 0.009 0.012 112 N 0.001 0.005 0.367 0.044 0.064 0.025 0.001 0.002 0.085 0.203 0.185 0.006 0.012 113 S 0.005 0.011 0.293 0.032 0.051 0.025 0.012 0.012 0.142 0.230 0.118 0.039 0.031 114 V 0.033 0.016 0.139 0.014 0.009 0.014 0.108 0.154 0.304 0.028 0.012 0.017 0.151 115 H 0.074 0.008 0.018 0.004 0.002 0.009 0.130 0.387 0.215 0.006 0.002 0.133 0.013 116 L 0.063 0.010 0.017 0.003 0.002 0.009 0.140 0.555 0.109 0.003 0.003 0.012 0.073 117 L 0.063 0.012 0.181 0.056 0.013 0.074 0.061 0.182 0.170 0.042 0.027 0.089 0.031 118 A 0.017 0.007 0.250 0.030 0.043 0.190 0.008 0.015 0.074 0.166 0.151 0.017 0.032 119 G 0.005 0.008 0.174 0.006 0.052 0.259 0.001 0.002 0.018 0.227 0.230 0.006 0.012 120 G 0.005 0.018 0.202 0.002 0.048 0.449 0.001 0.001 0.008 0.138 0.102 0.008 0.018 121 F 0.002 0.005 0.073 0.002 0.039 0.783 0.001 0.001 0.001 0.034 0.050 0.002 0.010 122 A 0.001 0.001 0.012 0.001 0.045 0.890 0.001 0.001 0.001 0.011 0.037 0.001 0.002 123 E 0.003 0.001 0.007 0.001 0.088 0.851 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.001 0.005 124 F 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 0.880 0.001 0.001 0.001 0.005 0.060 0.001 0.005 125 S 0.002 0.002 0.017 0.002 0.112 0.762 0.001 0.001 0.001 0.010 0.080 0.004 0.007 126 R 0.002 0.003 0.032 0.001 0.060 0.706 0.001 0.001 0.002 0.019 0.157 0.005 0.012 127 C 0.005 0.013 0.140 0.005 0.038 0.403 0.001 0.001 0.006 0.094 0.258 0.014 0.022 128 F 0.004 0.013 0.464 0.004 0.018 0.083 0.001 0.001 0.006 0.252 0.110 0.026 0.017 129 P 0.001 0.007 0.427 0.006 0.040 0.059 0.001 0.001 0.007 0.149 0.277 0.008 0.020 130 G 0.002 0.014 0.276 0.010 0.085 0.050 0.001 0.001 0.010 0.145 0.371 0.018 0.019 131 L 0.006 0.039 0.417 0.007 0.112 0.049 0.003 0.002 0.020 0.121 0.129 0.027 0.068 132 C 0.018 0.047 0.397 0.007 0.052 0.033 0.006 0.005 0.052 0.128 0.104 0.063 0.087 133 E 0.006 0.040 0.377 0.009 0.019 0.015 0.003 0.002 0.026 0.193 0.186 0.065 0.059 134 G 0.001 0.024 0.484 0.005 0.008 0.007 0.001 0.001 0.009 0.287 0.125 0.018 0.032 135 K 0.001 0.012 0.667 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.006 0.212 0.040 0.022 0.023