# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.083 0.026 0.213 0.182 0.119 0.047 0.148 0.010 0.008 0.006 0.019 0.014 0.045 0.053 0.008 0.018 2 I 0.023 0.153 0.184 0.303 0.012 0.061 0.007 0.140 0.009 0.003 0.010 0.009 0.029 0.003 0.039 0.015 3 G 0.028 0.045 0.048 0.456 0.010 0.112 0.008 0.007 0.116 0.060 0.038 0.013 0.019 0.003 0.002 0.034 4 T 0.165 0.111 0.118 0.475 0.002 0.022 0.001 0.010 0.004 0.002 0.031 0.036 0.013 0.001 0.004 0.006 5 Q 0.011 0.041 0.148 0.694 0.003 0.057 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.009 0.005 0.001 0.001 0.020 6 I 0.008 0.032 0.418 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 7 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.084 0.908 0.001 0.001 0.002 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.012 0.002 0.012 15 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.900 0.025 0.037 0.016 16 E 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.001 0.110 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.799 0.005 0.031 17 S 0.012 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.910 0.012 18 G 0.009 0.007 0.079 0.004 0.001 0.004 0.011 0.001 0.040 0.044 0.002 0.001 0.023 0.003 0.004 0.767 19 T 0.785 0.037 0.020 0.018 0.002 0.053 0.007 0.003 0.003 0.001 0.013 0.008 0.031 0.003 0.006 0.011 20 E 0.016 0.518 0.240 0.108 0.001 0.031 0.003 0.017 0.010 0.001 0.019 0.015 0.008 0.001 0.004 0.008 21 K 0.015 0.238 0.188 0.543 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 22 V 0.015 0.001 0.618 0.361 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.001 0.005 0.275 0.717 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.962 0.021 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 I 0.001 0.028 0.005 0.923 0.009 0.028 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.001 0.010 0.002 0.486 0.029 0.448 0.001 0.006 0.004 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 S 0.007 0.281 0.021 0.516 0.004 0.069 0.001 0.013 0.004 0.001 0.068 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.006 0.084 0.048 0.640 0.016 0.095 0.001 0.003 0.005 0.015 0.020 0.062 0.003 0.001 0.001 0.001 29 P 0.008 0.031 0.057 0.145 0.008 0.610 0.001 0.007 0.001 0.001 0.068 0.030 0.033 0.001 0.001 0.001 30 F 0.001 0.016 0.005 0.065 0.001 0.102 0.001 0.003 0.002 0.001 0.654 0.089 0.058 0.001 0.001 0.001 31 V 0.003 0.037 0.006 0.043 0.001 0.019 0.003 0.002 0.001 0.001 0.093 0.589 0.193 0.002 0.004 0.002 32 E 0.001 0.010 0.018 0.030 0.001 0.020 0.010 0.001 0.001 0.001 0.025 0.091 0.762 0.004 0.008 0.018 33 Y 0.002 0.005 0.030 0.019 0.001 0.012 0.018 0.002 0.001 0.001 0.013 0.028 0.833 0.008 0.009 0.017 34 N 0.004 0.015 0.035 0.021 0.005 0.029 0.038 0.008 0.003 0.001 0.019 0.019 0.704 0.050 0.016 0.033 35 T 0.018 0.021 0.045 0.060 0.004 0.017 0.027 0.025 0.008 0.003 0.044 0.018 0.515 0.063 0.077 0.056 36 S 0.036 0.059 0.235 0.090 0.002 0.015 0.018 0.011 0.020 0.006 0.022 0.041 0.237 0.013 0.073 0.123 37 H 0.105 0.032 0.301 0.171 0.008 0.036 0.017 0.005 0.008 0.003 0.018 0.013 0.147 0.006 0.012 0.119 38 I 0.042 0.013 0.099 0.059 0.151 0.250 0.086 0.006 0.002 0.005 0.042 0.017 0.103 0.111 0.004 0.010 39 L 0.006 0.266 0.049 0.114 0.017 0.072 0.017 0.156 0.003 0.002 0.087 0.052 0.082 0.013 0.059 0.006 40 E 0.008 0.097 0.027 0.278 0.009 0.034 0.007 0.021 0.166 0.027 0.022 0.066 0.099 0.003 0.021 0.115 41 A 0.182 0.016 0.235 0.068 0.076 0.029 0.100 0.003 0.020 0.004 0.027 0.018 0.070 0.094 0.004 0.054 42 I 0.048 0.074 0.440 0.224 0.002 0.005 0.003 0.085 0.001 0.001 0.004 0.010 0.019 0.001 0.075 0.007 43 N 0.009 0.018 0.150 0.373 0.021 0.145 0.012 0.002 0.057 0.029 0.004 0.004 0.017 0.003 0.001 0.156 44 I 0.253 0.069 0.102 0.460 0.004 0.022 0.002 0.020 0.001 0.001 0.039 0.006 0.013 0.001 0.004 0.004 45 N 0.002 0.020 0.009 0.033 0.004 0.873 0.001 0.002 0.003 0.009 0.007 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 46 C 0.004 0.018 0.005 0.021 0.003 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.881 0.012 0.021 0.001 0.001 0.001 47 S 0.001 0.026 0.002 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.878 0.021 0.001 0.001 0.001 48 K 0.003 0.005 0.021 0.007 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 0.001 0.217 0.100 0.597 0.003 0.009 0.016 49 L 0.002 0.009 0.018 0.005 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.030 0.283 0.602 0.006 0.007 0.019 50 M 0.001 0.003 0.010 0.003 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.901 0.008 0.009 0.009 51 K 0.001 0.004 0.017 0.009 0.001 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.009 0.012 0.883 0.010 0.010 0.029 52 R 0.005 0.005 0.020 0.017 0.001 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.013 0.018 0.837 0.012 0.013 0.036 53 R 0.012 0.013 0.047 0.023 0.005 0.015 0.043 0.002 0.003 0.001 0.021 0.022 0.677 0.046 0.015 0.055 54 L 0.016 0.023 0.058 0.040 0.011 0.029 0.054 0.016 0.002 0.001 0.030 0.030 0.553 0.044 0.063 0.030 55 Q 0.014 0.041 0.069 0.045 0.014 0.045 0.050 0.022 0.014 0.006 0.053 0.035 0.390 0.043 0.051 0.109 56 Q 0.061 0.042 0.051 0.056 0.013 0.048 0.054 0.023 0.019 0.010 0.083 0.062 0.319 0.057 0.051 0.050 57 D 0.050 0.062 0.093 0.043 0.003 0.068 0.016 0.026 0.018 0.008 0.072 0.093 0.333 0.010 0.069 0.036 58 K 0.067 0.078 0.141 0.158 0.003 0.030 0.009 0.006 0.030 0.004 0.090 0.067 0.179 0.006 0.013 0.118 59 V 0.133 0.041 0.282 0.215 0.003 0.040 0.014 0.003 0.005 0.002 0.021 0.085 0.110 0.004 0.008 0.034 60 L 0.015 0.055 0.395 0.236 0.004 0.081 0.010 0.004 0.002 0.001 0.012 0.015 0.137 0.002 0.005 0.027 61 I 0.008 0.077 0.097 0.584 0.004 0.085 0.004 0.005 0.002 0.002 0.023 0.016 0.077 0.001 0.001 0.011 62 T 0.006 0.012 0.013 0.052 0.002 0.735 0.002 0.002 0.001 0.001 0.038 0.039 0.094 0.001 0.001 0.001 63 E 0.002 0.008 0.005 0.031 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.803 0.036 0.086 0.001 0.001 0.001 64 L 0.001 0.026 0.008 0.033 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.775 0.116 0.001 0.002 0.002 65 I 0.001 0.002 0.019 0.016 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.896 0.001 0.005 0.007 66 Q 0.001 0.003 0.010 0.016 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 0.019 0.910 0.001 0.002 0.007 67 H 0.002 0.006 0.008 0.026 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.028 0.877 0.002 0.003 0.006 68 S 0.001 0.004 0.008 0.018 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.022 0.892 0.004 0.003 0.009 69 A 0.002 0.005 0.010 0.013 0.001 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.017 0.021 0.879 0.020 0.006 0.008 70 K 0.002 0.013 0.024 0.018 0.001 0.008 0.011 0.002 0.001 0.001 0.017 0.031 0.799 0.012 0.037 0.026 71 H 0.003 0.008 0.026 0.026 0.002 0.011 0.009 0.002 0.003 0.001 0.005 0.012 0.762 0.013 0.018 0.098 72 K 0.020 0.015 0.065 0.022 0.029 0.009 0.109 0.002 0.003 0.001 0.012 0.005 0.153 0.455 0.012 0.089 73 V 0.025 0.061 0.161 0.113 0.001 0.004 0.005 0.046 0.002 0.001 0.006 0.010 0.067 0.002 0.456 0.039 74 D 0.010 0.018 0.218 0.098 0.009 0.075 0.008 0.001 0.048 0.009 0.002 0.002 0.026 0.002 0.001 0.473 75 I 0.571 0.043 0.089 0.142 0.022 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.069 0.003 0.016 0.003 0.002 0.008 76 D 0.004 0.062 0.056 0.024 0.053 0.654 0.017 0.033 0.004 0.005 0.009 0.054 0.009 0.009 0.005 0.003 77 C 0.009 0.114 0.029 0.081 0.005 0.016 0.005 0.075 0.014 0.001 0.576 0.008 0.016 0.003 0.029 0.018 78 S 0.018 0.571 0.052 0.090 0.001 0.003 0.002 0.003 0.119 0.002 0.001 0.081 0.001 0.001 0.005 0.053 79 Q 0.096 0.013 0.776 0.096 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 80 K 0.011 0.043 0.707 0.236 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 V 0.003 0.001 0.057 0.937 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.027 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 Y 0.001 0.009 0.001 0.918 0.011 0.057 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 D 0.001 0.005 0.001 0.039 0.008 0.936 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 Q 0.002 0.194 0.001 0.056 0.008 0.046 0.001 0.019 0.003 0.001 0.646 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.003 0.387 0.009 0.065 0.004 0.030 0.002 0.006 0.010 0.007 0.016 0.454 0.002 0.001 0.002 0.002 88 S 0.024 0.023 0.148 0.024 0.007 0.355 0.020 0.010 0.004 0.005 0.080 0.057 0.193 0.004 0.026 0.018 89 Q 0.012 0.044 0.044 0.024 0.001 0.018 0.002 0.009 0.004 0.001 0.643 0.066 0.095 0.004 0.007 0.026 90 D 0.022 0.062 0.039 0.030 0.004 0.036 0.020 0.002 0.012 0.002 0.021 0.576 0.104 0.024 0.014 0.032 91 V 0.013 0.016 0.238 0.030 0.010 0.021 0.121 0.007 0.002 0.001 0.036 0.019 0.335 0.046 0.047 0.057 92 A 0.012 0.063 0.139 0.069 0.004 0.103 0.025 0.037 0.009 0.007 0.034 0.072 0.284 0.011 0.057 0.076 93 S 0.041 0.035 0.064 0.071 0.006 0.090 0.015 0.007 0.030 0.010 0.091 0.039 0.364 0.010 0.010 0.116 94 L 0.101 0.068 0.097 0.071 0.006 0.063 0.011 0.009 0.006 0.003 0.123 0.133 0.254 0.009 0.014 0.031 95 S 0.012 0.035 0.083 0.021 0.004 0.188 0.015 0.005 0.003 0.004 0.073 0.191 0.336 0.007 0.008 0.016 96 S 0.004 0.009 0.010 0.008 0.001 0.079 0.004 0.004 0.001 0.001 0.247 0.094 0.526 0.002 0.005 0.005 97 D 0.002 0.009 0.004 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.328 0.477 0.001 0.003 0.005 98 C 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.134 0.819 0.001 0.001 0.002 99 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.022 0.966 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.001 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 105 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.002 0.010 106 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.865 0.002 0.012 107 L 0.002 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 0.005 0.833 0.012 108 E 0.002 0.004 0.039 0.004 0.002 0.006 0.013 0.001 0.018 0.009 0.002 0.001 0.053 0.009 0.005 0.834 109 K 0.739 0.008 0.015 0.006 0.008 0.012 0.048 0.004 0.001 0.001 0.038 0.007 0.061 0.025 0.015 0.011 110 S 0.014 0.148 0.218 0.026 0.024 0.084 0.062 0.064 0.011 0.008 0.054 0.105 0.079 0.028 0.046 0.030 111 F 0.038 0.095 0.086 0.156 0.012 0.082 0.035 0.042 0.056 0.013 0.100 0.060 0.089 0.014 0.050 0.073 112 N 0.101 0.158 0.177 0.158 0.001 0.042 0.007 0.018 0.040 0.013 0.039 0.099 0.090 0.001 0.019 0.036 113 S 0.090 0.118 0.204 0.483 0.001 0.016 0.002 0.001 0.019 0.001 0.009 0.011 0.018 0.001 0.001 0.026 114 V 0.045 0.009 0.449 0.467 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 115 H 0.002 0.015 0.246 0.680 0.007 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.001 116 L 0.001 0.004 0.006 0.797 0.077 0.068 0.002 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 117 L 0.001 0.027 0.008 0.233 0.467 0.083 0.026 0.057 0.004 0.007 0.029 0.013 0.020 0.023 0.002 0.001 118 A 0.002 0.036 0.008 0.084 0.256 0.086 0.059 0.297 0.012 0.020 0.038 0.020 0.019 0.022 0.038 0.002 119 G 0.014 0.041 0.042 0.148 0.009 0.050 0.006 0.185 0.069 0.098 0.122 0.061 0.062 0.002 0.039 0.051 120 G 0.137 0.007 0.009 0.024 0.001 0.055 0.002 0.002 0.038 0.174 0.101 0.182 0.245 0.001 0.003 0.019 121 F 0.014 0.007 0.006 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.244 0.113 0.582 0.002 0.001 0.001 122 A 0.001 0.015 0.006 0.020 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.242 0.665 0.003 0.002 0.001 123 E 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.034 0.928 0.002 0.003 0.004 124 F 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.966 0.001 0.002 0.003 125 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.974 0.004 0.002 0.002 126 R 0.002 0.005 0.007 0.008 0.002 0.003 0.015 0.002 0.001 0.001 0.009 0.004 0.836 0.069 0.011 0.026 127 C 0.010 0.045 0.112 0.040 0.001 0.004 0.016 0.008 0.005 0.001 0.004 0.021 0.363 0.019 0.145 0.209 128 F 0.020 0.005 0.088 0.010 0.018 0.028 0.326 0.001 0.004 0.006 0.005 0.003 0.206 0.166 0.014 0.100 129 P 0.082 0.052 0.145 0.045 0.004 0.036 0.012 0.123 0.001 0.001 0.075 0.010 0.205 0.013 0.174 0.022 130 G 0.020 0.075 0.032 0.109 0.005 0.105 0.014 0.007 0.116 0.080 0.066 0.117 0.140 0.011 0.011 0.092 131 L 0.144 0.082 0.161 0.144 0.012 0.031 0.016 0.009 0.006 0.002 0.079 0.067 0.195 0.006 0.019 0.027 132 C 0.008 0.046 0.133 0.091 0.179 0.073 0.190 0.008 0.006 0.006 0.015 0.046 0.068 0.110 0.004 0.017 133 E 0.017 0.068 0.172 0.156 0.013 0.032 0.024 0.232 0.005 0.002 0.027 0.014 0.069 0.005 0.151 0.015 134 G 0.010 0.026 0.047 0.120 0.039 0.100 0.052 0.014 0.159 0.185 0.045 0.033 0.064 0.020 0.006 0.080 135 K 0.358 0.071 0.077 0.095 0.014 0.046 0.012 0.063 0.010 0.005 0.092 0.037 0.073 0.005 0.032 0.010