# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.003 0.001 0.031 0.046 0.055 0.114 0.001 0.001 0.030 0.702 2 I 0.026 0.004 0.001 0.029 0.054 0.095 0.130 0.002 0.001 0.030 0.629 3 G 0.019 0.002 0.001 0.030 0.065 0.079 0.109 0.001 0.001 0.046 0.647 4 T 0.009 0.003 0.001 0.155 0.102 0.114 0.101 0.001 0.001 0.037 0.478 5 Q 0.002 0.006 0.001 0.228 0.061 0.113 0.128 0.001 0.001 0.027 0.434 6 I 0.005 0.065 0.002 0.108 0.075 0.069 0.142 0.003 0.001 0.036 0.497 7 V 0.057 0.869 0.001 0.006 0.005 0.006 0.005 0.006 0.001 0.007 0.037 8 T 0.089 0.878 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.007 0.017 9 E 0.012 0.896 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.027 0.050 10 R 0.009 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.015 11 L 0.023 0.889 0.009 0.001 0.002 0.002 0.005 0.008 0.004 0.024 0.033 12 V 0.052 0.804 0.009 0.001 0.004 0.004 0.008 0.008 0.005 0.039 0.065 13 A 0.108 0.201 0.014 0.005 0.012 0.013 0.033 0.014 0.009 0.272 0.320 14 L 0.101 0.047 0.044 0.013 0.013 0.012 0.067 0.011 0.023 0.269 0.401 15 L 0.227 0.008 0.012 0.011 0.006 0.012 0.088 0.008 0.012 0.069 0.547 16 E 0.047 0.002 0.003 0.006 0.005 0.006 0.078 0.002 0.002 0.018 0.832 17 S 0.023 0.001 0.001 0.006 0.005 0.006 0.107 0.001 0.001 0.012 0.836 18 G 0.078 0.003 0.002 0.009 0.004 0.006 0.199 0.003 0.001 0.027 0.668 19 T 0.037 0.001 0.001 0.020 0.004 0.009 0.214 0.001 0.001 0.048 0.665 20 E 0.002 0.001 0.001 0.091 0.008 0.010 0.295 0.001 0.001 0.044 0.549 21 K 0.001 0.001 0.001 0.582 0.028 0.106 0.071 0.001 0.001 0.070 0.141 22 V 0.001 0.001 0.001 0.635 0.050 0.084 0.040 0.001 0.001 0.111 0.080 23 L 0.001 0.001 0.001 0.884 0.033 0.056 0.003 0.001 0.001 0.017 0.007 24 L 0.001 0.001 0.001 0.779 0.046 0.071 0.009 0.001 0.001 0.052 0.041 25 I 0.001 0.001 0.001 0.807 0.073 0.035 0.011 0.001 0.001 0.017 0.055 26 D 0.006 0.001 0.001 0.484 0.039 0.081 0.091 0.001 0.001 0.042 0.257 27 S 0.007 0.007 0.001 0.124 0.033 0.033 0.168 0.001 0.001 0.036 0.589 28 R 0.048 0.036 0.001 0.063 0.030 0.033 0.128 0.004 0.001 0.050 0.606 29 P 0.160 0.237 0.002 0.023 0.014 0.019 0.060 0.008 0.001 0.059 0.417 30 F 0.165 0.108 0.001 0.024 0.012 0.020 0.065 0.009 0.001 0.128 0.468 31 V 0.056 0.082 0.003 0.035 0.019 0.027 0.094 0.004 0.001 0.290 0.390 32 E 0.034 0.076 0.009 0.044 0.033 0.038 0.121 0.004 0.002 0.192 0.447 33 Y 0.096 0.050 0.022 0.040 0.063 0.068 0.089 0.014 0.005 0.129 0.424 34 N 0.230 0.031 0.005 0.025 0.049 0.071 0.074 0.014 0.002 0.046 0.455 35 T 0.051 0.018 0.002 0.034 0.038 0.049 0.127 0.003 0.001 0.036 0.640 36 S 0.008 0.015 0.004 0.067 0.056 0.059 0.204 0.002 0.001 0.033 0.550 37 H 0.052 0.046 0.008 0.045 0.042 0.072 0.182 0.015 0.002 0.050 0.485 38 I 0.291 0.058 0.006 0.033 0.035 0.034 0.094 0.020 0.002 0.061 0.366 39 L 0.091 0.039 0.004 0.068 0.042 0.033 0.133 0.006 0.001 0.067 0.515 40 E 0.052 0.027 0.003 0.129 0.037 0.130 0.102 0.006 0.001 0.107 0.407 41 A 0.022 0.008 0.002 0.130 0.065 0.080 0.096 0.004 0.001 0.100 0.492 42 I 0.009 0.007 0.002 0.320 0.136 0.134 0.065 0.003 0.001 0.035 0.289 43 N 0.009 0.006 0.001 0.161 0.062 0.104 0.121 0.003 0.001 0.068 0.465 44 I 0.019 0.057 0.004 0.128 0.105 0.045 0.126 0.006 0.001 0.035 0.473 45 N 0.173 0.502 0.002 0.022 0.011 0.013 0.039 0.015 0.002 0.017 0.204 46 C 0.131 0.714 0.001 0.003 0.002 0.002 0.009 0.009 0.001 0.010 0.119 47 S 0.037 0.772 0.001 0.003 0.003 0.003 0.018 0.004 0.001 0.027 0.130 48 K 0.032 0.827 0.005 0.002 0.003 0.005 0.010 0.006 0.002 0.045 0.062 49 L 0.086 0.660 0.012 0.003 0.008 0.006 0.019 0.015 0.005 0.069 0.117 50 M 0.099 0.618 0.016 0.004 0.009 0.009 0.019 0.014 0.008 0.048 0.157 51 K 0.118 0.342 0.012 0.007 0.013 0.015 0.038 0.014 0.008 0.062 0.372 52 R 0.114 0.248 0.012 0.009 0.015 0.021 0.062 0.014 0.008 0.067 0.431 53 R 0.114 0.104 0.013 0.010 0.012 0.013 0.105 0.012 0.008 0.082 0.527 54 L 0.129 0.078 0.011 0.009 0.009 0.012 0.123 0.012 0.006 0.059 0.550 55 Q 0.204 0.071 0.004 0.006 0.005 0.007 0.077 0.011 0.003 0.034 0.577 56 Q 0.165 0.083 0.003 0.008 0.007 0.009 0.064 0.009 0.002 0.030 0.620 57 D 0.081 0.085 0.002 0.011 0.010 0.017 0.080 0.006 0.001 0.039 0.669 58 K 0.053 0.058 0.002 0.021 0.020 0.037 0.104 0.006 0.001 0.088 0.611 59 V 0.021 0.068 0.003 0.038 0.037 0.033 0.130 0.003 0.001 0.075 0.591 60 L 0.033 0.232 0.003 0.029 0.026 0.033 0.119 0.005 0.001 0.052 0.469 61 I 0.048 0.548 0.002 0.008 0.010 0.010 0.034 0.007 0.001 0.033 0.299 62 T 0.068 0.769 0.001 0.004 0.004 0.005 0.011 0.006 0.001 0.035 0.096 63 E 0.043 0.769 0.001 0.004 0.003 0.003 0.013 0.003 0.001 0.056 0.104 64 L 0.036 0.290 0.005 0.009 0.004 0.006 0.038 0.008 0.003 0.422 0.178 65 I 0.036 0.635 0.018 0.007 0.004 0.004 0.029 0.008 0.009 0.118 0.132 66 Q 0.079 0.798 0.006 0.003 0.002 0.002 0.008 0.007 0.003 0.020 0.072 67 H 0.122 0.553 0.009 0.005 0.004 0.005 0.024 0.018 0.006 0.075 0.180 68 S 0.075 0.541 0.012 0.004 0.004 0.005 0.052 0.009 0.008 0.070 0.221 69 A 0.219 0.334 0.023 0.006 0.004 0.005 0.061 0.018 0.011 0.101 0.219 70 K 0.248 0.108 0.039 0.012 0.008 0.009 0.074 0.023 0.015 0.084 0.379 71 H 0.203 0.041 0.008 0.014 0.009 0.018 0.101 0.013 0.005 0.043 0.546 72 K 0.062 0.009 0.003 0.018 0.013 0.018 0.067 0.006 0.001 0.030 0.772 73 V 0.019 0.004 0.002 0.055 0.031 0.028 0.117 0.002 0.001 0.023 0.718 74 D 0.020 0.003 0.003 0.042 0.022 0.054 0.148 0.003 0.001 0.032 0.671 75 I 0.053 0.003 0.004 0.021 0.028 0.025 0.139 0.004 0.001 0.029 0.692 76 D 0.395 0.002 0.002 0.031 0.012 0.022 0.091 0.004 0.001 0.038 0.402 77 C 0.045 0.001 0.001 0.019 0.005 0.008 0.111 0.001 0.001 0.015 0.795 78 S 0.002 0.001 0.001 0.030 0.009 0.027 0.208 0.001 0.001 0.031 0.693 79 Q 0.001 0.001 0.001 0.191 0.053 0.107 0.147 0.001 0.001 0.077 0.423 80 K 0.001 0.001 0.001 0.319 0.105 0.293 0.036 0.001 0.001 0.149 0.096 81 V 0.001 0.001 0.001 0.387 0.147 0.162 0.026 0.001 0.001 0.206 0.071 82 V 0.001 0.001 0.001 0.836 0.058 0.036 0.004 0.001 0.001 0.049 0.016 83 V 0.001 0.001 0.001 0.705 0.070 0.100 0.012 0.001 0.001 0.082 0.030 84 Y 0.006 0.004 0.001 0.355 0.103 0.144 0.057 0.001 0.001 0.125 0.203 85 D 0.142 0.020 0.001 0.183 0.062 0.093 0.075 0.003 0.001 0.191 0.229 86 Q 0.065 0.021 0.002 0.061 0.033 0.038 0.202 0.002 0.001 0.074 0.503 87 S 0.046 0.053 0.001 0.024 0.014 0.024 0.149 0.003 0.001 0.040 0.643 88 S 0.259 0.089 0.002 0.015 0.023 0.036 0.101 0.011 0.001 0.086 0.378 89 Q 0.082 0.064 0.004 0.016 0.036 0.034 0.113 0.006 0.001 0.076 0.567 90 D 0.076 0.096 0.003 0.012 0.026 0.035 0.083 0.007 0.001 0.066 0.597 91 V 0.109 0.104 0.003 0.011 0.041 0.030 0.081 0.008 0.001 0.098 0.513 92 A 0.044 0.055 0.002 0.018 0.042 0.050 0.125 0.004 0.001 0.226 0.433 93 S 0.038 0.254 0.002 0.017 0.027 0.037 0.148 0.003 0.001 0.121 0.351 94 L 0.037 0.509 0.002 0.013 0.022 0.018 0.052 0.006 0.001 0.096 0.243 95 S 0.026 0.761 0.002 0.003 0.004 0.005 0.014 0.005 0.001 0.065 0.114 96 S 0.009 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 0.025 97 D 0.011 0.163 0.001 0.002 0.002 0.002 0.010 0.002 0.001 0.768 0.039 98 C 0.004 0.779 0.006 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.003 0.176 0.020 99 F 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 100 L 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 101 T 0.005 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.025 0.010 102 V 0.008 0.951 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.017 0.009 103 L 0.034 0.820 0.034 0.002 0.001 0.001 0.007 0.006 0.011 0.050 0.033 104 L 0.153 0.248 0.190 0.007 0.004 0.008 0.027 0.031 0.095 0.097 0.141 105 G 0.472 0.087 0.020 0.004 0.003 0.007 0.037 0.016 0.018 0.031 0.305 106 K 0.154 0.008 0.004 0.011 0.005 0.006 0.053 0.009 0.004 0.052 0.695 107 L 0.016 0.004 0.003 0.016 0.006 0.007 0.156 0.002 0.002 0.024 0.766 108 E 0.041 0.004 0.002 0.016 0.007 0.019 0.115 0.004 0.001 0.033 0.759 109 K 0.031 0.002 0.002 0.011 0.011 0.008 0.112 0.003 0.001 0.024 0.795 110 S 0.069 0.009 0.001 0.028 0.011 0.019 0.148 0.003 0.001 0.028 0.683 111 F 0.042 0.004 0.001 0.043 0.011 0.032 0.110 0.001 0.001 0.040 0.716 112 N 0.004 0.007 0.001 0.157 0.043 0.044 0.170 0.001 0.001 0.035 0.540 113 S 0.002 0.005 0.001 0.292 0.052 0.325 0.076 0.001 0.001 0.055 0.191 114 V 0.001 0.006 0.001 0.380 0.182 0.128 0.058 0.001 0.001 0.055 0.189 115 H 0.002 0.004 0.001 0.614 0.106 0.175 0.022 0.001 0.001 0.037 0.039 116 L 0.011 0.010 0.002 0.455 0.086 0.110 0.047 0.002 0.001 0.087 0.190 117 L 0.102 0.076 0.001 0.323 0.060 0.052 0.075 0.008 0.001 0.057 0.245 118 A 0.060 0.172 0.001 0.116 0.025 0.036 0.064 0.006 0.001 0.059 0.460 119 G 0.017 0.434 0.002 0.034 0.015 0.018 0.037 0.004 0.001 0.049 0.392 120 G 0.031 0.697 0.003 0.017 0.014 0.027 0.017 0.011 0.001 0.057 0.125 121 F 0.051 0.313 0.003 0.012 0.017 0.014 0.039 0.011 0.001 0.403 0.136 122 A 0.032 0.696 0.010 0.012 0.017 0.011 0.020 0.004 0.004 0.117 0.076 123 E 0.090 0.592 0.021 0.010 0.016 0.015 0.029 0.007 0.007 0.068 0.145 124 F 0.271 0.177 0.049 0.009 0.023 0.052 0.031 0.036 0.018 0.073 0.259 125 S 0.473 0.023 0.006 0.006 0.016 0.034 0.057 0.010 0.005 0.045 0.325 126 R 0.036 0.007 0.003 0.016 0.019 0.026 0.114 0.002 0.002 0.025 0.752 127 C 0.010 0.008 0.001 0.010 0.013 0.013 0.176 0.002 0.001 0.012 0.755 128 F 0.151 0.027 0.001 0.012 0.018 0.037 0.113 0.011 0.001 0.035 0.594 129 P 0.141 0.016 0.001 0.021 0.034 0.030 0.102 0.003 0.001 0.040 0.611 130 G 0.036 0.008 0.001 0.042 0.031 0.085 0.111 0.001 0.001 0.046 0.638 131 L 0.070 0.002 0.001 0.039 0.028 0.068 0.078 0.002 0.001 0.057 0.655 132 C 0.073 0.001 0.001 0.035 0.032 0.045 0.084 0.001 0.001 0.032 0.695 133 E 0.011 0.001 0.001 0.009 0.012 0.019 0.057 0.001 0.001 0.009 0.883 134 G 0.009 0.001 0.001 0.008 0.019 0.026 0.090 0.001 0.001 0.012 0.835 135 K 0.018 0.003 0.001 0.014 0.031 0.053 0.127 0.001 0.001 0.025 0.729