# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.029 0.006 0.042 0.055 0.090 0.124 0.035 0.618 2 I 0.052 0.006 0.056 0.040 0.042 0.147 0.031 0.626 3 G 0.043 0.010 0.053 0.020 0.029 0.102 0.104 0.639 4 T 0.006 0.013 0.243 0.056 0.058 0.088 0.106 0.430 5 Q 0.003 0.014 0.170 0.051 0.069 0.089 0.033 0.571 6 I 0.003 0.063 0.317 0.044 0.041 0.058 0.026 0.448 7 V 0.040 0.869 0.012 0.003 0.004 0.005 0.051 0.016 8 T 0.042 0.900 0.002 0.001 0.001 0.002 0.047 0.007 9 E 0.008 0.793 0.009 0.001 0.001 0.004 0.163 0.021 10 R 0.012 0.922 0.003 0.001 0.002 0.003 0.037 0.021 11 L 0.012 0.950 0.002 0.001 0.001 0.003 0.023 0.009 12 V 0.019 0.864 0.003 0.002 0.001 0.009 0.062 0.039 13 A 0.108 0.373 0.009 0.004 0.004 0.030 0.244 0.230 14 L 0.150 0.198 0.046 0.008 0.004 0.059 0.241 0.294 15 L 0.345 0.007 0.011 0.002 0.001 0.043 0.101 0.491 16 E 0.083 0.003 0.002 0.001 0.001 0.042 0.009 0.860 17 S 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 0.071 0.004 0.906 18 G 0.039 0.001 0.010 0.001 0.001 0.092 0.008 0.849 19 T 0.066 0.003 0.014 0.001 0.001 0.093 0.021 0.801 20 E 0.002 0.001 0.204 0.003 0.006 0.115 0.032 0.637 21 K 0.001 0.002 0.609 0.020 0.041 0.067 0.052 0.209 22 V 0.001 0.001 0.755 0.029 0.040 0.030 0.011 0.136 23 L 0.001 0.001 0.914 0.032 0.029 0.004 0.011 0.008 24 L 0.001 0.001 0.875 0.026 0.035 0.007 0.023 0.032 25 I 0.001 0.001 0.930 0.014 0.015 0.006 0.011 0.024 26 D 0.007 0.002 0.537 0.049 0.078 0.056 0.036 0.234 27 S 0.010 0.004 0.217 0.036 0.049 0.100 0.029 0.556 28 R 0.095 0.054 0.076 0.026 0.039 0.134 0.086 0.489 29 P 0.202 0.180 0.028 0.012 0.019 0.086 0.067 0.408 30 F 0.199 0.105 0.021 0.014 0.021 0.089 0.147 0.404 31 V 0.042 0.036 0.047 0.023 0.041 0.121 0.345 0.345 32 E 0.039 0.040 0.067 0.034 0.057 0.145 0.158 0.460 33 Y 0.166 0.044 0.047 0.026 0.031 0.125 0.213 0.348 34 N 0.036 0.049 0.034 0.043 0.039 0.135 0.074 0.592 35 T 0.010 0.010 0.027 0.015 0.037 0.119 0.026 0.755 36 S 0.006 0.016 0.176 0.098 0.135 0.104 0.078 0.388 37 H 0.035 0.025 0.157 0.057 0.067 0.096 0.042 0.522 38 I 0.228 0.048 0.077 0.045 0.051 0.088 0.089 0.375 39 L 0.042 0.019 0.133 0.026 0.053 0.099 0.083 0.545 40 E 0.019 0.016 0.349 0.035 0.086 0.086 0.083 0.324 41 A 0.008 0.006 0.342 0.028 0.059 0.104 0.073 0.381 42 I 0.006 0.019 0.519 0.069 0.084 0.064 0.042 0.197 43 N 0.026 0.022 0.192 0.034 0.049 0.111 0.083 0.483 44 I 0.011 0.033 0.298 0.042 0.034 0.091 0.115 0.376 45 N 0.122 0.429 0.060 0.008 0.015 0.049 0.100 0.218 46 C 0.142 0.704 0.008 0.002 0.003 0.018 0.048 0.075 47 S 0.028 0.826 0.004 0.003 0.002 0.014 0.047 0.076 48 K 0.042 0.736 0.008 0.003 0.007 0.017 0.097 0.090 49 L 0.123 0.579 0.014 0.009 0.011 0.026 0.147 0.091 50 M 0.234 0.370 0.010 0.011 0.015 0.041 0.121 0.198 51 K 0.143 0.243 0.009 0.008 0.015 0.065 0.078 0.441 52 R 0.112 0.197 0.012 0.010 0.018 0.076 0.093 0.482 53 R 0.144 0.105 0.020 0.012 0.015 0.091 0.133 0.479 54 L 0.233 0.051 0.010 0.008 0.009 0.071 0.065 0.553 55 Q 0.144 0.038 0.011 0.006 0.008 0.087 0.042 0.663 56 Q 0.070 0.037 0.020 0.008 0.010 0.112 0.032 0.710 57 D 0.150 0.060 0.023 0.011 0.018 0.095 0.065 0.579 58 K 0.052 0.030 0.056 0.016 0.026 0.107 0.143 0.571 59 V 0.021 0.033 0.058 0.024 0.031 0.115 0.071 0.647 60 L 0.063 0.139 0.041 0.021 0.027 0.100 0.066 0.545 61 I 0.067 0.312 0.023 0.011 0.012 0.067 0.062 0.447 62 T 0.052 0.736 0.006 0.004 0.005 0.021 0.079 0.097 63 E 0.048 0.756 0.008 0.003 0.004 0.019 0.088 0.074 64 L 0.034 0.322 0.024 0.009 0.010 0.042 0.416 0.143 65 I 0.017 0.619 0.017 0.011 0.011 0.039 0.164 0.122 66 Q 0.061 0.760 0.010 0.004 0.006 0.021 0.065 0.072 67 H 0.076 0.492 0.012 0.012 0.006 0.042 0.161 0.198 68 S 0.079 0.476 0.014 0.007 0.010 0.050 0.075 0.289 69 A 0.158 0.325 0.030 0.008 0.015 0.055 0.095 0.314 70 K 0.162 0.086 0.037 0.023 0.015 0.094 0.152 0.432 71 H 0.222 0.068 0.007 0.010 0.015 0.061 0.032 0.586 72 K 0.057 0.015 0.020 0.007 0.017 0.095 0.028 0.760 73 V 0.038 0.009 0.029 0.021 0.028 0.099 0.024 0.752 74 D 0.069 0.004 0.020 0.013 0.020 0.106 0.044 0.725 75 I 0.049 0.001 0.019 0.012 0.009 0.088 0.024 0.798 76 D 0.322 0.002 0.018 0.007 0.014 0.066 0.040 0.531 77 C 0.058 0.001 0.017 0.004 0.005 0.110 0.011 0.795 78 S 0.005 0.001 0.011 0.005 0.010 0.134 0.010 0.824 79 Q 0.001 0.001 0.194 0.056 0.150 0.168 0.058 0.371 80 K 0.001 0.001 0.515 0.115 0.190 0.042 0.038 0.098 81 V 0.001 0.001 0.525 0.233 0.137 0.017 0.022 0.066 82 V 0.001 0.001 0.863 0.080 0.043 0.002 0.006 0.006 83 V 0.001 0.001 0.813 0.075 0.067 0.005 0.015 0.024 84 Y 0.004 0.001 0.827 0.032 0.062 0.013 0.016 0.047 85 D 0.141 0.005 0.344 0.048 0.074 0.105 0.066 0.217 86 Q 0.043 0.005 0.061 0.019 0.031 0.160 0.046 0.635 87 S 0.044 0.033 0.037 0.012 0.025 0.120 0.047 0.682 88 S 0.198 0.089 0.023 0.014 0.018 0.100 0.142 0.417 89 Q 0.093 0.058 0.029 0.021 0.019 0.128 0.156 0.497 90 D 0.104 0.087 0.016 0.018 0.029 0.110 0.068 0.570 91 V 0.223 0.062 0.016 0.010 0.027 0.084 0.164 0.413 92 A 0.021 0.046 0.008 0.016 0.023 0.111 0.142 0.633 93 S 0.043 0.239 0.015 0.018 0.028 0.123 0.161 0.373 94 L 0.056 0.454 0.007 0.013 0.013 0.068 0.050 0.339 95 S 0.054 0.555 0.009 0.009 0.010 0.063 0.097 0.202 96 S 0.029 0.861 0.002 0.001 0.003 0.013 0.049 0.041 97 D 0.007 0.048 0.006 0.001 0.002 0.017 0.888 0.030 98 C 0.001 0.814 0.006 0.009 0.003 0.016 0.106 0.045 99 F 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 100 L 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 101 T 0.003 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.007 102 V 0.013 0.925 0.002 0.001 0.001 0.002 0.044 0.011 103 L 0.059 0.746 0.008 0.001 0.003 0.007 0.144 0.032 104 L 0.068 0.321 0.026 0.013 0.004 0.052 0.331 0.184 105 G 0.431 0.137 0.004 0.002 0.003 0.033 0.052 0.338 106 K 0.104 0.021 0.024 0.002 0.002 0.097 0.050 0.700 107 L 0.042 0.015 0.016 0.003 0.002 0.089 0.023 0.811 108 E 0.184 0.012 0.005 0.001 0.001 0.083 0.022 0.692 109 K 0.036 0.004 0.019 0.003 0.002 0.114 0.026 0.796 110 S 0.036 0.007 0.027 0.002 0.004 0.107 0.027 0.789 111 F 0.056 0.014 0.052 0.004 0.004 0.112 0.049 0.708 112 N 0.004 0.007 0.239 0.011 0.016 0.113 0.046 0.564 113 S 0.002 0.015 0.566 0.048 0.081 0.045 0.068 0.176 114 V 0.002 0.005 0.547 0.047 0.052 0.040 0.019 0.288 115 H 0.005 0.007 0.820 0.050 0.044 0.013 0.033 0.029 116 L 0.052 0.021 0.442 0.035 0.057 0.049 0.090 0.254 117 L 0.114 0.122 0.328 0.029 0.045 0.051 0.072 0.237 118 A 0.119 0.104 0.101 0.015 0.026 0.096 0.053 0.484 119 G 0.021 0.158 0.081 0.024 0.046 0.107 0.079 0.484 120 G 0.052 0.649 0.021 0.010 0.023 0.042 0.067 0.135 121 F 0.095 0.609 0.009 0.016 0.011 0.028 0.141 0.091 122 A 0.040 0.585 0.009 0.029 0.015 0.037 0.094 0.191 123 E 0.089 0.623 0.020 0.009 0.024 0.023 0.071 0.140 124 F 0.255 0.261 0.046 0.028 0.020 0.048 0.156 0.186 125 S 0.463 0.033 0.008 0.012 0.017 0.053 0.078 0.336 126 R 0.021 0.011 0.015 0.009 0.027 0.115 0.020 0.782 127 C 0.021 0.015 0.022 0.010 0.022 0.109 0.015 0.786 128 F 0.298 0.051 0.008 0.020 0.014 0.096 0.070 0.442 129 P 0.065 0.012 0.011 0.012 0.016 0.095 0.022 0.767 130 G 0.041 0.008 0.051 0.024 0.083 0.087 0.065 0.641 131 L 0.022 0.002 0.042 0.042 0.039 0.099 0.032 0.722 132 C 0.131 0.003 0.071 0.048 0.080 0.082 0.043 0.543 133 E 0.076 0.001 0.015 0.016 0.031 0.073 0.017 0.771 134 G 0.021 0.001 0.009 0.012 0.023 0.094 0.012 0.828 135 K 0.022 0.003 0.015 0.053 0.061 0.133 0.027 0.685