# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.278 0.095 0.047 0.075 0.074 0.066 0.102 0.082 0.075 0.059 0.047 2 I 0.135 0.157 0.058 0.179 0.141 0.088 0.102 0.063 0.041 0.023 0.015 3 G 0.137 0.099 0.043 0.093 0.096 0.094 0.121 0.099 0.098 0.075 0.046 4 T 0.225 0.179 0.061 0.182 0.125 0.071 0.072 0.042 0.023 0.012 0.007 5 Q 0.197 0.137 0.067 0.196 0.137 0.084 0.083 0.047 0.027 0.017 0.009 6 I 0.031 0.012 0.010 0.023 0.041 0.058 0.118 0.155 0.189 0.197 0.168 7 V 0.015 0.461 0.083 0.174 0.102 0.065 0.047 0.023 0.015 0.011 0.004 8 T 0.011 0.015 0.016 0.059 0.130 0.200 0.255 0.132 0.102 0.048 0.031 9 E 0.964 0.016 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.011 0.032 0.035 0.249 0.210 0.193 0.193 0.047 0.019 0.007 0.003 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.143 0.276 0.550 12 V 0.001 0.002 0.025 0.063 0.218 0.323 0.278 0.058 0.021 0.008 0.002 13 A 0.001 0.004 0.941 0.045 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 0.245 0.404 0.125 0.108 0.076 0.012 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.037 0.070 0.281 0.363 0.240 16 E 0.012 0.056 0.453 0.218 0.143 0.063 0.036 0.012 0.004 0.002 0.001 17 S 0.046 0.090 0.586 0.147 0.077 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 18 G 0.324 0.207 0.037 0.064 0.064 0.072 0.111 0.072 0.025 0.015 0.009 19 T 0.353 0.182 0.021 0.081 0.072 0.066 0.076 0.064 0.038 0.028 0.018 20 E 0.456 0.153 0.079 0.133 0.077 0.039 0.032 0.017 0.007 0.004 0.002 21 K 0.098 0.121 0.087 0.228 0.167 0.118 0.110 0.038 0.020 0.009 0.005 22 V 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.026 0.070 0.095 0.245 0.262 0.276 23 L 0.002 0.014 0.019 0.089 0.142 0.191 0.226 0.126 0.101 0.058 0.032 24 L 0.001 0.001 0.008 0.009 0.013 0.022 0.052 0.094 0.207 0.295 0.297 25 I 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.031 0.073 0.104 0.238 0.296 0.242 26 D 0.003 0.006 0.011 0.040 0.060 0.068 0.160 0.209 0.196 0.150 0.098 27 S 0.001 0.002 0.008 0.008 0.013 0.025 0.061 0.099 0.218 0.270 0.294 28 R 0.009 0.015 0.019 0.064 0.108 0.135 0.226 0.167 0.127 0.079 0.049 29 P 0.137 0.198 0.106 0.178 0.094 0.083 0.087 0.048 0.037 0.022 0.010 30 F 0.072 0.063 0.040 0.131 0.148 0.151 0.184 0.096 0.059 0.033 0.022 31 V 0.290 0.122 0.079 0.129 0.093 0.078 0.095 0.053 0.031 0.020 0.010 32 E 0.064 0.133 0.125 0.232 0.161 0.112 0.091 0.040 0.021 0.013 0.007 33 Y 0.011 0.013 0.018 0.023 0.034 0.066 0.126 0.138 0.195 0.216 0.161 34 N 0.078 0.155 0.101 0.193 0.139 0.106 0.106 0.054 0.035 0.023 0.009 35 T 0.139 0.128 0.167 0.224 0.134 0.084 0.058 0.030 0.018 0.011 0.006 36 S 0.273 0.093 0.067 0.109 0.095 0.096 0.107 0.070 0.043 0.031 0.017 37 H 0.038 0.061 0.028 0.096 0.104 0.122 0.188 0.144 0.112 0.068 0.040 38 I 0.014 0.019 0.019 0.030 0.048 0.064 0.124 0.145 0.177 0.184 0.175 39 L 0.094 0.114 0.142 0.237 0.173 0.090 0.071 0.038 0.022 0.012 0.006 40 E 0.149 0.131 0.088 0.217 0.140 0.093 0.096 0.043 0.024 0.012 0.007 41 A 0.003 0.003 0.005 0.010 0.018 0.023 0.051 0.097 0.198 0.240 0.352 42 I 0.011 0.024 0.023 0.075 0.110 0.142 0.204 0.149 0.127 0.089 0.045 43 N 0.010 0.023 0.071 0.105 0.111 0.116 0.147 0.113 0.123 0.103 0.078 44 I 0.006 0.003 0.009 0.011 0.023 0.051 0.116 0.139 0.216 0.216 0.210 45 N 0.041 0.113 0.062 0.195 0.152 0.100 0.128 0.082 0.065 0.041 0.020 46 C 0.004 0.005 0.008 0.021 0.040 0.066 0.148 0.172 0.209 0.178 0.149 47 S 0.231 0.153 0.117 0.197 0.123 0.073 0.055 0.024 0.015 0.008 0.004 48 K 0.117 0.110 0.126 0.246 0.154 0.095 0.087 0.036 0.017 0.008 0.005 49 L 0.009 0.010 0.013 0.019 0.031 0.063 0.107 0.115 0.200 0.219 0.214 50 M 0.016 0.030 0.032 0.088 0.118 0.121 0.209 0.148 0.114 0.082 0.044 51 K 0.047 0.061 0.212 0.193 0.146 0.126 0.102 0.050 0.033 0.022 0.009 52 R 0.061 0.059 0.135 0.170 0.142 0.143 0.143 0.068 0.042 0.026 0.012 53 R 0.044 0.058 0.053 0.108 0.096 0.123 0.177 0.129 0.102 0.074 0.036 54 L 0.036 0.040 0.033 0.057 0.071 0.103 0.168 0.142 0.144 0.117 0.089 55 Q 0.224 0.215 0.138 0.175 0.107 0.049 0.040 0.024 0.014 0.008 0.005 56 Q 0.300 0.123 0.067 0.129 0.102 0.075 0.083 0.054 0.033 0.021 0.014 57 D 0.240 0.143 0.047 0.122 0.100 0.084 0.098 0.068 0.048 0.031 0.020 58 K 0.145 0.105 0.047 0.150 0.141 0.116 0.125 0.080 0.048 0.027 0.016 59 V 0.088 0.052 0.052 0.088 0.097 0.113 0.153 0.119 0.104 0.079 0.056 60 L 0.034 0.046 0.045 0.098 0.105 0.128 0.180 0.121 0.115 0.080 0.048 61 I 0.038 0.068 0.047 0.100 0.103 0.118 0.173 0.119 0.109 0.081 0.045 62 T 0.143 0.148 0.089 0.192 0.148 0.091 0.084 0.048 0.030 0.017 0.010 63 E 0.415 0.124 0.081 0.141 0.088 0.051 0.050 0.026 0.014 0.007 0.004 64 L 0.102 0.062 0.058 0.126 0.118 0.129 0.166 0.099 0.070 0.047 0.024 65 I 0.030 0.061 0.056 0.102 0.112 0.139 0.182 0.120 0.098 0.066 0.033 66 Q 0.046 0.068 0.114 0.144 0.143 0.128 0.159 0.089 0.058 0.035 0.016 67 H 0.092 0.074 0.226 0.185 0.130 0.100 0.100 0.045 0.026 0.015 0.006 68 S 0.093 0.107 0.200 0.213 0.141 0.097 0.080 0.036 0.018 0.010 0.004 69 A 0.045 0.066 0.089 0.127 0.125 0.122 0.163 0.116 0.074 0.050 0.023 70 K 0.051 0.043 0.076 0.108 0.124 0.138 0.185 0.121 0.075 0.057 0.021 71 H 0.070 0.106 0.297 0.209 0.117 0.082 0.064 0.028 0.015 0.008 0.003 72 K 0.047 0.108 0.198 0.218 0.149 0.115 0.088 0.041 0.020 0.012 0.005 73 V 0.034 0.021 0.028 0.036 0.053 0.099 0.192 0.163 0.164 0.128 0.082 74 D 0.215 0.214 0.141 0.198 0.108 0.047 0.039 0.020 0.009 0.005 0.002 75 I 0.038 0.020 0.040 0.048 0.065 0.121 0.206 0.134 0.145 0.118 0.065 76 D 0.197 0.307 0.109 0.169 0.090 0.049 0.039 0.018 0.011 0.007 0.004 77 C 0.075 0.114 0.047 0.129 0.120 0.144 0.166 0.090 0.059 0.037 0.020 78 S 0.374 0.186 0.058 0.135 0.092 0.055 0.043 0.027 0.014 0.010 0.006 79 Q 0.084 0.079 0.055 0.151 0.131 0.126 0.160 0.099 0.063 0.037 0.015 80 K 0.022 0.056 0.043 0.151 0.158 0.175 0.174 0.090 0.067 0.042 0.021 81 V 0.001 0.002 0.004 0.005 0.008 0.022 0.057 0.087 0.241 0.300 0.275 82 V 0.003 0.009 0.016 0.051 0.075 0.143 0.199 0.147 0.159 0.115 0.082 83 V 0.001 0.001 0.005 0.004 0.007 0.008 0.027 0.075 0.179 0.243 0.450 84 Y 0.003 0.004 0.011 0.028 0.058 0.065 0.132 0.197 0.191 0.161 0.149 85 D 0.015 0.019 0.027 0.065 0.078 0.090 0.173 0.161 0.173 0.118 0.081 86 Q 0.079 0.063 0.062 0.162 0.160 0.121 0.136 0.098 0.060 0.032 0.027 87 S 0.145 0.127 0.061 0.122 0.104 0.089 0.137 0.090 0.061 0.038 0.025 88 S 0.119 0.149 0.053 0.128 0.109 0.087 0.119 0.085 0.067 0.046 0.037 89 Q 0.505 0.166 0.054 0.099 0.065 0.035 0.032 0.019 0.012 0.007 0.005 90 D 0.412 0.178 0.075 0.127 0.072 0.044 0.040 0.022 0.015 0.009 0.006 91 V 0.053 0.070 0.038 0.117 0.121 0.123 0.158 0.120 0.093 0.067 0.040 92 A 0.143 0.131 0.063 0.138 0.118 0.102 0.116 0.079 0.055 0.037 0.018 93 S 0.141 0.128 0.129 0.210 0.133 0.089 0.069 0.043 0.029 0.019 0.011 94 L 0.058 0.041 0.049 0.090 0.095 0.117 0.171 0.130 0.112 0.087 0.050 95 S 0.042 0.068 0.046 0.134 0.134 0.131 0.159 0.106 0.087 0.059 0.034 96 S 0.026 0.033 0.038 0.061 0.077 0.091 0.160 0.146 0.157 0.123 0.087 97 D 0.067 0.057 0.063 0.147 0.153 0.131 0.155 0.087 0.069 0.044 0.028 98 C 0.026 0.023 0.037 0.069 0.079 0.094 0.176 0.150 0.149 0.119 0.078 99 F 0.007 0.018 0.020 0.073 0.107 0.130 0.197 0.155 0.135 0.099 0.058 100 L 0.001 0.002 0.004 0.007 0.013 0.022 0.067 0.115 0.228 0.272 0.269 101 T 0.005 0.010 0.035 0.075 0.122 0.142 0.180 0.131 0.133 0.101 0.067 102 V 0.008 0.013 0.054 0.075 0.098 0.131 0.211 0.136 0.126 0.099 0.050 103 L 0.001 0.004 0.011 0.020 0.029 0.065 0.139 0.131 0.228 0.235 0.138 104 L 0.001 0.001 0.003 0.006 0.011 0.037 0.098 0.100 0.257 0.286 0.202 105 G 0.038 0.059 0.186 0.222 0.173 0.117 0.105 0.045 0.030 0.017 0.009 106 K 0.019 0.048 0.115 0.135 0.131 0.180 0.185 0.081 0.052 0.036 0.017 107 L 0.010 0.011 0.010 0.019 0.027 0.068 0.143 0.142 0.207 0.205 0.158 108 E 0.259 0.231 0.070 0.159 0.094 0.057 0.060 0.034 0.018 0.012 0.006 109 K 0.151 0.111 0.112 0.166 0.126 0.105 0.089 0.054 0.039 0.029 0.019 110 S 0.269 0.244 0.069 0.139 0.098 0.063 0.056 0.031 0.015 0.009 0.006 111 F 0.072 0.069 0.027 0.094 0.110 0.126 0.154 0.131 0.095 0.072 0.050 112 N 0.158 0.096 0.047 0.105 0.110 0.110 0.132 0.103 0.067 0.046 0.026 113 S 0.097 0.123 0.061 0.239 0.163 0.100 0.102 0.055 0.033 0.018 0.009 114 V 0.005 0.003 0.005 0.008 0.014 0.029 0.066 0.087 0.221 0.275 0.287 115 H 0.020 0.045 0.042 0.172 0.192 0.160 0.151 0.092 0.063 0.038 0.024 116 L 0.003 0.008 0.016 0.031 0.044 0.069 0.111 0.141 0.208 0.210 0.160 117 L 0.001 0.002 0.003 0.007 0.014 0.037 0.088 0.108 0.229 0.243 0.269 118 A 0.065 0.067 0.057 0.187 0.177 0.125 0.138 0.078 0.057 0.032 0.018 119 G 0.126 0.052 0.059 0.127 0.127 0.124 0.154 0.095 0.064 0.045 0.026 120 G 0.016 0.037 0.019 0.056 0.065 0.096 0.166 0.133 0.166 0.150 0.095 121 F 0.002 0.004 0.003 0.014 0.028 0.063 0.142 0.156 0.221 0.206 0.161 122 A 0.162 0.139 0.229 0.222 0.125 0.056 0.034 0.016 0.009 0.005 0.003 123 E 0.040 0.050 0.080 0.196 0.178 0.160 0.162 0.071 0.034 0.018 0.010 124 F 0.002 0.003 0.004 0.006 0.009 0.018 0.049 0.077 0.212 0.299 0.323 125 S 0.020 0.030 0.035 0.109 0.158 0.156 0.208 0.119 0.081 0.055 0.029 126 R 0.042 0.084 0.334 0.213 0.119 0.085 0.051 0.028 0.021 0.016 0.008 127 C 0.028 0.031 0.033 0.068 0.088 0.161 0.218 0.133 0.115 0.079 0.046 128 F 0.047 0.052 0.023 0.060 0.059 0.083 0.159 0.152 0.157 0.129 0.079 129 P 0.127 0.094 0.071 0.154 0.142 0.120 0.120 0.073 0.050 0.030 0.018 130 G 0.346 0.157 0.091 0.145 0.095 0.057 0.053 0.027 0.015 0.009 0.005 131 L 0.065 0.045 0.025 0.061 0.071 0.086 0.152 0.136 0.151 0.116 0.093 132 C 0.060 0.063 0.024 0.076 0.092 0.109 0.182 0.141 0.113 0.084 0.057 133 E 0.175 0.317 0.129 0.185 0.091 0.044 0.028 0.014 0.009 0.005 0.003 134 G 0.440 0.175 0.052 0.114 0.077 0.047 0.045 0.025 0.013 0.007 0.005 135 K 0.587 0.174 0.031 0.085 0.044 0.024 0.023 0.014 0.009 0.005 0.003