# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.013 0.009 0.048 0.076 0.093 0.067 0.002 0.001 0.004 0.514 2 I 0.011 0.002 0.001 0.038 0.028 0.038 0.040 0.001 0.001 0.001 0.841 3 G 0.026 0.002 0.003 0.094 0.051 0.114 0.034 0.001 0.001 0.002 0.675 4 T 0.034 0.004 0.001 0.166 0.089 0.096 0.114 0.001 0.001 0.004 0.490 5 Q 0.104 0.003 0.003 0.060 0.029 0.068 0.064 0.001 0.001 0.004 0.664 6 I 0.093 0.015 0.009 0.383 0.042 0.084 0.145 0.001 0.001 0.004 0.223 7 V 0.017 0.012 0.001 0.044 0.020 0.033 0.361 0.001 0.001 0.002 0.508 8 T 0.010 0.016 0.001 0.032 0.006 0.022 0.069 0.001 0.001 0.001 0.842 9 E 0.002 0.011 0.001 0.004 0.001 0.005 0.358 0.001 0.001 0.002 0.616 10 R 0.037 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.825 0.001 0.001 0.001 0.105 11 L 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.041 12 V 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 13 A 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 14 L 0.015 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.006 15 L 0.009 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 16 E 0.018 0.913 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.001 0.001 0.005 17 S 0.136 0.549 0.035 0.001 0.001 0.001 0.002 0.239 0.001 0.001 0.036 18 G 0.533 0.118 0.044 0.001 0.002 0.002 0.006 0.131 0.001 0.001 0.162 19 T 0.116 0.010 0.534 0.026 0.005 0.005 0.063 0.010 0.001 0.004 0.227 20 E 0.105 0.003 0.075 0.114 0.055 0.056 0.168 0.003 0.001 0.015 0.404 21 K 0.021 0.001 0.010 0.323 0.034 0.029 0.215 0.001 0.001 0.009 0.358 22 V 0.025 0.001 0.001 0.727 0.019 0.031 0.031 0.001 0.001 0.001 0.165 23 L 0.001 0.001 0.001 0.939 0.017 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.013 24 L 0.001 0.001 0.001 0.838 0.050 0.072 0.006 0.001 0.001 0.001 0.033 25 I 0.001 0.001 0.001 0.907 0.036 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 26 D 0.001 0.001 0.001 0.557 0.095 0.155 0.025 0.001 0.001 0.002 0.164 27 S 0.003 0.001 0.001 0.415 0.027 0.087 0.094 0.001 0.001 0.003 0.370 28 R 0.011 0.001 0.001 0.160 0.060 0.047 0.455 0.001 0.001 0.009 0.257 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 30 F 0.006 0.001 0.001 0.020 0.018 0.117 0.110 0.001 0.001 0.001 0.727 31 V 0.053 0.005 0.001 0.015 0.011 0.034 0.136 0.001 0.001 0.010 0.737 32 E 0.280 0.049 0.001 0.015 0.021 0.032 0.072 0.001 0.001 0.005 0.523 33 Y 0.316 0.165 0.010 0.033 0.033 0.048 0.056 0.005 0.001 0.006 0.328 34 N 0.161 0.257 0.009 0.043 0.042 0.055 0.068 0.010 0.001 0.004 0.352 35 T 0.129 0.255 0.010 0.059 0.027 0.045 0.061 0.012 0.001 0.007 0.393 36 S 0.250 0.123 0.019 0.073 0.048 0.079 0.078 0.015 0.001 0.017 0.297 37 H 0.275 0.047 0.025 0.052 0.050 0.043 0.155 0.011 0.001 0.008 0.333 38 I 0.058 0.042 0.051 0.139 0.064 0.089 0.069 0.004 0.001 0.004 0.481 39 L 0.009 0.014 0.003 0.162 0.094 0.243 0.090 0.001 0.001 0.002 0.382 40 E 0.026 0.010 0.002 0.206 0.077 0.128 0.125 0.001 0.001 0.005 0.420 41 A 0.219 0.033 0.007 0.160 0.067 0.128 0.048 0.002 0.001 0.006 0.330 42 I 0.062 0.055 0.009 0.330 0.119 0.138 0.076 0.004 0.001 0.004 0.205 43 N 0.059 0.035 0.011 0.163 0.104 0.167 0.076 0.007 0.001 0.007 0.371 44 I 0.049 0.032 0.010 0.260 0.096 0.131 0.083 0.004 0.001 0.005 0.329 45 N 0.003 0.004 0.001 0.029 0.018 0.019 0.267 0.001 0.001 0.001 0.657 46 C 0.016 0.009 0.004 0.019 0.011 0.019 0.154 0.001 0.001 0.005 0.763 47 S 0.012 0.031 0.002 0.018 0.007 0.019 0.524 0.001 0.001 0.014 0.374 48 K 0.097 0.064 0.002 0.007 0.005 0.008 0.365 0.001 0.001 0.011 0.441 49 L 0.091 0.619 0.005 0.004 0.005 0.008 0.092 0.002 0.001 0.004 0.168 50 M 0.034 0.794 0.003 0.003 0.005 0.010 0.055 0.004 0.001 0.001 0.090 51 K 0.035 0.852 0.003 0.002 0.003 0.006 0.020 0.008 0.001 0.001 0.070 52 R 0.061 0.818 0.005 0.002 0.005 0.007 0.011 0.016 0.001 0.001 0.074 53 R 0.096 0.702 0.012 0.002 0.006 0.008 0.016 0.028 0.001 0.001 0.128 54 L 0.083 0.576 0.037 0.003 0.008 0.012 0.038 0.032 0.001 0.002 0.208 55 Q 0.100 0.482 0.046 0.006 0.014 0.022 0.064 0.026 0.001 0.004 0.237 56 Q 0.139 0.303 0.027 0.007 0.010 0.013 0.076 0.014 0.001 0.005 0.407 57 D 0.128 0.181 0.023 0.009 0.008 0.009 0.095 0.008 0.001 0.006 0.533 58 K 0.181 0.163 0.034 0.013 0.014 0.017 0.134 0.007 0.001 0.010 0.427 59 V 0.098 0.205 0.018 0.018 0.014 0.015 0.226 0.005 0.001 0.006 0.395 60 L 0.099 0.242 0.015 0.021 0.030 0.045 0.111 0.007 0.001 0.004 0.426 61 I 0.047 0.339 0.013 0.017 0.020 0.034 0.103 0.006 0.001 0.003 0.418 62 T 0.045 0.304 0.005 0.010 0.015 0.025 0.117 0.004 0.001 0.003 0.471 63 E 0.060 0.184 0.003 0.004 0.005 0.012 0.062 0.003 0.001 0.002 0.665 64 L 0.065 0.355 0.006 0.004 0.004 0.009 0.191 0.003 0.001 0.003 0.359 65 I 0.102 0.565 0.008 0.002 0.002 0.004 0.137 0.005 0.001 0.003 0.173 66 Q 0.036 0.866 0.006 0.001 0.001 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.065 67 H 0.026 0.859 0.006 0.001 0.001 0.003 0.010 0.006 0.001 0.001 0.088 68 S 0.036 0.803 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 0.009 0.001 0.001 0.126 69 A 0.087 0.792 0.005 0.002 0.002 0.002 0.014 0.012 0.001 0.001 0.084 70 K 0.102 0.778 0.011 0.002 0.002 0.004 0.009 0.018 0.001 0.001 0.073 71 H 0.112 0.691 0.033 0.005 0.005 0.008 0.016 0.027 0.001 0.001 0.102 72 K 0.216 0.497 0.024 0.007 0.005 0.010 0.016 0.031 0.001 0.002 0.194 73 V 0.241 0.367 0.027 0.017 0.018 0.031 0.024 0.030 0.001 0.003 0.243 74 D 0.145 0.104 0.018 0.018 0.034 0.053 0.060 0.045 0.001 0.005 0.518 75 I 0.231 0.058 0.047 0.035 0.026 0.065 0.045 0.018 0.001 0.005 0.470 76 D 0.035 0.017 0.008 0.103 0.032 0.034 0.285 0.006 0.001 0.004 0.476 77 C 0.141 0.010 0.009 0.025 0.022 0.018 0.107 0.003 0.001 0.015 0.649 78 S 0.032 0.002 0.012 0.068 0.015 0.028 0.432 0.001 0.001 0.105 0.305 79 Q 0.474 0.001 0.009 0.040 0.020 0.026 0.250 0.001 0.001 0.069 0.111 80 K 0.020 0.001 0.001 0.202 0.023 0.029 0.419 0.001 0.001 0.004 0.303 81 V 0.007 0.001 0.001 0.383 0.114 0.132 0.098 0.001 0.001 0.001 0.265 82 V 0.001 0.001 0.001 0.699 0.058 0.097 0.029 0.001 0.001 0.001 0.115 83 V 0.001 0.001 0.001 0.681 0.081 0.120 0.019 0.001 0.001 0.001 0.097 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.610 0.123 0.116 0.044 0.001 0.001 0.001 0.104 85 D 0.001 0.001 0.001 0.237 0.107 0.157 0.111 0.001 0.001 0.003 0.382 86 Q 0.004 0.001 0.001 0.128 0.040 0.090 0.193 0.001 0.001 0.005 0.540 87 S 0.003 0.001 0.001 0.034 0.004 0.007 0.554 0.001 0.001 0.007 0.390 88 S 0.181 0.003 0.004 0.032 0.017 0.014 0.323 0.001 0.001 0.080 0.346 89 Q 0.043 0.011 0.003 0.013 0.005 0.005 0.270 0.001 0.001 0.023 0.626 90 D 0.019 0.006 0.002 0.011 0.007 0.013 0.624 0.001 0.001 0.023 0.293 91 V 0.287 0.033 0.004 0.022 0.017 0.025 0.219 0.002 0.001 0.035 0.355 92 A 0.066 0.161 0.007 0.023 0.040 0.053 0.243 0.003 0.001 0.013 0.391 93 S 0.093 0.065 0.006 0.021 0.018 0.034 0.150 0.003 0.001 0.008 0.600 94 L 0.136 0.125 0.013 0.022 0.018 0.040 0.152 0.004 0.001 0.008 0.481 95 S 0.069 0.119 0.006 0.016 0.016 0.026 0.344 0.003 0.001 0.006 0.396 96 S 0.096 0.196 0.012 0.009 0.012 0.024 0.150 0.003 0.001 0.008 0.490 97 D 0.045 0.244 0.008 0.005 0.005 0.011 0.149 0.002 0.001 0.003 0.529 98 C 0.048 0.327 0.003 0.003 0.003 0.005 0.226 0.001 0.001 0.001 0.382 99 F 0.034 0.729 0.003 0.003 0.002 0.004 0.064 0.002 0.001 0.001 0.158 100 L 0.005 0.938 0.001 0.001 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.036 101 T 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 102 V 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 103 L 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 104 L 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.008 105 G 0.017 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.008 106 K 0.038 0.902 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.016 107 L 0.083 0.793 0.018 0.002 0.001 0.002 0.005 0.047 0.001 0.001 0.048 108 E 0.291 0.306 0.030 0.005 0.006 0.014 0.022 0.118 0.001 0.003 0.206 109 K 0.304 0.160 0.185 0.013 0.007 0.010 0.035 0.047 0.001 0.004 0.235 110 S 0.066 0.035 0.019 0.018 0.008 0.008 0.110 0.012 0.001 0.002 0.722 111 F 0.139 0.025 0.057 0.040 0.022 0.027 0.074 0.006 0.001 0.008 0.601 112 N 0.075 0.019 0.017 0.130 0.061 0.096 0.218 0.002 0.001 0.024 0.357 113 S 0.079 0.006 0.006 0.140 0.053 0.058 0.261 0.001 0.001 0.015 0.380 114 V 0.078 0.007 0.011 0.370 0.047 0.091 0.053 0.001 0.001 0.006 0.336 115 H 0.008 0.002 0.002 0.741 0.076 0.066 0.044 0.001 0.001 0.001 0.060 116 L 0.002 0.002 0.001 0.473 0.073 0.104 0.045 0.001 0.001 0.001 0.298 117 L 0.002 0.002 0.001 0.674 0.089 0.124 0.024 0.001 0.001 0.001 0.083 118 A 0.008 0.004 0.001 0.327 0.040 0.109 0.093 0.001 0.001 0.004 0.413 119 G 0.020 0.004 0.001 0.219 0.018 0.032 0.188 0.001 0.001 0.007 0.509 120 G 0.144 0.009 0.004 0.050 0.019 0.034 0.247 0.001 0.001 0.013 0.480 121 F 0.048 0.032 0.005 0.069 0.015 0.029 0.237 0.001 0.001 0.005 0.559 122 A 0.013 0.048 0.001 0.020 0.024 0.082 0.159 0.001 0.001 0.003 0.648 123 E 0.040 0.163 0.002 0.026 0.011 0.025 0.213 0.001 0.001 0.003 0.516 124 F 0.103 0.586 0.002 0.015 0.012 0.027 0.034 0.004 0.001 0.002 0.215 125 S 0.045 0.821 0.005 0.007 0.009 0.018 0.008 0.009 0.001 0.001 0.076 126 R 0.058 0.808 0.005 0.008 0.005 0.010 0.006 0.017 0.001 0.001 0.082 127 C 0.213 0.537 0.011 0.007 0.004 0.010 0.014 0.059 0.001 0.002 0.144 128 F 0.311 0.381 0.054 0.005 0.013 0.014 0.020 0.050 0.001 0.002 0.149 129 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.989 130 G 0.015 0.005 0.004 0.014 0.009 0.018 0.077 0.001 0.001 0.001 0.855 131 L 0.345 0.034 0.009 0.019 0.015 0.016 0.053 0.003 0.001 0.007 0.498 132 C 0.146 0.098 0.009 0.054 0.043 0.057 0.086 0.004 0.001 0.005 0.498 133 E 0.062 0.051 0.018 0.055 0.038 0.076 0.107 0.003 0.001 0.007 0.584 134 G 0.063 0.023 0.003 0.059 0.029 0.062 0.074 0.002 0.001 0.008 0.677 135 K 0.169 0.021 0.004 0.037 0.035 0.053 0.089 0.002 0.001 0.007 0.583