# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.023 0.074 0.074 0.105 0.064 0.013 0.556 2 I 0.046 0.006 0.041 0.040 0.066 0.089 0.005 0.706 3 G 0.010 0.003 0.039 0.020 0.038 0.027 0.002 0.861 4 T 0.030 0.005 0.094 0.041 0.081 0.093 0.004 0.652 5 Q 0.066 0.006 0.081 0.020 0.038 0.085 0.004 0.701 6 I 0.071 0.018 0.231 0.066 0.091 0.096 0.003 0.425 7 V 0.013 0.011 0.042 0.016 0.026 0.253 0.001 0.637 8 T 0.004 0.009 0.008 0.003 0.007 0.031 0.001 0.938 9 E 0.003 0.043 0.008 0.001 0.004 0.261 0.001 0.678 10 R 0.006 0.027 0.001 0.001 0.001 0.852 0.001 0.113 11 L 0.033 0.927 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.029 12 V 0.004 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 13 A 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 14 L 0.028 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 15 L 0.082 0.888 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.005 16 E 0.086 0.796 0.008 0.002 0.001 0.004 0.078 0.026 17 S 0.198 0.362 0.012 0.004 0.001 0.017 0.210 0.196 18 G 0.479 0.053 0.022 0.002 0.001 0.015 0.116 0.313 19 T 0.199 0.032 0.187 0.022 0.005 0.102 0.033 0.420 20 E 0.044 0.007 0.110 0.023 0.008 0.145 0.008 0.656 21 K 0.127 0.005 0.130 0.021 0.017 0.203 0.007 0.490 22 V 0.050 0.003 0.582 0.028 0.037 0.030 0.002 0.268 23 L 0.004 0.001 0.884 0.035 0.038 0.017 0.001 0.022 24 L 0.001 0.001 0.901 0.026 0.027 0.004 0.001 0.040 25 I 0.001 0.001 0.967 0.012 0.010 0.005 0.001 0.006 26 D 0.001 0.001 0.775 0.036 0.039 0.015 0.001 0.135 27 S 0.001 0.001 0.758 0.018 0.052 0.067 0.001 0.103 28 R 0.009 0.001 0.191 0.018 0.027 0.496 0.001 0.256 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 30 F 0.011 0.001 0.014 0.008 0.033 0.129 0.001 0.802 31 V 0.114 0.016 0.025 0.010 0.024 0.103 0.003 0.706 32 E 0.195 0.080 0.009 0.010 0.028 0.106 0.011 0.561 33 Y 0.351 0.311 0.017 0.013 0.035 0.038 0.015 0.219 34 N 0.142 0.511 0.031 0.018 0.029 0.046 0.022 0.200 35 T 0.139 0.481 0.042 0.013 0.018 0.032 0.038 0.237 36 S 0.243 0.275 0.098 0.016 0.021 0.048 0.056 0.242 37 H 0.264 0.136 0.120 0.028 0.026 0.100 0.042 0.284 38 I 0.064 0.094 0.335 0.055 0.063 0.080 0.012 0.298 39 L 0.026 0.031 0.171 0.040 0.046 0.117 0.005 0.564 40 E 0.042 0.035 0.169 0.034 0.057 0.151 0.009 0.503 41 A 0.150 0.044 0.407 0.022 0.041 0.049 0.016 0.271 42 I 0.046 0.058 0.562 0.069 0.067 0.060 0.009 0.128 43 N 0.051 0.032 0.408 0.048 0.078 0.068 0.011 0.303 44 I 0.047 0.024 0.521 0.065 0.071 0.096 0.005 0.172 45 N 0.011 0.011 0.117 0.027 0.038 0.220 0.007 0.569 46 C 0.022 0.013 0.086 0.015 0.034 0.231 0.007 0.591 47 S 0.026 0.018 0.024 0.005 0.009 0.292 0.007 0.619 48 K 0.068 0.046 0.013 0.004 0.007 0.162 0.010 0.689 49 L 0.126 0.222 0.019 0.005 0.011 0.192 0.012 0.414 50 M 0.066 0.561 0.013 0.007 0.018 0.121 0.009 0.204 51 K 0.090 0.633 0.013 0.006 0.016 0.051 0.013 0.177 52 R 0.112 0.671 0.017 0.006 0.010 0.023 0.017 0.143 53 R 0.087 0.664 0.024 0.008 0.010 0.021 0.021 0.165 54 L 0.075 0.552 0.022 0.012 0.014 0.039 0.026 0.259 55 Q 0.102 0.387 0.030 0.014 0.019 0.069 0.034 0.346 56 Q 0.148 0.265 0.049 0.015 0.017 0.068 0.034 0.403 57 D 0.108 0.217 0.051 0.014 0.014 0.080 0.033 0.482 58 K 0.170 0.159 0.053 0.014 0.017 0.080 0.025 0.482 59 V 0.095 0.186 0.058 0.022 0.027 0.159 0.011 0.441 60 L 0.081 0.203 0.040 0.038 0.059 0.149 0.011 0.420 61 I 0.073 0.232 0.041 0.021 0.045 0.093 0.007 0.488 62 T 0.040 0.336 0.037 0.015 0.027 0.123 0.007 0.414 63 E 0.032 0.204 0.013 0.003 0.007 0.045 0.005 0.691 64 L 0.040 0.359 0.008 0.003 0.007 0.150 0.007 0.426 65 I 0.080 0.591 0.007 0.002 0.005 0.137 0.010 0.168 66 Q 0.058 0.839 0.006 0.001 0.003 0.017 0.007 0.069 67 H 0.040 0.859 0.009 0.001 0.002 0.009 0.006 0.074 68 S 0.027 0.813 0.007 0.001 0.002 0.016 0.009 0.125 69 A 0.066 0.806 0.006 0.002 0.003 0.012 0.018 0.087 70 K 0.068 0.802 0.016 0.003 0.005 0.010 0.017 0.079 71 H 0.071 0.747 0.023 0.010 0.008 0.033 0.027 0.083 72 K 0.231 0.417 0.024 0.009 0.010 0.022 0.056 0.231 73 V 0.195 0.350 0.078 0.028 0.020 0.030 0.046 0.253 74 D 0.126 0.109 0.070 0.113 0.078 0.040 0.035 0.428 75 I 0.084 0.056 0.101 0.120 0.104 0.060 0.011 0.464 76 D 0.034 0.035 0.054 0.161 0.102 0.165 0.010 0.438 77 C 0.025 0.004 0.016 0.012 0.017 0.040 0.003 0.882 78 S 0.035 0.003 0.026 0.013 0.011 0.721 0.010 0.181 79 Q 0.597 0.002 0.032 0.017 0.010 0.175 0.040 0.128 80 K 0.090 0.002 0.280 0.042 0.046 0.115 0.007 0.418 81 V 0.003 0.001 0.553 0.091 0.167 0.039 0.001 0.145 82 V 0.002 0.001 0.833 0.040 0.076 0.018 0.001 0.030 83 V 0.001 0.001 0.796 0.065 0.085 0.007 0.001 0.047 84 Y 0.001 0.001 0.905 0.021 0.033 0.021 0.001 0.020 85 D 0.001 0.001 0.567 0.114 0.106 0.088 0.001 0.123 86 Q 0.002 0.001 0.228 0.038 0.085 0.246 0.002 0.398 87 S 0.011 0.001 0.027 0.007 0.014 0.653 0.005 0.281 88 S 0.164 0.002 0.008 0.006 0.008 0.218 0.046 0.548 89 Q 0.118 0.014 0.012 0.008 0.010 0.260 0.019 0.559 90 D 0.069 0.018 0.008 0.010 0.018 0.531 0.011 0.335 91 V 0.191 0.111 0.022 0.024 0.059 0.227 0.018 0.348 92 A 0.081 0.188 0.026 0.023 0.051 0.175 0.014 0.442 93 S 0.077 0.093 0.018 0.009 0.018 0.127 0.012 0.646 94 L 0.197 0.148 0.030 0.011 0.022 0.109 0.022 0.461 95 S 0.118 0.208 0.025 0.013 0.021 0.169 0.013 0.432 96 S 0.055 0.251 0.011 0.007 0.011 0.241 0.009 0.414 97 D 0.056 0.351 0.011 0.002 0.005 0.095 0.008 0.472 98 C 0.025 0.422 0.008 0.001 0.002 0.190 0.005 0.346 99 F 0.019 0.640 0.003 0.001 0.001 0.154 0.003 0.179 100 L 0.008 0.953 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.026 101 T 0.004 0.981 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 102 V 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 L 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 104 L 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 105 G 0.023 0.949 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 106 K 0.116 0.789 0.007 0.002 0.001 0.003 0.045 0.037 107 L 0.069 0.748 0.013 0.004 0.002 0.017 0.066 0.080 108 E 0.238 0.350 0.036 0.015 0.011 0.017 0.099 0.233 109 K 0.132 0.153 0.249 0.034 0.020 0.038 0.023 0.350 110 S 0.060 0.058 0.051 0.044 0.021 0.118 0.017 0.632 111 F 0.137 0.035 0.052 0.023 0.028 0.059 0.018 0.648 112 N 0.121 0.025 0.124 0.035 0.036 0.179 0.021 0.459 113 S 0.092 0.011 0.127 0.060 0.071 0.200 0.014 0.425 114 V 0.056 0.012 0.267 0.093 0.114 0.053 0.005 0.400 115 H 0.013 0.006 0.268 0.331 0.232 0.052 0.001 0.097 116 L 0.010 0.005 0.278 0.096 0.167 0.063 0.001 0.380 117 L 0.006 0.009 0.214 0.222 0.391 0.062 0.001 0.096 118 A 0.006 0.008 0.058 0.032 0.074 0.064 0.002 0.756 119 G 0.022 0.015 0.032 0.015 0.038 0.223 0.006 0.650 120 G 0.196 0.024 0.017 0.007 0.017 0.288 0.019 0.432 121 F 0.102 0.191 0.037 0.026 0.042 0.137 0.010 0.455 122 A 0.025 0.174 0.015 0.014 0.034 0.140 0.004 0.593 123 E 0.051 0.433 0.013 0.007 0.016 0.112 0.005 0.363 124 F 0.058 0.802 0.009 0.003 0.011 0.018 0.008 0.091 125 S 0.026 0.926 0.004 0.003 0.006 0.003 0.004 0.028 126 R 0.043 0.880 0.009 0.004 0.005 0.005 0.012 0.043 127 C 0.236 0.516 0.008 0.004 0.007 0.010 0.108 0.111 128 F 0.495 0.188 0.032 0.013 0.013 0.020 0.098 0.142 129 P 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.988 130 G 0.015 0.006 0.022 0.016 0.024 0.054 0.005 0.858 131 L 0.332 0.011 0.054 0.027 0.026 0.050 0.008 0.492 132 C 0.153 0.046 0.100 0.098 0.087 0.121 0.007 0.389 133 E 0.039 0.022 0.054 0.043 0.063 0.094 0.004 0.681 134 G 0.035 0.013 0.038 0.022 0.047 0.056 0.006 0.782 135 K 0.083 0.009 0.024 0.024 0.038 0.115 0.010 0.697