# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.093 0.356 0.282 0.051 0.100 0.037 0.029 0.005 0.041 0.005 0.001 2 I 0.113 0.306 0.367 0.080 0.032 0.025 0.035 0.001 0.036 0.002 0.003 3 G 0.082 0.065 0.335 0.029 0.162 0.057 0.044 0.097 0.014 0.111 0.005 4 T 0.218 0.269 0.289 0.109 0.046 0.039 0.013 0.003 0.011 0.002 0.002 5 Q 0.101 0.394 0.281 0.048 0.042 0.072 0.045 0.002 0.012 0.001 0.001 6 I 0.135 0.462 0.254 0.028 0.034 0.067 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 7 V 0.042 0.158 0.520 0.014 0.042 0.130 0.002 0.001 0.088 0.002 0.001 8 T 0.940 0.002 0.041 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.989 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.959 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.949 0.003 0.011 0.032 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.819 0.007 0.012 0.126 0.002 0.003 0.024 0.002 0.002 0.001 0.001 17 S 0.246 0.021 0.065 0.550 0.004 0.004 0.094 0.005 0.008 0.001 0.001 18 G 0.012 0.001 0.014 0.008 0.012 0.002 0.109 0.749 0.002 0.091 0.001 19 T 0.091 0.127 0.591 0.106 0.014 0.032 0.020 0.002 0.011 0.003 0.002 20 E 0.194 0.154 0.431 0.167 0.013 0.022 0.007 0.002 0.007 0.001 0.002 21 K 0.088 0.344 0.165 0.203 0.104 0.026 0.047 0.005 0.015 0.001 0.001 22 V 0.002 0.753 0.117 0.004 0.105 0.007 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 23 L 0.002 0.634 0.266 0.002 0.040 0.047 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 24 L 0.003 0.552 0.290 0.003 0.009 0.127 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 I 0.014 0.810 0.085 0.011 0.032 0.034 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 26 D 0.019 0.301 0.316 0.022 0.120 0.102 0.048 0.003 0.058 0.008 0.003 27 S 0.062 0.271 0.342 0.087 0.081 0.078 0.045 0.008 0.018 0.004 0.004 28 R 0.014 0.439 0.267 0.004 0.149 0.013 0.002 0.001 0.103 0.007 0.001 29 P 0.058 0.005 0.830 0.005 0.004 0.068 0.001 0.001 0.004 0.003 0.021 30 F 0.726 0.045 0.125 0.049 0.010 0.024 0.005 0.005 0.008 0.002 0.001 31 V 0.853 0.056 0.051 0.026 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 32 E 0.793 0.074 0.042 0.059 0.011 0.008 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 33 Y 0.633 0.071 0.099 0.129 0.031 0.010 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 34 N 0.715 0.045 0.074 0.094 0.014 0.015 0.022 0.007 0.009 0.003 0.002 35 T 0.561 0.062 0.052 0.259 0.020 0.007 0.027 0.004 0.007 0.001 0.001 36 S 0.301 0.075 0.126 0.210 0.027 0.026 0.186 0.035 0.010 0.003 0.001 37 H 0.161 0.261 0.266 0.121 0.044 0.068 0.052 0.006 0.019 0.001 0.001 38 I 0.134 0.246 0.453 0.035 0.004 0.101 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 39 L 0.530 0.078 0.155 0.194 0.009 0.019 0.005 0.001 0.006 0.002 0.001 40 E 0.269 0.096 0.070 0.109 0.225 0.019 0.101 0.057 0.026 0.027 0.002 41 A 0.215 0.273 0.283 0.042 0.115 0.029 0.018 0.005 0.017 0.002 0.001 42 I 0.227 0.540 0.123 0.038 0.029 0.017 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 43 N 0.051 0.197 0.352 0.029 0.037 0.228 0.078 0.004 0.019 0.002 0.002 44 I 0.083 0.547 0.166 0.035 0.113 0.035 0.003 0.001 0.013 0.003 0.001 45 N 0.038 0.080 0.477 0.019 0.017 0.293 0.018 0.001 0.047 0.006 0.004 46 C 0.584 0.054 0.208 0.069 0.016 0.043 0.005 0.001 0.015 0.003 0.002 47 S 0.793 0.030 0.058 0.085 0.008 0.008 0.009 0.003 0.004 0.002 0.001 48 K 0.824 0.029 0.031 0.087 0.011 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 49 L 0.779 0.026 0.044 0.127 0.005 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 50 M 0.836 0.035 0.042 0.065 0.005 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 51 K 0.794 0.036 0.063 0.073 0.005 0.007 0.013 0.002 0.005 0.001 0.001 52 R 0.599 0.057 0.079 0.185 0.028 0.013 0.019 0.006 0.012 0.002 0.001 53 R 0.524 0.072 0.193 0.121 0.011 0.022 0.032 0.004 0.018 0.002 0.002 54 L 0.376 0.114 0.307 0.091 0.023 0.031 0.027 0.004 0.020 0.005 0.002 55 Q 0.461 0.082 0.219 0.125 0.026 0.029 0.027 0.006 0.013 0.008 0.004 56 Q 0.378 0.130 0.203 0.150 0.059 0.023 0.017 0.010 0.020 0.008 0.002 57 D 0.314 0.067 0.131 0.310 0.036 0.044 0.055 0.020 0.014 0.007 0.004 58 K 0.277 0.160 0.173 0.205 0.051 0.033 0.066 0.011 0.021 0.003 0.001 59 V 0.197 0.263 0.323 0.107 0.018 0.047 0.025 0.002 0.015 0.001 0.001 60 L 0.145 0.217 0.443 0.051 0.029 0.062 0.021 0.002 0.026 0.002 0.001 61 I 0.301 0.100 0.433 0.064 0.021 0.055 0.008 0.001 0.012 0.004 0.003 62 T 0.357 0.101 0.310 0.090 0.036 0.059 0.009 0.003 0.028 0.005 0.001 63 E 0.814 0.018 0.108 0.037 0.004 0.010 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 64 L 0.912 0.013 0.029 0.036 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 65 I 0.888 0.028 0.024 0.046 0.003 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 66 Q 0.932 0.013 0.025 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 H 0.951 0.009 0.016 0.016 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.938 0.008 0.011 0.033 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.843 0.010 0.027 0.107 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 70 K 0.854 0.015 0.036 0.079 0.002 0.003 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 71 H 0.677 0.032 0.048 0.158 0.019 0.007 0.039 0.012 0.005 0.003 0.001 72 K 0.491 0.080 0.145 0.204 0.015 0.025 0.022 0.005 0.012 0.001 0.001 73 V 0.248 0.253 0.213 0.219 0.024 0.012 0.011 0.001 0.018 0.001 0.001 74 D 0.112 0.144 0.265 0.067 0.055 0.136 0.152 0.027 0.025 0.013 0.004 75 I 0.085 0.504 0.254 0.058 0.057 0.018 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 76 D 0.051 0.192 0.405 0.055 0.035 0.126 0.045 0.007 0.063 0.013 0.007 77 C 0.415 0.102 0.202 0.129 0.047 0.015 0.050 0.011 0.016 0.009 0.004 78 S 0.062 0.073 0.077 0.296 0.037 0.022 0.378 0.040 0.009 0.004 0.001 79 Q 0.017 0.355 0.423 0.062 0.065 0.024 0.034 0.002 0.017 0.001 0.001 80 K 0.016 0.377 0.500 0.032 0.012 0.041 0.013 0.001 0.008 0.001 0.001 81 V 0.006 0.719 0.194 0.007 0.022 0.043 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 82 V 0.007 0.657 0.221 0.004 0.031 0.069 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 83 V 0.011 0.654 0.163 0.009 0.048 0.098 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 84 Y 0.015 0.604 0.161 0.013 0.114 0.057 0.002 0.001 0.032 0.001 0.001 85 D 0.030 0.240 0.359 0.017 0.098 0.145 0.019 0.003 0.071 0.016 0.003 86 Q 0.521 0.089 0.159 0.130 0.040 0.019 0.013 0.003 0.012 0.007 0.004 87 S 0.334 0.119 0.091 0.276 0.081 0.018 0.039 0.014 0.017 0.010 0.001 88 S 0.295 0.099 0.137 0.286 0.057 0.030 0.054 0.008 0.027 0.005 0.002 89 Q 0.636 0.067 0.117 0.103 0.022 0.010 0.024 0.006 0.009 0.004 0.002 90 D 0.548 0.073 0.110 0.183 0.018 0.034 0.016 0.004 0.010 0.002 0.001 91 V 0.478 0.119 0.115 0.235 0.012 0.013 0.011 0.001 0.015 0.001 0.001 92 A 0.373 0.102 0.209 0.132 0.046 0.025 0.062 0.019 0.017 0.014 0.002 93 S 0.368 0.087 0.195 0.113 0.063 0.034 0.062 0.033 0.020 0.023 0.003 94 L 0.494 0.089 0.207 0.133 0.019 0.020 0.018 0.004 0.010 0.003 0.002 95 S 0.579 0.072 0.137 0.104 0.035 0.022 0.019 0.009 0.012 0.009 0.001 96 S 0.740 0.035 0.093 0.075 0.022 0.013 0.008 0.003 0.006 0.005 0.001 97 D 0.937 0.005 0.018 0.029 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 C 0.985 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 F 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 T 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 L 0.952 0.001 0.003 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 G 0.953 0.001 0.002 0.032 0.002 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 106 K 0.898 0.004 0.006 0.086 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.373 0.013 0.034 0.546 0.004 0.004 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 108 E 0.091 0.013 0.035 0.080 0.026 0.015 0.501 0.199 0.006 0.032 0.001 109 K 0.156 0.241 0.389 0.106 0.034 0.033 0.017 0.005 0.015 0.003 0.001 110 S 0.162 0.168 0.308 0.241 0.017 0.052 0.021 0.004 0.018 0.004 0.004 111 F 0.110 0.226 0.238 0.165 0.095 0.042 0.057 0.016 0.039 0.009 0.002 112 N 0.140 0.202 0.354 0.087 0.100 0.027 0.046 0.013 0.017 0.012 0.003 113 S 0.073 0.330 0.261 0.086 0.153 0.025 0.047 0.007 0.015 0.002 0.001 114 V 0.011 0.753 0.152 0.006 0.053 0.012 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 115 H 0.011 0.661 0.216 0.004 0.057 0.037 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 116 L 0.013 0.573 0.279 0.006 0.019 0.085 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 117 L 0.106 0.606 0.154 0.019 0.022 0.055 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 118 A 0.284 0.155 0.293 0.099 0.039 0.030 0.053 0.004 0.025 0.014 0.005 119 G 0.074 0.018 0.061 0.086 0.161 0.007 0.140 0.263 0.008 0.180 0.001 120 G 0.196 0.028 0.135 0.052 0.160 0.017 0.026 0.172 0.007 0.203 0.002 121 F 0.717 0.068 0.121 0.061 0.006 0.014 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 122 A 0.918 0.020 0.038 0.012 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 123 E 0.932 0.021 0.014 0.020 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 124 F 0.919 0.011 0.020 0.039 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 125 S 0.942 0.016 0.018 0.016 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 126 R 0.919 0.012 0.012 0.043 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 127 C 0.370 0.011 0.024 0.578 0.004 0.004 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 128 F 0.094 0.092 0.287 0.029 0.025 0.017 0.059 0.004 0.387 0.006 0.001 129 P 0.490 0.005 0.423 0.036 0.002 0.006 0.008 0.001 0.002 0.005 0.024 130 G 0.374 0.042 0.187 0.087 0.050 0.023 0.040 0.158 0.009 0.029 0.002 131 L 0.270 0.164 0.382 0.123 0.015 0.025 0.005 0.001 0.012 0.001 0.002 132 C 0.183 0.320 0.211 0.157 0.034 0.041 0.009 0.002 0.040 0.002 0.002 133 E 0.127 0.211 0.307 0.159 0.031 0.035 0.081 0.004 0.036 0.005 0.004 134 G 0.027 0.019 0.100 0.020 0.133 0.016 0.050 0.304 0.010 0.320 0.002 135 K 0.178 0.146 0.485 0.073 0.037 0.024 0.018 0.006 0.018 0.009 0.007