# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.168 0.210 0.069 0.019 0.302 0.019 0.033 0.045 0.032 0.049 0.056 2 I 0.129 0.192 0.087 0.063 0.218 0.052 0.068 0.052 0.041 0.054 0.045 3 G 0.130 0.136 0.122 0.112 0.171 0.044 0.040 0.058 0.063 0.075 0.050 4 T 0.094 0.224 0.052 0.015 0.301 0.028 0.059 0.081 0.055 0.051 0.040 5 Q 0.235 0.147 0.022 0.003 0.411 0.003 0.011 0.028 0.012 0.039 0.089 6 I 0.072 0.388 0.135 0.009 0.247 0.019 0.016 0.020 0.008 0.022 0.063 7 V 0.073 0.549 0.199 0.002 0.138 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 0.019 8 T 0.003 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.710 0.260 0.006 0.002 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.905 0.088 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.039 0.009 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.942 0.039 0.017 0.001 12 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.926 0.071 0.001 0.001 13 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.977 0.014 0.001 0.001 14 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.949 0.031 0.011 0.001 15 L 0.004 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.014 0.743 0.200 0.024 0.003 16 E 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.016 0.087 0.730 0.120 0.034 0.002 17 S 0.005 0.454 0.324 0.019 0.023 0.015 0.082 0.038 0.017 0.020 0.003 18 G 0.058 0.015 0.024 0.025 0.018 0.009 0.006 0.008 0.015 0.431 0.391 19 T 0.210 0.190 0.067 0.024 0.237 0.021 0.026 0.042 0.077 0.053 0.052 20 E 0.062 0.077 0.046 0.048 0.083 0.140 0.263 0.076 0.092 0.078 0.034 21 K 0.184 0.071 0.023 0.020 0.202 0.049 0.075 0.014 0.021 0.220 0.121 22 V 0.118 0.093 0.001 0.001 0.784 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 23 L 0.106 0.045 0.001 0.001 0.843 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 24 L 0.479 0.019 0.002 0.001 0.465 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 25 I 0.221 0.145 0.022 0.018 0.423 0.047 0.020 0.005 0.006 0.014 0.080 26 D 0.159 0.214 0.102 0.008 0.417 0.007 0.006 0.003 0.004 0.010 0.068 27 S 0.192 0.170 0.033 0.014 0.193 0.014 0.041 0.038 0.058 0.148 0.098 28 R 0.013 0.285 0.518 0.050 0.052 0.015 0.015 0.011 0.011 0.014 0.016 29 P 0.040 0.482 0.243 0.030 0.076 0.007 0.010 0.053 0.030 0.016 0.013 30 F 0.020 0.051 0.019 0.004 0.037 0.007 0.019 0.457 0.341 0.036 0.011 31 V 0.012 0.057 0.012 0.004 0.036 0.008 0.023 0.650 0.176 0.018 0.005 32 E 0.033 0.018 0.006 0.003 0.036 0.004 0.037 0.701 0.093 0.057 0.012 33 Y 0.037 0.030 0.016 0.007 0.055 0.013 0.035 0.588 0.127 0.076 0.016 34 N 0.028 0.032 0.018 0.014 0.032 0.029 0.066 0.556 0.137 0.072 0.017 35 T 0.036 0.128 0.041 0.017 0.073 0.026 0.080 0.340 0.138 0.097 0.025 36 S 0.059 0.186 0.077 0.033 0.134 0.023 0.042 0.159 0.077 0.158 0.051 37 H 0.147 0.115 0.060 0.021 0.139 0.015 0.043 0.128 0.068 0.165 0.098 38 I 0.126 0.214 0.114 0.028 0.201 0.022 0.027 0.104 0.064 0.049 0.051 39 L 0.034 0.142 0.076 0.072 0.062 0.108 0.164 0.196 0.091 0.039 0.017 40 E 0.073 0.048 0.047 0.039 0.067 0.039 0.042 0.126 0.108 0.322 0.089 41 A 0.155 0.164 0.017 0.005 0.441 0.006 0.014 0.074 0.049 0.044 0.031 42 I 0.106 0.244 0.062 0.008 0.364 0.017 0.044 0.069 0.026 0.020 0.039 43 N 0.306 0.102 0.030 0.004 0.289 0.004 0.009 0.026 0.012 0.051 0.167 44 I 0.066 0.371 0.052 0.014 0.253 0.028 0.031 0.073 0.039 0.041 0.031 45 N 0.135 0.277 0.147 0.013 0.221 0.009 0.011 0.079 0.024 0.043 0.041 46 C 0.030 0.048 0.011 0.003 0.042 0.004 0.007 0.486 0.291 0.063 0.014 47 S 0.006 0.021 0.009 0.004 0.011 0.010 0.013 0.750 0.151 0.022 0.004 48 K 0.005 0.011 0.003 0.001 0.007 0.002 0.012 0.827 0.103 0.024 0.003 49 L 0.007 0.006 0.003 0.001 0.007 0.002 0.015 0.836 0.082 0.036 0.004 50 M 0.008 0.015 0.006 0.003 0.010 0.010 0.017 0.717 0.154 0.053 0.006 51 K 0.009 0.019 0.008 0.005 0.015 0.013 0.051 0.672 0.153 0.049 0.007 52 R 0.020 0.059 0.035 0.008 0.043 0.015 0.059 0.487 0.130 0.132 0.013 53 R 0.059 0.075 0.036 0.011 0.070 0.014 0.053 0.320 0.138 0.181 0.042 54 L 0.070 0.163 0.067 0.019 0.112 0.020 0.049 0.264 0.108 0.090 0.039 55 Q 0.073 0.091 0.054 0.026 0.085 0.035 0.065 0.240 0.120 0.161 0.050 56 Q 0.069 0.136 0.071 0.033 0.110 0.039 0.064 0.226 0.120 0.097 0.035 57 D 0.059 0.081 0.039 0.026 0.085 0.040 0.062 0.246 0.167 0.155 0.041 58 K 0.078 0.132 0.042 0.016 0.166 0.015 0.041 0.205 0.138 0.128 0.039 59 V 0.106 0.163 0.055 0.014 0.191 0.017 0.038 0.148 0.082 0.121 0.065 60 L 0.081 0.325 0.141 0.013 0.189 0.011 0.023 0.090 0.030 0.043 0.053 61 I 0.048 0.285 0.144 0.024 0.084 0.025 0.035 0.165 0.064 0.091 0.036 62 T 0.050 0.303 0.101 0.011 0.122 0.009 0.015 0.272 0.060 0.038 0.018 63 E 0.005 0.021 0.006 0.001 0.010 0.003 0.005 0.730 0.195 0.020 0.004 64 L 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.007 0.865 0.101 0.012 0.002 65 I 0.003 0.008 0.003 0.001 0.004 0.002 0.006 0.868 0.076 0.027 0.002 66 Q 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.004 0.010 0.850 0.079 0.033 0.002 67 H 0.003 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.014 0.865 0.084 0.016 0.001 68 S 0.004 0.010 0.004 0.001 0.005 0.002 0.026 0.872 0.057 0.018 0.002 69 A 0.010 0.011 0.005 0.001 0.009 0.003 0.014 0.748 0.136 0.059 0.005 70 K 0.014 0.016 0.004 0.002 0.020 0.007 0.023 0.687 0.189 0.030 0.008 71 H 0.007 0.017 0.011 0.005 0.014 0.020 0.078 0.592 0.181 0.071 0.006 72 K 0.041 0.026 0.015 0.006 0.041 0.013 0.122 0.361 0.136 0.209 0.029 73 V 0.040 0.510 0.078 0.011 0.194 0.012 0.029 0.056 0.029 0.026 0.015 74 D 0.218 0.055 0.040 0.026 0.134 0.018 0.026 0.065 0.047 0.215 0.156 75 I 0.119 0.199 0.075 0.029 0.272 0.026 0.043 0.068 0.064 0.067 0.039 76 D 0.150 0.130 0.155 0.100 0.200 0.039 0.028 0.045 0.052 0.051 0.048 77 C 0.028 0.051 0.049 0.054 0.038 0.064 0.220 0.190 0.233 0.057 0.017 78 S 0.085 0.033 0.026 0.020 0.049 0.029 0.049 0.023 0.056 0.485 0.145 79 Q 0.084 0.428 0.017 0.007 0.386 0.008 0.013 0.004 0.005 0.019 0.028 80 K 0.209 0.091 0.005 0.001 0.650 0.004 0.005 0.001 0.001 0.007 0.025 81 V 0.151 0.048 0.001 0.001 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 82 V 0.151 0.029 0.001 0.001 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 83 V 0.365 0.023 0.002 0.001 0.578 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 84 Y 0.219 0.103 0.025 0.018 0.384 0.031 0.011 0.003 0.004 0.027 0.175 85 D 0.124 0.244 0.127 0.017 0.400 0.007 0.003 0.004 0.004 0.006 0.064 86 Q 0.038 0.054 0.020 0.016 0.049 0.036 0.073 0.265 0.295 0.126 0.028 87 S 0.035 0.131 0.075 0.030 0.058 0.036 0.102 0.152 0.119 0.227 0.035 88 S 0.094 0.211 0.047 0.021 0.165 0.011 0.013 0.169 0.128 0.098 0.043 89 Q 0.027 0.044 0.022 0.018 0.045 0.034 0.046 0.433 0.249 0.060 0.022 90 D 0.042 0.046 0.023 0.009 0.068 0.015 0.052 0.422 0.162 0.137 0.024 91 V 0.049 0.060 0.029 0.011 0.061 0.016 0.045 0.372 0.156 0.170 0.032 92 A 0.033 0.162 0.070 0.038 0.058 0.036 0.047 0.326 0.118 0.086 0.027 93 S 0.044 0.074 0.053 0.029 0.060 0.019 0.031 0.350 0.132 0.160 0.048 94 L 0.029 0.087 0.038 0.010 0.060 0.012 0.040 0.443 0.143 0.116 0.022 95 S 0.036 0.100 0.053 0.011 0.055 0.013 0.022 0.496 0.109 0.080 0.024 96 S 0.015 0.062 0.022 0.006 0.024 0.007 0.014 0.671 0.125 0.043 0.010 97 D 0.003 0.007 0.003 0.001 0.005 0.002 0.005 0.875 0.079 0.017 0.003 98 C 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.939 0.044 0.003 0.001 99 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.040 0.005 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.024 0.003 0.001 101 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.031 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.007 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.951 0.038 0.005 0.001 104 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.858 0.125 0.005 0.001 105 G 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.006 0.020 0.738 0.184 0.044 0.001 106 K 0.008 0.014 0.014 0.003 0.011 0.006 0.184 0.597 0.094 0.065 0.005 107 L 0.025 0.592 0.121 0.010 0.094 0.008 0.026 0.047 0.032 0.031 0.015 108 E 0.078 0.021 0.019 0.026 0.034 0.023 0.025 0.093 0.091 0.378 0.212 109 K 0.082 0.192 0.096 0.022 0.181 0.021 0.043 0.147 0.090 0.091 0.034 110 S 0.111 0.098 0.051 0.028 0.135 0.046 0.104 0.129 0.101 0.137 0.059 111 F 0.142 0.134 0.064 0.050 0.176 0.043 0.053 0.100 0.109 0.082 0.048 112 N 0.071 0.083 0.057 0.065 0.098 0.117 0.120 0.124 0.093 0.125 0.049 113 S 0.226 0.105 0.025 0.010 0.395 0.013 0.020 0.035 0.024 0.085 0.062 114 V 0.219 0.106 0.003 0.001 0.636 0.002 0.003 0.008 0.003 0.005 0.014 115 H 0.125 0.116 0.010 0.001 0.725 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 116 L 0.371 0.096 0.021 0.003 0.388 0.003 0.006 0.017 0.006 0.008 0.082 117 L 0.182 0.114 0.058 0.036 0.190 0.059 0.059 0.097 0.035 0.057 0.112 118 A 0.032 0.124 0.070 0.122 0.056 0.136 0.101 0.128 0.060 0.130 0.042 119 G 0.011 0.075 0.129 0.394 0.022 0.065 0.027 0.064 0.032 0.145 0.037 120 G 0.028 0.164 0.202 0.075 0.038 0.020 0.011 0.141 0.068 0.213 0.039 121 F 0.018 0.049 0.015 0.004 0.032 0.005 0.008 0.604 0.219 0.037 0.010 122 A 0.007 0.018 0.011 0.006 0.009 0.009 0.014 0.776 0.133 0.013 0.004 123 E 0.007 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.021 0.866 0.061 0.016 0.003 124 F 0.004 0.004 0.002 0.001 0.006 0.003 0.004 0.747 0.177 0.050 0.002 125 S 0.005 0.006 0.003 0.002 0.006 0.006 0.017 0.697 0.239 0.016 0.003 126 R 0.009 0.017 0.008 0.004 0.022 0.014 0.074 0.543 0.197 0.107 0.006 127 C 0.043 0.081 0.070 0.011 0.065 0.019 0.162 0.214 0.087 0.230 0.018 128 F 0.143 0.204 0.113 0.026 0.167 0.015 0.022 0.051 0.046 0.116 0.099 129 P 0.043 0.203 0.086 0.041 0.087 0.038 0.071 0.177 0.182 0.050 0.023 130 G 0.075 0.097 0.075 0.025 0.125 0.021 0.048 0.162 0.146 0.176 0.049 131 L 0.114 0.153 0.052 0.012 0.217 0.016 0.063 0.130 0.092 0.105 0.045 132 C 0.139 0.151 0.091 0.028 0.227 0.033 0.054 0.093 0.048 0.068 0.069 133 E 0.040 0.170 0.105 0.139 0.082 0.094 0.106 0.089 0.056 0.086 0.033 134 G 0.040 0.063 0.164 0.279 0.046 0.044 0.022 0.046 0.043 0.194 0.059 135 K 0.082 0.183 0.087 0.029 0.160 0.026 0.047 0.137 0.110 0.102 0.037