# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.471 0.202 0.157 0.097 0.051 0.021 0.002 2 I 0.469 0.229 0.163 0.083 0.037 0.017 0.003 3 G 0.278 0.203 0.184 0.188 0.095 0.046 0.006 4 T 0.364 0.260 0.200 0.101 0.048 0.025 0.003 5 Q 0.168 0.238 0.230 0.192 0.113 0.052 0.006 6 I 0.049 0.073 0.134 0.234 0.265 0.220 0.024 7 V 0.064 0.165 0.183 0.236 0.214 0.118 0.020 8 T 0.034 0.076 0.172 0.317 0.263 0.123 0.015 9 E 0.279 0.394 0.230 0.070 0.019 0.007 0.001 10 R 0.022 0.127 0.324 0.340 0.152 0.032 0.003 11 L 0.003 0.004 0.009 0.049 0.356 0.538 0.042 12 V 0.017 0.110 0.352 0.365 0.128 0.027 0.002 13 A 0.151 0.515 0.267 0.051 0.012 0.004 0.001 14 L 0.011 0.068 0.233 0.441 0.208 0.038 0.001 15 L 0.012 0.023 0.054 0.214 0.492 0.200 0.006 16 E 0.241 0.415 0.268 0.061 0.014 0.002 0.001 17 S 0.563 0.320 0.089 0.024 0.004 0.001 0.001 18 G 0.395 0.360 0.183 0.046 0.015 0.002 0.001 19 T 0.179 0.336 0.241 0.200 0.037 0.007 0.001 20 E 0.374 0.344 0.208 0.053 0.018 0.003 0.001 21 K 0.028 0.201 0.288 0.307 0.141 0.033 0.002 22 V 0.001 0.002 0.015 0.066 0.387 0.500 0.029 23 L 0.001 0.001 0.004 0.022 0.115 0.574 0.284 24 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.231 0.754 25 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.179 0.810 26 D 0.001 0.001 0.006 0.039 0.111 0.294 0.549 27 S 0.001 0.001 0.002 0.008 0.071 0.398 0.520 28 R 0.004 0.023 0.074 0.195 0.269 0.331 0.105 29 P 0.055 0.192 0.254 0.214 0.149 0.115 0.022 30 F 0.038 0.114 0.177 0.324 0.231 0.108 0.009 31 V 0.240 0.275 0.209 0.157 0.078 0.038 0.003 32 E 0.150 0.258 0.238 0.202 0.116 0.033 0.002 33 Y 0.114 0.105 0.177 0.278 0.233 0.087 0.007 34 N 0.322 0.307 0.202 0.116 0.038 0.013 0.002 35 T 0.470 0.281 0.149 0.070 0.021 0.008 0.001 36 S 0.209 0.238 0.245 0.153 0.105 0.045 0.004 37 H 0.039 0.100 0.202 0.260 0.244 0.134 0.020 38 I 0.026 0.049 0.086 0.161 0.253 0.340 0.086 39 L 0.052 0.175 0.211 0.268 0.192 0.082 0.019 40 E 0.032 0.133 0.256 0.299 0.160 0.087 0.033 41 A 0.006 0.010 0.026 0.068 0.227 0.477 0.186 42 I 0.006 0.023 0.046 0.122 0.227 0.390 0.186 43 N 0.013 0.052 0.099 0.160 0.235 0.317 0.124 44 I 0.013 0.036 0.074 0.158 0.231 0.344 0.144 45 N 0.018 0.064 0.121 0.216 0.267 0.238 0.076 46 C 0.019 0.042 0.085 0.193 0.316 0.286 0.060 47 S 0.134 0.255 0.285 0.201 0.080 0.039 0.006 48 K 0.229 0.353 0.251 0.103 0.042 0.018 0.002 49 L 0.051 0.077 0.128 0.287 0.307 0.137 0.011 50 M 0.116 0.182 0.221 0.250 0.165 0.062 0.004 51 K 0.341 0.335 0.191 0.096 0.030 0.008 0.001 52 R 0.428 0.312 0.150 0.075 0.027 0.007 0.001 53 R 0.308 0.279 0.191 0.138 0.062 0.021 0.002 54 L 0.247 0.216 0.195 0.210 0.101 0.029 0.002 55 Q 0.463 0.267 0.157 0.074 0.028 0.010 0.001 56 Q 0.381 0.260 0.177 0.111 0.052 0.016 0.002 57 D 0.402 0.312 0.139 0.096 0.036 0.013 0.002 58 K 0.249 0.244 0.181 0.175 0.103 0.042 0.005 59 V 0.172 0.154 0.182 0.211 0.175 0.095 0.012 60 L 0.157 0.158 0.197 0.216 0.175 0.083 0.013 61 I 0.168 0.196 0.203 0.227 0.143 0.055 0.008 62 T 0.339 0.275 0.176 0.115 0.061 0.029 0.005 63 E 0.414 0.256 0.158 0.099 0.048 0.021 0.004 64 L 0.279 0.256 0.183 0.160 0.086 0.032 0.004 65 I 0.156 0.192 0.189 0.226 0.164 0.066 0.006 66 Q 0.235 0.206 0.218 0.181 0.109 0.046 0.004 67 H 0.340 0.304 0.183 0.110 0.048 0.014 0.001 68 S 0.250 0.343 0.175 0.157 0.058 0.016 0.001 69 A 0.181 0.190 0.197 0.214 0.164 0.052 0.003 70 K 0.237 0.242 0.229 0.206 0.067 0.017 0.001 71 H 0.489 0.307 0.127 0.059 0.015 0.003 0.001 72 K 0.396 0.332 0.167 0.075 0.024 0.005 0.001 73 V 0.145 0.148 0.202 0.288 0.170 0.046 0.001 74 D 0.381 0.389 0.165 0.050 0.011 0.003 0.001 75 I 0.133 0.229 0.228 0.286 0.108 0.016 0.001 76 D 0.409 0.372 0.147 0.055 0.015 0.003 0.001 77 C 0.143 0.253 0.247 0.247 0.100 0.011 0.001 78 S 0.368 0.360 0.194 0.064 0.011 0.003 0.001 79 Q 0.097 0.263 0.331 0.182 0.103 0.023 0.001 80 K 0.005 0.053 0.190 0.401 0.274 0.071 0.006 81 V 0.001 0.001 0.004 0.018 0.155 0.708 0.113 82 V 0.001 0.001 0.004 0.017 0.065 0.476 0.436 83 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.261 0.716 84 Y 0.001 0.001 0.004 0.018 0.079 0.302 0.595 85 D 0.003 0.010 0.025 0.092 0.173 0.361 0.337 86 Q 0.035 0.074 0.137 0.175 0.194 0.266 0.119 87 S 0.071 0.122 0.175 0.212 0.201 0.178 0.041 88 S 0.166 0.205 0.188 0.203 0.142 0.083 0.013 89 Q 0.440 0.259 0.150 0.088 0.042 0.018 0.003 90 D 0.427 0.285 0.142 0.082 0.041 0.019 0.004 91 V 0.180 0.161 0.171 0.215 0.162 0.093 0.019 92 A 0.211 0.207 0.168 0.185 0.128 0.079 0.022 93 S 0.159 0.173 0.194 0.195 0.150 0.096 0.032 94 L 0.081 0.086 0.116 0.179 0.231 0.219 0.088 95 S 0.064 0.088 0.117 0.164 0.199 0.224 0.145 96 S 0.037 0.045 0.054 0.091 0.165 0.313 0.295 97 D 0.047 0.083 0.107 0.168 0.179 0.210 0.206 98 C 0.026 0.057 0.070 0.124 0.198 0.286 0.240 99 F 0.012 0.030 0.053 0.102 0.177 0.311 0.315 100 L 0.003 0.006 0.009 0.024 0.074 0.331 0.553 101 T 0.009 0.023 0.055 0.101 0.185 0.288 0.339 102 V 0.014 0.040 0.079 0.142 0.202 0.268 0.255 103 L 0.009 0.018 0.046 0.096 0.229 0.408 0.193 104 L 0.007 0.011 0.031 0.084 0.282 0.449 0.136 105 G 0.036 0.165 0.244 0.256 0.182 0.101 0.016 106 K 0.085 0.213 0.238 0.237 0.148 0.070 0.009 107 L 0.058 0.100 0.172 0.324 0.246 0.094 0.006 108 E 0.410 0.357 0.140 0.068 0.018 0.007 0.001 109 K 0.401 0.275 0.179 0.095 0.040 0.009 0.001 110 S 0.409 0.345 0.157 0.062 0.020 0.006 0.001 111 F 0.091 0.186 0.221 0.303 0.144 0.050 0.004 112 N 0.196 0.251 0.245 0.171 0.096 0.036 0.004 113 S 0.065 0.201 0.278 0.264 0.125 0.055 0.011 114 V 0.006 0.013 0.040 0.090 0.299 0.466 0.088 115 H 0.006 0.033 0.087 0.201 0.288 0.306 0.078 116 L 0.002 0.006 0.014 0.040 0.120 0.433 0.384 117 L 0.002 0.005 0.014 0.040 0.142 0.456 0.341 118 A 0.009 0.082 0.201 0.339 0.186 0.119 0.065 119 G 0.008 0.050 0.134 0.214 0.273 0.254 0.067 120 G 0.003 0.011 0.034 0.104 0.329 0.416 0.103 121 F 0.006 0.024 0.081 0.193 0.357 0.297 0.042 122 A 0.115 0.379 0.293 0.145 0.053 0.013 0.002 123 E 0.060 0.285 0.328 0.229 0.073 0.022 0.002 124 F 0.012 0.021 0.048 0.162 0.432 0.302 0.022 125 S 0.050 0.194 0.273 0.299 0.145 0.037 0.003 126 R 0.361 0.430 0.133 0.056 0.015 0.004 0.001 127 C 0.089 0.176 0.267 0.291 0.145 0.031 0.002 128 F 0.085 0.126 0.188 0.247 0.232 0.114 0.006 129 P 0.227 0.318 0.251 0.147 0.046 0.010 0.001 130 G 0.408 0.400 0.136 0.042 0.011 0.003 0.001 131 L 0.085 0.141 0.239 0.308 0.182 0.045 0.001 132 C 0.238 0.312 0.246 0.163 0.036 0.005 0.001 133 E 0.722 0.223 0.043 0.010 0.002 0.001 0.001 134 G 0.767 0.193 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001 135 K 0.805 0.142 0.044 0.008 0.001 0.001 0.001