# TARGET TR389 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR389.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1713 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.147 0.083 0.095 0.112 0.134 0.124 0.101 0.085 0.049 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 2 I 0.184 0.118 0.121 0.140 0.137 0.099 0.073 0.053 0.035 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 3 G 0.152 0.091 0.101 0.122 0.122 0.111 0.090 0.079 0.057 0.037 0.021 0.011 0.005 0.002 4 T 0.132 0.088 0.100 0.129 0.151 0.123 0.106 0.074 0.046 0.027 0.016 0.005 0.002 0.001 5 Q 0.130 0.099 0.115 0.136 0.146 0.117 0.086 0.069 0.047 0.030 0.015 0.006 0.003 0.002 6 I 0.167 0.085 0.073 0.087 0.118 0.113 0.113 0.114 0.053 0.038 0.022 0.010 0.006 0.002 7 V 0.058 0.071 0.091 0.156 0.176 0.163 0.115 0.074 0.062 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 8 T 0.024 0.033 0.054 0.110 0.177 0.181 0.165 0.127 0.075 0.030 0.015 0.005 0.002 0.001 9 E 0.483 0.242 0.150 0.063 0.029 0.017 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 R 0.134 0.212 0.251 0.192 0.107 0.067 0.018 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.007 0.010 0.012 0.053 0.118 0.176 0.298 0.200 0.094 0.017 0.011 0.002 0.002 0.001 12 V 0.041 0.142 0.217 0.243 0.195 0.100 0.034 0.012 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 A 0.633 0.271 0.061 0.016 0.005 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 L 0.027 0.065 0.104 0.301 0.252 0.157 0.062 0.021 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.035 0.048 0.065 0.169 0.273 0.189 0.121 0.075 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.511 0.265 0.146 0.044 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 S 0.682 0.164 0.074 0.040 0.021 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 G 0.297 0.170 0.324 0.103 0.052 0.029 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.237 0.178 0.241 0.154 0.100 0.047 0.031 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 E 0.159 0.217 0.261 0.138 0.082 0.069 0.040 0.015 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 21 K 0.010 0.030 0.040 0.135 0.230 0.183 0.136 0.121 0.059 0.031 0.008 0.011 0.004 0.001 22 V 0.001 0.002 0.003 0.008 0.021 0.050 0.114 0.126 0.238 0.179 0.114 0.091 0.042 0.011 23 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.019 0.051 0.099 0.139 0.177 0.259 0.139 0.068 0.033 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.011 0.028 0.075 0.126 0.193 0.267 0.173 0.117 25 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.020 0.088 0.180 0.137 0.292 0.204 0.064 26 D 0.001 0.002 0.003 0.008 0.021 0.035 0.109 0.156 0.136 0.168 0.169 0.094 0.039 0.059 27 S 0.001 0.002 0.003 0.005 0.014 0.031 0.066 0.103 0.177 0.156 0.257 0.088 0.058 0.040 28 R 0.009 0.026 0.038 0.076 0.112 0.134 0.133 0.150 0.122 0.092 0.049 0.028 0.020 0.010 29 P 0.067 0.111 0.112 0.156 0.130 0.131 0.103 0.069 0.059 0.036 0.015 0.008 0.002 0.001 30 F 0.064 0.098 0.134 0.141 0.171 0.153 0.093 0.061 0.052 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 31 V 0.251 0.148 0.149 0.121 0.117 0.087 0.061 0.030 0.020 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 32 E 0.317 0.185 0.139 0.115 0.093 0.067 0.041 0.018 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 33 Y 0.124 0.094 0.085 0.142 0.175 0.143 0.092 0.072 0.038 0.018 0.008 0.005 0.003 0.001 34 N 0.295 0.162 0.158 0.118 0.090 0.071 0.047 0.023 0.020 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 35 T 0.254 0.152 0.127 0.137 0.114 0.093 0.055 0.030 0.019 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 36 S 0.193 0.133 0.099 0.112 0.123 0.120 0.095 0.049 0.034 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 37 H 0.067 0.063 0.084 0.128 0.167 0.153 0.118 0.100 0.053 0.037 0.015 0.009 0.004 0.002 38 I 0.038 0.030 0.033 0.063 0.102 0.125 0.129 0.144 0.124 0.090 0.063 0.034 0.017 0.008 39 L 0.045 0.057 0.072 0.109 0.125 0.123 0.116 0.112 0.084 0.065 0.050 0.025 0.011 0.007 40 E 0.066 0.073 0.083 0.120 0.143 0.113 0.101 0.095 0.069 0.055 0.039 0.024 0.009 0.009 41 A 0.012 0.013 0.017 0.028 0.048 0.083 0.098 0.125 0.170 0.145 0.112 0.073 0.056 0.019 42 I 0.011 0.013 0.021 0.034 0.072 0.100 0.159 0.173 0.132 0.119 0.090 0.043 0.020 0.013 43 N 0.023 0.032 0.039 0.061 0.095 0.105 0.127 0.127 0.139 0.104 0.074 0.038 0.018 0.017 44 I 0.026 0.021 0.026 0.040 0.056 0.083 0.094 0.123 0.144 0.143 0.114 0.070 0.047 0.014 45 N 0.033 0.058 0.073 0.135 0.174 0.145 0.135 0.112 0.059 0.036 0.020 0.010 0.004 0.005 46 C 0.020 0.028 0.041 0.071 0.116 0.139 0.147 0.144 0.144 0.074 0.040 0.021 0.009 0.004 47 S 0.192 0.162 0.149 0.139 0.120 0.087 0.071 0.035 0.026 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 48 K 0.368 0.224 0.152 0.086 0.056 0.058 0.027 0.011 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 49 L 0.081 0.097 0.092 0.163 0.203 0.157 0.102 0.058 0.026 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 50 M 0.129 0.135 0.140 0.194 0.165 0.106 0.068 0.035 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 51 K 0.479 0.196 0.132 0.070 0.048 0.033 0.023 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.421 0.197 0.146 0.093 0.061 0.043 0.021 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 R 0.269 0.173 0.138 0.151 0.125 0.072 0.043 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.219 0.155 0.115 0.166 0.153 0.092 0.054 0.026 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.514 0.179 0.125 0.066 0.047 0.031 0.021 0.007 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.387 0.194 0.124 0.105 0.072 0.056 0.036 0.012 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 D 0.303 0.169 0.124 0.126 0.107 0.075 0.056 0.017 0.011 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.238 0.160 0.138 0.127 0.124 0.099 0.053 0.028 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 59 V 0.216 0.103 0.091 0.129 0.147 0.110 0.086 0.051 0.027 0.024 0.007 0.005 0.001 0.001 60 L 0.161 0.101 0.097 0.142 0.167 0.112 0.095 0.055 0.031 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 61 I 0.131 0.095 0.108 0.135 0.161 0.119 0.087 0.065 0.045 0.029 0.012 0.008 0.003 0.001 62 T 0.332 0.168 0.114 0.108 0.094 0.063 0.057 0.027 0.016 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 63 E 0.344 0.178 0.120 0.110 0.090 0.067 0.044 0.020 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 64 L 0.267 0.148 0.100 0.135 0.133 0.089 0.063 0.028 0.017 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 65 I 0.227 0.140 0.109 0.151 0.152 0.096 0.062 0.030 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 66 Q 0.363 0.182 0.125 0.096 0.089 0.065 0.042 0.014 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 H 0.370 0.187 0.135 0.110 0.087 0.056 0.030 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 68 S 0.464 0.210 0.095 0.082 0.061 0.046 0.026 0.007 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.237 0.148 0.124 0.142 0.149 0.103 0.057 0.020 0.012 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 70 K 0.404 0.172 0.137 0.100 0.079 0.052 0.033 0.010 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 71 H 0.564 0.155 0.108 0.066 0.045 0.030 0.020 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 K 0.364 0.200 0.161 0.100 0.073 0.054 0.027 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.135 0.111 0.116 0.185 0.197 0.130 0.062 0.035 0.016 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 74 D 0.415 0.214 0.152 0.085 0.056 0.038 0.021 0.006 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.153 0.127 0.136 0.182 0.174 0.118 0.054 0.031 0.015 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 76 D 0.242 0.214 0.161 0.144 0.101 0.062 0.043 0.011 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 C 0.089 0.140 0.140 0.211 0.156 0.143 0.060 0.032 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 78 S 0.080 0.131 0.175 0.167 0.146 0.108 0.091 0.042 0.035 0.012 0.011 0.002 0.001 0.001 79 Q 0.007 0.024 0.039 0.079 0.124 0.167 0.134 0.150 0.132 0.069 0.035 0.023 0.012 0.006 80 K 0.001 0.002 0.003 0.010 0.027 0.057 0.107 0.146 0.199 0.189 0.097 0.095 0.042 0.026 81 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 0.030 0.108 0.168 0.283 0.213 0.106 0.068 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.016 0.059 0.116 0.260 0.238 0.175 0.129 83 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.051 0.124 0.205 0.293 0.203 0.110 84 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.044 0.115 0.189 0.188 0.201 0.135 0.101 85 D 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.025 0.063 0.117 0.162 0.186 0.216 0.106 0.057 0.049 86 Q 0.004 0.020 0.030 0.074 0.087 0.115 0.121 0.181 0.117 0.092 0.083 0.032 0.022 0.021 87 S 0.020 0.068 0.095 0.162 0.149 0.156 0.101 0.099 0.073 0.035 0.020 0.012 0.004 0.004 88 S 0.163 0.176 0.224 0.120 0.100 0.068 0.064 0.028 0.038 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 89 Q 0.321 0.210 0.223 0.095 0.052 0.041 0.028 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 90 D 0.369 0.230 0.118 0.106 0.071 0.043 0.037 0.011 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.146 0.147 0.113 0.156 0.152 0.120 0.079 0.049 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 92 A 0.287 0.149 0.117 0.121 0.114 0.079 0.061 0.031 0.019 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 93 S 0.277 0.143 0.099 0.116 0.108 0.097 0.065 0.037 0.025 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 94 L 0.115 0.077 0.081 0.120 0.151 0.140 0.104 0.083 0.047 0.041 0.019 0.014 0.006 0.002 95 S 0.103 0.076 0.090 0.116 0.144 0.119 0.113 0.095 0.059 0.045 0.020 0.012 0.005 0.003 96 S 0.058 0.035 0.042 0.072 0.104 0.131 0.136 0.123 0.116 0.089 0.050 0.027 0.011 0.005 97 D 0.056 0.065 0.080 0.127 0.158 0.139 0.128 0.106 0.059 0.040 0.023 0.012 0.005 0.004 98 C 0.090 0.061 0.063 0.079 0.109 0.112 0.117 0.099 0.090 0.073 0.047 0.034 0.017 0.007 99 F 0.032 0.045 0.059 0.092 0.134 0.152 0.150 0.133 0.091 0.058 0.028 0.015 0.007 0.004 100 L 0.014 0.012 0.018 0.032 0.067 0.107 0.168 0.189 0.135 0.094 0.101 0.033 0.020 0.010 101 T 0.064 0.100 0.093 0.149 0.153 0.141 0.106 0.079 0.055 0.031 0.014 0.007 0.004 0.003 102 V 0.124 0.108 0.129 0.159 0.155 0.117 0.078 0.059 0.032 0.018 0.011 0.005 0.002 0.001 103 L 0.024 0.034 0.047 0.108 0.178 0.183 0.172 0.132 0.069 0.028 0.015 0.006 0.003 0.002 104 L 0.041 0.056 0.080 0.132 0.195 0.177 0.133 0.092 0.056 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 105 G 0.434 0.232 0.142 0.081 0.044 0.038 0.017 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 K 0.270 0.187 0.218 0.136 0.083 0.061 0.026 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 L 0.104 0.097 0.110 0.194 0.219 0.146 0.071 0.038 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 108 E 0.461 0.227 0.161 0.070 0.036 0.024 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 K 0.380 0.184 0.122 0.123 0.084 0.055 0.031 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.359 0.169 0.207 0.105 0.069 0.035 0.030 0.008 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 111 F 0.126 0.129 0.140 0.182 0.165 0.120 0.061 0.038 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 112 N 0.138 0.153 0.138 0.173 0.127 0.103 0.074 0.040 0.027 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 113 S 0.058 0.087 0.085 0.168 0.195 0.152 0.097 0.083 0.037 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 114 V 0.010 0.010 0.015 0.029 0.057 0.100 0.139 0.149 0.164 0.124 0.087 0.067 0.038 0.011 115 H 0.020 0.013 0.025 0.034 0.064 0.093 0.129 0.160 0.148 0.128 0.095 0.056 0.024 0.011 116 L 0.017 0.014 0.018 0.030 0.054 0.063 0.109 0.129 0.132 0.129 0.140 0.085 0.047 0.034 117 L 0.007 0.006 0.007 0.014 0.025 0.051 0.056 0.084 0.173 0.190 0.138 0.147 0.078 0.024 118 A 0.030 0.047 0.048 0.093 0.135 0.127 0.158 0.139 0.084 0.067 0.038 0.016 0.008 0.010 119 G 0.038 0.033 0.037 0.054 0.091 0.110 0.131 0.144 0.118 0.096 0.088 0.035 0.016 0.008 120 G 0.035 0.051 0.073 0.112 0.165 0.162 0.139 0.111 0.080 0.041 0.019 0.006 0.003 0.003 121 F 0.034 0.038 0.050 0.100 0.134 0.152 0.151 0.131 0.103 0.054 0.029 0.016 0.006 0.002 122 A 0.264 0.193 0.184 0.120 0.086 0.066 0.038 0.020 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 123 E 0.225 0.186 0.187 0.157 0.107 0.073 0.030 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 124 F 0.056 0.053 0.054 0.128 0.195 0.181 0.143 0.102 0.050 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 125 S 0.216 0.166 0.158 0.149 0.124 0.090 0.048 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 126 R 0.543 0.176 0.114 0.057 0.040 0.034 0.018 0.007 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 127 C 0.150 0.120 0.133 0.164 0.159 0.128 0.068 0.038 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 128 F 0.115 0.095 0.117 0.165 0.187 0.132 0.089 0.048 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 129 P 0.264 0.151 0.139 0.135 0.108 0.083 0.052 0.033 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 130 G 0.351 0.171 0.146 0.119 0.088 0.055 0.032 0.017 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 131 L 0.142 0.095 0.092 0.138 0.175 0.132 0.097 0.064 0.032 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 132 C 0.187 0.121 0.123 0.147 0.152 0.102 0.073 0.050 0.024 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 133 E 0.424 0.173 0.110 0.106 0.071 0.047 0.037 0.015 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 134 G 0.448 0.167 0.116 0.091 0.065 0.046 0.037 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 135 K 0.394 0.170 0.148 0.101 0.074 0.053 0.031 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001