# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.020 0.522 0.012 0.035 0.028 0.003 0.001 0.020 0.137 0.093 0.061 0.058 2 S 0.015 0.020 0.508 0.010 0.033 0.038 0.006 0.001 0.022 0.091 0.072 0.068 0.116 3 L 0.027 0.024 0.223 0.012 0.082 0.081 0.005 0.002 0.026 0.070 0.077 0.115 0.256 4 T 0.042 0.040 0.211 0.044 0.066 0.074 0.005 0.002 0.023 0.076 0.062 0.173 0.183 5 E 0.030 0.022 0.220 0.011 0.044 0.059 0.004 0.001 0.014 0.093 0.045 0.219 0.238 6 T 0.052 0.026 0.241 0.010 0.062 0.044 0.006 0.001 0.014 0.066 0.090 0.062 0.328 7 Y 0.032 0.019 0.299 0.044 0.030 0.022 0.003 0.001 0.011 0.144 0.114 0.213 0.070 8 G 0.025 0.009 0.348 0.025 0.018 0.016 0.004 0.001 0.009 0.173 0.184 0.047 0.141 9 L 0.056 0.012 0.301 0.027 0.025 0.029 0.006 0.001 0.011 0.160 0.114 0.101 0.156 10 W 0.181 0.012 0.121 0.028 0.027 0.025 0.016 0.002 0.016 0.052 0.033 0.268 0.219 11 S 0.365 0.007 0.029 0.018 0.013 0.016 0.026 0.005 0.018 0.013 0.012 0.113 0.362 12 I 0.437 0.009 0.032 0.033 0.006 0.010 0.031 0.005 0.012 0.009 0.006 0.236 0.176 13 N 0.342 0.004 0.057 0.022 0.005 0.005 0.015 0.001 0.010 0.007 0.005 0.228 0.297 14 C 0.227 0.006 0.112 0.017 0.013 0.015 0.011 0.001 0.019 0.020 0.038 0.143 0.377 15 G 0.146 0.025 0.142 0.023 0.019 0.020 0.006 0.001 0.018 0.080 0.069 0.222 0.230 16 I 0.033 0.038 0.305 0.008 0.036 0.025 0.002 0.001 0.009 0.134 0.051 0.168 0.190 17 Q 0.012 0.023 0.418 0.004 0.068 0.028 0.001 0.001 0.006 0.106 0.125 0.055 0.153 18 E 0.002 0.004 0.050 0.025 0.041 0.019 0.001 0.001 0.001 0.071 0.763 0.012 0.011 19 G 0.002 0.003 0.081 0.007 0.031 0.014 0.001 0.001 0.002 0.113 0.727 0.010 0.010 20 K 0.007 0.018 0.522 0.007 0.029 0.015 0.001 0.001 0.009 0.222 0.066 0.034 0.070 21 K 0.022 0.043 0.349 0.016 0.015 0.014 0.003 0.001 0.027 0.165 0.046 0.157 0.141 22 V 0.086 0.019 0.204 0.019 0.015 0.019 0.018 0.009 0.067 0.050 0.024 0.074 0.396 23 C 0.191 0.011 0.111 0.116 0.006 0.016 0.048 0.021 0.051 0.034 0.011 0.272 0.112 24 F 0.359 0.005 0.042 0.029 0.007 0.017 0.064 0.020 0.036 0.012 0.007 0.147 0.256 25 M 0.479 0.003 0.027 0.025 0.006 0.018 0.056 0.016 0.032 0.006 0.007 0.082 0.244 26 H 0.408 0.003 0.042 0.095 0.010 0.029 0.030 0.013 0.045 0.012 0.009 0.177 0.127 27 R 0.341 0.002 0.046 0.024 0.022 0.034 0.016 0.004 0.028 0.014 0.011 0.151 0.307 28 Q 0.318 0.005 0.036 0.024 0.019 0.027 0.014 0.002 0.014 0.014 0.014 0.192 0.320 29 E 0.321 0.011 0.044 0.016 0.011 0.024 0.008 0.001 0.011 0.015 0.019 0.301 0.216 30 V 0.148 0.033 0.115 0.008 0.021 0.030 0.004 0.002 0.011 0.038 0.044 0.137 0.409 31 N 0.017 0.022 0.394 0.006 0.048 0.034 0.001 0.001 0.007 0.125 0.156 0.090 0.097 32 D 0.002 0.003 0.085 0.007 0.053 0.028 0.001 0.001 0.002 0.077 0.711 0.007 0.022 33 Q 0.001 0.001 0.007 0.008 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.043 0.922 0.004 0.001 34 N 0.001 0.004 0.079 0.007 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.171 0.706 0.006 0.013 35 R 0.012 0.017 0.577 0.016 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.146 0.021 0.096 0.088 36 V 0.135 0.024 0.055 0.016 0.001 0.001 0.017 0.004 0.059 0.018 0.001 0.121 0.548 37 V 0.418 0.002 0.015 0.065 0.001 0.001 0.103 0.033 0.076 0.004 0.001 0.123 0.160 38 V 0.698 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.096 0.032 0.006 0.001 0.001 0.098 0.029 39 A 0.797 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.109 0.030 0.005 0.001 0.001 0.015 0.041 40 M 0.897 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.051 0.010 0.002 0.001 0.001 0.014 0.015 41 S 0.920 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.018 42 V 0.721 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 0.002 0.006 0.001 0.001 0.051 0.189 43 V 0.560 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.012 0.002 0.010 0.003 0.001 0.285 0.109 44 L 0.221 0.040 0.047 0.009 0.002 0.001 0.005 0.001 0.012 0.023 0.007 0.164 0.469 45 N 0.014 0.015 0.310 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.142 0.035 0.227 0.236 46 A 0.001 0.001 0.009 0.026 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.882 0.009 0.011 47 D 0.001 0.001 0.003 0.007 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.955 0.001 0.001 48 G 0.004 0.010 0.232 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.002 0.408 0.218 0.074 0.023 49 V 0.022 0.062 0.383 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.018 0.055 0.007 0.044 0.397 50 V 0.113 0.032 0.138 0.030 0.001 0.001 0.018 0.002 0.036 0.031 0.001 0.330 0.267 51 S 0.262 0.003 0.039 0.187 0.001 0.001 0.069 0.007 0.039 0.008 0.001 0.153 0.230 52 G 0.491 0.001 0.012 0.033 0.001 0.001 0.120 0.035 0.029 0.003 0.001 0.124 0.152 53 N 0.681 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.146 0.048 0.013 0.001 0.001 0.042 0.048 54 L 0.687 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.134 0.040 0.013 0.001 0.001 0.087 0.033 55 T 0.583 0.002 0.004 0.005 0.001 0.001 0.145 0.069 0.033 0.001 0.001 0.014 0.142 56 V 0.175 0.005 0.122 0.061 0.001 0.001 0.038 0.033 0.087 0.024 0.002 0.405 0.047 57 P 0.051 0.004 0.221 0.021 0.021 0.003 0.014 0.006 0.099 0.058 0.031 0.021 0.452 58 F 0.047 0.006 0.106 0.147 0.054 0.012 0.009 0.003 0.026 0.177 0.284 0.095 0.033 59 G 0.106 0.014 0.107 0.063 0.080 0.020 0.016 0.004 0.022 0.166 0.156 0.115 0.132 60 I 0.185 0.033 0.155 0.009 0.036 0.015 0.026 0.010 0.031 0.058 0.041 0.164 0.236 61 L 0.192 0.078 0.126 0.022 0.015 0.010 0.025 0.014 0.033 0.042 0.041 0.130 0.271 62 V 0.087 0.025 0.311 0.026 0.019 0.009 0.010 0.005 0.021 0.101 0.045 0.143 0.196 63 S 0.023 0.007 0.440 0.027 0.023 0.004 0.004 0.001 0.015 0.184 0.092 0.030 0.149 64 K 0.009 0.003 0.147 0.104 0.018 0.002 0.002 0.001 0.006 0.308 0.321 0.050 0.028 65 P 0.023 0.004 0.328 0.030 0.013 0.001 0.007 0.001 0.030 0.197 0.243 0.038 0.085 66 V 0.091 0.006 0.517 0.014 0.003 0.001 0.045 0.002 0.073 0.062 0.013 0.084 0.089 67 R 0.324 0.010 0.045 0.022 0.001 0.001 0.095 0.035 0.069 0.015 0.001 0.187 0.197 68 L 0.365 0.003 0.011 0.006 0.001 0.001 0.203 0.055 0.047 0.002 0.001 0.131 0.177 69 Q 0.456 0.005 0.011 0.014 0.001 0.001 0.140 0.057 0.042 0.001 0.001 0.117 0.156 70 V 0.174 0.013 0.157 0.017 0.002 0.001 0.041 0.024 0.078 0.014 0.008 0.191 0.280 71 D 0.010 0.003 0.665 0.011 0.003 0.001 0.007 0.001 0.043 0.072 0.099 0.034 0.050 72 E 0.001 0.002 0.044 0.030 0.016 0.006 0.001 0.001 0.004 0.181 0.697 0.007 0.011 73 G 0.003 0.010 0.112 0.010 0.035 0.011 0.001 0.001 0.003 0.243 0.533 0.029 0.011 74 K 0.022 0.048 0.369 0.006 0.062 0.016 0.003 0.001 0.005 0.170 0.065 0.079 0.154 75 A 0.046 0.065 0.300 0.016 0.047 0.048 0.004 0.001 0.013 0.068 0.067 0.123 0.202 76 V 0.080 0.027 0.282 0.030 0.053 0.067 0.008 0.003 0.015 0.046 0.037 0.113 0.239 77 I 0.072 0.012 0.157 0.056 0.070 0.105 0.008 0.003 0.013 0.073 0.064 0.217 0.151 78 E 0.074 0.010 0.248 0.018 0.042 0.068 0.007 0.002 0.028 0.073 0.103 0.048 0.279 79 T 0.046 0.012 0.370 0.036 0.022 0.032 0.008 0.003 0.028 0.158 0.081 0.143 0.059 80 G 0.034 0.010 0.373 0.028 0.022 0.026 0.016 0.005 0.070 0.115 0.130 0.066 0.105 81 I 0.061 0.015 0.267 0.014 0.043 0.037 0.024 0.025 0.107 0.065 0.042 0.047 0.250 82 R 0.112 0.019 0.133 0.138 0.020 0.022 0.033 0.027 0.091 0.051 0.021 0.258 0.075 83 T 0.109 0.013 0.133 0.010 0.023 0.019 0.042 0.031 0.130 0.030 0.022 0.143 0.294 84 C 0.104 0.041 0.213 0.021 0.013 0.013 0.040 0.031 0.097 0.048 0.038 0.071 0.271 85 V 0.036 0.027 0.382 0.040 0.012 0.007 0.007 0.006 0.038 0.123 0.023 0.240 0.061 86 P 0.018 0.011 0.217 0.012 0.074 0.016 0.004 0.002 0.019 0.131 0.187 0.025 0.284 87 A 0.007 0.006 0.102 0.059 0.028 0.007 0.002 0.001 0.007 0.194 0.541 0.033 0.014 88 G 0.020 0.008 0.270 0.033 0.030 0.005 0.005 0.002 0.014 0.263 0.255 0.039 0.056 89 C 0.081 0.014 0.391 0.021 0.012 0.005 0.028 0.003 0.034 0.103 0.091 0.114 0.103 90 I 0.320 0.025 0.047 0.034 0.010 0.002 0.046 0.008 0.023 0.031 0.014 0.051 0.388 91 V 0.182 0.005 0.034 0.039 0.002 0.001 0.026 0.005 0.017 0.012 0.003 0.621 0.053 92 P 0.157 0.005 0.068 0.011 0.002 0.001 0.036 0.006 0.029 0.008 0.003 0.039 0.633 93 I 0.082 0.008 0.185 0.021 0.002 0.002 0.028 0.004 0.057 0.044 0.006 0.446 0.113 94 V 0.033 0.016 0.465 0.004 0.005 0.005 0.015 0.001 0.078 0.049 0.021 0.100 0.210 95 F 0.003 0.047 0.597 0.002 0.006 0.015 0.002 0.001 0.019 0.162 0.028 0.047 0.069 96 D 0.001 0.003 0.881 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 0.003 0.066 0.008 0.004 0.004 97 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.090 0.881 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.924 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.010 0.001 0.016 0.504 0.001 0.001 0.001 0.013 0.454 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.060 0.001 0.009 0.075 0.001 0.001 0.001 0.039 0.814 0.001 0.001 107 K 0.001 0.004 0.523 0.003 0.023 0.031 0.001 0.001 0.012 0.176 0.211 0.008 0.006 108 H 0.005 0.010 0.437 0.011 0.009 0.007 0.005 0.010 0.195 0.162 0.095 0.010 0.045 109 L 0.036 0.005 0.246 0.048 0.003 0.001 0.034 0.057 0.389 0.076 0.008 0.052 0.045 110 K 0.060 0.002 0.033 0.046 0.001 0.001 0.090 0.237 0.389 0.017 0.002 0.072 0.052 111 L 0.049 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.147 0.468 0.284 0.001 0.001 0.008 0.032 112 A 0.116 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.188 0.502 0.138 0.001 0.001 0.031 0.007 113 M 0.110 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.193 0.418 0.201 0.001 0.001 0.027 0.040 114 T 0.135 0.003 0.044 0.030 0.001 0.001 0.146 0.171 0.323 0.009 0.002 0.035 0.100 115 I 0.037 0.005 0.208 0.027 0.007 0.002 0.026 0.025 0.256 0.061 0.016 0.274 0.055 116 A 0.019 0.020 0.310 0.008 0.028 0.003 0.007 0.002 0.076 0.133 0.090 0.013 0.290 117 A 0.002 0.022 0.462 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.328 0.031 0.123 0.009 118 P 0.001 0.015 0.553 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.004 0.210 0.133 0.003 0.044 119 G 0.001 0.011 0.399 0.002 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.342 0.198 0.011 0.005 120 E 0.001 0.010 0.532 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.241 0.175 0.005 0.006 121 P 0.001 0.015 0.403 0.003 0.035 0.004 0.001 0.001 0.002 0.346 0.161 0.007 0.022 122 P 0.001 0.030 0.490 0.006 0.046 0.005 0.001 0.001 0.006 0.216 0.116 0.063 0.019 123 L 0.007 0.030 0.479 0.012 0.096 0.006 0.003 0.001 0.021 0.079 0.047 0.014 0.206 124 N 0.014 0.018 0.342 0.044 0.025 0.003 0.007 0.001 0.034 0.135 0.046 0.308 0.024 125 D 0.045 0.014 0.268 0.018 0.017 0.003 0.021 0.005 0.055 0.069 0.023 0.026 0.436 126 L 0.044 0.008 0.201 0.020 0.003 0.002 0.022 0.006 0.047 0.036 0.004 0.565 0.041 127 F 0.108 0.019 0.112 0.013 0.004 0.004 0.044 0.009 0.090 0.015 0.006 0.062 0.515 128 V 0.058 0.026 0.186 0.010 0.004 0.011 0.038 0.021 0.093 0.039 0.007 0.364 0.143 129 Q 0.015 0.022 0.454 0.016 0.024 0.035 0.015 0.019 0.161 0.031 0.024 0.038 0.146 130 L 0.004 0.007 0.265 0.009 0.138 0.324 0.005 0.007 0.042 0.046 0.098 0.022 0.032 131 N 0.001 0.004 0.049 0.010 0.123 0.259 0.001 0.001 0.013 0.066 0.463 0.004 0.005 132 G 0.001 0.011 0.071 0.002 0.054 0.287 0.001 0.001 0.004 0.082 0.479 0.004 0.003 133 F 0.001 0.007 0.160 0.001 0.030 0.702 0.001 0.001 0.004 0.058 0.031 0.002 0.004 134 S 0.001 0.005 0.046 0.001 0.071 0.822 0.001 0.001 0.001 0.024 0.027 0.002 0.002 135 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.029 0.924 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.948 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.034 0.928 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.056 0.874 0.001 0.001 0.002 0.003 0.052 0.001 0.001 143 L 0.001 0.002 0.028 0.001 0.031 0.840 0.001 0.001 0.006 0.011 0.077 0.001 0.002 144 Q 0.001 0.015 0.190 0.002 0.035 0.582 0.001 0.002 0.011 0.075 0.074 0.007 0.005 145 K 0.001 0.007 0.379 0.001 0.056 0.363 0.001 0.001 0.005 0.095 0.086 0.002 0.005