# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.197 0.088 0.244 0.002 0.042 0.003 0.018 0.020 0.004 0.090 0.147 0.065 0.001 0.012 0.026 2 S 0.051 0.110 0.277 0.320 0.002 0.043 0.011 0.001 0.013 0.002 0.009 0.030 0.055 0.002 0.003 0.071 3 L 0.030 0.024 0.466 0.277 0.004 0.089 0.009 0.003 0.001 0.001 0.017 0.008 0.062 0.002 0.003 0.004 4 T 0.006 0.315 0.099 0.476 0.002 0.040 0.003 0.005 0.004 0.001 0.006 0.008 0.022 0.001 0.001 0.011 5 E 0.016 0.012 0.057 0.703 0.048 0.064 0.009 0.003 0.004 0.002 0.037 0.010 0.029 0.001 0.001 0.004 6 T 0.003 0.014 0.056 0.078 0.640 0.028 0.064 0.016 0.001 0.001 0.010 0.011 0.006 0.070 0.001 0.001 7 Y 0.002 0.024 0.011 0.180 0.019 0.023 0.006 0.568 0.014 0.003 0.015 0.004 0.009 0.001 0.119 0.001 8 G 0.008 0.021 0.010 0.080 0.009 0.100 0.005 0.017 0.249 0.319 0.028 0.024 0.024 0.002 0.003 0.102 9 L 0.622 0.121 0.033 0.080 0.002 0.017 0.003 0.008 0.019 0.004 0.033 0.019 0.018 0.001 0.005 0.013 10 W 0.023 0.081 0.464 0.320 0.001 0.025 0.002 0.004 0.013 0.003 0.009 0.025 0.016 0.001 0.005 0.011 11 S 0.023 0.025 0.474 0.430 0.004 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.010 12 I 0.010 0.005 0.123 0.732 0.061 0.040 0.002 0.005 0.001 0.001 0.006 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 13 N 0.002 0.072 0.031 0.692 0.079 0.072 0.009 0.014 0.003 0.002 0.005 0.006 0.007 0.005 0.001 0.002 14 C 0.005 0.046 0.011 0.702 0.008 0.090 0.001 0.066 0.009 0.006 0.027 0.005 0.013 0.001 0.008 0.002 15 G 0.011 0.122 0.053 0.435 0.027 0.104 0.007 0.008 0.062 0.035 0.031 0.046 0.023 0.003 0.001 0.034 16 I 0.171 0.059 0.061 0.270 0.060 0.103 0.014 0.023 0.009 0.003 0.114 0.041 0.060 0.002 0.005 0.007 17 Q 0.002 0.018 0.036 0.024 0.522 0.049 0.115 0.012 0.001 0.004 0.031 0.029 0.012 0.141 0.001 0.002 18 E 0.003 0.020 0.006 0.017 0.003 0.015 0.002 0.606 0.004 0.002 0.021 0.011 0.012 0.001 0.274 0.001 19 G 0.004 0.013 0.010 0.019 0.002 0.015 0.005 0.003 0.447 0.156 0.024 0.026 0.029 0.002 0.004 0.242 20 K 0.865 0.016 0.035 0.029 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.014 0.016 0.001 0.002 0.007 21 K 0.016 0.056 0.682 0.117 0.001 0.063 0.008 0.001 0.005 0.001 0.003 0.011 0.023 0.001 0.001 0.012 22 V 0.021 0.048 0.276 0.566 0.002 0.041 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.024 0.001 0.001 0.002 23 C 0.003 0.041 0.083 0.706 0.004 0.104 0.001 0.002 0.002 0.001 0.008 0.019 0.021 0.001 0.001 0.003 24 F 0.009 0.027 0.030 0.862 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.007 0.020 0.001 0.001 0.002 25 M 0.003 0.026 0.069 0.730 0.014 0.078 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 0.029 0.032 0.002 0.001 0.001 26 H 0.004 0.057 0.050 0.711 0.006 0.064 0.002 0.009 0.003 0.001 0.013 0.008 0.065 0.001 0.002 0.004 27 R 0.007 0.031 0.033 0.736 0.005 0.066 0.002 0.005 0.005 0.003 0.019 0.014 0.068 0.001 0.001 0.006 28 Q 0.015 0.058 0.083 0.609 0.008 0.061 0.003 0.005 0.004 0.002 0.021 0.043 0.081 0.002 0.001 0.006 29 E 0.005 0.058 0.058 0.556 0.033 0.126 0.012 0.005 0.003 0.001 0.014 0.016 0.100 0.005 0.001 0.008 30 V 0.007 0.078 0.074 0.312 0.079 0.125 0.042 0.032 0.002 0.003 0.069 0.019 0.116 0.021 0.010 0.010 31 N 0.008 0.090 0.028 0.068 0.076 0.201 0.024 0.102 0.019 0.010 0.067 0.089 0.142 0.017 0.038 0.023 32 D 0.013 0.019 0.011 0.014 0.120 0.068 0.082 0.023 0.015 0.014 0.291 0.045 0.081 0.160 0.015 0.029 33 Q 0.031 0.079 0.025 0.010 0.003 0.012 0.009 0.172 0.010 0.004 0.078 0.096 0.039 0.017 0.399 0.016 34 N 0.024 0.092 0.120 0.032 0.001 0.005 0.005 0.003 0.162 0.010 0.003 0.014 0.021 0.001 0.029 0.479 35 R 0.331 0.008 0.546 0.061 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.036 36 V 0.027 0.035 0.710 0.142 0.001 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 37 V 0.002 0.135 0.085 0.724 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.060 0.012 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.001 0.002 0.080 0.906 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 M 0.001 0.007 0.038 0.941 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.001 0.007 0.002 0.952 0.004 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.037 0.006 0.916 0.005 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.045 0.013 0.864 0.009 0.058 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 44 L 0.002 0.099 0.035 0.727 0.036 0.061 0.003 0.013 0.002 0.002 0.008 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 45 N 0.001 0.005 0.002 0.018 0.131 0.795 0.004 0.006 0.002 0.002 0.020 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.028 0.001 0.003 0.136 0.004 0.030 0.022 0.001 0.001 0.638 0.009 0.003 0.120 0.002 0.001 47 D 0.001 0.032 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.132 0.017 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.772 0.002 48 G 0.008 0.002 0.043 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.012 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.810 49 V 0.855 0.003 0.127 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 50 V 0.010 0.034 0.522 0.209 0.004 0.213 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.001 0.474 0.015 0.507 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 G 0.003 0.001 0.011 0.984 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 N 0.001 0.008 0.196 0.791 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 T 0.001 0.023 0.003 0.963 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.008 0.002 0.877 0.038 0.067 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.010 0.002 0.079 0.794 0.089 0.002 0.010 0.001 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 58 F 0.001 0.086 0.001 0.157 0.005 0.019 0.001 0.657 0.009 0.003 0.039 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 59 G 0.003 0.021 0.009 0.150 0.012 0.018 0.003 0.002 0.307 0.347 0.018 0.059 0.007 0.001 0.001 0.042 60 I 0.606 0.019 0.110 0.180 0.002 0.010 0.001 0.008 0.002 0.001 0.011 0.012 0.027 0.001 0.004 0.005 61 L 0.005 0.072 0.374 0.381 0.015 0.075 0.007 0.001 0.009 0.004 0.005 0.009 0.022 0.002 0.001 0.018 62 V 0.027 0.082 0.067 0.721 0.006 0.052 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.004 0.019 0.001 0.001 0.003 63 S 0.005 0.076 0.129 0.545 0.044 0.123 0.013 0.005 0.011 0.005 0.010 0.009 0.015 0.003 0.001 0.007 64 K 0.035 0.053 0.051 0.731 0.008 0.030 0.003 0.020 0.003 0.002 0.040 0.008 0.010 0.001 0.004 0.002 65 P 0.011 0.160 0.111 0.570 0.016 0.052 0.007 0.005 0.016 0.004 0.005 0.018 0.004 0.009 0.001 0.010 66 V 0.030 0.056 0.060 0.814 0.001 0.012 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.007 0.002 67 R 0.005 0.038 0.200 0.733 0.001 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 68 L 0.012 0.001 0.078 0.899 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.011 0.051 0.699 0.134 0.098 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.002 0.057 0.002 0.520 0.210 0.140 0.002 0.038 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 D 0.001 0.037 0.002 0.048 0.438 0.249 0.015 0.109 0.006 0.015 0.057 0.017 0.001 0.004 0.001 0.001 72 E 0.010 0.128 0.008 0.045 0.008 0.021 0.004 0.463 0.064 0.017 0.147 0.030 0.004 0.001 0.044 0.005 73 G 0.024 0.026 0.037 0.053 0.003 0.019 0.004 0.007 0.484 0.140 0.023 0.097 0.013 0.001 0.005 0.063 74 K 0.537 0.035 0.189 0.089 0.001 0.022 0.003 0.004 0.006 0.003 0.017 0.043 0.029 0.001 0.004 0.018 75 A 0.031 0.068 0.395 0.175 0.007 0.171 0.005 0.005 0.005 0.003 0.026 0.036 0.060 0.002 0.002 0.009 76 V 0.015 0.089 0.097 0.581 0.008 0.076 0.006 0.005 0.003 0.001 0.028 0.026 0.058 0.001 0.001 0.005 77 I 0.012 0.080 0.060 0.570 0.008 0.091 0.004 0.011 0.004 0.002 0.031 0.042 0.074 0.001 0.003 0.008 78 E 0.010 0.083 0.090 0.508 0.088 0.041 0.044 0.007 0.008 0.004 0.017 0.024 0.040 0.022 0.001 0.013 79 T 0.025 0.029 0.137 0.518 0.006 0.072 0.007 0.079 0.006 0.002 0.019 0.013 0.045 0.001 0.037 0.005 80 G 0.011 0.089 0.158 0.436 0.011 0.041 0.006 0.005 0.047 0.030 0.019 0.014 0.042 0.002 0.002 0.087 81 I 0.154 0.018 0.057 0.530 0.021 0.107 0.006 0.008 0.004 0.002 0.020 0.022 0.041 0.005 0.002 0.003 82 R 0.005 0.250 0.188 0.386 0.011 0.055 0.005 0.020 0.006 0.002 0.017 0.012 0.028 0.002 0.005 0.008 83 T 0.011 0.051 0.045 0.757 0.007 0.059 0.006 0.006 0.007 0.004 0.007 0.009 0.016 0.001 0.002 0.009 84 C 0.030 0.051 0.284 0.493 0.019 0.031 0.010 0.010 0.009 0.004 0.015 0.008 0.019 0.001 0.004 0.012 85 V 0.022 0.040 0.089 0.491 0.098 0.149 0.017 0.013 0.008 0.008 0.019 0.013 0.022 0.002 0.002 0.008 86 P 0.004 0.013 0.013 0.052 0.658 0.079 0.033 0.024 0.001 0.004 0.044 0.007 0.005 0.062 0.001 0.001 87 A 0.003 0.161 0.008 0.087 0.006 0.012 0.002 0.551 0.021 0.003 0.023 0.018 0.004 0.001 0.098 0.002 88 G 0.018 0.025 0.035 0.155 0.003 0.012 0.008 0.003 0.386 0.151 0.009 0.020 0.011 0.001 0.002 0.160 89 C 0.676 0.015 0.151 0.096 0.001 0.020 0.002 0.004 0.002 0.002 0.007 0.006 0.011 0.001 0.002 0.004 90 I 0.011 0.094 0.371 0.472 0.001 0.019 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.005 0.006 0.001 0.001 0.006 91 V 0.010 0.013 0.055 0.878 0.002 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 92 P 0.003 0.030 0.089 0.834 0.007 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 93 I 0.002 0.006 0.015 0.908 0.007 0.045 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 94 V 0.003 0.080 0.040 0.705 0.010 0.123 0.002 0.004 0.002 0.001 0.008 0.008 0.010 0.001 0.001 0.003 95 F 0.003 0.095 0.044 0.714 0.003 0.042 0.001 0.009 0.002 0.007 0.032 0.022 0.019 0.001 0.001 0.004 96 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 97 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.002 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.003 103 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.011 0.003 0.003 104 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.677 0.263 0.013 0.011 105 A 0.008 0.013 0.008 0.005 0.001 0.005 0.008 0.016 0.002 0.002 0.009 0.008 0.397 0.038 0.332 0.149 106 G 0.017 0.012 0.043 0.005 0.002 0.031 0.057 0.001 0.023 0.006 0.011 0.018 0.326 0.059 0.043 0.346 107 K 0.301 0.135 0.167 0.022 0.001 0.012 0.011 0.004 0.001 0.001 0.076 0.015 0.147 0.003 0.035 0.071 108 H 0.030 0.286 0.457 0.116 0.001 0.009 0.006 0.001 0.005 0.001 0.002 0.017 0.016 0.001 0.003 0.049 109 L 0.028 0.011 0.581 0.354 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 110 K 0.002 0.027 0.304 0.657 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.002 0.016 0.969 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 A 0.001 0.018 0.022 0.949 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 M 0.001 0.004 0.003 0.953 0.008 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.001 0.042 0.014 0.913 0.005 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.002 0.013 0.007 0.780 0.020 0.158 0.001 0.005 0.002 0.002 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 116 A 0.005 0.201 0.024 0.578 0.036 0.074 0.002 0.019 0.006 0.002 0.030 0.014 0.006 0.001 0.001 0.002 117 A 0.005 0.027 0.011 0.227 0.441 0.111 0.069 0.010 0.006 0.008 0.032 0.017 0.008 0.026 0.001 0.002 118 P 0.014 0.148 0.067 0.146 0.037 0.034 0.026 0.361 0.007 0.002 0.040 0.016 0.010 0.005 0.082 0.005 119 G 0.010 0.059 0.040 0.175 0.011 0.043 0.020 0.029 0.317 0.112 0.023 0.018 0.011 0.004 0.013 0.114 120 E 0.594 0.032 0.087 0.144 0.003 0.024 0.005 0.009 0.024 0.006 0.015 0.019 0.012 0.001 0.006 0.018 121 P 0.098 0.072 0.308 0.291 0.013 0.074 0.006 0.010 0.019 0.005 0.032 0.040 0.016 0.003 0.003 0.009 122 P 0.044 0.107 0.102 0.449 0.027 0.157 0.008 0.021 0.006 0.002 0.019 0.037 0.010 0.004 0.002 0.004 123 L 0.014 0.088 0.092 0.482 0.022 0.162 0.009 0.033 0.011 0.003 0.040 0.016 0.010 0.003 0.011 0.005 124 N 0.018 0.286 0.053 0.530 0.001 0.022 0.002 0.012 0.025 0.004 0.008 0.014 0.004 0.001 0.003 0.017 125 D 0.041 0.041 0.177 0.706 0.001 0.007 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.014 0.004 0.369 0.594 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 F 0.001 0.018 0.048 0.925 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 128 V 0.001 0.001 0.003 0.969 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.032 0.011 0.512 0.164 0.243 0.001 0.020 0.001 0.001 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.004 0.001 0.072 0.715 0.064 0.013 0.022 0.002 0.008 0.090 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 131 N 0.001 0.026 0.002 0.028 0.003 0.020 0.001 0.704 0.007 0.008 0.041 0.111 0.008 0.001 0.040 0.001 132 G 0.001 0.004 0.001 0.008 0.004 0.036 0.002 0.002 0.183 0.383 0.080 0.154 0.078 0.001 0.001 0.063 133 F 0.117 0.003 0.012 0.004 0.001 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.222 0.153 0.469 0.001 0.002 0.002 134 S 0.001 0.008 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.215 0.727 0.001 0.001 0.001 135 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.053 0.912 0.001 0.001 0.002 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.976 0.001 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.002 0.001 0.004 140 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.002 142 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.974 0.003 0.001 0.012 143 L 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.012 0.007 0.011 144 Q 0.002 0.006 0.035 0.010 0.003 0.009 0.064 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.751 0.062 0.017 0.030 145 K 0.017 0.020 0.038 0.026 0.009 0.022 0.057 0.020 0.003 0.003 0.033 0.010 0.451 0.120 0.097 0.074