# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.015 0.001 0.029 0.059 0.108 0.126 0.001 0.001 0.050 0.600 2 S 0.028 0.014 0.003 0.032 0.061 0.146 0.114 0.002 0.001 0.090 0.510 3 L 0.014 0.004 0.001 0.036 0.136 0.161 0.143 0.002 0.001 0.048 0.455 4 T 0.113 0.012 0.004 0.030 0.069 0.096 0.068 0.003 0.001 0.071 0.532 5 E 0.046 0.005 0.001 0.024 0.060 0.070 0.105 0.002 0.001 0.035 0.652 6 T 0.134 0.011 0.003 0.020 0.020 0.034 0.113 0.002 0.001 0.044 0.619 7 Y 0.055 0.006 0.001 0.020 0.037 0.046 0.138 0.002 0.001 0.039 0.656 8 G 0.020 0.011 0.001 0.036 0.042 0.074 0.124 0.001 0.001 0.043 0.646 9 L 0.016 0.008 0.001 0.020 0.103 0.156 0.114 0.001 0.001 0.060 0.520 10 W 0.008 0.010 0.001 0.080 0.243 0.302 0.064 0.001 0.001 0.052 0.239 11 S 0.010 0.017 0.002 0.049 0.176 0.351 0.043 0.002 0.001 0.063 0.287 12 I 0.005 0.008 0.001 0.043 0.334 0.351 0.039 0.001 0.001 0.021 0.198 13 N 0.027 0.026 0.001 0.041 0.206 0.379 0.031 0.002 0.001 0.035 0.253 14 C 0.018 0.006 0.001 0.032 0.243 0.292 0.066 0.001 0.001 0.059 0.282 15 G 0.023 0.006 0.008 0.044 0.157 0.215 0.071 0.002 0.002 0.060 0.410 16 I 0.234 0.007 0.003 0.013 0.088 0.069 0.058 0.003 0.001 0.035 0.489 17 Q 0.406 0.007 0.003 0.006 0.022 0.020 0.050 0.004 0.001 0.043 0.440 18 E 0.027 0.009 0.001 0.005 0.014 0.019 0.073 0.001 0.001 0.017 0.835 19 G 0.022 0.023 0.002 0.007 0.026 0.035 0.058 0.001 0.001 0.018 0.808 20 K 0.012 0.036 0.001 0.010 0.148 0.136 0.081 0.001 0.001 0.027 0.548 21 K 0.011 0.127 0.001 0.025 0.165 0.272 0.038 0.002 0.001 0.059 0.301 22 V 0.008 0.123 0.001 0.036 0.212 0.322 0.029 0.001 0.001 0.070 0.197 23 C 0.012 0.139 0.002 0.078 0.241 0.354 0.016 0.001 0.001 0.063 0.094 24 F 0.019 0.121 0.002 0.065 0.235 0.376 0.017 0.002 0.001 0.072 0.091 25 M 0.014 0.102 0.003 0.078 0.207 0.379 0.022 0.002 0.001 0.079 0.113 26 H 0.027 0.153 0.003 0.050 0.224 0.359 0.025 0.004 0.001 0.040 0.114 27 R 0.016 0.036 0.003 0.020 0.243 0.423 0.029 0.002 0.001 0.112 0.117 28 Q 0.018 0.030 0.003 0.021 0.242 0.336 0.046 0.002 0.001 0.056 0.244 29 E 0.074 0.021 0.009 0.019 0.245 0.261 0.042 0.004 0.002 0.109 0.215 30 V 0.072 0.004 0.023 0.016 0.103 0.117 0.077 0.005 0.006 0.158 0.420 31 N 0.231 0.003 0.006 0.006 0.035 0.031 0.059 0.002 0.001 0.064 0.562 32 D 0.251 0.002 0.002 0.002 0.012 0.008 0.046 0.001 0.001 0.031 0.645 33 Q 0.011 0.004 0.001 0.006 0.016 0.018 0.124 0.001 0.001 0.025 0.794 34 N 0.004 0.010 0.001 0.007 0.019 0.033 0.068 0.001 0.001 0.018 0.840 35 R 0.004 0.016 0.001 0.024 0.291 0.193 0.056 0.001 0.001 0.060 0.356 36 V 0.004 0.056 0.001 0.080 0.216 0.405 0.019 0.002 0.001 0.075 0.142 37 V 0.003 0.016 0.001 0.055 0.225 0.402 0.019 0.001 0.001 0.169 0.109 38 V 0.003 0.014 0.001 0.243 0.236 0.373 0.015 0.001 0.001 0.057 0.057 39 A 0.005 0.021 0.001 0.143 0.227 0.504 0.010 0.001 0.001 0.042 0.046 40 M 0.006 0.021 0.002 0.112 0.336 0.370 0.022 0.002 0.001 0.029 0.099 41 S 0.006 0.005 0.001 0.037 0.309 0.550 0.013 0.001 0.001 0.037 0.040 42 V 0.013 0.005 0.001 0.058 0.324 0.393 0.023 0.001 0.001 0.033 0.147 43 V 0.004 0.001 0.003 0.016 0.397 0.422 0.025 0.001 0.001 0.030 0.100 44 L 0.037 0.001 0.005 0.009 0.174 0.316 0.054 0.001 0.001 0.042 0.361 45 N 0.747 0.001 0.001 0.002 0.011 0.009 0.017 0.001 0.001 0.021 0.189 46 A 0.137 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.057 0.001 0.001 0.021 0.770 47 D 0.008 0.001 0.001 0.003 0.006 0.007 0.065 0.001 0.001 0.018 0.891 48 G 0.009 0.001 0.002 0.007 0.064 0.032 0.076 0.001 0.001 0.046 0.762 49 V 0.005 0.001 0.001 0.015 0.190 0.161 0.096 0.001 0.001 0.126 0.406 50 V 0.001 0.001 0.001 0.065 0.219 0.371 0.037 0.001 0.001 0.099 0.207 51 S 0.001 0.001 0.001 0.104 0.176 0.415 0.036 0.001 0.001 0.049 0.219 52 G 0.001 0.001 0.001 0.259 0.309 0.343 0.015 0.001 0.001 0.013 0.061 53 N 0.001 0.001 0.001 0.411 0.253 0.231 0.012 0.001 0.001 0.025 0.065 54 L 0.001 0.001 0.001 0.505 0.245 0.169 0.022 0.001 0.001 0.012 0.047 55 T 0.004 0.003 0.002 0.554 0.101 0.122 0.036 0.001 0.001 0.037 0.138 56 V 0.073 0.013 0.002 0.246 0.152 0.152 0.096 0.004 0.001 0.063 0.199 57 P 0.085 0.035 0.004 0.114 0.028 0.093 0.143 0.009 0.001 0.080 0.408 58 F 0.034 0.022 0.002 0.103 0.051 0.155 0.156 0.005 0.001 0.042 0.429 59 G 0.082 0.011 0.005 0.088 0.048 0.177 0.120 0.005 0.002 0.071 0.391 60 I 0.011 0.002 0.001 0.065 0.201 0.212 0.105 0.001 0.001 0.047 0.356 61 L 0.026 0.003 0.007 0.070 0.136 0.220 0.075 0.002 0.001 0.084 0.376 62 V 0.047 0.001 0.002 0.025 0.111 0.112 0.142 0.001 0.001 0.039 0.520 63 S 0.129 0.002 0.002 0.021 0.039 0.060 0.108 0.003 0.001 0.058 0.577 64 K 0.018 0.002 0.001 0.056 0.067 0.127 0.148 0.001 0.001 0.035 0.545 65 P 0.003 0.001 0.001 0.054 0.048 0.140 0.149 0.001 0.001 0.028 0.577 66 V 0.001 0.001 0.001 0.098 0.321 0.381 0.056 0.001 0.001 0.012 0.132 67 R 0.002 0.001 0.001 0.310 0.160 0.302 0.025 0.001 0.001 0.033 0.166 68 L 0.001 0.001 0.001 0.089 0.412 0.283 0.034 0.001 0.001 0.020 0.160 69 Q 0.009 0.002 0.001 0.252 0.225 0.260 0.028 0.001 0.001 0.044 0.178 70 V 0.102 0.004 0.001 0.093 0.141 0.123 0.065 0.002 0.001 0.060 0.409 71 D 0.237 0.013 0.002 0.059 0.031 0.039 0.081 0.006 0.001 0.050 0.481 72 E 0.028 0.014 0.001 0.011 0.018 0.022 0.084 0.002 0.001 0.021 0.798 73 G 0.039 0.038 0.002 0.012 0.063 0.069 0.073 0.002 0.001 0.040 0.661 74 K 0.045 0.051 0.001 0.013 0.083 0.117 0.095 0.004 0.001 0.085 0.506 75 A 0.021 0.015 0.003 0.024 0.102 0.176 0.088 0.002 0.001 0.210 0.358 76 V 0.028 0.017 0.006 0.031 0.129 0.188 0.070 0.002 0.001 0.141 0.388 77 I 0.069 0.047 0.002 0.030 0.151 0.171 0.070 0.003 0.001 0.039 0.417 78 E 0.045 0.032 0.002 0.012 0.054 0.126 0.087 0.003 0.001 0.067 0.572 79 T 0.021 0.018 0.003 0.061 0.073 0.138 0.124 0.002 0.001 0.161 0.398 80 G 0.015 0.020 0.004 0.143 0.098 0.227 0.094 0.002 0.001 0.117 0.278 81 I 0.025 0.010 0.001 0.132 0.131 0.166 0.113 0.003 0.001 0.050 0.369 82 R 0.024 0.005 0.001 0.109 0.131 0.185 0.074 0.001 0.001 0.060 0.410 83 T 0.005 0.003 0.001 0.206 0.103 0.196 0.078 0.001 0.001 0.051 0.355 84 C 0.026 0.004 0.005 0.099 0.078 0.118 0.109 0.002 0.001 0.061 0.497 85 V 0.404 0.004 0.003 0.040 0.083 0.053 0.077 0.003 0.001 0.059 0.272 86 P 0.134 0.006 0.001 0.020 0.017 0.028 0.105 0.003 0.001 0.035 0.650 87 A 0.018 0.004 0.001 0.039 0.026 0.056 0.114 0.001 0.001 0.020 0.722 88 G 0.018 0.002 0.002 0.036 0.053 0.090 0.136 0.001 0.001 0.038 0.623 89 C 0.001 0.001 0.001 0.066 0.338 0.358 0.058 0.001 0.001 0.017 0.160 90 I 0.012 0.008 0.001 0.090 0.139 0.218 0.042 0.001 0.001 0.029 0.459 91 V 0.008 0.004 0.001 0.036 0.380 0.255 0.058 0.001 0.001 0.017 0.243 92 P 0.029 0.025 0.001 0.104 0.083 0.157 0.060 0.002 0.001 0.064 0.475 93 I 0.025 0.017 0.001 0.071 0.087 0.144 0.114 0.001 0.001 0.038 0.502 94 V 0.006 0.010 0.001 0.139 0.027 0.046 0.127 0.001 0.001 0.134 0.508 95 F 0.014 0.162 0.007 0.073 0.027 0.019 0.079 0.006 0.001 0.129 0.481 96 D 0.134 0.823 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.010 0.019 97 K 0.027 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.033 0.021 98 N 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 99 Y 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 100 V 0.007 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.003 101 A 0.012 0.881 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.069 0.021 102 A 0.050 0.335 0.160 0.001 0.001 0.003 0.023 0.022 0.052 0.251 0.102 103 L 0.489 0.126 0.100 0.002 0.003 0.003 0.032 0.014 0.019 0.115 0.097 104 R 0.143 0.025 0.009 0.001 0.001 0.002 0.055 0.003 0.006 0.037 0.719 105 A 0.017 0.018 0.003 0.002 0.001 0.003 0.079 0.001 0.001 0.010 0.865 106 G 0.018 0.013 0.003 0.005 0.002 0.006 0.111 0.001 0.001 0.021 0.820 107 K 0.022 0.013 0.002 0.056 0.024 0.036 0.155 0.001 0.001 0.055 0.636 108 H 0.012 0.011 0.001 0.186 0.016 0.053 0.092 0.001 0.001 0.065 0.563 109 L 0.004 0.003 0.001 0.482 0.076 0.109 0.051 0.001 0.001 0.043 0.230 110 K 0.002 0.001 0.001 0.759 0.029 0.077 0.015 0.001 0.001 0.036 0.079 111 L 0.001 0.001 0.001 0.752 0.074 0.080 0.015 0.001 0.001 0.014 0.062 112 A 0.003 0.001 0.001 0.553 0.128 0.145 0.023 0.001 0.001 0.020 0.125 113 M 0.002 0.001 0.001 0.206 0.284 0.291 0.044 0.001 0.001 0.015 0.156 114 T 0.027 0.002 0.001 0.176 0.143 0.147 0.067 0.001 0.001 0.064 0.370 115 I 0.023 0.002 0.002 0.093 0.144 0.109 0.120 0.002 0.001 0.045 0.460 116 A 0.116 0.005 0.002 0.024 0.014 0.021 0.097 0.005 0.001 0.031 0.685 117 A 0.296 0.003 0.002 0.011 0.014 0.017 0.090 0.004 0.001 0.032 0.531 118 P 0.013 0.002 0.001 0.005 0.005 0.009 0.114 0.001 0.001 0.019 0.832 119 G 0.012 0.003 0.001 0.006 0.012 0.022 0.095 0.001 0.001 0.016 0.833 120 E 0.078 0.009 0.002 0.006 0.019 0.020 0.110 0.002 0.001 0.039 0.716 121 P 0.109 0.010 0.003 0.006 0.020 0.027 0.097 0.005 0.001 0.049 0.671 122 P 0.092 0.011 0.002 0.015 0.031 0.059 0.085 0.002 0.001 0.035 0.667 123 L 0.030 0.004 0.001 0.021 0.022 0.064 0.090 0.001 0.001 0.025 0.740 124 N 0.005 0.003 0.001 0.065 0.140 0.199 0.094 0.001 0.001 0.019 0.475 125 D 0.014 0.006 0.001 0.085 0.083 0.167 0.073 0.001 0.001 0.040 0.530 126 L 0.007 0.005 0.001 0.103 0.223 0.217 0.083 0.001 0.001 0.016 0.345 127 F 0.020 0.009 0.001 0.213 0.102 0.143 0.061 0.001 0.001 0.062 0.389 128 V 0.004 0.004 0.001 0.229 0.178 0.165 0.086 0.001 0.001 0.046 0.286 129 Q 0.174 0.099 0.001 0.097 0.033 0.053 0.070 0.007 0.001 0.049 0.418 130 L 0.286 0.076 0.001 0.057 0.025 0.020 0.071 0.007 0.001 0.130 0.326 131 N 0.006 0.085 0.002 0.054 0.009 0.026 0.144 0.002 0.001 0.163 0.509 132 G 0.015 0.439 0.001 0.043 0.007 0.013 0.052 0.004 0.001 0.163 0.263 133 F 0.023 0.853 0.001 0.003 0.005 0.003 0.013 0.011 0.001 0.038 0.051 134 S 0.015 0.428 0.002 0.001 0.002 0.003 0.012 0.003 0.001 0.487 0.044 135 N 0.007 0.926 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.026 0.026 136 A 0.019 0.915 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.026 0.014 137 L 0.069 0.830 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.006 0.034 0.019 138 N 0.020 0.895 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.015 0.057 139 R 0.016 0.849 0.007 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.002 0.015 0.090 140 L 0.117 0.651 0.027 0.001 0.001 0.002 0.033 0.022 0.016 0.049 0.080 141 I 0.196 0.222 0.028 0.004 0.005 0.008 0.049 0.015 0.018 0.079 0.375 142 A 0.156 0.055 0.016 0.011 0.006 0.011 0.072 0.008 0.007 0.093 0.566 143 L 0.086 0.026 0.010 0.018 0.014 0.017 0.114 0.005 0.003 0.054 0.653 144 Q 0.046 0.011 0.003 0.013 0.009 0.014 0.096 0.002 0.001 0.022 0.784 145 K 0.023 0.007 0.001 0.016 0.010 0.018 0.102 0.001 0.001 0.017 0.804