# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.021 0.014 0.024 0.085 0.129 0.119 0.038 0.571 2 S 0.034 0.018 0.034 0.092 0.124 0.111 0.123 0.464 3 L 0.030 0.018 0.038 0.076 0.106 0.109 0.071 0.551 4 T 0.205 0.025 0.025 0.035 0.044 0.092 0.113 0.461 5 E 0.050 0.015 0.031 0.045 0.069 0.097 0.024 0.669 6 T 0.093 0.028 0.017 0.024 0.041 0.100 0.051 0.645 7 Y 0.057 0.021 0.019 0.025 0.030 0.161 0.066 0.621 8 G 0.034 0.041 0.031 0.055 0.113 0.126 0.115 0.485 9 L 0.040 0.043 0.035 0.070 0.122 0.102 0.129 0.459 10 W 0.013 0.035 0.080 0.235 0.298 0.054 0.058 0.227 11 S 0.020 0.025 0.060 0.161 0.307 0.049 0.092 0.286 12 I 0.024 0.013 0.044 0.313 0.354 0.036 0.037 0.178 13 N 0.025 0.020 0.034 0.211 0.320 0.050 0.051 0.290 14 C 0.022 0.017 0.030 0.159 0.244 0.088 0.037 0.402 15 G 0.022 0.008 0.067 0.129 0.194 0.075 0.076 0.430 16 I 0.212 0.011 0.019 0.038 0.041 0.066 0.074 0.538 17 Q 0.489 0.010 0.006 0.012 0.011 0.047 0.051 0.375 18 E 0.027 0.010 0.003 0.003 0.005 0.086 0.015 0.852 19 G 0.036 0.023 0.007 0.009 0.022 0.111 0.039 0.753 20 K 0.017 0.063 0.016 0.108 0.095 0.106 0.051 0.544 21 K 0.014 0.169 0.037 0.087 0.167 0.074 0.081 0.372 22 V 0.015 0.140 0.062 0.123 0.214 0.049 0.148 0.249 23 C 0.012 0.205 0.118 0.142 0.260 0.030 0.091 0.142 24 F 0.021 0.126 0.112 0.189 0.260 0.028 0.118 0.146 25 M 0.024 0.091 0.118 0.206 0.276 0.028 0.114 0.143 26 H 0.047 0.089 0.055 0.163 0.305 0.050 0.094 0.197 27 R 0.043 0.030 0.046 0.159 0.258 0.067 0.130 0.268 28 Q 0.017 0.020 0.033 0.219 0.304 0.067 0.067 0.274 29 E 0.021 0.008 0.040 0.140 0.207 0.088 0.079 0.417 30 V 0.043 0.004 0.039 0.102 0.104 0.088 0.081 0.540 31 N 0.348 0.006 0.006 0.014 0.019 0.057 0.069 0.481 32 D 0.328 0.008 0.002 0.005 0.006 0.068 0.036 0.548 33 Q 0.013 0.006 0.006 0.007 0.020 0.126 0.014 0.807 34 N 0.010 0.012 0.015 0.036 0.099 0.115 0.050 0.662 35 R 0.004 0.029 0.038 0.225 0.306 0.074 0.054 0.271 36 V 0.003 0.041 0.071 0.206 0.429 0.029 0.069 0.151 37 V 0.003 0.020 0.068 0.265 0.405 0.017 0.133 0.089 38 V 0.002 0.015 0.106 0.317 0.440 0.008 0.073 0.038 39 A 0.003 0.016 0.067 0.363 0.475 0.007 0.029 0.040 40 M 0.008 0.012 0.040 0.347 0.478 0.016 0.037 0.062 41 S 0.011 0.006 0.024 0.317 0.501 0.021 0.049 0.071 42 V 0.007 0.006 0.018 0.271 0.454 0.038 0.042 0.165 43 V 0.005 0.002 0.024 0.342 0.359 0.052 0.033 0.183 44 L 0.011 0.001 0.036 0.113 0.226 0.056 0.039 0.518 45 N 0.824 0.001 0.001 0.004 0.003 0.009 0.068 0.090 46 A 0.298 0.001 0.001 0.002 0.002 0.051 0.020 0.625 47 D 0.006 0.001 0.002 0.001 0.003 0.069 0.005 0.913 48 G 0.007 0.001 0.025 0.035 0.100 0.097 0.029 0.707 49 V 0.003 0.001 0.044 0.194 0.072 0.094 0.035 0.559 50 V 0.002 0.001 0.181 0.185 0.198 0.058 0.068 0.307 51 S 0.004 0.001 0.227 0.090 0.189 0.059 0.090 0.340 52 G 0.001 0.001 0.358 0.187 0.377 0.010 0.013 0.054 53 N 0.002 0.001 0.450 0.224 0.153 0.020 0.040 0.111 54 L 0.001 0.001 0.508 0.201 0.200 0.019 0.015 0.056 55 T 0.007 0.002 0.405 0.085 0.119 0.062 0.073 0.248 56 V 0.039 0.004 0.169 0.244 0.230 0.065 0.053 0.196 57 P 0.086 0.008 0.086 0.068 0.101 0.094 0.087 0.470 58 F 0.043 0.006 0.052 0.089 0.127 0.132 0.047 0.503 59 G 0.021 0.004 0.053 0.070 0.203 0.105 0.039 0.504 60 I 0.011 0.001 0.041 0.199 0.150 0.106 0.032 0.460 61 L 0.016 0.001 0.047 0.116 0.165 0.112 0.047 0.495 62 V 0.052 0.001 0.026 0.060 0.091 0.111 0.043 0.616 63 S 0.213 0.004 0.010 0.010 0.015 0.081 0.126 0.541 64 K 0.022 0.003 0.031 0.041 0.068 0.135 0.030 0.670 65 P 0.004 0.001 0.064 0.050 0.154 0.070 0.027 0.629 66 V 0.003 0.001 0.071 0.377 0.230 0.057 0.034 0.227 67 R 0.004 0.002 0.144 0.203 0.297 0.044 0.050 0.255 68 L 0.003 0.001 0.078 0.356 0.289 0.035 0.023 0.215 69 Q 0.005 0.001 0.223 0.175 0.285 0.041 0.038 0.232 70 V 0.033 0.003 0.101 0.118 0.107 0.075 0.047 0.516 71 D 0.353 0.023 0.039 0.025 0.025 0.068 0.137 0.331 72 E 0.070 0.021 0.011 0.010 0.021 0.090 0.042 0.735 73 G 0.038 0.025 0.011 0.031 0.053 0.085 0.043 0.716 74 K 0.037 0.054 0.014 0.128 0.120 0.084 0.058 0.504 75 A 0.024 0.020 0.038 0.148 0.187 0.079 0.108 0.396 76 V 0.037 0.011 0.030 0.105 0.142 0.073 0.101 0.500 77 I 0.162 0.017 0.037 0.149 0.109 0.077 0.057 0.391 78 E 0.035 0.009 0.022 0.026 0.081 0.074 0.034 0.720 79 T 0.020 0.005 0.051 0.073 0.101 0.123 0.065 0.563 80 G 0.012 0.006 0.095 0.109 0.183 0.086 0.063 0.446 81 I 0.019 0.006 0.071 0.131 0.106 0.104 0.053 0.511 82 R 0.021 0.005 0.195 0.103 0.161 0.080 0.059 0.377 83 T 0.007 0.002 0.118 0.124 0.226 0.073 0.037 0.413 84 C 0.015 0.003 0.102 0.085 0.125 0.086 0.048 0.537 85 V 0.186 0.010 0.062 0.096 0.059 0.111 0.073 0.404 86 P 0.099 0.018 0.033 0.015 0.026 0.130 0.093 0.586 87 A 0.021 0.005 0.029 0.031 0.113 0.134 0.064 0.603 88 G 0.019 0.008 0.059 0.150 0.228 0.097 0.043 0.396 89 C 0.007 0.005 0.078 0.232 0.435 0.040 0.034 0.171 90 I 0.017 0.007 0.069 0.190 0.135 0.060 0.140 0.383 91 V 0.013 0.007 0.047 0.235 0.500 0.041 0.023 0.133 92 P 0.023 0.009 0.057 0.139 0.247 0.072 0.062 0.391 93 I 0.031 0.007 0.062 0.229 0.217 0.080 0.036 0.338 94 V 0.008 0.015 0.070 0.094 0.118 0.146 0.079 0.470 95 F 0.009 0.130 0.027 0.013 0.026 0.129 0.071 0.595 96 D 0.060 0.887 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.012 97 K 0.010 0.948 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.020 98 N 0.002 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.014 99 Y 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 100 V 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 101 A 0.008 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.011 102 A 0.087 0.371 0.086 0.005 0.004 0.017 0.372 0.058 103 L 0.560 0.044 0.053 0.005 0.004 0.025 0.237 0.073 104 R 0.243 0.007 0.006 0.002 0.002 0.072 0.038 0.631 105 A 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.074 0.004 0.913 106 G 0.023 0.005 0.020 0.002 0.004 0.217 0.032 0.696 107 K 0.010 0.003 0.076 0.045 0.080 0.170 0.057 0.558 108 H 0.006 0.005 0.149 0.020 0.058 0.072 0.051 0.640 109 L 0.003 0.004 0.429 0.085 0.159 0.045 0.063 0.212 110 K 0.002 0.002 0.608 0.059 0.071 0.027 0.091 0.139 111 L 0.002 0.002 0.475 0.179 0.223 0.015 0.030 0.074 112 A 0.007 0.004 0.394 0.180 0.164 0.034 0.048 0.170 113 M 0.005 0.003 0.348 0.181 0.285 0.034 0.017 0.126 114 T 0.018 0.008 0.219 0.115 0.154 0.070 0.055 0.361 115 I 0.045 0.007 0.133 0.145 0.151 0.097 0.054 0.366 116 A 0.089 0.006 0.066 0.031 0.053 0.097 0.041 0.615 117 A 0.159 0.004 0.018 0.030 0.042 0.072 0.052 0.623 118 P 0.011 0.001 0.005 0.009 0.014 0.096 0.015 0.849 119 G 0.008 0.002 0.006 0.012 0.014 0.103 0.017 0.837 120 E 0.103 0.007 0.011 0.020 0.029 0.096 0.112 0.622 121 P 0.087 0.004 0.011 0.019 0.015 0.103 0.057 0.705 122 P 0.036 0.004 0.043 0.053 0.103 0.094 0.049 0.618 123 L 0.030 0.002 0.035 0.020 0.043 0.099 0.032 0.739 124 N 0.008 0.003 0.149 0.184 0.228 0.072 0.034 0.322 125 D 0.008 0.007 0.101 0.086 0.157 0.062 0.057 0.523 126 L 0.008 0.009 0.111 0.276 0.208 0.062 0.026 0.299 127 F 0.014 0.011 0.248 0.098 0.145 0.071 0.064 0.349 128 V 0.012 0.015 0.173 0.156 0.157 0.073 0.087 0.327 129 Q 0.051 0.178 0.063 0.026 0.041 0.068 0.087 0.485 130 L 0.313 0.181 0.030 0.007 0.009 0.057 0.152 0.251 131 N 0.012 0.082 0.023 0.007 0.009 0.065 0.521 0.281 132 G 0.008 0.807 0.006 0.002 0.003 0.023 0.057 0.094 133 F 0.013 0.937 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.017 134 S 0.026 0.713 0.003 0.001 0.001 0.008 0.222 0.025 135 N 0.016 0.743 0.003 0.001 0.002 0.010 0.193 0.031 136 A 0.015 0.778 0.019 0.001 0.001 0.006 0.160 0.019 137 L 0.043 0.848 0.010 0.001 0.001 0.014 0.040 0.041 138 N 0.035 0.794 0.005 0.001 0.001 0.013 0.018 0.133 139 R 0.028 0.791 0.013 0.002 0.004 0.019 0.025 0.118 140 L 0.126 0.433 0.043 0.006 0.007 0.061 0.154 0.170 141 I 0.240 0.189 0.016 0.006 0.007 0.061 0.065 0.416 142 A 0.109 0.035 0.016 0.004 0.008 0.067 0.036 0.725 143 L 0.099 0.017 0.025 0.008 0.012 0.106 0.050 0.684 144 Q 0.038 0.006 0.022 0.008 0.016 0.129 0.040 0.742 145 K 0.017 0.004 0.020 0.006 0.011 0.094 0.028 0.818