# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.535 0.126 0.052 0.087 0.062 0.039 0.047 0.027 0.014 0.007 0.004 2 S 0.185 0.149 0.058 0.137 0.105 0.083 0.106 0.064 0.055 0.036 0.023 3 L 0.056 0.044 0.020 0.047 0.056 0.073 0.137 0.120 0.181 0.153 0.113 4 T 0.237 0.236 0.098 0.204 0.106 0.047 0.032 0.018 0.011 0.007 0.003 5 E 0.074 0.065 0.067 0.150 0.139 0.132 0.140 0.106 0.064 0.040 0.022 6 T 0.126 0.229 0.078 0.187 0.118 0.081 0.077 0.050 0.028 0.017 0.008 7 Y 0.029 0.023 0.014 0.051 0.066 0.106 0.184 0.172 0.162 0.121 0.072 8 G 0.383 0.197 0.112 0.146 0.067 0.034 0.028 0.016 0.009 0.005 0.003 9 L 0.091 0.085 0.074 0.169 0.141 0.110 0.134 0.080 0.057 0.037 0.020 10 W 0.033 0.033 0.025 0.050 0.065 0.094 0.165 0.155 0.169 0.134 0.077 11 S 0.096 0.130 0.085 0.194 0.146 0.100 0.098 0.064 0.047 0.028 0.014 12 I 0.036 0.025 0.048 0.074 0.088 0.121 0.190 0.161 0.124 0.085 0.048 13 N 0.091 0.142 0.100 0.222 0.151 0.096 0.099 0.049 0.028 0.015 0.007 14 C 0.021 0.011 0.015 0.029 0.047 0.058 0.142 0.176 0.196 0.165 0.139 15 G 0.183 0.190 0.141 0.199 0.124 0.053 0.048 0.029 0.018 0.011 0.005 16 I 0.068 0.083 0.079 0.143 0.129 0.121 0.182 0.090 0.057 0.033 0.015 17 Q 0.253 0.355 0.120 0.133 0.061 0.033 0.023 0.011 0.006 0.004 0.002 18 E 0.446 0.269 0.053 0.112 0.053 0.025 0.022 0.012 0.005 0.002 0.001 19 G 0.595 0.168 0.040 0.072 0.039 0.024 0.025 0.017 0.010 0.007 0.003 20 K 0.128 0.109 0.066 0.158 0.134 0.136 0.134 0.068 0.039 0.021 0.009 21 K 0.116 0.203 0.167 0.235 0.129 0.066 0.045 0.023 0.009 0.004 0.002 22 V 0.008 0.010 0.021 0.034 0.054 0.103 0.188 0.163 0.186 0.143 0.091 23 C 0.014 0.021 0.044 0.079 0.101 0.131 0.199 0.152 0.127 0.087 0.044 24 F 0.012 0.027 0.099 0.147 0.139 0.143 0.169 0.107 0.081 0.052 0.025 25 M 0.004 0.005 0.021 0.027 0.047 0.065 0.132 0.160 0.201 0.183 0.155 26 H 0.005 0.010 0.020 0.039 0.063 0.075 0.169 0.177 0.196 0.156 0.090 27 R 0.018 0.029 0.099 0.147 0.154 0.128 0.164 0.109 0.076 0.050 0.025 28 Q 0.034 0.032 0.095 0.106 0.119 0.151 0.196 0.114 0.077 0.051 0.025 29 E 0.049 0.057 0.064 0.113 0.115 0.127 0.197 0.121 0.084 0.051 0.023 30 V 0.053 0.060 0.047 0.067 0.073 0.102 0.202 0.129 0.124 0.095 0.047 31 N 0.163 0.229 0.149 0.179 0.101 0.064 0.060 0.025 0.016 0.009 0.004 32 D 0.374 0.355 0.093 0.098 0.037 0.018 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 33 Q 0.487 0.233 0.039 0.100 0.057 0.029 0.025 0.016 0.007 0.004 0.002 34 N 0.488 0.160 0.038 0.093 0.062 0.047 0.047 0.033 0.017 0.011 0.005 35 R 0.062 0.077 0.083 0.177 0.155 0.165 0.129 0.075 0.041 0.026 0.010 36 V 0.017 0.048 0.072 0.128 0.134 0.188 0.197 0.107 0.060 0.037 0.014 37 V 0.004 0.006 0.015 0.030 0.049 0.101 0.167 0.153 0.195 0.176 0.104 38 V 0.005 0.010 0.029 0.048 0.068 0.105 0.190 0.164 0.169 0.141 0.071 39 A 0.006 0.017 0.057 0.127 0.148 0.143 0.162 0.117 0.104 0.077 0.042 40 M 0.002 0.002 0.007 0.010 0.019 0.042 0.094 0.123 0.227 0.244 0.229 41 S 0.013 0.032 0.040 0.139 0.168 0.125 0.170 0.121 0.092 0.059 0.041 42 V 0.003 0.003 0.008 0.011 0.019 0.036 0.078 0.102 0.207 0.262 0.272 43 V 0.027 0.039 0.056 0.134 0.167 0.164 0.171 0.094 0.072 0.049 0.026 44 L 0.032 0.046 0.050 0.091 0.089 0.141 0.200 0.120 0.113 0.081 0.038 45 N 0.061 0.072 0.038 0.089 0.089 0.126 0.171 0.105 0.106 0.081 0.063 46 A 0.267 0.289 0.055 0.128 0.076 0.053 0.061 0.032 0.020 0.013 0.007 47 D 0.527 0.201 0.037 0.104 0.053 0.026 0.021 0.014 0.008 0.005 0.004 48 G 0.555 0.175 0.027 0.081 0.052 0.032 0.032 0.021 0.011 0.008 0.005 49 V 0.098 0.112 0.040 0.152 0.139 0.132 0.112 0.083 0.057 0.047 0.027 50 V 0.029 0.044 0.027 0.067 0.082 0.176 0.192 0.132 0.120 0.088 0.043 51 S 0.054 0.093 0.061 0.203 0.165 0.144 0.135 0.068 0.042 0.022 0.013 52 G 0.010 0.008 0.013 0.018 0.022 0.036 0.086 0.106 0.224 0.239 0.238 53 N 0.025 0.054 0.046 0.177 0.185 0.141 0.144 0.085 0.071 0.044 0.030 54 L 0.004 0.006 0.010 0.017 0.024 0.035 0.074 0.119 0.222 0.247 0.244 55 T 0.010 0.020 0.022 0.066 0.101 0.104 0.144 0.147 0.143 0.121 0.122 56 V 0.004 0.005 0.008 0.019 0.034 0.041 0.101 0.174 0.215 0.211 0.187 57 P 0.012 0.018 0.028 0.066 0.091 0.077 0.122 0.153 0.167 0.153 0.113 58 F 0.005 0.008 0.011 0.026 0.040 0.050 0.125 0.176 0.228 0.203 0.128 59 G 0.039 0.045 0.036 0.114 0.116 0.113 0.147 0.117 0.121 0.090 0.062 60 I 0.031 0.020 0.026 0.051 0.071 0.072 0.142 0.156 0.163 0.143 0.125 61 L 0.019 0.030 0.029 0.078 0.111 0.110 0.159 0.142 0.133 0.112 0.077 62 V 0.005 0.009 0.010 0.021 0.036 0.041 0.112 0.136 0.204 0.213 0.212 63 S 0.130 0.200 0.103 0.200 0.141 0.091 0.064 0.027 0.021 0.015 0.008 64 K 0.193 0.162 0.083 0.185 0.118 0.090 0.095 0.039 0.020 0.009 0.004 65 P 0.328 0.156 0.041 0.166 0.105 0.071 0.061 0.032 0.019 0.012 0.008 66 V 0.007 0.006 0.004 0.008 0.013 0.027 0.072 0.100 0.215 0.245 0.303 67 R 0.030 0.126 0.086 0.350 0.244 0.089 0.042 0.018 0.008 0.004 0.002 68 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.013 0.036 0.066 0.192 0.272 0.410 69 Q 0.036 0.110 0.086 0.342 0.272 0.077 0.043 0.020 0.008 0.003 0.002 70 V 0.005 0.004 0.008 0.010 0.017 0.020 0.060 0.101 0.188 0.244 0.343 71 D 0.026 0.089 0.050 0.172 0.200 0.167 0.130 0.070 0.047 0.032 0.018 72 E 0.325 0.292 0.077 0.133 0.058 0.039 0.039 0.017 0.011 0.006 0.002 73 G 0.583 0.092 0.037 0.101 0.061 0.041 0.042 0.023 0.011 0.006 0.003 74 K 0.310 0.274 0.075 0.161 0.071 0.041 0.036 0.016 0.009 0.005 0.002 75 A 0.032 0.037 0.024 0.071 0.091 0.115 0.154 0.144 0.139 0.110 0.085 76 V 0.061 0.105 0.087 0.153 0.156 0.122 0.115 0.087 0.050 0.042 0.021 77 I 0.053 0.088 0.133 0.190 0.141 0.136 0.123 0.069 0.038 0.021 0.008 78 E 0.186 0.187 0.109 0.221 0.122 0.068 0.055 0.029 0.013 0.007 0.004 79 T 0.046 0.025 0.017 0.037 0.044 0.068 0.127 0.137 0.188 0.163 0.147 80 G 0.237 0.205 0.065 0.203 0.135 0.055 0.047 0.028 0.014 0.007 0.004 81 I 0.012 0.011 0.016 0.026 0.034 0.051 0.092 0.112 0.206 0.222 0.217 82 R 0.048 0.079 0.065 0.168 0.183 0.146 0.130 0.082 0.051 0.029 0.019 83 T 0.080 0.076 0.064 0.159 0.127 0.112 0.141 0.101 0.071 0.045 0.024 84 C 0.014 0.013 0.012 0.027 0.037 0.069 0.111 0.117 0.194 0.197 0.209 85 V 0.040 0.051 0.025 0.109 0.126 0.101 0.162 0.141 0.115 0.080 0.049 86 P 0.138 0.104 0.075 0.150 0.110 0.099 0.107 0.075 0.065 0.049 0.028 87 A 0.080 0.077 0.047 0.131 0.126 0.124 0.169 0.105 0.073 0.042 0.025 88 G 0.123 0.093 0.040 0.135 0.108 0.100 0.125 0.095 0.082 0.061 0.039 89 C 0.013 0.014 0.013 0.028 0.040 0.062 0.116 0.131 0.206 0.185 0.194 90 I 0.022 0.041 0.038 0.118 0.153 0.123 0.140 0.114 0.107 0.081 0.062 91 V 0.003 0.004 0.007 0.012 0.021 0.029 0.079 0.137 0.231 0.247 0.229 92 P 0.053 0.094 0.061 0.234 0.218 0.120 0.100 0.053 0.035 0.019 0.013 93 I 0.019 0.006 0.013 0.020 0.033 0.033 0.093 0.156 0.193 0.204 0.229 94 V 0.046 0.080 0.062 0.229 0.225 0.133 0.105 0.055 0.034 0.019 0.011 95 F 0.003 0.006 0.005 0.008 0.015 0.021 0.076 0.106 0.212 0.261 0.286 96 D 0.046 0.245 0.108 0.236 0.165 0.092 0.060 0.022 0.014 0.008 0.004 97 K 0.648 0.116 0.082 0.089 0.032 0.014 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 98 N 0.507 0.145 0.053 0.139 0.072 0.036 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 99 Y 0.003 0.013 0.010 0.026 0.040 0.066 0.140 0.151 0.225 0.194 0.131 100 V 0.003 0.004 0.012 0.031 0.088 0.211 0.280 0.153 0.107 0.077 0.034 101 A 0.013 0.042 0.681 0.179 0.054 0.017 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 102 A 0.002 0.005 0.032 0.056 0.079 0.229 0.338 0.125 0.077 0.042 0.014 103 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.031 0.058 0.208 0.292 0.393 104 R 0.011 0.050 0.221 0.181 0.204 0.130 0.106 0.052 0.024 0.015 0.006 105 A 0.017 0.085 0.402 0.218 0.133 0.070 0.044 0.019 0.007 0.004 0.002 106 G 0.222 0.068 0.039 0.059 0.068 0.094 0.168 0.116 0.073 0.058 0.036 107 K 0.311 0.196 0.076 0.148 0.082 0.058 0.060 0.038 0.018 0.009 0.004 108 H 0.107 0.142 0.113 0.236 0.156 0.098 0.073 0.038 0.020 0.011 0.007 109 L 0.005 0.004 0.008 0.010 0.018 0.034 0.085 0.108 0.196 0.206 0.327 110 K 0.051 0.143 0.137 0.255 0.201 0.096 0.065 0.029 0.014 0.007 0.004 111 L 0.005 0.005 0.018 0.021 0.031 0.050 0.099 0.130 0.220 0.217 0.204 112 A 0.021 0.036 0.039 0.115 0.136 0.107 0.148 0.128 0.115 0.085 0.070 113 M 0.009 0.010 0.011 0.026 0.032 0.044 0.096 0.148 0.226 0.218 0.180 114 T 0.051 0.051 0.043 0.130 0.146 0.124 0.135 0.118 0.091 0.060 0.049 115 I 0.017 0.014 0.017 0.045 0.067 0.046 0.112 0.203 0.176 0.138 0.165 116 A 0.028 0.024 0.022 0.055 0.073 0.068 0.114 0.138 0.169 0.152 0.158 117 A 0.103 0.076 0.046 0.121 0.130 0.107 0.162 0.094 0.083 0.044 0.033 118 P 0.360 0.174 0.050 0.142 0.088 0.054 0.058 0.031 0.022 0.013 0.008 119 G 0.318 0.151 0.033 0.089 0.067 0.054 0.081 0.055 0.061 0.050 0.041 120 E 0.380 0.281 0.030 0.122 0.069 0.036 0.035 0.021 0.013 0.008 0.005 121 P 0.289 0.161 0.038 0.131 0.100 0.082 0.068 0.049 0.037 0.028 0.017 122 P 0.249 0.191 0.048 0.147 0.109 0.088 0.079 0.046 0.023 0.014 0.007 123 L 0.064 0.110 0.040 0.158 0.135 0.139 0.131 0.087 0.063 0.049 0.024 124 N 0.023 0.021 0.013 0.032 0.043 0.101 0.174 0.137 0.198 0.167 0.093 125 D 0.167 0.237 0.086 0.272 0.130 0.049 0.029 0.014 0.008 0.005 0.003 126 L 0.006 0.004 0.005 0.008 0.013 0.032 0.074 0.100 0.229 0.259 0.270 127 F 0.078 0.155 0.056 0.283 0.227 0.087 0.057 0.030 0.015 0.007 0.005 128 V 0.007 0.005 0.006 0.012 0.022 0.032 0.075 0.140 0.207 0.233 0.263 129 Q 0.063 0.168 0.092 0.280 0.203 0.075 0.054 0.034 0.017 0.009 0.006 130 L 0.007 0.007 0.007 0.022 0.036 0.073 0.162 0.157 0.203 0.188 0.136 131 N 0.265 0.171 0.116 0.225 0.126 0.045 0.026 0.015 0.007 0.003 0.002 132 G 0.109 0.092 0.039 0.133 0.128 0.115 0.176 0.098 0.059 0.033 0.018 133 F 0.002 0.005 0.004 0.008 0.013 0.023 0.055 0.079 0.203 0.258 0.349 134 S 0.135 0.098 0.096 0.209 0.208 0.108 0.089 0.032 0.015 0.006 0.003 135 N 0.210 0.144 0.248 0.242 0.090 0.034 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 136 A 0.003 0.006 0.010 0.018 0.034 0.060 0.145 0.140 0.225 0.196 0.163 137 L 0.002 0.003 0.004 0.018 0.045 0.102 0.239 0.183 0.183 0.148 0.072 138 N 0.017 0.050 0.664 0.180 0.058 0.019 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 139 R 0.005 0.014 0.080 0.098 0.145 0.204 0.283 0.105 0.039 0.019 0.008 140 L 0.001 0.002 0.004 0.004 0.007 0.014 0.055 0.091 0.237 0.296 0.288 141 I 0.049 0.059 0.227 0.216 0.198 0.104 0.089 0.036 0.013 0.005 0.002 142 A 0.036 0.055 0.515 0.200 0.103 0.042 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 143 L 0.009 0.009 0.024 0.022 0.041 0.069 0.217 0.190 0.176 0.137 0.106 144 Q 0.068 0.112 0.133 0.149 0.127 0.106 0.150 0.078 0.044 0.025 0.009 145 K 0.089 0.137 0.431 0.200 0.081 0.031 0.018 0.008 0.003 0.002 0.001