# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.017 0.008 0.001 0.021 0.027 0.045 0.059 0.001 0.001 0.004 0.817 2 S 0.112 0.013 0.003 0.028 0.036 0.060 0.099 0.001 0.001 0.009 0.639 3 L 0.100 0.043 0.008 0.062 0.087 0.119 0.135 0.002 0.001 0.005 0.439 4 T 0.045 0.032 0.003 0.045 0.131 0.221 0.138 0.002 0.001 0.007 0.376 5 E 0.078 0.059 0.003 0.045 0.103 0.133 0.087 0.002 0.001 0.004 0.484 6 T 0.059 0.096 0.001 0.028 0.067 0.094 0.122 0.004 0.001 0.006 0.523 7 Y 0.090 0.091 0.005 0.032 0.071 0.105 0.090 0.007 0.001 0.016 0.493 8 G 0.126 0.041 0.011 0.031 0.064 0.101 0.128 0.006 0.001 0.022 0.469 9 L 0.186 0.015 0.076 0.024 0.043 0.070 0.127 0.002 0.001 0.024 0.435 10 W 0.033 0.018 0.014 0.042 0.166 0.209 0.169 0.001 0.001 0.012 0.337 11 S 0.019 0.012 0.006 0.029 0.267 0.395 0.068 0.001 0.001 0.007 0.196 12 I 0.016 0.019 0.001 0.035 0.359 0.412 0.017 0.001 0.001 0.001 0.140 13 N 0.013 0.020 0.001 0.030 0.311 0.441 0.027 0.001 0.001 0.001 0.156 14 C 0.036 0.028 0.001 0.035 0.329 0.343 0.021 0.001 0.001 0.001 0.205 15 G 0.015 0.030 0.002 0.025 0.268 0.408 0.042 0.003 0.001 0.004 0.204 16 I 0.056 0.021 0.010 0.023 0.127 0.230 0.062 0.002 0.001 0.006 0.462 17 Q 0.017 0.035 0.002 0.013 0.060 0.108 0.139 0.002 0.001 0.004 0.620 18 E 0.033 0.016 0.001 0.006 0.018 0.047 0.063 0.003 0.001 0.007 0.807 19 G 0.152 0.046 0.004 0.010 0.020 0.040 0.115 0.007 0.001 0.015 0.592 20 K 0.466 0.024 0.048 0.012 0.016 0.022 0.069 0.003 0.001 0.011 0.329 21 K 0.048 0.022 0.010 0.025 0.030 0.038 0.076 0.002 0.001 0.005 0.743 22 V 0.028 0.011 0.011 0.037 0.069 0.124 0.036 0.001 0.001 0.004 0.679 23 C 0.024 0.022 0.003 0.087 0.164 0.245 0.068 0.001 0.001 0.004 0.381 24 F 0.022 0.020 0.002 0.088 0.213 0.331 0.050 0.001 0.001 0.003 0.270 25 M 0.021 0.044 0.002 0.099 0.172 0.369 0.048 0.001 0.001 0.003 0.243 26 H 0.023 0.054 0.002 0.081 0.206 0.404 0.050 0.001 0.001 0.002 0.178 27 R 0.028 0.078 0.001 0.052 0.209 0.337 0.038 0.002 0.001 0.003 0.251 28 Q 0.043 0.053 0.001 0.036 0.245 0.323 0.023 0.002 0.001 0.001 0.273 29 E 0.045 0.053 0.002 0.024 0.293 0.345 0.041 0.002 0.001 0.003 0.192 30 V 0.034 0.063 0.003 0.015 0.330 0.387 0.026 0.002 0.001 0.003 0.137 31 N 0.025 0.068 0.002 0.016 0.282 0.339 0.045 0.005 0.001 0.005 0.214 32 D 0.066 0.047 0.010 0.014 0.063 0.070 0.062 0.004 0.001 0.015 0.649 33 Q 0.056 0.021 0.005 0.008 0.012 0.018 0.305 0.004 0.001 0.017 0.554 34 N 0.245 0.006 0.012 0.009 0.017 0.019 0.168 0.004 0.001 0.118 0.402 35 R 0.478 0.005 0.084 0.014 0.033 0.022 0.158 0.001 0.001 0.035 0.170 36 V 0.003 0.002 0.004 0.037 0.058 0.072 0.134 0.001 0.001 0.003 0.686 37 V 0.003 0.001 0.001 0.044 0.253 0.579 0.025 0.001 0.001 0.003 0.092 38 V 0.002 0.002 0.001 0.077 0.294 0.566 0.015 0.001 0.001 0.001 0.043 39 A 0.002 0.003 0.001 0.056 0.314 0.537 0.014 0.001 0.001 0.001 0.074 40 M 0.002 0.003 0.001 0.092 0.341 0.515 0.007 0.001 0.001 0.001 0.040 41 S 0.002 0.006 0.001 0.075 0.366 0.488 0.008 0.001 0.001 0.001 0.054 42 V 0.009 0.004 0.001 0.065 0.331 0.502 0.010 0.001 0.001 0.001 0.079 43 V 0.011 0.004 0.001 0.033 0.340 0.531 0.008 0.001 0.001 0.001 0.073 44 L 0.008 0.005 0.002 0.025 0.272 0.466 0.026 0.001 0.001 0.003 0.192 45 N 0.016 0.009 0.001 0.022 0.351 0.388 0.050 0.002 0.001 0.004 0.158 46 A 0.020 0.015 0.004 0.022 0.036 0.091 0.081 0.002 0.001 0.008 0.723 47 D 0.026 0.007 0.002 0.011 0.030 0.032 0.445 0.004 0.001 0.031 0.411 48 G 0.726 0.001 0.012 0.004 0.004 0.003 0.043 0.001 0.001 0.093 0.113 49 V 0.220 0.006 0.044 0.025 0.011 0.010 0.319 0.001 0.001 0.016 0.346 50 V 0.004 0.001 0.004 0.048 0.068 0.074 0.048 0.001 0.001 0.005 0.750 51 S 0.004 0.001 0.001 0.086 0.262 0.392 0.051 0.001 0.001 0.005 0.199 52 G 0.008 0.001 0.001 0.189 0.256 0.330 0.054 0.001 0.001 0.001 0.159 53 N 0.002 0.001 0.001 0.255 0.325 0.297 0.043 0.001 0.001 0.001 0.076 54 L 0.003 0.001 0.001 0.456 0.196 0.270 0.020 0.001 0.001 0.001 0.053 55 T 0.004 0.002 0.001 0.474 0.109 0.270 0.021 0.001 0.001 0.001 0.119 56 V 0.001 0.001 0.001 0.390 0.187 0.295 0.033 0.001 0.001 0.001 0.092 57 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 58 F 0.004 0.001 0.001 0.127 0.072 0.274 0.061 0.001 0.001 0.004 0.457 59 G 0.121 0.001 0.001 0.116 0.046 0.087 0.069 0.001 0.001 0.018 0.542 60 I 0.282 0.004 0.010 0.080 0.064 0.070 0.100 0.001 0.001 0.007 0.382 61 L 0.049 0.013 0.002 0.234 0.097 0.133 0.100 0.001 0.001 0.009 0.363 62 V 0.044 0.013 0.004 0.157 0.105 0.206 0.081 0.001 0.001 0.008 0.380 63 S 0.016 0.008 0.002 0.144 0.065 0.118 0.100 0.003 0.001 0.004 0.540 64 K 0.014 0.002 0.002 0.061 0.036 0.055 0.049 0.001 0.001 0.003 0.777 65 P 0.002 0.001 0.001 0.019 0.004 0.006 0.010 0.001 0.001 0.001 0.959 66 V 0.061 0.001 0.002 0.170 0.164 0.263 0.063 0.001 0.001 0.008 0.267 67 R 0.018 0.003 0.001 0.362 0.147 0.226 0.034 0.001 0.001 0.005 0.205 68 L 0.008 0.002 0.001 0.180 0.330 0.354 0.016 0.001 0.001 0.001 0.109 69 Q 0.004 0.002 0.001 0.285 0.196 0.356 0.025 0.001 0.001 0.002 0.130 70 V 0.008 0.002 0.001 0.160 0.209 0.337 0.042 0.001 0.001 0.001 0.241 71 D 0.002 0.002 0.001 0.125 0.249 0.260 0.132 0.001 0.001 0.006 0.222 72 E 0.010 0.001 0.003 0.034 0.015 0.040 0.057 0.001 0.001 0.012 0.828 73 G 0.024 0.002 0.001 0.032 0.018 0.025 0.538 0.001 0.001 0.024 0.336 74 K 0.561 0.001 0.008 0.011 0.008 0.011 0.180 0.001 0.001 0.070 0.150 75 A 0.044 0.028 0.005 0.047 0.052 0.067 0.141 0.001 0.001 0.009 0.606 76 V 0.020 0.015 0.005 0.049 0.158 0.323 0.048 0.001 0.001 0.007 0.376 77 I 0.036 0.028 0.003 0.070 0.122 0.243 0.089 0.002 0.001 0.004 0.404 78 E 0.021 0.015 0.001 0.030 0.054 0.110 0.034 0.002 0.001 0.002 0.731 79 T 0.086 0.017 0.004 0.061 0.122 0.192 0.046 0.002 0.001 0.006 0.464 80 G 0.040 0.016 0.007 0.140 0.129 0.168 0.096 0.002 0.001 0.008 0.394 81 I 0.022 0.011 0.008 0.114 0.096 0.151 0.063 0.001 0.001 0.004 0.530 82 R 0.014 0.012 0.001 0.292 0.194 0.297 0.046 0.001 0.001 0.004 0.139 83 T 0.023 0.016 0.002 0.153 0.133 0.160 0.077 0.001 0.001 0.005 0.429 84 C 0.055 0.014 0.001 0.200 0.131 0.240 0.045 0.001 0.001 0.003 0.310 85 V 0.025 0.018 0.005 0.147 0.155 0.236 0.088 0.001 0.001 0.006 0.320 86 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.985 87 A 0.017 0.003 0.001 0.049 0.044 0.153 0.070 0.001 0.001 0.006 0.656 88 G 0.204 0.007 0.002 0.041 0.064 0.083 0.056 0.002 0.001 0.019 0.520 89 C 0.268 0.006 0.015 0.053 0.131 0.192 0.071 0.001 0.001 0.008 0.256 90 I 0.034 0.008 0.009 0.080 0.093 0.215 0.064 0.002 0.001 0.008 0.488 91 V 0.012 0.003 0.002 0.054 0.425 0.383 0.019 0.001 0.001 0.001 0.102 92 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 93 I 0.016 0.001 0.001 0.045 0.211 0.492 0.017 0.001 0.001 0.001 0.218 94 V 0.058 0.006 0.001 0.091 0.099 0.212 0.032 0.001 0.001 0.003 0.498 95 F 0.043 0.015 0.006 0.053 0.202 0.242 0.086 0.001 0.001 0.005 0.348 96 D 0.039 0.025 0.004 0.041 0.032 0.164 0.249 0.002 0.001 0.004 0.441 97 K 0.009 0.008 0.001 0.006 0.006 0.020 0.043 0.001 0.001 0.001 0.907 98 N 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.002 0.376 0.001 0.001 0.002 0.592 99 Y 0.088 0.072 0.002 0.003 0.001 0.003 0.585 0.003 0.001 0.003 0.240 100 V 0.039 0.873 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.068 101 A 0.014 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.049 102 A 0.015 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.023 103 L 0.057 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 104 R 0.020 0.946 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.015 105 A 0.069 0.772 0.024 0.001 0.001 0.003 0.005 0.043 0.001 0.001 0.081 106 G 0.304 0.357 0.009 0.004 0.005 0.004 0.006 0.214 0.001 0.004 0.093 107 K 0.437 0.057 0.304 0.015 0.010 0.006 0.025 0.012 0.001 0.004 0.130 108 H 0.019 0.026 0.060 0.073 0.027 0.027 0.086 0.005 0.001 0.002 0.674 109 L 0.026 0.006 0.010 0.308 0.221 0.266 0.023 0.001 0.001 0.008 0.130 110 K 0.004 0.005 0.001 0.520 0.135 0.148 0.040 0.001 0.001 0.002 0.143 111 L 0.003 0.002 0.001 0.448 0.202 0.238 0.015 0.001 0.001 0.001 0.090 112 A 0.001 0.001 0.001 0.678 0.095 0.189 0.009 0.001 0.001 0.001 0.026 113 M 0.002 0.001 0.001 0.507 0.150 0.211 0.016 0.001 0.001 0.001 0.113 114 T 0.002 0.001 0.001 0.546 0.111 0.204 0.016 0.001 0.001 0.001 0.120 115 I 0.005 0.001 0.001 0.259 0.158 0.291 0.035 0.001 0.001 0.002 0.249 116 A 0.007 0.001 0.001 0.126 0.057 0.144 0.073 0.001 0.001 0.005 0.587 117 A 0.017 0.001 0.001 0.056 0.060 0.099 0.130 0.001 0.001 0.003 0.634 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 119 G 0.026 0.001 0.001 0.015 0.018 0.050 0.067 0.001 0.001 0.005 0.817 120 E 0.111 0.001 0.002 0.010 0.006 0.013 0.086 0.001 0.001 0.003 0.768 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 122 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.988 123 L 0.024 0.001 0.001 0.012 0.010 0.020 0.021 0.001 0.001 0.001 0.911 124 N 0.110 0.003 0.001 0.147 0.228 0.219 0.029 0.001 0.001 0.003 0.260 125 D 0.037 0.005 0.001 0.136 0.134 0.189 0.053 0.001 0.001 0.003 0.442 126 L 0.024 0.002 0.001 0.294 0.290 0.284 0.020 0.001 0.001 0.001 0.086 127 F 0.004 0.003 0.001 0.306 0.159 0.236 0.040 0.001 0.001 0.003 0.250 128 V 0.005 0.001 0.001 0.312 0.246 0.313 0.020 0.001 0.001 0.001 0.101 129 Q 0.005 0.002 0.001 0.321 0.107 0.274 0.041 0.001 0.001 0.002 0.247 130 L 0.011 0.005 0.001 0.159 0.115 0.273 0.058 0.001 0.001 0.004 0.374 131 N 0.007 0.008 0.001 0.115 0.052 0.084 0.196 0.001 0.001 0.007 0.530 132 G 0.090 0.006 0.007 0.046 0.013 0.030 0.383 0.002 0.001 0.019 0.406 133 F 0.207 0.065 0.016 0.059 0.019 0.058 0.162 0.002 0.001 0.011 0.401 134 S 0.018 0.056 0.003 0.014 0.014 0.026 0.118 0.001 0.001 0.003 0.747 135 N 0.028 0.123 0.002 0.006 0.004 0.004 0.178 0.002 0.001 0.003 0.651 136 A 0.082 0.540 0.001 0.003 0.001 0.003 0.080 0.007 0.001 0.002 0.281 137 L 0.167 0.662 0.001 0.002 0.001 0.003 0.062 0.019 0.001 0.001 0.083 138 N 0.070 0.839 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.067 139 R 0.085 0.744 0.011 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.001 0.001 0.135 140 L 0.087 0.813 0.011 0.001 0.001 0.002 0.009 0.021 0.001 0.001 0.054 141 I 0.034 0.810 0.009 0.003 0.003 0.004 0.014 0.007 0.001 0.001 0.117 142 A 0.030 0.703 0.018 0.003 0.002 0.004 0.026 0.008 0.001 0.001 0.205 143 L 0.106 0.725 0.010 0.005 0.004 0.006 0.026 0.016 0.001 0.002 0.102 144 Q 0.070 0.779 0.004 0.004 0.005 0.006 0.017 0.011 0.001 0.001 0.102 145 K 0.064 0.613 0.021 0.007 0.006 0.009 0.020 0.011 0.001 0.001 0.248