# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.015 0.017 0.023 0.032 0.079 0.008 0.779 2 S 0.116 0.020 0.030 0.046 0.066 0.126 0.018 0.579 3 L 0.166 0.030 0.059 0.087 0.108 0.125 0.015 0.410 4 T 0.041 0.028 0.046 0.093 0.123 0.116 0.009 0.543 5 E 0.066 0.023 0.067 0.137 0.162 0.104 0.011 0.429 6 T 0.042 0.033 0.034 0.068 0.100 0.122 0.010 0.590 7 Y 0.044 0.029 0.083 0.116 0.293 0.052 0.010 0.373 8 G 0.020 0.018 0.031 0.081 0.097 0.186 0.009 0.558 9 L 0.069 0.015 0.034 0.079 0.125 0.115 0.018 0.545 10 W 0.074 0.047 0.055 0.154 0.214 0.089 0.010 0.357 11 S 0.034 0.036 0.069 0.227 0.333 0.083 0.006 0.211 12 I 0.022 0.063 0.056 0.252 0.378 0.033 0.005 0.191 13 N 0.023 0.072 0.035 0.194 0.476 0.025 0.005 0.170 14 C 0.045 0.086 0.030 0.227 0.335 0.034 0.010 0.233 15 G 0.040 0.082 0.025 0.181 0.265 0.053 0.013 0.340 16 I 0.051 0.056 0.035 0.140 0.254 0.068 0.012 0.383 17 Q 0.046 0.102 0.016 0.085 0.127 0.101 0.010 0.514 18 E 0.021 0.039 0.008 0.015 0.033 0.037 0.007 0.840 19 G 0.090 0.060 0.018 0.015 0.035 0.187 0.033 0.560 20 K 0.636 0.022 0.022 0.014 0.017 0.047 0.058 0.184 21 K 0.145 0.028 0.034 0.034 0.032 0.108 0.016 0.603 22 V 0.023 0.010 0.053 0.092 0.127 0.085 0.005 0.605 23 C 0.013 0.007 0.094 0.218 0.388 0.045 0.002 0.234 24 F 0.012 0.018 0.072 0.201 0.308 0.056 0.002 0.331 25 M 0.011 0.027 0.089 0.226 0.471 0.027 0.002 0.147 26 H 0.013 0.046 0.058 0.260 0.470 0.022 0.004 0.126 27 R 0.022 0.071 0.039 0.268 0.396 0.024 0.008 0.171 28 Q 0.033 0.074 0.024 0.272 0.352 0.033 0.011 0.201 29 E 0.057 0.080 0.015 0.238 0.341 0.030 0.014 0.227 30 V 0.053 0.088 0.017 0.191 0.314 0.036 0.012 0.289 31 N 0.035 0.076 0.020 0.128 0.214 0.077 0.011 0.439 32 D 0.050 0.042 0.014 0.046 0.086 0.059 0.016 0.687 33 Q 0.047 0.019 0.010 0.015 0.024 0.225 0.023 0.636 34 N 0.316 0.012 0.028 0.022 0.035 0.105 0.086 0.396 35 R 0.350 0.019 0.082 0.101 0.087 0.158 0.023 0.182 36 V 0.010 0.004 0.038 0.084 0.082 0.125 0.002 0.654 37 V 0.002 0.001 0.047 0.302 0.587 0.011 0.001 0.050 38 V 0.002 0.002 0.058 0.387 0.501 0.009 0.001 0.041 39 A 0.001 0.005 0.057 0.319 0.572 0.008 0.001 0.038 40 M 0.002 0.006 0.064 0.368 0.537 0.003 0.001 0.019 41 S 0.002 0.006 0.027 0.387 0.549 0.004 0.001 0.024 42 V 0.004 0.007 0.016 0.416 0.505 0.005 0.002 0.043 43 V 0.004 0.007 0.011 0.321 0.608 0.007 0.001 0.041 44 L 0.008 0.012 0.010 0.249 0.529 0.022 0.003 0.166 45 N 0.013 0.018 0.015 0.212 0.513 0.065 0.004 0.159 46 A 0.010 0.010 0.008 0.038 0.070 0.057 0.007 0.801 47 D 0.038 0.008 0.007 0.010 0.023 0.346 0.036 0.533 48 G 0.737 0.002 0.008 0.006 0.009 0.032 0.103 0.103 49 V 0.328 0.005 0.047 0.038 0.020 0.315 0.017 0.230 50 V 0.004 0.001 0.036 0.106 0.080 0.080 0.001 0.693 51 S 0.002 0.001 0.064 0.256 0.592 0.020 0.001 0.067 52 G 0.008 0.001 0.133 0.163 0.224 0.081 0.001 0.389 53 N 0.001 0.001 0.254 0.311 0.382 0.012 0.001 0.040 54 L 0.001 0.001 0.327 0.258 0.337 0.013 0.001 0.063 55 T 0.001 0.001 0.477 0.138 0.296 0.008 0.001 0.078 56 V 0.001 0.001 0.272 0.338 0.325 0.020 0.001 0.042 57 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.003 0.001 0.984 58 F 0.003 0.001 0.100 0.112 0.589 0.034 0.001 0.161 59 G 0.052 0.009 0.067 0.140 0.217 0.080 0.009 0.425 60 I 0.110 0.013 0.057 0.119 0.201 0.048 0.010 0.443 61 L 0.096 0.017 0.081 0.175 0.252 0.048 0.007 0.324 62 V 0.057 0.020 0.077 0.152 0.302 0.044 0.006 0.343 63 S 0.034 0.011 0.051 0.097 0.224 0.085 0.009 0.489 64 K 0.049 0.004 0.032 0.078 0.075 0.039 0.006 0.716 65 P 0.004 0.001 0.006 0.004 0.005 0.017 0.001 0.963 66 V 0.099 0.002 0.113 0.111 0.142 0.144 0.007 0.381 67 R 0.028 0.002 0.359 0.117 0.203 0.068 0.003 0.220 68 L 0.007 0.001 0.225 0.354 0.242 0.021 0.001 0.147 69 Q 0.002 0.001 0.345 0.153 0.356 0.017 0.001 0.125 70 V 0.004 0.001 0.214 0.259 0.213 0.069 0.001 0.239 71 D 0.002 0.002 0.084 0.149 0.186 0.390 0.002 0.186 72 E 0.004 0.002 0.041 0.018 0.070 0.138 0.005 0.723 73 G 0.019 0.002 0.011 0.005 0.009 0.790 0.032 0.133 74 K 0.665 0.001 0.008 0.005 0.004 0.145 0.099 0.074 75 A 0.107 0.059 0.029 0.030 0.019 0.308 0.010 0.439 76 V 0.019 0.024 0.032 0.080 0.178 0.174 0.003 0.489 77 I 0.043 0.022 0.052 0.153 0.336 0.150 0.005 0.239 78 E 0.034 0.023 0.018 0.048 0.102 0.052 0.007 0.714 79 T 0.099 0.024 0.066 0.123 0.257 0.060 0.013 0.358 80 G 0.094 0.012 0.070 0.054 0.055 0.101 0.019 0.595 81 I 0.042 0.010 0.138 0.088 0.123 0.089 0.008 0.502 82 R 0.020 0.009 0.174 0.255 0.234 0.080 0.004 0.223 83 T 0.037 0.019 0.106 0.138 0.181 0.077 0.006 0.436 84 C 0.026 0.019 0.221 0.107 0.260 0.040 0.006 0.320 85 V 0.018 0.009 0.189 0.231 0.280 0.050 0.003 0.220 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 87 A 0.014 0.003 0.061 0.044 0.163 0.131 0.005 0.578 88 G 0.249 0.012 0.051 0.050 0.067 0.055 0.021 0.495 89 C 0.269 0.010 0.083 0.083 0.091 0.107 0.014 0.342 90 I 0.042 0.006 0.052 0.084 0.130 0.032 0.006 0.649 91 V 0.019 0.002 0.146 0.312 0.397 0.035 0.002 0.086 92 P 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.988 93 I 0.015 0.002 0.150 0.109 0.373 0.036 0.002 0.313 94 V 0.037 0.009 0.079 0.072 0.117 0.042 0.004 0.639 95 F 0.077 0.017 0.118 0.045 0.101 0.058 0.007 0.578 96 D 0.031 0.022 0.054 0.019 0.074 0.265 0.004 0.532 97 K 0.005 0.009 0.010 0.001 0.008 0.022 0.001 0.945 98 N 0.005 0.026 0.003 0.001 0.002 0.337 0.002 0.624 99 Y 0.029 0.037 0.003 0.001 0.001 0.824 0.005 0.102 100 V 0.014 0.875 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.072 101 A 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 102 A 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 103 L 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 104 R 0.014 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 105 A 0.015 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.010 106 G 0.127 0.781 0.009 0.001 0.001 0.001 0.066 0.015 107 K 0.192 0.347 0.156 0.018 0.004 0.022 0.092 0.170 108 H 0.039 0.073 0.317 0.031 0.012 0.069 0.023 0.437 109 L 0.071 0.014 0.414 0.122 0.099 0.031 0.011 0.237 110 K 0.010 0.004 0.371 0.267 0.172 0.024 0.004 0.148 111 L 0.002 0.002 0.460 0.212 0.140 0.019 0.001 0.164 112 A 0.002 0.001 0.428 0.181 0.290 0.011 0.001 0.085 113 M 0.005 0.002 0.251 0.246 0.305 0.041 0.002 0.148 114 T 0.004 0.002 0.223 0.185 0.271 0.038 0.003 0.274 115 I 0.004 0.001 0.173 0.217 0.435 0.026 0.002 0.142 116 A 0.007 0.003 0.038 0.041 0.078 0.074 0.004 0.753 117 A 0.036 0.006 0.088 0.079 0.192 0.125 0.006 0.468 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.990 119 G 0.037 0.003 0.013 0.021 0.049 0.094 0.010 0.773 120 E 0.170 0.004 0.017 0.013 0.018 0.045 0.007 0.727 121 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.991 122 P 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.019 0.001 0.969 123 L 0.060 0.001 0.013 0.023 0.037 0.028 0.003 0.835 124 N 0.102 0.003 0.090 0.177 0.180 0.112 0.005 0.330 125 D 0.033 0.004 0.033 0.031 0.042 0.036 0.003 0.818 126 L 0.058 0.004 0.263 0.161 0.249 0.072 0.003 0.190 127 F 0.006 0.001 0.079 0.049 0.058 0.043 0.002 0.763 128 V 0.005 0.001 0.268 0.231 0.336 0.027 0.001 0.132 129 Q 0.007 0.007 0.085 0.046 0.062 0.155 0.003 0.635 130 L 0.042 0.020 0.207 0.031 0.161 0.085 0.008 0.446 131 N 0.033 0.020 0.058 0.011 0.018 0.350 0.013 0.498 132 G 0.259 0.012 0.050 0.003 0.008 0.080 0.044 0.544 133 F 0.212 0.098 0.086 0.006 0.025 0.125 0.012 0.435 134 S 0.011 0.089 0.028 0.002 0.013 0.153 0.002 0.701 135 N 0.006 0.175 0.004 0.001 0.004 0.071 0.001 0.737 136 A 0.040 0.448 0.003 0.001 0.002 0.220 0.003 0.283 137 L 0.056 0.736 0.002 0.001 0.001 0.128 0.004 0.073 138 N 0.053 0.894 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.039 139 R 0.070 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.036 140 L 0.050 0.903 0.002 0.001 0.001 0.002 0.018 0.025 141 I 0.037 0.844 0.011 0.001 0.001 0.009 0.019 0.078 142 A 0.041 0.810 0.018 0.002 0.001 0.025 0.015 0.088 143 L 0.160 0.701 0.017 0.002 0.002 0.022 0.027 0.069 144 Q 0.181 0.653 0.021 0.004 0.003 0.012 0.029 0.097 145 K 0.110 0.425 0.054 0.008 0.005 0.019 0.032 0.347