# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.770 0.189 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 2 S 0.581 0.264 0.101 0.042 0.009 0.002 0.001 3 L 0.189 0.137 0.262 0.262 0.127 0.022 0.001 4 T 0.546 0.330 0.092 0.025 0.006 0.001 0.001 5 E 0.393 0.237 0.161 0.131 0.065 0.013 0.001 6 T 0.401 0.333 0.149 0.080 0.029 0.008 0.001 7 Y 0.202 0.155 0.224 0.242 0.128 0.045 0.003 8 G 0.505 0.287 0.127 0.056 0.019 0.006 0.001 9 L 0.321 0.247 0.194 0.142 0.066 0.025 0.004 10 W 0.143 0.118 0.141 0.205 0.241 0.129 0.023 11 S 0.179 0.263 0.212 0.168 0.116 0.055 0.007 12 I 0.122 0.170 0.204 0.220 0.186 0.088 0.010 13 N 0.188 0.266 0.228 0.171 0.106 0.038 0.003 14 C 0.100 0.121 0.195 0.255 0.226 0.097 0.006 15 G 0.249 0.262 0.248 0.157 0.067 0.016 0.001 16 I 0.395 0.304 0.180 0.094 0.024 0.004 0.001 17 Q 0.715 0.221 0.042 0.016 0.004 0.001 0.001 18 E 0.748 0.202 0.034 0.012 0.003 0.001 0.001 19 G 0.694 0.227 0.057 0.018 0.004 0.001 0.001 20 K 0.434 0.288 0.181 0.079 0.015 0.002 0.001 21 K 0.232 0.348 0.251 0.124 0.036 0.008 0.001 22 V 0.054 0.076 0.119 0.227 0.306 0.197 0.022 23 C 0.043 0.089 0.148 0.238 0.251 0.202 0.028 24 F 0.036 0.068 0.112 0.167 0.224 0.292 0.101 25 M 0.030 0.041 0.074 0.132 0.225 0.295 0.203 26 H 0.028 0.053 0.068 0.113 0.254 0.333 0.152 27 R 0.058 0.129 0.178 0.209 0.228 0.156 0.041 28 Q 0.070 0.134 0.172 0.230 0.229 0.147 0.018 29 E 0.119 0.229 0.262 0.208 0.129 0.050 0.003 30 V 0.162 0.193 0.259 0.245 0.112 0.028 0.001 31 N 0.550 0.274 0.111 0.048 0.014 0.002 0.001 32 D 0.737 0.195 0.047 0.017 0.004 0.001 0.001 33 Q 0.714 0.224 0.044 0.014 0.003 0.001 0.001 34 N 0.473 0.358 0.111 0.045 0.011 0.002 0.001 35 R 0.121 0.244 0.278 0.242 0.092 0.022 0.001 36 V 0.036 0.116 0.223 0.289 0.228 0.100 0.007 37 V 0.026 0.053 0.118 0.217 0.279 0.249 0.058 38 V 0.010 0.027 0.057 0.132 0.260 0.380 0.135 39 A 0.011 0.041 0.101 0.215 0.261 0.260 0.111 40 M 0.004 0.012 0.024 0.058 0.182 0.457 0.263 41 S 0.010 0.049 0.100 0.201 0.293 0.266 0.080 42 V 0.011 0.033 0.064 0.151 0.314 0.355 0.073 43 V 0.029 0.118 0.221 0.263 0.241 0.119 0.010 44 L 0.074 0.161 0.285 0.283 0.144 0.051 0.002 45 N 0.235 0.242 0.247 0.186 0.071 0.018 0.001 46 A 0.649 0.227 0.076 0.035 0.011 0.002 0.001 47 D 0.733 0.206 0.041 0.015 0.004 0.001 0.001 48 G 0.585 0.299 0.076 0.030 0.008 0.002 0.001 49 V 0.207 0.301 0.230 0.159 0.080 0.022 0.001 50 V 0.075 0.165 0.245 0.279 0.173 0.058 0.004 51 S 0.033 0.118 0.262 0.300 0.188 0.087 0.012 52 G 0.006 0.012 0.019 0.050 0.195 0.516 0.201 53 N 0.008 0.036 0.095 0.219 0.264 0.279 0.099 54 L 0.002 0.005 0.009 0.025 0.086 0.429 0.444 55 T 0.004 0.010 0.028 0.073 0.136 0.333 0.416 56 V 0.002 0.005 0.010 0.031 0.104 0.341 0.506 57 P 0.005 0.017 0.039 0.076 0.156 0.306 0.402 58 F 0.008 0.021 0.037 0.078 0.176 0.387 0.294 59 G 0.041 0.112 0.149 0.190 0.217 0.204 0.087 60 I 0.019 0.047 0.084 0.154 0.264 0.333 0.099 61 L 0.027 0.059 0.119 0.200 0.260 0.255 0.079 62 V 0.040 0.061 0.103 0.230 0.263 0.244 0.058 63 S 0.181 0.275 0.232 0.165 0.103 0.040 0.005 64 K 0.245 0.346 0.201 0.134 0.053 0.020 0.002 65 P 0.183 0.322 0.239 0.157 0.071 0.025 0.003 66 V 0.018 0.036 0.072 0.205 0.399 0.247 0.024 67 R 0.045 0.188 0.289 0.269 0.151 0.055 0.004 68 L 0.018 0.043 0.083 0.153 0.304 0.367 0.033 69 Q 0.055 0.252 0.324 0.241 0.107 0.021 0.001 70 V 0.022 0.051 0.111 0.267 0.343 0.196 0.011 71 D 0.191 0.306 0.242 0.159 0.087 0.015 0.001 72 E 0.509 0.345 0.094 0.040 0.009 0.002 0.001 73 G 0.438 0.298 0.165 0.077 0.019 0.003 0.001 74 K 0.389 0.378 0.157 0.060 0.012 0.003 0.001 75 A 0.111 0.131 0.202 0.286 0.210 0.057 0.003 76 V 0.157 0.243 0.273 0.204 0.093 0.029 0.001 77 I 0.179 0.231 0.243 0.207 0.101 0.037 0.003 78 E 0.303 0.328 0.177 0.109 0.060 0.022 0.003 79 T 0.090 0.117 0.181 0.265 0.222 0.107 0.017 80 G 0.137 0.254 0.256 0.183 0.106 0.051 0.013 81 I 0.047 0.060 0.076 0.154 0.253 0.312 0.099 82 R 0.062 0.130 0.164 0.229 0.218 0.161 0.036 83 T 0.061 0.101 0.130 0.203 0.213 0.224 0.068 84 C 0.044 0.062 0.094 0.157 0.248 0.287 0.108 85 V 0.066 0.089 0.114 0.196 0.249 0.206 0.079 86 P 0.089 0.142 0.176 0.200 0.184 0.147 0.062 87 A 0.127 0.187 0.218 0.214 0.124 0.095 0.034 88 G 0.158 0.163 0.155 0.176 0.163 0.133 0.052 89 C 0.025 0.041 0.064 0.117 0.243 0.344 0.165 90 I 0.028 0.032 0.062 0.133 0.182 0.293 0.270 91 V 0.008 0.014 0.020 0.046 0.126 0.413 0.373 92 P 0.027 0.076 0.146 0.212 0.243 0.212 0.083 93 I 0.009 0.031 0.066 0.113 0.263 0.418 0.100 94 V 0.028 0.126 0.235 0.298 0.197 0.101 0.014 95 F 0.012 0.030 0.091 0.230 0.361 0.252 0.023 96 D 0.112 0.259 0.273 0.207 0.114 0.034 0.002 97 K 0.456 0.404 0.100 0.030 0.008 0.002 0.001 98 N 0.260 0.462 0.170 0.089 0.017 0.002 0.001 99 Y 0.017 0.069 0.160 0.331 0.306 0.113 0.003 100 V 0.017 0.064 0.184 0.346 0.302 0.085 0.002 101 A 0.205 0.512 0.193 0.066 0.022 0.003 0.001 102 A 0.019 0.120 0.283 0.377 0.173 0.027 0.001 103 L 0.014 0.038 0.105 0.215 0.396 0.224 0.008 104 R 0.126 0.311 0.320 0.183 0.055 0.005 0.001 105 A 0.404 0.433 0.112 0.041 0.008 0.002 0.001 106 G 0.166 0.250 0.280 0.226 0.066 0.012 0.001 107 K 0.340 0.351 0.184 0.097 0.024 0.004 0.001 108 H 0.111 0.330 0.335 0.156 0.055 0.012 0.001 109 L 0.042 0.050 0.085 0.232 0.394 0.177 0.022 110 K 0.025 0.137 0.248 0.343 0.169 0.073 0.005 111 L 0.019 0.048 0.074 0.138 0.269 0.369 0.083 112 A 0.021 0.064 0.126 0.212 0.242 0.248 0.086 113 M 0.015 0.027 0.038 0.097 0.235 0.406 0.182 114 T 0.043 0.107 0.159 0.193 0.221 0.201 0.077 115 I 0.035 0.066 0.107 0.219 0.296 0.233 0.045 116 A 0.102 0.189 0.225 0.212 0.174 0.089 0.009 117 A 0.216 0.248 0.237 0.179 0.090 0.028 0.002 118 P 0.598 0.265 0.082 0.036 0.014 0.004 0.001 119 G 0.500 0.222 0.140 0.094 0.035 0.009 0.001 120 E 0.649 0.232 0.075 0.031 0.010 0.003 0.001 121 P 0.561 0.278 0.100 0.044 0.014 0.003 0.001 122 P 0.435 0.322 0.138 0.071 0.026 0.007 0.001 123 L 0.139 0.217 0.277 0.225 0.100 0.038 0.003 124 N 0.078 0.128 0.233 0.286 0.197 0.072 0.006 125 D 0.121 0.316 0.285 0.163 0.081 0.030 0.004 126 L 0.010 0.025 0.046 0.141 0.343 0.380 0.055 127 F 0.017 0.119 0.249 0.346 0.185 0.080 0.005 128 V 0.010 0.035 0.082 0.186 0.324 0.314 0.049 129 Q 0.014 0.072 0.142 0.235 0.301 0.208 0.029 130 L 0.006 0.034 0.106 0.261 0.359 0.219 0.015 131 N 0.090 0.369 0.310 0.161 0.056 0.012 0.001 132 G 0.040 0.150 0.242 0.290 0.211 0.062 0.005 133 F 0.008 0.019 0.044 0.126 0.372 0.389 0.042 134 S 0.074 0.276 0.356 0.212 0.067 0.014 0.001 135 N 0.106 0.338 0.343 0.179 0.028 0.005 0.001 136 A 0.009 0.027 0.063 0.148 0.351 0.374 0.029 137 L 0.014 0.047 0.133 0.327 0.333 0.142 0.005 138 N 0.194 0.490 0.213 0.075 0.022 0.006 0.001 139 R 0.029 0.118 0.272 0.396 0.154 0.030 0.001 140 L 0.028 0.036 0.072 0.153 0.363 0.331 0.017 141 I 0.200 0.380 0.251 0.124 0.040 0.005 0.001 142 A 0.498 0.421 0.059 0.017 0.005 0.001 0.001 143 L 0.092 0.105 0.230 0.363 0.168 0.041 0.001 144 Q 0.527 0.243 0.133 0.068 0.025 0.004 0.001 145 K 0.801 0.173 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001