# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 70.296 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.380 0.173 0.124 0.100 0.080 0.056 0.038 0.021 0.014 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 2 S 0.143 0.084 0.111 0.147 0.164 0.136 0.089 0.061 0.034 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 3 L 0.084 0.050 0.062 0.097 0.162 0.152 0.152 0.114 0.059 0.035 0.018 0.009 0.004 0.001 4 T 0.292 0.152 0.132 0.138 0.113 0.071 0.044 0.026 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 5 E 0.275 0.136 0.129 0.141 0.110 0.079 0.048 0.033 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 6 T 0.170 0.113 0.119 0.157 0.148 0.117 0.084 0.044 0.026 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 7 Y 0.101 0.074 0.110 0.145 0.168 0.151 0.104 0.066 0.040 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 8 G 0.342 0.191 0.136 0.106 0.080 0.055 0.044 0.020 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 9 L 0.186 0.130 0.125 0.140 0.130 0.101 0.069 0.052 0.034 0.016 0.009 0.005 0.003 0.001 10 W 0.058 0.037 0.056 0.086 0.141 0.161 0.166 0.125 0.072 0.045 0.028 0.017 0.006 0.002 11 S 0.105 0.091 0.102 0.143 0.171 0.120 0.086 0.077 0.049 0.028 0.016 0.007 0.003 0.002 12 I 0.087 0.043 0.051 0.075 0.106 0.118 0.115 0.132 0.102 0.080 0.052 0.026 0.011 0.004 13 N 0.086 0.082 0.105 0.160 0.155 0.127 0.103 0.085 0.046 0.027 0.014 0.005 0.002 0.001 14 C 0.043 0.031 0.050 0.082 0.128 0.145 0.143 0.140 0.097 0.073 0.040 0.019 0.008 0.002 15 G 0.235 0.157 0.144 0.156 0.111 0.082 0.066 0.025 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 16 I 0.278 0.144 0.151 0.159 0.109 0.073 0.047 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.556 0.155 0.092 0.076 0.056 0.027 0.026 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.519 0.202 0.132 0.080 0.037 0.016 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 G 0.635 0.192 0.081 0.049 0.021 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.244 0.207 0.184 0.171 0.092 0.053 0.033 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 K 0.107 0.107 0.159 0.152 0.182 0.134 0.092 0.037 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 22 V 0.021 0.020 0.042 0.069 0.133 0.178 0.177 0.168 0.087 0.053 0.029 0.012 0.007 0.002 23 C 0.018 0.016 0.021 0.039 0.085 0.096 0.099 0.141 0.156 0.142 0.101 0.055 0.022 0.010 24 F 0.018 0.015 0.021 0.035 0.059 0.066 0.078 0.111 0.121 0.168 0.134 0.109 0.044 0.023 25 M 0.009 0.009 0.011 0.013 0.024 0.033 0.042 0.073 0.138 0.205 0.190 0.137 0.085 0.032 26 H 0.025 0.026 0.034 0.059 0.086 0.103 0.129 0.162 0.137 0.106 0.067 0.037 0.020 0.009 27 R 0.053 0.055 0.060 0.098 0.111 0.112 0.119 0.111 0.105 0.089 0.050 0.021 0.010 0.007 28 Q 0.069 0.076 0.098 0.130 0.151 0.138 0.111 0.092 0.059 0.040 0.021 0.009 0.004 0.002 29 E 0.098 0.144 0.152 0.189 0.142 0.114 0.075 0.040 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 30 V 0.120 0.091 0.148 0.176 0.163 0.132 0.102 0.037 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 31 N 0.559 0.166 0.108 0.081 0.044 0.019 0.017 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.683 0.152 0.079 0.046 0.022 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.473 0.209 0.135 0.102 0.043 0.020 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.367 0.220 0.161 0.108 0.065 0.040 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.073 0.099 0.137 0.173 0.167 0.158 0.100 0.050 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 36 V 0.020 0.025 0.049 0.085 0.161 0.175 0.149 0.139 0.092 0.054 0.028 0.013 0.007 0.003 37 V 0.006 0.007 0.012 0.024 0.056 0.086 0.109 0.153 0.145 0.151 0.122 0.081 0.035 0.015 38 V 0.003 0.003 0.005 0.007 0.013 0.025 0.043 0.083 0.149 0.213 0.202 0.137 0.084 0.033 39 A 0.006 0.006 0.009 0.021 0.038 0.048 0.076 0.118 0.164 0.153 0.151 0.114 0.060 0.036 40 M 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.014 0.035 0.056 0.115 0.199 0.223 0.185 0.104 0.054 41 S 0.007 0.010 0.019 0.046 0.080 0.096 0.137 0.194 0.148 0.108 0.075 0.046 0.021 0.013 42 V 0.004 0.006 0.010 0.019 0.035 0.057 0.091 0.146 0.165 0.210 0.139 0.072 0.030 0.015 43 V 0.017 0.035 0.063 0.111 0.155 0.168 0.142 0.145 0.082 0.047 0.021 0.009 0.003 0.002 44 L 0.042 0.070 0.117 0.163 0.166 0.163 0.113 0.075 0.047 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 45 N 0.126 0.136 0.162 0.170 0.159 0.111 0.074 0.033 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 46 A 0.408 0.222 0.140 0.102 0.063 0.031 0.019 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.536 0.225 0.105 0.072 0.033 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 G 0.440 0.227 0.144 0.082 0.049 0.027 0.018 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.091 0.105 0.138 0.168 0.162 0.145 0.101 0.049 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 50 V 0.016 0.027 0.049 0.091 0.152 0.167 0.159 0.143 0.092 0.055 0.029 0.012 0.006 0.002 51 S 0.013 0.020 0.035 0.072 0.130 0.141 0.139 0.161 0.114 0.080 0.051 0.023 0.013 0.009 52 G 0.002 0.003 0.004 0.005 0.011 0.023 0.042 0.075 0.144 0.203 0.210 0.155 0.092 0.032 53 N 0.004 0.005 0.009 0.022 0.041 0.059 0.099 0.147 0.188 0.154 0.126 0.080 0.043 0.024 54 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.025 0.042 0.100 0.199 0.235 0.200 0.101 0.079 55 T 0.001 0.002 0.004 0.005 0.012 0.026 0.054 0.094 0.142 0.183 0.190 0.146 0.085 0.054 56 V 0.002 0.004 0.007 0.014 0.026 0.040 0.072 0.123 0.165 0.180 0.154 0.118 0.062 0.033 57 P 0.003 0.006 0.010 0.020 0.040 0.060 0.090 0.139 0.176 0.166 0.136 0.078 0.041 0.035 58 F 0.005 0.011 0.017 0.028 0.047 0.080 0.142 0.160 0.161 0.136 0.098 0.062 0.033 0.018 59 G 0.019 0.035 0.065 0.105 0.149 0.139 0.130 0.128 0.109 0.060 0.032 0.016 0.009 0.005 60 I 0.035 0.030 0.043 0.058 0.094 0.115 0.129 0.133 0.136 0.099 0.067 0.037 0.016 0.008 61 L 0.031 0.035 0.064 0.113 0.153 0.187 0.150 0.125 0.068 0.037 0.021 0.011 0.004 0.002 62 V 0.031 0.038 0.060 0.092 0.137 0.158 0.141 0.136 0.094 0.058 0.031 0.015 0.006 0.003 63 S 0.088 0.111 0.114 0.161 0.161 0.128 0.096 0.060 0.040 0.020 0.012 0.006 0.002 0.001 64 K 0.087 0.093 0.122 0.138 0.133 0.133 0.103 0.073 0.054 0.029 0.017 0.009 0.006 0.002 65 P 0.033 0.039 0.058 0.116 0.196 0.165 0.140 0.111 0.075 0.030 0.019 0.009 0.005 0.002 66 V 0.012 0.010 0.017 0.024 0.046 0.079 0.143 0.164 0.151 0.138 0.110 0.068 0.031 0.007 67 R 0.026 0.029 0.040 0.106 0.176 0.138 0.139 0.163 0.086 0.046 0.029 0.013 0.006 0.003 68 L 0.011 0.008 0.012 0.014 0.024 0.040 0.073 0.114 0.149 0.190 0.181 0.117 0.051 0.015 69 Q 0.036 0.035 0.057 0.140 0.216 0.149 0.118 0.119 0.071 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 70 V 0.017 0.016 0.030 0.062 0.095 0.136 0.145 0.154 0.128 0.108 0.065 0.028 0.012 0.006 71 D 0.068 0.081 0.113 0.167 0.168 0.153 0.125 0.066 0.032 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 72 E 0.327 0.250 0.161 0.111 0.062 0.034 0.028 0.010 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 73 G 0.453 0.222 0.120 0.087 0.059 0.027 0.018 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.340 0.269 0.165 0.101 0.062 0.031 0.020 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.108 0.086 0.162 0.175 0.175 0.132 0.083 0.044 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 76 V 0.142 0.126 0.134 0.161 0.176 0.114 0.073 0.038 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 77 I 0.102 0.076 0.098 0.126 0.162 0.153 0.104 0.079 0.047 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 78 E 0.132 0.179 0.131 0.136 0.125 0.091 0.088 0.052 0.032 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 79 T 0.029 0.021 0.031 0.047 0.090 0.113 0.120 0.158 0.142 0.091 0.068 0.061 0.024 0.006 80 G 0.043 0.047 0.065 0.129 0.180 0.136 0.134 0.107 0.071 0.039 0.026 0.012 0.007 0.003 81 I 0.016 0.010 0.014 0.022 0.038 0.059 0.089 0.130 0.157 0.180 0.140 0.083 0.045 0.018 82 R 0.037 0.044 0.059 0.094 0.123 0.130 0.126 0.130 0.107 0.064 0.045 0.024 0.011 0.006 83 T 0.040 0.033 0.044 0.070 0.087 0.103 0.109 0.121 0.123 0.106 0.084 0.046 0.023 0.011 84 C 0.020 0.021 0.029 0.045 0.084 0.109 0.131 0.158 0.130 0.107 0.082 0.051 0.021 0.012 85 V 0.034 0.052 0.075 0.110 0.122 0.135 0.119 0.122 0.086 0.065 0.043 0.023 0.011 0.005 86 P 0.040 0.057 0.078 0.115 0.141 0.132 0.125 0.111 0.088 0.057 0.031 0.014 0.007 0.004 87 A 0.051 0.064 0.084 0.110 0.140 0.145 0.115 0.103 0.080 0.051 0.029 0.014 0.008 0.005 88 G 0.031 0.034 0.052 0.079 0.116 0.147 0.152 0.131 0.103 0.067 0.044 0.025 0.013 0.005 89 C 0.013 0.013 0.019 0.032 0.059 0.085 0.116 0.150 0.162 0.142 0.105 0.064 0.027 0.013 90 I 0.022 0.020 0.024 0.041 0.064 0.084 0.108 0.136 0.132 0.125 0.116 0.071 0.035 0.021 91 V 0.010 0.009 0.011 0.015 0.025 0.044 0.084 0.109 0.156 0.165 0.158 0.116 0.069 0.029 92 P 0.022 0.021 0.032 0.068 0.122 0.114 0.130 0.148 0.144 0.082 0.059 0.033 0.015 0.010 93 I 0.021 0.015 0.019 0.026 0.042 0.062 0.102 0.117 0.145 0.165 0.147 0.083 0.037 0.020 94 V 0.046 0.044 0.071 0.109 0.146 0.154 0.125 0.122 0.085 0.046 0.028 0.013 0.006 0.003 95 F 0.017 0.025 0.046 0.099 0.158 0.166 0.146 0.133 0.106 0.057 0.027 0.012 0.005 0.002 96 D 0.065 0.099 0.122 0.153 0.161 0.148 0.131 0.059 0.035 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 97 K 0.211 0.285 0.220 0.138 0.069 0.040 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.411 0.301 0.136 0.068 0.043 0.020 0.013 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.041 0.052 0.113 0.173 0.228 0.189 0.109 0.057 0.025 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 100 V 0.059 0.055 0.087 0.131 0.205 0.178 0.139 0.086 0.038 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 101 A 0.473 0.289 0.122 0.059 0.028 0.013 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.145 0.161 0.174 0.191 0.160 0.088 0.042 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.045 0.033 0.058 0.102 0.205 0.201 0.169 0.105 0.052 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 104 R 0.224 0.227 0.190 0.159 0.106 0.050 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 A 0.395 0.250 0.134 0.102 0.056 0.030 0.016 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.084 0.082 0.116 0.190 0.207 0.152 0.094 0.041 0.020 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 107 K 0.150 0.203 0.176 0.160 0.115 0.083 0.058 0.027 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 108 H 0.072 0.110 0.113 0.168 0.186 0.134 0.086 0.067 0.038 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 109 L 0.009 0.009 0.019 0.035 0.073 0.124 0.172 0.176 0.149 0.101 0.068 0.041 0.019 0.005 110 K 0.012 0.016 0.028 0.073 0.135 0.137 0.148 0.172 0.123 0.069 0.047 0.022 0.012 0.006 111 L 0.003 0.002 0.003 0.006 0.011 0.021 0.043 0.078 0.152 0.207 0.226 0.154 0.065 0.030 112 A 0.005 0.006 0.009 0.022 0.041 0.055 0.089 0.129 0.158 0.153 0.143 0.110 0.047 0.034 113 M 0.002 0.002 0.003 0.003 0.007 0.015 0.035 0.058 0.107 0.207 0.218 0.194 0.107 0.043 114 T 0.008 0.012 0.020 0.035 0.062 0.078 0.111 0.179 0.174 0.142 0.092 0.047 0.026 0.014 115 I 0.008 0.014 0.023 0.047 0.076 0.092 0.115 0.159 0.145 0.145 0.094 0.049 0.021 0.013 116 A 0.017 0.036 0.059 0.098 0.147 0.163 0.153 0.134 0.085 0.059 0.029 0.012 0.005 0.004 117 A 0.075 0.126 0.154 0.152 0.150 0.126 0.088 0.058 0.037 0.020 0.009 0.003 0.002 0.001 118 P 0.265 0.231 0.155 0.121 0.096 0.056 0.037 0.016 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.366 0.201 0.155 0.117 0.079 0.041 0.022 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.493 0.217 0.112 0.081 0.050 0.022 0.016 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 P 0.454 0.247 0.135 0.083 0.040 0.020 0.013 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 P 0.292 0.226 0.185 0.116 0.089 0.046 0.028 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 L 0.062 0.083 0.117 0.149 0.198 0.164 0.103 0.070 0.034 0.012 0.005 0.002 0.002 0.001 124 N 0.044 0.043 0.058 0.088 0.163 0.175 0.146 0.127 0.073 0.042 0.023 0.011 0.005 0.001 125 D 0.110 0.140 0.110 0.132 0.136 0.093 0.097 0.076 0.048 0.027 0.017 0.007 0.005 0.002 126 L 0.015 0.010 0.016 0.026 0.056 0.075 0.086 0.137 0.164 0.139 0.116 0.109 0.041 0.011 127 F 0.032 0.034 0.052 0.110 0.171 0.137 0.136 0.135 0.084 0.049 0.033 0.015 0.008 0.004 128 V 0.038 0.022 0.024 0.036 0.053 0.072 0.099 0.127 0.154 0.152 0.117 0.061 0.034 0.013 129 Q 0.074 0.068 0.075 0.122 0.138 0.138 0.142 0.109 0.068 0.033 0.020 0.008 0.003 0.002 130 L 0.027 0.024 0.042 0.077 0.142 0.141 0.143 0.119 0.110 0.086 0.049 0.025 0.009 0.005 131 N 0.223 0.190 0.153 0.151 0.103 0.078 0.045 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 132 G 0.109 0.095 0.116 0.155 0.138 0.140 0.120 0.060 0.039 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 133 F 0.019 0.022 0.041 0.092 0.185 0.212 0.198 0.131 0.064 0.025 0.007 0.002 0.001 0.001 134 S 0.348 0.299 0.171 0.090 0.049 0.025 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.213 0.255 0.211 0.141 0.082 0.055 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.020 0.012 0.021 0.057 0.132 0.223 0.230 0.189 0.087 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 137 L 0.034 0.074 0.115 0.186 0.255 0.167 0.100 0.042 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 138 N 0.623 0.254 0.086 0.023 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.045 0.072 0.156 0.258 0.248 0.128 0.054 0.025 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.023 0.015 0.028 0.070 0.189 0.221 0.203 0.159 0.068 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 141 I 0.214 0.263 0.191 0.146 0.096 0.055 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.415 0.271 0.165 0.084 0.035 0.016 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.043 0.028 0.057 0.141 0.300 0.192 0.123 0.064 0.033 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 144 Q 0.254 0.166 0.178 0.173 0.109 0.064 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 145 K 0.674 0.188 0.069 0.033 0.017 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001