# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.019 0.694 0.008 0.006 0.007 0.001 0.001 0.016 0.139 0.035 0.039 0.031 2 S 0.006 0.024 0.690 0.013 0.009 0.012 0.001 0.001 0.023 0.089 0.031 0.040 0.061 3 L 0.024 0.035 0.398 0.013 0.033 0.049 0.007 0.004 0.083 0.067 0.042 0.094 0.153 4 T 0.039 0.031 0.299 0.037 0.067 0.056 0.012 0.006 0.047 0.047 0.038 0.069 0.252 5 E 0.040 0.020 0.178 0.013 0.033 0.033 0.008 0.007 0.051 0.048 0.033 0.414 0.121 6 T 0.032 0.018 0.146 0.010 0.021 0.017 0.005 0.004 0.022 0.040 0.050 0.053 0.581 7 Y 0.018 0.009 0.203 0.039 0.023 0.010 0.003 0.002 0.009 0.139 0.263 0.189 0.093 8 G 0.013 0.005 0.143 0.046 0.009 0.004 0.001 0.001 0.003 0.328 0.277 0.079 0.091 9 L 0.069 0.010 0.213 0.038 0.011 0.008 0.003 0.001 0.003 0.186 0.136 0.110 0.212 10 W 0.260 0.006 0.098 0.023 0.005 0.006 0.015 0.003 0.006 0.034 0.025 0.152 0.369 11 S 0.514 0.002 0.021 0.013 0.001 0.003 0.030 0.003 0.004 0.004 0.002 0.237 0.166 12 I 0.660 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.028 0.002 0.004 0.001 0.001 0.111 0.179 13 N 0.715 0.001 0.007 0.028 0.001 0.002 0.018 0.001 0.003 0.001 0.001 0.147 0.075 14 C 0.509 0.001 0.021 0.010 0.002 0.002 0.011 0.001 0.005 0.004 0.003 0.173 0.258 15 G 0.342 0.005 0.068 0.012 0.004 0.003 0.009 0.001 0.004 0.014 0.013 0.177 0.349 16 I 0.146 0.013 0.185 0.007 0.010 0.005 0.004 0.001 0.004 0.039 0.030 0.245 0.311 17 Q 0.028 0.010 0.282 0.010 0.032 0.012 0.002 0.001 0.003 0.115 0.202 0.117 0.189 18 E 0.002 0.003 0.072 0.007 0.025 0.007 0.001 0.001 0.001 0.132 0.711 0.021 0.018 19 G 0.002 0.005 0.117 0.006 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.278 0.550 0.015 0.015 20 K 0.009 0.019 0.515 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 0.002 0.250 0.076 0.043 0.063 21 K 0.035 0.029 0.459 0.017 0.004 0.005 0.004 0.001 0.014 0.101 0.022 0.159 0.150 22 V 0.121 0.019 0.146 0.021 0.004 0.008 0.036 0.006 0.044 0.021 0.010 0.079 0.484 23 C 0.262 0.007 0.059 0.117 0.004 0.007 0.047 0.012 0.032 0.010 0.003 0.307 0.132 24 F 0.382 0.002 0.017 0.029 0.003 0.007 0.062 0.015 0.037 0.003 0.002 0.185 0.254 25 M 0.428 0.002 0.016 0.040 0.007 0.011 0.077 0.021 0.044 0.003 0.004 0.107 0.241 26 H 0.419 0.003 0.031 0.050 0.011 0.014 0.046 0.009 0.036 0.008 0.011 0.212 0.151 27 R 0.274 0.005 0.091 0.019 0.014 0.011 0.014 0.003 0.025 0.022 0.017 0.180 0.327 28 Q 0.131 0.012 0.273 0.016 0.014 0.014 0.006 0.001 0.017 0.047 0.021 0.233 0.217 29 E 0.073 0.028 0.416 0.008 0.019 0.014 0.004 0.001 0.014 0.064 0.031 0.115 0.213 30 V 0.021 0.033 0.502 0.011 0.044 0.026 0.002 0.001 0.007 0.099 0.059 0.069 0.127 31 N 0.003 0.017 0.435 0.005 0.046 0.020 0.001 0.001 0.002 0.139 0.259 0.025 0.048 32 D 0.001 0.003 0.183 0.005 0.028 0.010 0.001 0.001 0.001 0.213 0.538 0.012 0.007 33 Q 0.001 0.003 0.089 0.003 0.021 0.006 0.001 0.001 0.001 0.160 0.708 0.005 0.005 34 N 0.001 0.005 0.149 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.279 0.537 0.008 0.010 35 R 0.009 0.021 0.660 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.104 0.007 0.125 0.056 36 V 0.040 0.007 0.109 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.016 0.015 0.004 0.049 0.749 37 V 0.337 0.003 0.049 0.142 0.001 0.001 0.024 0.004 0.017 0.009 0.001 0.256 0.159 38 V 0.593 0.001 0.004 0.040 0.001 0.001 0.078 0.005 0.015 0.001 0.001 0.099 0.164 39 A 0.736 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.074 0.010 0.008 0.001 0.001 0.067 0.093 40 M 0.734 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.105 0.013 0.014 0.001 0.001 0.070 0.059 41 S 0.817 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.031 0.003 0.006 0.001 0.001 0.107 0.030 42 V 0.776 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.016 0.001 0.005 0.001 0.001 0.053 0.143 43 V 0.706 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 0.197 0.061 44 L 0.266 0.008 0.019 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.005 0.002 0.062 0.628 45 N 0.038 0.006 0.321 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.032 0.012 0.231 0.347 46 A 0.002 0.001 0.028 0.008 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.831 0.017 0.023 47 D 0.001 0.001 0.013 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.881 0.003 0.002 48 G 0.002 0.005 0.166 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.505 0.278 0.019 0.013 49 V 0.028 0.051 0.620 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 0.080 0.011 0.064 0.132 50 V 0.099 0.040 0.189 0.029 0.003 0.001 0.019 0.002 0.025 0.032 0.009 0.199 0.353 51 S 0.188 0.010 0.070 0.221 0.002 0.001 0.040 0.004 0.025 0.013 0.006 0.187 0.234 52 G 0.357 0.002 0.021 0.065 0.001 0.001 0.082 0.012 0.038 0.006 0.002 0.253 0.161 53 N 0.549 0.001 0.012 0.031 0.001 0.001 0.097 0.026 0.018 0.003 0.001 0.104 0.159 54 L 0.431 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.189 0.048 0.067 0.001 0.001 0.174 0.084 55 T 0.392 0.007 0.023 0.012 0.001 0.001 0.169 0.071 0.056 0.003 0.002 0.030 0.233 56 V 0.060 0.010 0.224 0.010 0.001 0.001 0.015 0.012 0.097 0.029 0.004 0.494 0.043 57 P 0.013 0.007 0.436 0.023 0.006 0.005 0.004 0.002 0.055 0.078 0.039 0.013 0.319 58 F 0.008 0.007 0.140 0.031 0.075 0.022 0.002 0.001 0.007 0.169 0.476 0.044 0.019 59 G 0.022 0.014 0.213 0.022 0.175 0.018 0.003 0.001 0.010 0.147 0.245 0.034 0.094 60 I 0.075 0.027 0.309 0.006 0.107 0.019 0.004 0.001 0.012 0.086 0.033 0.185 0.134 61 L 0.055 0.049 0.298 0.007 0.061 0.021 0.008 0.002 0.016 0.054 0.056 0.050 0.325 62 V 0.027 0.041 0.380 0.016 0.036 0.012 0.004 0.001 0.008 0.099 0.093 0.167 0.115 63 S 0.007 0.012 0.480 0.043 0.016 0.004 0.001 0.001 0.006 0.178 0.112 0.046 0.095 64 K 0.004 0.007 0.306 0.044 0.022 0.004 0.001 0.001 0.005 0.309 0.215 0.056 0.028 65 P 0.010 0.009 0.385 0.046 0.020 0.002 0.003 0.002 0.017 0.145 0.246 0.026 0.089 66 V 0.083 0.014 0.262 0.039 0.009 0.003 0.030 0.017 0.104 0.104 0.020 0.207 0.108 67 R 0.232 0.007 0.060 0.020 0.002 0.002 0.088 0.074 0.147 0.014 0.003 0.139 0.212 68 L 0.415 0.002 0.007 0.010 0.001 0.001 0.158 0.082 0.101 0.001 0.001 0.093 0.129 69 Q 0.354 0.005 0.009 0.016 0.001 0.001 0.206 0.105 0.122 0.001 0.001 0.092 0.088 70 V 0.210 0.017 0.083 0.007 0.001 0.001 0.088 0.077 0.134 0.010 0.003 0.098 0.270 71 D 0.026 0.005 0.438 0.030 0.004 0.002 0.008 0.008 0.090 0.052 0.020 0.148 0.170 72 E 0.002 0.001 0.047 0.010 0.014 0.004 0.001 0.001 0.003 0.140 0.753 0.007 0.019 73 G 0.001 0.003 0.071 0.008 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.307 0.575 0.015 0.004 74 K 0.017 0.019 0.444 0.010 0.029 0.010 0.001 0.001 0.004 0.257 0.074 0.037 0.097 75 A 0.089 0.031 0.335 0.011 0.022 0.026 0.006 0.001 0.008 0.078 0.037 0.133 0.221 76 V 0.209 0.024 0.105 0.051 0.027 0.038 0.026 0.003 0.009 0.021 0.022 0.111 0.353 77 I 0.214 0.009 0.054 0.064 0.013 0.014 0.022 0.002 0.013 0.011 0.012 0.383 0.189 78 E 0.236 0.008 0.068 0.060 0.013 0.012 0.022 0.002 0.012 0.013 0.022 0.108 0.425 79 T 0.123 0.006 0.161 0.072 0.009 0.010 0.011 0.002 0.020 0.053 0.029 0.342 0.162 80 G 0.091 0.008 0.223 0.050 0.007 0.010 0.012 0.002 0.028 0.057 0.045 0.149 0.318 81 I 0.123 0.011 0.222 0.014 0.012 0.014 0.015 0.006 0.049 0.038 0.018 0.178 0.300 82 R 0.106 0.010 0.202 0.039 0.018 0.026 0.024 0.012 0.071 0.043 0.018 0.234 0.198 83 T 0.099 0.021 0.116 0.010 0.016 0.022 0.028 0.017 0.086 0.043 0.034 0.245 0.265 84 C 0.062 0.041 0.244 0.023 0.014 0.014 0.018 0.014 0.055 0.071 0.041 0.080 0.323 85 V 0.017 0.014 0.455 0.024 0.009 0.006 0.004 0.003 0.027 0.142 0.039 0.166 0.095 86 P 0.010 0.008 0.239 0.026 0.031 0.013 0.002 0.001 0.011 0.185 0.298 0.027 0.147 87 A 0.020 0.008 0.146 0.041 0.057 0.016 0.003 0.002 0.005 0.207 0.389 0.058 0.049 88 G 0.092 0.010 0.196 0.033 0.050 0.021 0.011 0.005 0.013 0.187 0.120 0.080 0.182 89 C 0.301 0.011 0.103 0.013 0.014 0.017 0.033 0.009 0.022 0.043 0.022 0.215 0.195 90 I 0.434 0.010 0.054 0.027 0.010 0.020 0.061 0.010 0.016 0.014 0.012 0.079 0.253 91 V 0.246 0.008 0.109 0.037 0.007 0.021 0.044 0.011 0.030 0.027 0.018 0.346 0.096 92 P 0.220 0.008 0.175 0.026 0.019 0.021 0.033 0.006 0.023 0.032 0.032 0.074 0.332 93 I 0.115 0.010 0.248 0.015 0.036 0.026 0.017 0.002 0.033 0.084 0.049 0.238 0.126 94 V 0.050 0.029 0.307 0.008 0.041 0.025 0.007 0.001 0.023 0.098 0.128 0.055 0.227 95 F 0.017 0.070 0.405 0.004 0.025 0.030 0.003 0.001 0.013 0.201 0.071 0.092 0.067 96 D 0.001 0.008 0.793 0.001 0.006 0.050 0.001 0.001 0.002 0.104 0.014 0.003 0.018 97 K 0.001 0.001 0.014 0.001 0.047 0.904 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.003 0.001 0.034 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.073 0.001 0.001 0.001 0.008 0.904 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.081 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.058 0.855 0.001 0.001 107 K 0.001 0.001 0.727 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 0.019 0.187 0.039 0.013 0.003 108 H 0.014 0.006 0.320 0.012 0.004 0.005 0.012 0.011 0.246 0.113 0.072 0.014 0.173 109 L 0.097 0.003 0.060 0.045 0.002 0.003 0.085 0.175 0.342 0.034 0.005 0.100 0.049 110 K 0.166 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 0.183 0.254 0.252 0.003 0.001 0.034 0.065 111 L 0.242 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.187 0.255 0.203 0.001 0.001 0.052 0.048 112 A 0.245 0.001 0.008 0.051 0.001 0.001 0.168 0.172 0.245 0.001 0.001 0.059 0.051 113 M 0.350 0.002 0.040 0.009 0.002 0.001 0.078 0.037 0.169 0.005 0.002 0.083 0.224 114 T 0.226 0.004 0.104 0.036 0.003 0.001 0.038 0.012 0.159 0.013 0.003 0.286 0.116 115 I 0.134 0.021 0.171 0.011 0.010 0.002 0.018 0.005 0.072 0.033 0.013 0.127 0.383 116 A 0.023 0.045 0.373 0.018 0.022 0.003 0.006 0.003 0.028 0.146 0.122 0.070 0.141 117 A 0.005 0.007 0.466 0.017 0.019 0.002 0.001 0.001 0.004 0.226 0.169 0.047 0.037 118 P 0.001 0.003 0.074 0.004 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.148 0.717 0.007 0.010 119 G 0.001 0.010 0.120 0.003 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.601 0.006 0.008 120 E 0.002 0.042 0.620 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.195 0.014 0.094 0.019 121 P 0.005 0.080 0.540 0.003 0.006 0.002 0.002 0.001 0.010 0.069 0.020 0.008 0.254 122 P 0.006 0.039 0.470 0.054 0.011 0.004 0.002 0.001 0.011 0.124 0.027 0.228 0.023 123 L 0.015 0.021 0.340 0.046 0.021 0.005 0.008 0.002 0.028 0.057 0.043 0.023 0.390 124 N 0.031 0.022 0.314 0.039 0.023 0.007 0.013 0.004 0.045 0.084 0.039 0.315 0.065 125 D 0.032 0.012 0.377 0.031 0.015 0.007 0.018 0.010 0.092 0.047 0.022 0.051 0.285 126 L 0.041 0.011 0.289 0.029 0.008 0.010 0.013 0.010 0.112 0.075 0.017 0.322 0.062 127 F 0.057 0.019 0.222 0.023 0.009 0.014 0.041 0.025 0.178 0.046 0.022 0.044 0.301 128 V 0.056 0.021 0.172 0.010 0.006 0.013 0.043 0.042 0.261 0.032 0.007 0.245 0.093 129 Q 0.038 0.027 0.269 0.016 0.007 0.021 0.030 0.026 0.165 0.056 0.017 0.061 0.267 130 L 0.015 0.021 0.345 0.013 0.028 0.137 0.009 0.009 0.066 0.141 0.089 0.060 0.068 131 N 0.003 0.009 0.136 0.016 0.047 0.270 0.002 0.002 0.013 0.147 0.322 0.009 0.022 132 G 0.003 0.012 0.178 0.003 0.059 0.380 0.001 0.002 0.007 0.163 0.162 0.013 0.017 133 F 0.001 0.005 0.087 0.001 0.048 0.785 0.001 0.001 0.003 0.033 0.025 0.002 0.008 134 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.014 0.001 0.027 0.913 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.024 0.899 0.001 0.001 0.001 0.006 0.056 0.001 0.001 143 L 0.001 0.002 0.041 0.001 0.018 0.812 0.001 0.001 0.001 0.028 0.094 0.001 0.003 144 Q 0.001 0.007 0.226 0.001 0.023 0.445 0.001 0.001 0.004 0.081 0.203 0.003 0.005 145 K 0.001 0.007 0.584 0.002 0.022 0.113 0.001 0.001 0.009 0.152 0.094 0.007 0.008