# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.136 0.080 0.185 0.276 0.005 0.098 0.010 0.011 0.008 0.010 0.067 0.028 0.064 0.001 0.005 0.018 2 S 0.035 0.168 0.115 0.370 0.004 0.122 0.004 0.006 0.009 0.004 0.038 0.074 0.037 0.002 0.002 0.011 3 L 0.020 0.056 0.133 0.413 0.010 0.146 0.009 0.006 0.005 0.002 0.068 0.047 0.074 0.003 0.003 0.006 4 T 0.007 0.174 0.175 0.444 0.005 0.035 0.006 0.005 0.004 0.001 0.017 0.045 0.069 0.001 0.004 0.008 5 E 0.018 0.018 0.093 0.566 0.030 0.071 0.007 0.007 0.007 0.006 0.033 0.017 0.105 0.004 0.002 0.015 6 T 0.010 0.023 0.072 0.095 0.453 0.060 0.103 0.009 0.001 0.002 0.028 0.011 0.035 0.091 0.002 0.005 7 Y 0.003 0.074 0.039 0.184 0.016 0.028 0.007 0.427 0.005 0.003 0.021 0.012 0.028 0.003 0.141 0.008 8 G 0.012 0.042 0.040 0.156 0.014 0.064 0.013 0.015 0.247 0.195 0.020 0.017 0.034 0.004 0.005 0.123 9 L 0.502 0.115 0.061 0.141 0.003 0.052 0.007 0.016 0.010 0.004 0.027 0.021 0.026 0.001 0.006 0.009 10 W 0.023 0.145 0.414 0.302 0.001 0.025 0.001 0.007 0.012 0.003 0.019 0.022 0.011 0.001 0.003 0.013 11 S 0.031 0.016 0.253 0.640 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.007 0.012 0.001 0.001 0.004 12 I 0.007 0.013 0.170 0.773 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 13 N 0.001 0.011 0.026 0.901 0.021 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 14 C 0.002 0.042 0.026 0.813 0.012 0.069 0.002 0.012 0.002 0.001 0.004 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 15 G 0.004 0.065 0.026 0.716 0.029 0.073 0.003 0.008 0.013 0.012 0.029 0.005 0.007 0.001 0.001 0.008 16 I 0.051 0.076 0.053 0.412 0.073 0.218 0.005 0.021 0.006 0.005 0.029 0.032 0.014 0.001 0.002 0.002 17 Q 0.002 0.020 0.019 0.033 0.645 0.062 0.065 0.010 0.002 0.005 0.066 0.009 0.006 0.052 0.001 0.002 18 E 0.003 0.087 0.010 0.039 0.006 0.015 0.004 0.584 0.005 0.002 0.028 0.024 0.007 0.003 0.179 0.002 19 G 0.007 0.033 0.024 0.054 0.002 0.018 0.006 0.010 0.453 0.169 0.017 0.020 0.017 0.001 0.010 0.158 20 K 0.749 0.035 0.080 0.075 0.001 0.005 0.002 0.001 0.009 0.002 0.005 0.011 0.007 0.001 0.002 0.016 21 K 0.053 0.043 0.619 0.244 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.008 22 V 0.010 0.015 0.242 0.700 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 23 C 0.002 0.028 0.071 0.831 0.002 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 24 F 0.001 0.012 0.014 0.941 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 25 M 0.001 0.013 0.033 0.899 0.005 0.032 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 26 H 0.001 0.030 0.036 0.875 0.007 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 27 R 0.002 0.028 0.024 0.891 0.005 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 28 Q 0.005 0.032 0.049 0.773 0.014 0.094 0.002 0.005 0.002 0.002 0.007 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 29 E 0.008 0.081 0.047 0.495 0.076 0.177 0.010 0.010 0.004 0.005 0.053 0.009 0.015 0.003 0.001 0.006 30 V 0.007 0.195 0.038 0.434 0.046 0.104 0.011 0.049 0.004 0.003 0.044 0.034 0.015 0.006 0.005 0.004 31 N 0.007 0.046 0.026 0.057 0.050 0.486 0.010 0.065 0.015 0.025 0.075 0.047 0.064 0.003 0.014 0.009 32 D 0.012 0.050 0.015 0.011 0.042 0.015 0.051 0.015 0.011 0.009 0.567 0.028 0.026 0.123 0.005 0.018 33 Q 0.026 0.042 0.026 0.018 0.001 0.015 0.010 0.089 0.009 0.003 0.016 0.157 0.022 0.003 0.557 0.006 34 N 0.019 0.032 0.118 0.017 0.001 0.002 0.003 0.001 0.121 0.008 0.003 0.004 0.013 0.001 0.006 0.652 35 R 0.697 0.016 0.145 0.114 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.013 36 V 0.009 0.008 0.745 0.218 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 V 0.001 0.048 0.041 0.887 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 V 0.001 0.022 0.015 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 A 0.001 0.001 0.029 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 M 0.001 0.002 0.036 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.003 0.001 0.971 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.015 0.001 0.952 0.015 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 L 0.001 0.044 0.003 0.874 0.022 0.046 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 N 0.001 0.015 0.004 0.048 0.102 0.794 0.002 0.007 0.002 0.010 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 A 0.001 0.066 0.002 0.016 0.158 0.021 0.020 0.031 0.002 0.002 0.641 0.009 0.002 0.027 0.001 0.001 47 D 0.003 0.162 0.010 0.031 0.001 0.004 0.001 0.225 0.044 0.003 0.006 0.139 0.003 0.001 0.362 0.004 48 G 0.023 0.006 0.069 0.023 0.001 0.004 0.006 0.001 0.241 0.060 0.004 0.003 0.013 0.001 0.003 0.543 49 V 0.774 0.017 0.129 0.038 0.004 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.005 0.001 0.001 0.005 50 V 0.024 0.025 0.237 0.138 0.175 0.252 0.060 0.016 0.002 0.004 0.030 0.010 0.007 0.016 0.001 0.003 51 S 0.005 0.372 0.054 0.360 0.002 0.012 0.001 0.145 0.014 0.002 0.005 0.008 0.003 0.001 0.016 0.003 52 G 0.010 0.012 0.045 0.804 0.001 0.009 0.001 0.002 0.072 0.017 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 53 N 0.138 0.011 0.295 0.548 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 L 0.002 0.001 0.086 0.898 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 T 0.001 0.010 0.015 0.960 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.001 0.004 0.003 0.937 0.024 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 P 0.001 0.012 0.004 0.107 0.717 0.134 0.006 0.005 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 F 0.001 0.044 0.001 0.097 0.003 0.037 0.001 0.739 0.004 0.002 0.059 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 59 G 0.004 0.072 0.012 0.130 0.004 0.013 0.002 0.004 0.558 0.098 0.020 0.047 0.004 0.001 0.001 0.029 60 I 0.578 0.017 0.081 0.209 0.003 0.017 0.006 0.005 0.004 0.002 0.016 0.027 0.025 0.001 0.003 0.005 61 L 0.012 0.054 0.488 0.240 0.015 0.098 0.010 0.005 0.006 0.004 0.011 0.016 0.022 0.003 0.001 0.014 62 V 0.020 0.066 0.053 0.635 0.019 0.102 0.006 0.016 0.003 0.002 0.033 0.011 0.026 0.001 0.003 0.003 63 S 0.008 0.184 0.114 0.501 0.021 0.072 0.010 0.009 0.015 0.006 0.012 0.016 0.016 0.003 0.002 0.012 64 K 0.029 0.033 0.078 0.698 0.004 0.061 0.002 0.021 0.006 0.003 0.030 0.006 0.016 0.001 0.005 0.006 65 P 0.025 0.177 0.218 0.474 0.002 0.034 0.003 0.002 0.019 0.004 0.006 0.011 0.009 0.001 0.001 0.015 66 V 0.046 0.030 0.077 0.809 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.004 0.001 0.001 0.002 67 R 0.002 0.011 0.186 0.793 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 L 0.002 0.001 0.023 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 Q 0.001 0.002 0.018 0.942 0.022 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 V 0.001 0.010 0.003 0.484 0.270 0.219 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 D 0.001 0.022 0.001 0.030 0.763 0.097 0.006 0.026 0.002 0.004 0.039 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 72 E 0.001 0.084 0.002 0.024 0.003 0.016 0.001 0.710 0.022 0.005 0.054 0.018 0.002 0.001 0.057 0.001 73 G 0.011 0.038 0.027 0.029 0.001 0.011 0.002 0.007 0.521 0.172 0.022 0.047 0.008 0.001 0.006 0.096 74 K 0.718 0.030 0.122 0.048 0.001 0.011 0.003 0.002 0.005 0.002 0.010 0.022 0.015 0.001 0.002 0.010 75 A 0.028 0.025 0.502 0.116 0.003 0.204 0.004 0.004 0.002 0.002 0.034 0.029 0.040 0.001 0.001 0.004 76 V 0.007 0.292 0.111 0.404 0.007 0.056 0.004 0.004 0.003 0.001 0.023 0.037 0.044 0.001 0.001 0.004 77 I 0.005 0.024 0.053 0.710 0.006 0.064 0.002 0.006 0.003 0.001 0.035 0.017 0.066 0.001 0.002 0.005 78 E 0.013 0.059 0.263 0.377 0.078 0.035 0.035 0.005 0.004 0.002 0.014 0.015 0.063 0.022 0.002 0.013 79 T 0.013 0.033 0.074 0.608 0.005 0.068 0.003 0.079 0.003 0.002 0.017 0.010 0.049 0.001 0.028 0.005 80 G 0.007 0.084 0.097 0.465 0.006 0.119 0.002 0.007 0.027 0.020 0.032 0.015 0.062 0.001 0.002 0.053 81 I 0.134 0.023 0.038 0.408 0.012 0.143 0.004 0.006 0.003 0.003 0.093 0.035 0.091 0.002 0.001 0.005 82 R 0.008 0.181 0.153 0.325 0.026 0.060 0.017 0.010 0.003 0.002 0.049 0.067 0.080 0.011 0.003 0.006 83 T 0.008 0.052 0.040 0.608 0.009 0.066 0.007 0.024 0.009 0.002 0.015 0.020 0.109 0.003 0.016 0.011 84 C 0.012 0.081 0.175 0.379 0.022 0.062 0.028 0.005 0.018 0.011 0.029 0.018 0.100 0.005 0.004 0.051 85 V 0.056 0.054 0.107 0.261 0.080 0.149 0.026 0.024 0.004 0.006 0.040 0.038 0.131 0.007 0.007 0.011 86 P 0.010 0.040 0.059 0.083 0.184 0.167 0.075 0.036 0.008 0.012 0.107 0.024 0.062 0.115 0.008 0.011 87 A 0.012 0.274 0.027 0.142 0.005 0.022 0.010 0.153 0.019 0.005 0.041 0.040 0.036 0.005 0.196 0.015 88 G 0.045 0.043 0.113 0.164 0.001 0.005 0.003 0.004 0.266 0.019 0.005 0.013 0.021 0.002 0.008 0.287 89 C 0.497 0.006 0.284 0.122 0.001 0.036 0.007 0.001 0.002 0.003 0.007 0.008 0.020 0.001 0.001 0.006 90 I 0.009 0.122 0.350 0.488 0.001 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.001 0.001 0.003 91 V 0.002 0.003 0.020 0.926 0.003 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 92 P 0.006 0.086 0.131 0.688 0.011 0.048 0.003 0.003 0.001 0.001 0.006 0.003 0.011 0.001 0.001 0.002 93 I 0.003 0.022 0.014 0.796 0.006 0.099 0.001 0.006 0.002 0.001 0.031 0.007 0.008 0.001 0.001 0.002 94 V 0.011 0.209 0.101 0.455 0.019 0.114 0.006 0.003 0.004 0.002 0.025 0.020 0.018 0.001 0.001 0.011 95 F 0.009 0.129 0.073 0.695 0.003 0.028 0.002 0.010 0.001 0.002 0.011 0.018 0.013 0.001 0.002 0.004 96 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 97 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.008 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.988 0.001 0.001 0.002 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.982 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.005 0.001 0.009 103 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.010 0.007 0.005 104 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.738 0.005 0.020 105 A 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.006 0.030 0.001 0.001 0.002 0.001 0.115 0.004 0.808 0.016 106 G 0.007 0.007 0.019 0.001 0.001 0.012 0.015 0.001 0.030 0.018 0.017 0.002 0.150 0.016 0.006 0.698 107 K 0.709 0.145 0.026 0.012 0.001 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.032 0.039 0.001 0.011 0.007 108 H 0.019 0.121 0.652 0.122 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.002 0.052 109 L 0.020 0.002 0.669 0.301 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 110 K 0.001 0.005 0.198 0.793 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 A 0.001 0.005 0.006 0.982 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 M 0.001 0.005 0.003 0.968 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 T 0.001 0.035 0.013 0.847 0.030 0.062 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 I 0.002 0.046 0.007 0.609 0.039 0.240 0.001 0.024 0.002 0.002 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 116 A 0.005 0.212 0.039 0.489 0.068 0.063 0.002 0.020 0.018 0.009 0.044 0.018 0.006 0.001 0.001 0.004 117 A 0.006 0.011 0.009 0.041 0.631 0.065 0.133 0.004 0.002 0.007 0.013 0.012 0.004 0.061 0.001 0.001 118 P 0.002 0.043 0.013 0.027 0.003 0.020 0.003 0.681 0.002 0.002 0.026 0.006 0.005 0.001 0.166 0.001 119 G 0.003 0.032 0.006 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.709 0.058 0.003 0.007 0.002 0.001 0.001 0.141 120 E 0.864 0.005 0.052 0.066 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 121 P 0.011 0.003 0.782 0.117 0.009 0.065 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 122 P 0.006 0.073 0.020 0.504 0.069 0.228 0.003 0.021 0.002 0.003 0.061 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 123 L 0.004 0.191 0.010 0.580 0.012 0.061 0.001 0.032 0.030 0.004 0.039 0.026 0.004 0.001 0.001 0.002 124 N 0.028 0.068 0.127 0.494 0.010 0.072 0.007 0.017 0.037 0.015 0.038 0.048 0.025 0.001 0.005 0.009 125 D 0.044 0.144 0.291 0.420 0.002 0.022 0.004 0.005 0.009 0.003 0.010 0.015 0.013 0.001 0.003 0.014 126 L 0.020 0.014 0.132 0.767 0.002 0.027 0.002 0.003 0.002 0.001 0.013 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 127 F 0.007 0.044 0.182 0.744 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 128 V 0.003 0.005 0.022 0.963 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.001 0.002 0.009 0.076 0.038 0.867 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 130 L 0.001 0.009 0.001 0.008 0.069 0.082 0.002 0.007 0.001 0.001 0.811 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 131 N 0.001 0.060 0.001 0.012 0.001 0.008 0.001 0.079 0.006 0.002 0.035 0.771 0.007 0.001 0.019 0.001 132 G 0.004 0.002 0.006 0.006 0.001 0.026 0.001 0.002 0.050 0.060 0.079 0.088 0.576 0.001 0.002 0.097 133 F 0.018 0.002 0.006 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.155 0.661 0.001 0.001 0.001 134 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.143 0.820 0.001 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.975 0.001 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.001 0.004 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.938 0.032 0.003 0.016 143 L 0.002 0.003 0.042 0.002 0.001 0.001 0.047 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.683 0.100 0.068 0.048 144 Q 0.002 0.003 0.078 0.003 0.005 0.009 0.189 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.520 0.071 0.055 0.054 145 K 0.023 0.041 0.060 0.012 0.009 0.015 0.074 0.033 0.003 0.003 0.053 0.010 0.354 0.108 0.095 0.105