# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.035 0.016 0.002 0.030 0.022 0.044 0.141 0.004 0.001 0.068 0.638 2 S 0.026 0.012 0.001 0.025 0.024 0.060 0.139 0.003 0.001 0.103 0.605 3 L 0.022 0.010 0.002 0.039 0.080 0.085 0.125 0.004 0.001 0.080 0.552 4 T 0.064 0.011 0.004 0.037 0.060 0.076 0.121 0.005 0.002 0.096 0.525 5 E 0.032 0.008 0.002 0.038 0.054 0.085 0.105 0.002 0.001 0.046 0.626 6 T 0.149 0.013 0.002 0.027 0.034 0.054 0.111 0.004 0.001 0.064 0.541 7 Y 0.031 0.007 0.001 0.022 0.027 0.046 0.176 0.002 0.001 0.051 0.636 8 G 0.017 0.015 0.001 0.031 0.050 0.124 0.144 0.003 0.001 0.044 0.570 9 L 0.018 0.010 0.001 0.037 0.145 0.256 0.113 0.003 0.001 0.069 0.346 10 W 0.007 0.008 0.001 0.054 0.190 0.365 0.068 0.002 0.001 0.043 0.260 11 S 0.009 0.007 0.001 0.036 0.205 0.456 0.037 0.002 0.001 0.044 0.202 12 I 0.007 0.006 0.001 0.037 0.302 0.417 0.028 0.001 0.001 0.030 0.170 13 N 0.010 0.007 0.001 0.035 0.259 0.464 0.031 0.002 0.001 0.044 0.148 14 C 0.008 0.004 0.001 0.036 0.289 0.377 0.039 0.001 0.001 0.036 0.208 15 G 0.011 0.003 0.006 0.028 0.232 0.360 0.045 0.002 0.007 0.068 0.236 16 I 0.162 0.004 0.001 0.016 0.078 0.096 0.073 0.004 0.002 0.052 0.513 17 Q 0.600 0.002 0.001 0.005 0.013 0.014 0.036 0.003 0.001 0.034 0.292 18 E 0.013 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.065 0.001 0.001 0.008 0.898 19 G 0.008 0.004 0.001 0.004 0.008 0.020 0.092 0.001 0.001 0.012 0.851 20 K 0.010 0.009 0.001 0.015 0.257 0.137 0.101 0.001 0.001 0.031 0.437 21 K 0.006 0.017 0.001 0.040 0.180 0.271 0.071 0.001 0.001 0.041 0.372 22 V 0.006 0.016 0.001 0.036 0.202 0.390 0.045 0.002 0.001 0.036 0.264 23 C 0.004 0.016 0.001 0.076 0.275 0.448 0.022 0.001 0.001 0.029 0.129 24 F 0.010 0.017 0.001 0.074 0.316 0.414 0.019 0.002 0.001 0.042 0.104 25 M 0.017 0.015 0.003 0.065 0.295 0.331 0.031 0.003 0.001 0.055 0.185 26 H 0.017 0.011 0.002 0.059 0.275 0.427 0.031 0.003 0.001 0.038 0.136 27 R 0.026 0.010 0.001 0.028 0.216 0.375 0.040 0.003 0.001 0.043 0.257 28 Q 0.025 0.008 0.002 0.024 0.183 0.227 0.079 0.003 0.001 0.062 0.385 29 E 0.023 0.005 0.002 0.025 0.118 0.170 0.089 0.003 0.001 0.075 0.489 30 V 0.056 0.004 0.004 0.014 0.051 0.077 0.101 0.003 0.003 0.095 0.591 31 N 0.181 0.003 0.001 0.008 0.017 0.025 0.076 0.003 0.001 0.045 0.640 32 D 0.194 0.002 0.001 0.004 0.008 0.011 0.061 0.002 0.001 0.028 0.689 33 Q 0.016 0.001 0.001 0.003 0.006 0.010 0.090 0.001 0.001 0.009 0.864 34 N 0.006 0.003 0.001 0.008 0.040 0.075 0.108 0.001 0.001 0.015 0.744 35 R 0.005 0.003 0.001 0.017 0.211 0.270 0.086 0.001 0.001 0.025 0.381 36 V 0.001 0.002 0.001 0.031 0.274 0.467 0.031 0.001 0.001 0.019 0.174 37 V 0.002 0.001 0.001 0.048 0.269 0.442 0.024 0.001 0.001 0.039 0.173 38 V 0.001 0.001 0.001 0.056 0.378 0.502 0.006 0.001 0.001 0.017 0.040 39 A 0.001 0.001 0.001 0.045 0.333 0.543 0.005 0.001 0.001 0.027 0.044 40 M 0.001 0.001 0.001 0.025 0.501 0.429 0.003 0.001 0.001 0.012 0.028 41 S 0.001 0.001 0.001 0.032 0.437 0.486 0.004 0.001 0.001 0.014 0.025 42 V 0.002 0.001 0.001 0.031 0.457 0.436 0.009 0.001 0.001 0.016 0.048 43 V 0.001 0.001 0.001 0.041 0.328 0.512 0.020 0.001 0.001 0.022 0.074 44 L 0.007 0.001 0.001 0.034 0.158 0.285 0.076 0.001 0.001 0.040 0.394 45 N 0.592 0.002 0.001 0.008 0.023 0.025 0.042 0.009 0.001 0.075 0.223 46 A 0.193 0.002 0.001 0.003 0.007 0.011 0.063 0.003 0.001 0.031 0.686 47 D 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.065 0.001 0.001 0.010 0.903 48 G 0.007 0.002 0.001 0.009 0.099 0.110 0.080 0.001 0.001 0.026 0.666 49 V 0.012 0.001 0.001 0.016 0.143 0.130 0.109 0.001 0.001 0.043 0.544 50 V 0.004 0.001 0.001 0.029 0.231 0.332 0.059 0.001 0.001 0.034 0.309 51 S 0.004 0.001 0.001 0.035 0.115 0.325 0.053 0.001 0.001 0.061 0.405 52 G 0.001 0.001 0.001 0.051 0.366 0.437 0.017 0.001 0.001 0.026 0.100 53 N 0.001 0.001 0.001 0.080 0.228 0.388 0.021 0.001 0.001 0.070 0.210 54 L 0.001 0.001 0.001 0.060 0.593 0.271 0.007 0.001 0.001 0.014 0.055 55 T 0.002 0.001 0.001 0.116 0.309 0.322 0.025 0.001 0.001 0.047 0.179 56 V 0.010 0.001 0.001 0.101 0.293 0.230 0.050 0.002 0.001 0.039 0.273 57 P 0.294 0.005 0.001 0.037 0.043 0.061 0.064 0.009 0.001 0.118 0.366 58 F 0.023 0.004 0.001 0.024 0.054 0.093 0.130 0.002 0.001 0.038 0.630 59 G 0.010 0.004 0.001 0.025 0.034 0.111 0.098 0.002 0.001 0.042 0.672 60 I 0.007 0.001 0.001 0.030 0.429 0.205 0.049 0.001 0.001 0.050 0.226 61 L 0.019 0.002 0.001 0.035 0.106 0.161 0.099 0.001 0.001 0.069 0.506 62 V 0.015 0.002 0.001 0.030 0.111 0.132 0.097 0.002 0.001 0.039 0.570 63 S 0.308 0.002 0.002 0.020 0.017 0.035 0.117 0.003 0.001 0.062 0.433 64 K 0.014 0.002 0.001 0.036 0.028 0.103 0.145 0.002 0.001 0.045 0.624 65 P 0.003 0.001 0.001 0.031 0.017 0.074 0.083 0.001 0.001 0.048 0.743 66 V 0.002 0.001 0.001 0.077 0.482 0.261 0.030 0.001 0.001 0.045 0.100 67 R 0.002 0.001 0.001 0.138 0.131 0.271 0.040 0.001 0.001 0.083 0.334 68 L 0.001 0.001 0.001 0.147 0.458 0.263 0.012 0.001 0.001 0.017 0.103 69 Q 0.002 0.001 0.002 0.223 0.198 0.332 0.029 0.001 0.001 0.070 0.141 70 V 0.075 0.004 0.001 0.158 0.079 0.103 0.075 0.004 0.001 0.069 0.431 71 D 0.631 0.005 0.001 0.031 0.013 0.015 0.037 0.006 0.001 0.041 0.220 72 E 0.019 0.004 0.001 0.010 0.003 0.010 0.107 0.001 0.001 0.009 0.836 73 G 0.018 0.020 0.001 0.011 0.013 0.025 0.100 0.003 0.001 0.029 0.781 74 K 0.041 0.027 0.001 0.020 0.227 0.110 0.085 0.005 0.001 0.060 0.424 75 A 0.024 0.019 0.003 0.041 0.100 0.159 0.102 0.003 0.001 0.123 0.425 76 V 0.021 0.014 0.003 0.034 0.142 0.194 0.082 0.003 0.001 0.093 0.414 77 I 0.037 0.013 0.004 0.045 0.142 0.182 0.081 0.004 0.001 0.063 0.428 78 E 0.044 0.016 0.002 0.051 0.094 0.188 0.077 0.006 0.001 0.073 0.448 79 T 0.020 0.007 0.003 0.049 0.112 0.156 0.098 0.002 0.001 0.097 0.454 80 G 0.011 0.011 0.002 0.081 0.135 0.297 0.070 0.003 0.001 0.066 0.325 81 I 0.037 0.010 0.001 0.047 0.147 0.161 0.072 0.006 0.001 0.086 0.433 82 R 0.013 0.004 0.001 0.095 0.228 0.225 0.074 0.002 0.001 0.065 0.293 83 T 0.006 0.005 0.001 0.080 0.101 0.211 0.087 0.001 0.001 0.059 0.448 84 C 0.025 0.009 0.004 0.084 0.097 0.128 0.108 0.004 0.002 0.074 0.466 85 V 0.347 0.015 0.003 0.036 0.050 0.049 0.086 0.014 0.002 0.092 0.305 86 P 0.118 0.008 0.001 0.021 0.012 0.031 0.121 0.005 0.001 0.051 0.630 87 A 0.013 0.007 0.001 0.044 0.035 0.103 0.126 0.002 0.001 0.033 0.634 88 G 0.012 0.005 0.001 0.059 0.086 0.180 0.098 0.002 0.001 0.064 0.493 89 C 0.005 0.005 0.001 0.079 0.262 0.239 0.070 0.001 0.001 0.043 0.294 90 I 0.015 0.011 0.001 0.105 0.137 0.165 0.065 0.002 0.001 0.052 0.447 91 V 0.044 0.024 0.003 0.097 0.144 0.150 0.085 0.005 0.001 0.057 0.391 92 P 0.058 0.051 0.004 0.076 0.054 0.093 0.087 0.010 0.001 0.087 0.480 93 I 0.075 0.053 0.002 0.059 0.034 0.058 0.091 0.005 0.001 0.049 0.574 94 V 0.020 0.046 0.003 0.051 0.050 0.071 0.130 0.002 0.001 0.109 0.518 95 F 0.011 0.223 0.003 0.011 0.019 0.009 0.078 0.003 0.001 0.148 0.494 96 D 0.030 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.005 0.006 97 K 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 0.014 98 N 0.001 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 99 Y 0.010 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.004 100 V 0.005 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.006 101 A 0.012 0.823 0.005 0.001 0.002 0.002 0.007 0.002 0.001 0.082 0.065 102 A 0.041 0.520 0.070 0.005 0.002 0.003 0.039 0.020 0.020 0.173 0.107 103 L 0.344 0.108 0.054 0.006 0.007 0.008 0.054 0.045 0.035 0.217 0.121 104 R 0.224 0.020 0.009 0.004 0.003 0.004 0.057 0.003 0.003 0.031 0.641 105 A 0.014 0.006 0.002 0.008 0.002 0.004 0.079 0.001 0.001 0.008 0.876 106 G 0.057 0.002 0.007 0.007 0.004 0.010 0.180 0.002 0.001 0.026 0.704 107 K 0.011 0.002 0.003 0.030 0.054 0.069 0.158 0.001 0.001 0.024 0.648 108 H 0.002 0.001 0.001 0.168 0.016 0.075 0.066 0.001 0.001 0.050 0.621 109 L 0.001 0.001 0.001 0.437 0.130 0.160 0.031 0.001 0.001 0.069 0.171 110 K 0.001 0.001 0.001 0.626 0.088 0.110 0.010 0.001 0.001 0.081 0.083 111 L 0.001 0.001 0.001 0.577 0.197 0.110 0.006 0.001 0.001 0.037 0.072 112 A 0.001 0.001 0.001 0.505 0.196 0.200 0.007 0.001 0.001 0.043 0.046 113 M 0.006 0.002 0.001 0.250 0.240 0.290 0.026 0.002 0.001 0.061 0.121 114 T 0.009 0.001 0.001 0.256 0.221 0.263 0.037 0.001 0.001 0.047 0.163 115 I 0.017 0.002 0.009 0.052 0.083 0.178 0.127 0.003 0.011 0.091 0.427 116 A 0.053 0.001 0.001 0.031 0.012 0.028 0.143 0.005 0.001 0.040 0.685 117 A 0.827 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.021 0.002 0.001 0.025 0.117 118 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.077 0.001 0.001 0.008 0.901 119 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.068 0.001 0.001 0.013 0.900 120 E 0.044 0.002 0.001 0.010 0.294 0.052 0.104 0.001 0.001 0.066 0.426 121 P 0.015 0.002 0.001 0.015 0.010 0.016 0.133 0.001 0.001 0.035 0.772 122 P 0.038 0.005 0.001 0.029 0.042 0.075 0.138 0.003 0.001 0.038 0.631 123 L 0.071 0.004 0.001 0.052 0.035 0.078 0.156 0.003 0.001 0.081 0.518 124 N 0.010 0.004 0.001 0.128 0.070 0.155 0.123 0.002 0.001 0.061 0.447 125 D 0.006 0.004 0.001 0.123 0.068 0.161 0.073 0.001 0.001 0.089 0.474 126 L 0.002 0.003 0.001 0.175 0.319 0.264 0.036 0.001 0.001 0.048 0.153 127 F 0.006 0.005 0.001 0.258 0.147 0.179 0.056 0.001 0.001 0.070 0.277 128 V 0.004 0.007 0.005 0.328 0.189 0.139 0.054 0.001 0.002 0.065 0.206 129 Q 0.204 0.108 0.002 0.082 0.032 0.046 0.055 0.013 0.001 0.168 0.290 130 L 0.286 0.100 0.001 0.017 0.008 0.011 0.052 0.011 0.001 0.212 0.301 131 N 0.006 0.060 0.001 0.030 0.004 0.008 0.092 0.001 0.001 0.373 0.424 132 G 0.007 0.517 0.002 0.004 0.004 0.004 0.034 0.003 0.001 0.244 0.181 133 F 0.020 0.908 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.009 0.001 0.029 0.023 134 S 0.003 0.122 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.852 0.014 135 N 0.002 0.825 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.139 0.021 136 A 0.014 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.007 137 L 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.013 0.009 138 N 0.005 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.037 0.040 139 R 0.021 0.892 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.028 0.039 140 L 0.057 0.718 0.057 0.003 0.001 0.001 0.015 0.041 0.014 0.061 0.032 141 I 0.272 0.223 0.065 0.005 0.004 0.004 0.053 0.017 0.036 0.087 0.233 142 A 0.337 0.050 0.006 0.004 0.002 0.003 0.055 0.006 0.002 0.034 0.499 143 L 0.029 0.018 0.005 0.015 0.002 0.004 0.103 0.004 0.002 0.031 0.788 144 Q 0.106 0.012 0.006 0.011 0.004 0.006 0.121 0.003 0.001 0.034 0.697 145 K 0.031 0.008 0.001 0.005 0.004 0.004 0.085 0.002 0.001 0.017 0.842