# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.050 0.030 0.012 0.024 0.042 0.111 0.066 0.666 2 S 0.038 0.021 0.016 0.032 0.068 0.088 0.125 0.612 3 L 0.037 0.021 0.019 0.091 0.112 0.116 0.096 0.508 4 T 0.052 0.017 0.025 0.060 0.104 0.093 0.081 0.569 5 E 0.092 0.013 0.020 0.058 0.070 0.109 0.027 0.611 6 T 0.067 0.012 0.018 0.022 0.051 0.100 0.035 0.695 7 Y 0.025 0.010 0.031 0.031 0.063 0.156 0.044 0.641 8 G 0.044 0.029 0.047 0.060 0.146 0.113 0.105 0.457 9 L 0.026 0.036 0.046 0.130 0.163 0.077 0.090 0.432 10 W 0.006 0.020 0.097 0.182 0.392 0.045 0.040 0.217 11 S 0.006 0.013 0.056 0.222 0.481 0.027 0.042 0.153 12 I 0.017 0.014 0.068 0.345 0.298 0.039 0.024 0.195 13 N 0.011 0.011 0.062 0.333 0.404 0.026 0.031 0.123 14 C 0.016 0.013 0.035 0.227 0.354 0.051 0.045 0.259 15 G 0.025 0.007 0.067 0.248 0.303 0.048 0.094 0.207 16 I 0.160 0.005 0.019 0.107 0.112 0.069 0.047 0.481 17 Q 0.361 0.006 0.007 0.024 0.029 0.046 0.037 0.491 18 E 0.025 0.004 0.004 0.009 0.026 0.080 0.007 0.845 19 G 0.016 0.008 0.010 0.019 0.087 0.087 0.021 0.752 20 K 0.010 0.016 0.034 0.163 0.207 0.094 0.036 0.439 21 K 0.005 0.024 0.054 0.267 0.340 0.034 0.032 0.243 22 V 0.005 0.027 0.089 0.259 0.351 0.030 0.055 0.184 23 C 0.004 0.029 0.144 0.299 0.379 0.017 0.045 0.082 24 F 0.012 0.041 0.100 0.331 0.391 0.015 0.045 0.066 25 M 0.020 0.052 0.095 0.266 0.358 0.027 0.056 0.125 26 H 0.046 0.068 0.050 0.209 0.369 0.038 0.058 0.162 27 R 0.035 0.029 0.031 0.168 0.259 0.059 0.090 0.330 28 Q 0.032 0.028 0.023 0.161 0.181 0.090 0.065 0.422 29 E 0.062 0.016 0.016 0.120 0.157 0.094 0.065 0.470 30 V 0.053 0.004 0.013 0.051 0.057 0.097 0.089 0.635 31 N 0.333 0.006 0.007 0.016 0.021 0.056 0.068 0.493 32 D 0.290 0.004 0.003 0.006 0.008 0.055 0.026 0.607 33 Q 0.030 0.003 0.006 0.007 0.022 0.085 0.009 0.839 34 N 0.011 0.005 0.019 0.024 0.140 0.114 0.023 0.662 35 R 0.004 0.005 0.054 0.190 0.316 0.074 0.032 0.324 36 V 0.003 0.007 0.068 0.340 0.450 0.017 0.022 0.094 37 V 0.002 0.005 0.114 0.294 0.420 0.018 0.032 0.116 38 V 0.001 0.003 0.124 0.341 0.488 0.006 0.014 0.023 39 A 0.001 0.003 0.062 0.300 0.583 0.004 0.025 0.021 40 M 0.003 0.003 0.042 0.396 0.511 0.007 0.009 0.031 41 S 0.001 0.001 0.031 0.344 0.603 0.003 0.006 0.012 42 V 0.004 0.003 0.022 0.373 0.475 0.019 0.013 0.090 43 V 0.002 0.001 0.041 0.419 0.457 0.015 0.016 0.050 44 L 0.014 0.001 0.021 0.142 0.174 0.066 0.030 0.551 45 N 0.901 0.002 0.003 0.010 0.007 0.010 0.031 0.037 46 A 0.260 0.002 0.002 0.008 0.010 0.054 0.012 0.651 47 D 0.006 0.001 0.003 0.002 0.014 0.048 0.005 0.921 48 G 0.010 0.001 0.023 0.043 0.160 0.137 0.050 0.576 49 V 0.019 0.001 0.032 0.183 0.123 0.090 0.061 0.491 50 V 0.024 0.001 0.070 0.156 0.157 0.063 0.041 0.488 51 S 0.003 0.001 0.087 0.080 0.233 0.055 0.043 0.498 52 G 0.002 0.001 0.193 0.196 0.455 0.025 0.029 0.099 53 N 0.002 0.001 0.169 0.318 0.320 0.016 0.028 0.146 54 L 0.001 0.001 0.232 0.347 0.316 0.017 0.020 0.066 55 T 0.002 0.001 0.372 0.134 0.269 0.023 0.036 0.164 56 V 0.071 0.003 0.199 0.306 0.188 0.044 0.040 0.149 57 P 0.111 0.007 0.102 0.069 0.083 0.063 0.067 0.497 58 F 0.038 0.007 0.063 0.061 0.169 0.123 0.035 0.505 59 G 0.013 0.002 0.077 0.073 0.173 0.059 0.047 0.557 60 I 0.013 0.001 0.046 0.302 0.197 0.070 0.045 0.327 61 L 0.025 0.001 0.064 0.106 0.127 0.074 0.053 0.549 62 V 0.059 0.001 0.026 0.063 0.083 0.102 0.041 0.625 63 S 0.052 0.001 0.023 0.013 0.019 0.063 0.039 0.790 64 K 0.088 0.002 0.034 0.025 0.054 0.150 0.031 0.615 65 P 0.011 0.001 0.048 0.038 0.133 0.094 0.054 0.622 66 V 0.004 0.001 0.132 0.153 0.281 0.073 0.029 0.329 67 R 0.001 0.001 0.174 0.217 0.399 0.024 0.023 0.162 68 L 0.001 0.001 0.152 0.300 0.196 0.032 0.021 0.297 69 Q 0.003 0.001 0.333 0.242 0.244 0.029 0.028 0.120 70 V 0.035 0.002 0.107 0.079 0.075 0.067 0.028 0.607 71 D 0.503 0.020 0.044 0.051 0.035 0.048 0.067 0.232 72 E 0.072 0.027 0.019 0.013 0.030 0.093 0.019 0.727 73 G 0.036 0.023 0.015 0.021 0.066 0.091 0.026 0.722 74 K 0.068 0.035 0.028 0.142 0.132 0.079 0.075 0.442 75 A 0.025 0.021 0.019 0.149 0.194 0.076 0.077 0.441 76 V 0.025 0.013 0.044 0.119 0.206 0.075 0.084 0.435 77 I 0.040 0.018 0.035 0.197 0.225 0.068 0.056 0.361 78 E 0.036 0.012 0.031 0.060 0.134 0.066 0.039 0.623 79 T 0.023 0.011 0.042 0.128 0.226 0.077 0.114 0.379 80 G 0.024 0.010 0.059 0.136 0.255 0.099 0.108 0.309 81 I 0.028 0.007 0.050 0.121 0.197 0.074 0.060 0.463 82 R 0.011 0.003 0.062 0.259 0.247 0.056 0.031 0.332 83 T 0.005 0.002 0.090 0.120 0.241 0.085 0.080 0.378 84 C 0.015 0.002 0.105 0.105 0.111 0.092 0.058 0.513 85 V 0.308 0.003 0.058 0.056 0.054 0.083 0.081 0.357 86 P 0.076 0.003 0.017 0.014 0.018 0.076 0.041 0.754 87 A 0.020 0.002 0.096 0.030 0.173 0.169 0.025 0.485 88 G 0.005 0.001 0.070 0.050 0.180 0.065 0.039 0.590 89 C 0.001 0.001 0.184 0.358 0.297 0.037 0.016 0.106 90 I 0.003 0.001 0.161 0.119 0.232 0.036 0.040 0.407 91 V 0.043 0.007 0.113 0.379 0.145 0.047 0.037 0.229 92 P 0.035 0.009 0.140 0.062 0.084 0.058 0.086 0.524 93 I 0.080 0.084 0.053 0.028 0.040 0.109 0.065 0.542 94 V 0.030 0.072 0.051 0.033 0.032 0.103 0.086 0.593 95 F 0.028 0.318 0.014 0.009 0.006 0.062 0.056 0.508 96 D 0.049 0.904 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 0.009 97 K 0.025 0.919 0.002 0.001 0.001 0.005 0.024 0.024 98 N 0.006 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.025 99 Y 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 100 V 0.010 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 101 A 0.029 0.862 0.011 0.002 0.001 0.004 0.056 0.034 102 A 0.109 0.150 0.087 0.004 0.003 0.018 0.536 0.094 103 L 0.505 0.051 0.041 0.004 0.003 0.030 0.234 0.132 104 R 0.254 0.004 0.007 0.001 0.001 0.022 0.029 0.681 105 A 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.045 0.007 0.928 106 G 0.013 0.001 0.018 0.002 0.005 0.105 0.021 0.835 107 K 0.044 0.003 0.086 0.053 0.063 0.184 0.038 0.530 108 H 0.003 0.001 0.137 0.022 0.048 0.063 0.036 0.690 109 L 0.001 0.001 0.433 0.143 0.182 0.047 0.028 0.166 110 K 0.001 0.001 0.537 0.151 0.192 0.010 0.050 0.058 111 L 0.001 0.001 0.331 0.325 0.198 0.012 0.037 0.095 112 A 0.002 0.001 0.476 0.203 0.248 0.009 0.017 0.044 113 M 0.006 0.002 0.191 0.267 0.312 0.030 0.020 0.174 114 T 0.031 0.004 0.183 0.218 0.214 0.054 0.050 0.247 115 I 0.021 0.003 0.096 0.135 0.187 0.105 0.079 0.373 116 A 0.100 0.001 0.024 0.023 0.035 0.092 0.031 0.693 117 A 0.671 0.002 0.008 0.019 0.013 0.043 0.041 0.205 118 P 0.011 0.001 0.005 0.006 0.018 0.117 0.011 0.832 119 G 0.007 0.001 0.006 0.008 0.041 0.064 0.009 0.864 120 E 0.033 0.001 0.018 0.159 0.147 0.122 0.063 0.457 121 P 0.010 0.001 0.028 0.073 0.079 0.113 0.034 0.663 122 P 0.025 0.001 0.055 0.104 0.192 0.086 0.037 0.500 123 L 0.033 0.001 0.045 0.042 0.060 0.070 0.052 0.696 124 N 0.091 0.005 0.069 0.094 0.139 0.097 0.056 0.449 125 D 0.012 0.002 0.053 0.057 0.142 0.079 0.029 0.626 126 L 0.008 0.005 0.119 0.155 0.254 0.075 0.030 0.353 127 F 0.007 0.008 0.169 0.139 0.222 0.059 0.034 0.362 128 V 0.005 0.010 0.152 0.250 0.156 0.053 0.043 0.330 129 Q 0.194 0.214 0.114 0.058 0.061 0.050 0.063 0.247 130 L 0.151 0.115 0.041 0.015 0.011 0.040 0.434 0.194 131 N 0.018 0.218 0.046 0.017 0.016 0.051 0.271 0.362 132 G 0.040 0.769 0.011 0.002 0.004 0.021 0.047 0.105 133 F 0.035 0.897 0.003 0.001 0.001 0.006 0.034 0.023 134 S 0.040 0.420 0.013 0.002 0.003 0.010 0.460 0.052 135 N 0.024 0.741 0.005 0.001 0.001 0.014 0.144 0.069 136 A 0.057 0.856 0.010 0.001 0.001 0.009 0.035 0.032 137 L 0.061 0.831 0.009 0.001 0.001 0.008 0.037 0.052 138 N 0.016 0.849 0.007 0.001 0.001 0.009 0.013 0.105 139 R 0.017 0.891 0.015 0.001 0.001 0.007 0.015 0.055 140 L 0.106 0.628 0.084 0.003 0.001 0.017 0.111 0.049 141 I 0.342 0.268 0.057 0.003 0.002 0.029 0.112 0.187 142 A 0.220 0.065 0.050 0.002 0.002 0.043 0.088 0.531 143 L 0.084 0.020 0.040 0.003 0.003 0.073 0.084 0.695 144 Q 0.035 0.009 0.009 0.002 0.003 0.072 0.032 0.837 145 K 0.023 0.006 0.008 0.003 0.004 0.080 0.016 0.859