# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.439 0.174 0.051 0.094 0.071 0.053 0.051 0.030 0.019 0.012 0.006 2 S 0.401 0.200 0.055 0.125 0.081 0.049 0.039 0.022 0.014 0.010 0.004 3 L 0.155 0.092 0.039 0.092 0.097 0.111 0.142 0.099 0.082 0.055 0.037 4 T 0.202 0.219 0.076 0.188 0.153 0.062 0.051 0.025 0.014 0.008 0.004 5 E 0.220 0.106 0.083 0.117 0.100 0.091 0.103 0.076 0.054 0.033 0.017 6 T 0.184 0.228 0.100 0.200 0.122 0.066 0.052 0.021 0.015 0.009 0.004 7 Y 0.038 0.028 0.021 0.064 0.073 0.141 0.205 0.172 0.130 0.077 0.053 8 G 0.400 0.169 0.106 0.150 0.074 0.042 0.028 0.013 0.009 0.006 0.002 9 L 0.060 0.079 0.078 0.189 0.165 0.141 0.129 0.065 0.049 0.031 0.015 10 W 0.017 0.015 0.020 0.039 0.047 0.067 0.139 0.166 0.206 0.157 0.126 11 S 0.032 0.060 0.084 0.174 0.168 0.153 0.143 0.064 0.060 0.043 0.020 12 I 0.015 0.031 0.086 0.104 0.105 0.132 0.163 0.129 0.112 0.081 0.041 13 N 0.041 0.061 0.067 0.190 0.161 0.126 0.155 0.081 0.062 0.039 0.017 14 C 0.004 0.006 0.007 0.014 0.017 0.031 0.101 0.180 0.257 0.215 0.167 15 G 0.112 0.195 0.104 0.214 0.137 0.074 0.071 0.035 0.028 0.022 0.008 16 I 0.044 0.045 0.045 0.129 0.138 0.140 0.182 0.098 0.083 0.059 0.036 17 Q 0.261 0.288 0.060 0.137 0.092 0.048 0.049 0.024 0.020 0.013 0.008 18 E 0.336 0.351 0.038 0.099 0.077 0.031 0.034 0.018 0.009 0.005 0.003 19 G 0.752 0.143 0.021 0.039 0.019 0.009 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 20 K 0.170 0.150 0.044 0.182 0.174 0.134 0.086 0.032 0.016 0.008 0.004 21 K 0.188 0.147 0.071 0.188 0.133 0.093 0.095 0.045 0.024 0.011 0.005 22 V 0.027 0.032 0.033 0.092 0.136 0.169 0.204 0.132 0.093 0.052 0.027 23 C 0.004 0.009 0.023 0.030 0.040 0.065 0.128 0.170 0.210 0.196 0.126 24 F 0.011 0.030 0.070 0.129 0.147 0.128 0.181 0.118 0.091 0.065 0.030 25 M 0.005 0.009 0.034 0.027 0.028 0.038 0.104 0.135 0.212 0.242 0.168 26 H 0.012 0.016 0.035 0.061 0.067 0.082 0.178 0.146 0.172 0.135 0.096 27 R 0.013 0.018 0.038 0.077 0.081 0.114 0.201 0.154 0.145 0.102 0.057 28 Q 0.037 0.044 0.069 0.171 0.175 0.138 0.167 0.084 0.062 0.037 0.015 29 E 0.079 0.090 0.068 0.135 0.118 0.122 0.170 0.082 0.074 0.044 0.019 30 V 0.065 0.083 0.039 0.106 0.105 0.136 0.185 0.105 0.081 0.060 0.034 31 N 0.328 0.207 0.081 0.136 0.089 0.049 0.049 0.027 0.016 0.011 0.007 32 D 0.399 0.332 0.057 0.095 0.055 0.022 0.019 0.009 0.005 0.003 0.002 33 Q 0.528 0.249 0.030 0.078 0.056 0.022 0.019 0.009 0.005 0.002 0.002 34 N 0.529 0.134 0.035 0.110 0.073 0.048 0.039 0.017 0.009 0.004 0.003 35 R 0.045 0.074 0.064 0.193 0.201 0.174 0.134 0.054 0.034 0.018 0.010 36 V 0.009 0.020 0.024 0.076 0.094 0.175 0.259 0.165 0.099 0.050 0.031 37 V 0.004 0.011 0.030 0.047 0.068 0.105 0.162 0.155 0.160 0.157 0.101 38 V 0.001 0.002 0.008 0.009 0.015 0.031 0.078 0.203 0.215 0.246 0.193 39 A 0.003 0.011 0.042 0.067 0.076 0.101 0.149 0.134 0.148 0.176 0.092 40 M 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.008 0.034 0.122 0.213 0.326 0.285 41 S 0.004 0.008 0.020 0.040 0.042 0.059 0.134 0.151 0.205 0.196 0.141 42 V 0.001 0.002 0.005 0.007 0.007 0.015 0.053 0.092 0.228 0.300 0.290 43 V 0.006 0.014 0.024 0.061 0.067 0.119 0.214 0.144 0.168 0.102 0.080 44 L 0.013 0.023 0.033 0.069 0.079 0.112 0.201 0.160 0.138 0.108 0.064 45 N 0.044 0.069 0.041 0.130 0.132 0.148 0.171 0.106 0.070 0.057 0.033 46 A 0.275 0.196 0.065 0.149 0.111 0.061 0.059 0.036 0.022 0.016 0.010 47 D 0.576 0.227 0.034 0.076 0.041 0.016 0.013 0.008 0.005 0.003 0.002 48 G 0.409 0.109 0.033 0.097 0.077 0.069 0.074 0.046 0.039 0.028 0.019 49 V 0.168 0.142 0.051 0.157 0.126 0.098 0.097 0.053 0.051 0.036 0.022 50 V 0.039 0.046 0.029 0.088 0.082 0.151 0.198 0.126 0.116 0.068 0.058 51 S 0.184 0.173 0.070 0.173 0.138 0.093 0.073 0.037 0.029 0.018 0.013 52 G 0.057 0.037 0.022 0.060 0.072 0.098 0.153 0.149 0.145 0.112 0.096 53 N 0.077 0.093 0.050 0.186 0.177 0.125 0.110 0.062 0.055 0.038 0.026 54 L 0.004 0.004 0.006 0.012 0.013 0.025 0.072 0.146 0.228 0.242 0.247 55 T 0.032 0.053 0.049 0.137 0.154 0.117 0.145 0.100 0.089 0.073 0.051 56 V 0.004 0.006 0.008 0.015 0.017 0.029 0.074 0.139 0.224 0.252 0.233 57 P 0.036 0.044 0.034 0.090 0.092 0.108 0.150 0.116 0.127 0.119 0.083 58 F 0.012 0.011 0.012 0.028 0.033 0.050 0.118 0.160 0.198 0.220 0.159 59 G 0.065 0.067 0.033 0.147 0.139 0.141 0.133 0.092 0.084 0.059 0.041 60 I 0.018 0.017 0.017 0.039 0.049 0.071 0.141 0.130 0.196 0.178 0.144 61 L 0.042 0.086 0.040 0.119 0.116 0.110 0.138 0.103 0.095 0.086 0.064 62 V 0.007 0.009 0.011 0.034 0.034 0.062 0.117 0.146 0.170 0.180 0.230 63 S 0.176 0.263 0.082 0.204 0.133 0.053 0.032 0.020 0.015 0.013 0.008 64 K 0.267 0.271 0.052 0.155 0.103 0.063 0.048 0.017 0.011 0.008 0.005 65 P 0.368 0.173 0.031 0.168 0.113 0.064 0.036 0.018 0.014 0.009 0.006 66 V 0.008 0.009 0.007 0.019 0.025 0.053 0.113 0.181 0.205 0.205 0.176 67 R 0.033 0.157 0.063 0.360 0.231 0.076 0.047 0.018 0.009 0.005 0.002 68 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.010 0.038 0.089 0.229 0.288 0.331 69 Q 0.048 0.139 0.056 0.334 0.278 0.066 0.041 0.015 0.011 0.008 0.003 70 V 0.003 0.005 0.005 0.011 0.010 0.019 0.056 0.094 0.202 0.279 0.314 71 D 0.041 0.158 0.042 0.216 0.206 0.110 0.098 0.048 0.038 0.026 0.017 72 E 0.216 0.448 0.054 0.116 0.073 0.029 0.029 0.017 0.009 0.006 0.003 73 G 0.703 0.116 0.019 0.069 0.042 0.021 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 74 K 0.262 0.219 0.047 0.181 0.130 0.064 0.047 0.022 0.015 0.009 0.004 75 A 0.072 0.068 0.035 0.144 0.116 0.123 0.180 0.105 0.083 0.044 0.030 76 V 0.053 0.084 0.068 0.154 0.165 0.137 0.146 0.074 0.059 0.039 0.022 77 I 0.012 0.031 0.051 0.103 0.098 0.166 0.175 0.135 0.111 0.072 0.047 78 E 0.142 0.140 0.123 0.275 0.152 0.072 0.049 0.019 0.014 0.010 0.005 79 T 0.016 0.012 0.013 0.026 0.034 0.055 0.120 0.193 0.194 0.176 0.160 80 G 0.158 0.191 0.074 0.220 0.148 0.073 0.058 0.028 0.024 0.017 0.009 81 I 0.014 0.010 0.015 0.027 0.023 0.040 0.097 0.109 0.215 0.243 0.207 82 R 0.048 0.076 0.059 0.189 0.182 0.133 0.132 0.070 0.058 0.034 0.019 83 T 0.063 0.077 0.049 0.117 0.097 0.101 0.151 0.096 0.106 0.079 0.062 84 C 0.031 0.025 0.017 0.044 0.048 0.074 0.134 0.141 0.158 0.150 0.179 85 V 0.173 0.169 0.059 0.184 0.125 0.091 0.083 0.044 0.033 0.023 0.016 86 P 0.240 0.140 0.049 0.155 0.115 0.081 0.075 0.048 0.043 0.031 0.022 87 A 0.149 0.120 0.036 0.159 0.158 0.122 0.111 0.056 0.045 0.028 0.016 88 G 0.087 0.085 0.031 0.128 0.128 0.122 0.148 0.094 0.082 0.052 0.043 89 C 0.005 0.008 0.009 0.020 0.025 0.044 0.110 0.168 0.218 0.211 0.184 90 I 0.012 0.026 0.032 0.066 0.061 0.070 0.147 0.144 0.155 0.154 0.134 91 V 0.003 0.005 0.009 0.022 0.024 0.046 0.117 0.162 0.210 0.220 0.182 92 P 0.075 0.104 0.065 0.243 0.173 0.105 0.093 0.047 0.047 0.030 0.019 93 I 0.015 0.012 0.010 0.030 0.044 0.075 0.160 0.144 0.199 0.175 0.137 94 V 0.114 0.150 0.060 0.206 0.167 0.090 0.090 0.045 0.034 0.028 0.016 95 F 0.007 0.019 0.014 0.040 0.047 0.070 0.155 0.187 0.171 0.159 0.130 96 D 0.055 0.421 0.076 0.155 0.129 0.053 0.052 0.026 0.016 0.011 0.005 97 K 0.594 0.171 0.044 0.088 0.051 0.023 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 98 N 0.617 0.112 0.059 0.117 0.043 0.027 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 99 Y 0.002 0.011 0.012 0.045 0.061 0.084 0.205 0.201 0.189 0.116 0.073 100 V 0.001 0.003 0.013 0.024 0.039 0.094 0.220 0.201 0.178 0.143 0.085 101 A 0.010 0.023 0.498 0.242 0.132 0.054 0.026 0.008 0.004 0.003 0.001 102 A 0.002 0.013 0.113 0.102 0.115 0.194 0.233 0.107 0.071 0.035 0.017 103 L 0.001 0.002 0.006 0.006 0.007 0.013 0.071 0.115 0.243 0.287 0.249 104 R 0.009 0.019 0.136 0.138 0.205 0.149 0.176 0.081 0.044 0.032 0.010 105 A 0.019 0.115 0.435 0.209 0.100 0.059 0.039 0.011 0.007 0.005 0.002 106 G 0.068 0.033 0.029 0.060 0.075 0.138 0.245 0.142 0.103 0.064 0.046 107 K 0.332 0.198 0.077 0.136 0.084 0.056 0.057 0.025 0.018 0.012 0.005 108 H 0.116 0.168 0.088 0.310 0.172 0.082 0.037 0.013 0.007 0.003 0.002 109 L 0.002 0.002 0.004 0.005 0.008 0.019 0.059 0.140 0.225 0.246 0.290 110 K 0.026 0.088 0.067 0.293 0.278 0.111 0.081 0.026 0.017 0.010 0.004 111 L 0.001 0.003 0.010 0.007 0.007 0.015 0.040 0.087 0.212 0.313 0.305 112 A 0.025 0.049 0.074 0.218 0.200 0.133 0.138 0.060 0.048 0.036 0.018 113 M 0.004 0.006 0.009 0.014 0.012 0.019 0.066 0.135 0.217 0.255 0.263 114 T 0.031 0.051 0.039 0.146 0.144 0.135 0.147 0.091 0.096 0.074 0.046 115 I 0.107 0.103 0.072 0.163 0.137 0.101 0.122 0.068 0.059 0.044 0.024 116 A 0.054 0.048 0.027 0.108 0.100 0.124 0.165 0.108 0.117 0.082 0.067 117 A 0.227 0.235 0.047 0.130 0.102 0.064 0.071 0.040 0.037 0.026 0.020 118 P 0.376 0.310 0.041 0.107 0.072 0.029 0.028 0.017 0.010 0.006 0.004 119 G 0.540 0.128 0.029 0.087 0.065 0.048 0.040 0.027 0.017 0.011 0.007 120 E 0.242 0.204 0.048 0.159 0.115 0.073 0.070 0.036 0.026 0.017 0.009 121 P 0.228 0.118 0.035 0.114 0.098 0.088 0.118 0.088 0.058 0.033 0.021 122 P 0.110 0.069 0.042 0.100 0.093 0.125 0.150 0.095 0.093 0.073 0.050 123 L 0.067 0.066 0.049 0.141 0.120 0.124 0.141 0.093 0.086 0.066 0.048 124 N 0.089 0.079 0.039 0.103 0.103 0.124 0.162 0.104 0.090 0.061 0.046 125 D 0.192 0.166 0.063 0.192 0.147 0.083 0.057 0.033 0.031 0.023 0.013 126 L 0.033 0.020 0.016 0.037 0.047 0.080 0.144 0.162 0.177 0.153 0.132 127 F 0.046 0.082 0.053 0.237 0.202 0.140 0.110 0.050 0.039 0.026 0.015 128 V 0.007 0.009 0.013 0.019 0.022 0.034 0.094 0.161 0.215 0.230 0.195 129 Q 0.025 0.087 0.068 0.213 0.207 0.114 0.116 0.069 0.050 0.035 0.017 130 L 0.007 0.007 0.012 0.024 0.026 0.052 0.103 0.133 0.214 0.220 0.203 131 N 0.171 0.150 0.109 0.255 0.163 0.065 0.044 0.017 0.012 0.010 0.004 132 G 0.037 0.082 0.051 0.159 0.144 0.138 0.167 0.089 0.070 0.043 0.019 133 F 0.002 0.003 0.005 0.008 0.011 0.017 0.056 0.106 0.225 0.274 0.295 134 S 0.032 0.046 0.082 0.196 0.180 0.191 0.159 0.050 0.033 0.022 0.008 135 N 0.032 0.073 0.254 0.276 0.177 0.076 0.057 0.029 0.015 0.009 0.003 136 A 0.001 0.004 0.008 0.011 0.013 0.033 0.130 0.164 0.233 0.230 0.174 137 L 0.002 0.003 0.012 0.019 0.023 0.061 0.200 0.195 0.212 0.156 0.118 138 N 0.054 0.040 0.556 0.186 0.070 0.047 0.024 0.011 0.005 0.005 0.001 139 R 0.006 0.026 0.129 0.193 0.201 0.219 0.169 0.033 0.015 0.007 0.002 140 L 0.001 0.002 0.004 0.003 0.004 0.009 0.050 0.127 0.242 0.297 0.261 141 I 0.034 0.037 0.175 0.175 0.185 0.164 0.139 0.051 0.021 0.015 0.004 142 A 0.042 0.047 0.742 0.103 0.036 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 143 L 0.017 0.035 0.051 0.060 0.068 0.156 0.286 0.141 0.098 0.062 0.027 144 Q 0.044 0.040 0.042 0.051 0.061 0.118 0.226 0.175 0.120 0.084 0.039 145 K 0.439 0.114 0.321 0.080 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.002 0.001