# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.026 0.004 0.001 0.017 0.018 0.031 0.086 0.001 0.001 0.002 0.814 2 S 0.023 0.003 0.001 0.018 0.015 0.025 0.110 0.001 0.001 0.004 0.801 3 L 0.082 0.008 0.003 0.050 0.034 0.069 0.109 0.001 0.001 0.004 0.640 4 T 0.041 0.024 0.001 0.074 0.054 0.093 0.202 0.001 0.001 0.009 0.501 5 E 0.080 0.039 0.002 0.073 0.079 0.100 0.125 0.002 0.001 0.009 0.491 6 T 0.062 0.057 0.003 0.055 0.060 0.079 0.120 0.004 0.001 0.003 0.559 7 Y 0.081 0.029 0.002 0.049 0.096 0.177 0.063 0.002 0.001 0.006 0.495 8 G 0.061 0.021 0.005 0.038 0.078 0.112 0.100 0.004 0.001 0.012 0.568 9 L 0.197 0.011 0.015 0.043 0.088 0.105 0.098 0.002 0.001 0.007 0.435 10 W 0.039 0.008 0.002 0.052 0.306 0.292 0.063 0.001 0.001 0.003 0.235 11 S 0.015 0.005 0.001 0.051 0.266 0.467 0.052 0.001 0.001 0.002 0.140 12 I 0.022 0.006 0.001 0.069 0.341 0.466 0.015 0.001 0.001 0.002 0.077 13 N 0.006 0.005 0.001 0.042 0.386 0.491 0.021 0.001 0.001 0.001 0.047 14 C 0.002 0.004 0.001 0.020 0.360 0.550 0.010 0.001 0.001 0.001 0.053 15 G 0.003 0.005 0.001 0.019 0.254 0.599 0.025 0.001 0.001 0.001 0.094 16 I 0.015 0.009 0.001 0.017 0.327 0.462 0.033 0.001 0.001 0.002 0.135 17 Q 0.010 0.018 0.001 0.011 0.200 0.307 0.081 0.001 0.001 0.002 0.370 18 E 0.028 0.011 0.001 0.007 0.058 0.126 0.104 0.002 0.001 0.006 0.656 19 G 0.244 0.015 0.005 0.014 0.047 0.095 0.079 0.003 0.001 0.038 0.460 20 K 0.255 0.007 0.016 0.011 0.023 0.031 0.139 0.002 0.001 0.009 0.508 21 K 0.049 0.003 0.004 0.014 0.047 0.045 0.096 0.001 0.001 0.003 0.738 22 V 0.032 0.003 0.002 0.039 0.141 0.249 0.060 0.001 0.001 0.001 0.473 23 C 0.013 0.003 0.001 0.064 0.297 0.493 0.020 0.001 0.001 0.001 0.108 24 F 0.007 0.003 0.001 0.075 0.370 0.478 0.013 0.001 0.001 0.001 0.053 25 M 0.003 0.005 0.001 0.074 0.386 0.444 0.012 0.001 0.001 0.001 0.073 26 H 0.002 0.005 0.001 0.061 0.332 0.565 0.010 0.001 0.001 0.002 0.024 27 R 0.005 0.011 0.001 0.040 0.273 0.551 0.029 0.001 0.001 0.002 0.088 28 Q 0.017 0.017 0.001 0.046 0.269 0.431 0.045 0.001 0.001 0.003 0.170 29 E 0.017 0.017 0.002 0.020 0.136 0.236 0.054 0.002 0.001 0.002 0.514 30 V 0.033 0.030 0.004 0.024 0.168 0.361 0.076 0.003 0.001 0.003 0.298 31 N 0.071 0.039 0.002 0.019 0.171 0.240 0.067 0.002 0.001 0.006 0.380 32 D 0.042 0.016 0.001 0.009 0.025 0.045 0.060 0.004 0.001 0.009 0.789 33 Q 0.103 0.020 0.006 0.010 0.020 0.037 0.368 0.003 0.001 0.013 0.420 34 N 0.444 0.015 0.006 0.013 0.020 0.028 0.087 0.004 0.001 0.092 0.292 35 R 0.340 0.012 0.071 0.029 0.048 0.044 0.204 0.002 0.001 0.011 0.237 36 V 0.019 0.002 0.003 0.030 0.047 0.049 0.085 0.001 0.001 0.001 0.765 37 V 0.008 0.001 0.001 0.065 0.268 0.565 0.015 0.001 0.001 0.001 0.077 38 V 0.004 0.001 0.001 0.086 0.373 0.478 0.008 0.001 0.001 0.001 0.049 39 A 0.002 0.001 0.001 0.093 0.362 0.511 0.005 0.001 0.001 0.001 0.025 40 M 0.001 0.001 0.001 0.060 0.408 0.517 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 41 S 0.001 0.001 0.001 0.067 0.367 0.556 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 42 V 0.001 0.001 0.001 0.035 0.383 0.554 0.005 0.001 0.001 0.001 0.022 43 V 0.001 0.001 0.001 0.024 0.336 0.624 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 44 L 0.001 0.001 0.001 0.013 0.388 0.489 0.017 0.001 0.001 0.001 0.090 45 N 0.004 0.001 0.001 0.009 0.288 0.607 0.017 0.001 0.001 0.001 0.074 46 A 0.002 0.001 0.001 0.003 0.018 0.050 0.048 0.001 0.001 0.001 0.878 47 D 0.010 0.001 0.001 0.005 0.014 0.028 0.467 0.001 0.001 0.008 0.467 48 G 0.552 0.002 0.001 0.009 0.015 0.023 0.082 0.001 0.001 0.082 0.232 49 V 0.109 0.002 0.005 0.007 0.009 0.009 0.176 0.001 0.001 0.003 0.679 50 V 0.027 0.001 0.002 0.016 0.116 0.139 0.096 0.001 0.001 0.002 0.601 51 S 0.019 0.001 0.001 0.025 0.229 0.576 0.023 0.001 0.001 0.001 0.126 52 G 0.019 0.002 0.001 0.033 0.298 0.468 0.028 0.001 0.001 0.001 0.151 53 N 0.020 0.002 0.001 0.096 0.424 0.373 0.021 0.001 0.001 0.001 0.062 54 L 0.002 0.001 0.001 0.058 0.419 0.420 0.013 0.001 0.001 0.001 0.087 55 T 0.001 0.001 0.001 0.119 0.169 0.662 0.007 0.001 0.001 0.002 0.039 56 V 0.006 0.001 0.001 0.129 0.346 0.433 0.018 0.001 0.001 0.002 0.066 57 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.012 0.019 0.001 0.001 0.001 0.958 58 F 0.002 0.001 0.001 0.051 0.197 0.464 0.038 0.001 0.001 0.001 0.246 59 G 0.033 0.002 0.001 0.035 0.045 0.076 0.105 0.001 0.001 0.014 0.689 60 I 0.371 0.003 0.002 0.046 0.125 0.133 0.050 0.001 0.001 0.009 0.261 61 L 0.024 0.004 0.001 0.027 0.053 0.076 0.105 0.001 0.001 0.002 0.707 62 V 0.045 0.007 0.001 0.070 0.155 0.297 0.072 0.001 0.001 0.004 0.350 63 S 0.018 0.004 0.001 0.022 0.035 0.055 0.087 0.001 0.001 0.003 0.775 64 K 0.020 0.001 0.001 0.023 0.033 0.042 0.051 0.001 0.001 0.004 0.826 65 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.958 66 V 0.071 0.001 0.001 0.146 0.190 0.267 0.091 0.001 0.001 0.005 0.228 67 R 0.053 0.002 0.001 0.264 0.114 0.141 0.049 0.001 0.001 0.007 0.369 68 L 0.010 0.001 0.001 0.343 0.273 0.267 0.015 0.001 0.001 0.001 0.089 69 Q 0.010 0.001 0.001 0.292 0.205 0.391 0.014 0.001 0.001 0.001 0.086 70 V 0.004 0.001 0.001 0.218 0.250 0.339 0.036 0.001 0.001 0.002 0.149 71 D 0.005 0.001 0.001 0.155 0.158 0.266 0.114 0.001 0.001 0.003 0.297 72 E 0.005 0.001 0.001 0.055 0.044 0.086 0.164 0.001 0.001 0.008 0.636 73 G 0.019 0.002 0.001 0.028 0.019 0.040 0.493 0.001 0.001 0.026 0.371 74 K 0.354 0.003 0.002 0.015 0.014 0.020 0.285 0.001 0.001 0.028 0.278 75 A 0.056 0.008 0.002 0.014 0.034 0.039 0.130 0.001 0.001 0.005 0.711 76 V 0.034 0.011 0.004 0.028 0.093 0.244 0.099 0.001 0.001 0.003 0.485 77 I 0.055 0.024 0.002 0.045 0.229 0.300 0.066 0.001 0.001 0.003 0.275 78 E 0.033 0.042 0.001 0.032 0.158 0.218 0.081 0.002 0.001 0.002 0.431 79 T 0.052 0.051 0.002 0.049 0.236 0.308 0.039 0.002 0.001 0.003 0.257 80 G 0.026 0.016 0.002 0.047 0.086 0.159 0.093 0.002 0.001 0.004 0.565 81 I 0.064 0.019 0.010 0.103 0.095 0.159 0.081 0.001 0.001 0.005 0.461 82 R 0.040 0.035 0.002 0.157 0.180 0.211 0.082 0.001 0.001 0.007 0.286 83 T 0.030 0.033 0.002 0.072 0.071 0.091 0.078 0.002 0.001 0.003 0.617 84 C 0.076 0.052 0.005 0.134 0.073 0.203 0.040 0.004 0.001 0.004 0.408 85 V 0.106 0.014 0.003 0.110 0.100 0.150 0.082 0.002 0.001 0.005 0.428 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.988 87 A 0.019 0.004 0.001 0.041 0.055 0.122 0.146 0.001 0.001 0.002 0.609 88 G 0.251 0.015 0.002 0.065 0.058 0.054 0.059 0.001 0.001 0.055 0.440 89 C 0.145 0.016 0.014 0.109 0.170 0.159 0.091 0.001 0.001 0.008 0.286 90 I 0.046 0.008 0.004 0.163 0.098 0.216 0.079 0.001 0.001 0.006 0.380 91 V 0.030 0.007 0.001 0.193 0.257 0.356 0.032 0.001 0.001 0.003 0.120 92 P 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.013 0.001 0.001 0.001 0.976 93 I 0.008 0.006 0.001 0.161 0.145 0.354 0.043 0.001 0.001 0.001 0.281 94 V 0.037 0.014 0.001 0.057 0.043 0.059 0.095 0.001 0.001 0.004 0.691 95 F 0.108 0.023 0.006 0.056 0.048 0.094 0.144 0.001 0.001 0.010 0.510 96 D 0.065 0.043 0.003 0.038 0.016 0.057 0.213 0.001 0.001 0.005 0.560 97 K 0.011 0.012 0.001 0.006 0.002 0.004 0.039 0.001 0.001 0.006 0.920 98 N 0.012 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.535 0.001 0.001 0.007 0.421 99 Y 0.183 0.207 0.004 0.003 0.001 0.002 0.320 0.001 0.001 0.007 0.274 100 V 0.020 0.906 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 101 A 0.001 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 102 A 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 103 L 0.010 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 104 R 0.030 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.007 105 A 0.091 0.796 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.068 0.001 0.001 0.028 106 G 0.487 0.246 0.021 0.003 0.002 0.004 0.002 0.155 0.001 0.003 0.077 107 K 0.186 0.091 0.498 0.016 0.011 0.007 0.041 0.032 0.001 0.002 0.116 108 H 0.022 0.007 0.035 0.040 0.013 0.008 0.073 0.009 0.001 0.002 0.792 109 L 0.041 0.008 0.012 0.166 0.245 0.382 0.021 0.001 0.001 0.001 0.123 110 K 0.011 0.003 0.002 0.492 0.138 0.165 0.056 0.001 0.001 0.002 0.131 111 L 0.004 0.001 0.001 0.215 0.323 0.334 0.012 0.001 0.001 0.001 0.108 112 A 0.002 0.001 0.001 0.238 0.243 0.489 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 113 M 0.002 0.001 0.001 0.155 0.237 0.366 0.038 0.001 0.001 0.001 0.197 114 T 0.003 0.001 0.001 0.088 0.350 0.454 0.018 0.001 0.001 0.001 0.083 115 I 0.004 0.001 0.001 0.027 0.080 0.167 0.049 0.001 0.001 0.001 0.670 116 A 0.016 0.002 0.001 0.041 0.149 0.377 0.099 0.001 0.001 0.006 0.309 117 A 0.058 0.003 0.001 0.022 0.058 0.061 0.230 0.001 0.001 0.008 0.558 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.991 119 G 0.023 0.002 0.001 0.020 0.084 0.214 0.069 0.001 0.001 0.025 0.561 120 E 0.709 0.001 0.003 0.011 0.014 0.022 0.040 0.001 0.001 0.004 0.196 121 P 0.005 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.033 0.001 0.001 0.001 0.949 122 P 0.006 0.001 0.001 0.015 0.033 0.053 0.025 0.001 0.001 0.001 0.867 123 L 0.013 0.001 0.001 0.048 0.070 0.134 0.039 0.001 0.001 0.001 0.694 124 N 0.051 0.002 0.001 0.088 0.259 0.300 0.044 0.001 0.001 0.004 0.251 125 D 0.033 0.002 0.001 0.037 0.060 0.104 0.078 0.001 0.001 0.003 0.683 126 L 0.033 0.002 0.001 0.095 0.346 0.318 0.061 0.001 0.001 0.003 0.142 127 F 0.007 0.001 0.001 0.025 0.045 0.076 0.116 0.001 0.001 0.001 0.726 128 V 0.032 0.004 0.002 0.118 0.262 0.375 0.049 0.001 0.001 0.005 0.152 129 Q 0.005 0.001 0.001 0.018 0.027 0.047 0.121 0.001 0.001 0.001 0.779 130 L 0.018 0.006 0.001 0.075 0.057 0.162 0.094 0.001 0.001 0.003 0.583 131 N 0.013 0.020 0.001 0.030 0.013 0.021 0.364 0.001 0.001 0.013 0.525 132 G 0.132 0.018 0.002 0.016 0.004 0.007 0.245 0.001 0.001 0.045 0.530 133 F 0.125 0.266 0.035 0.033 0.005 0.015 0.182 0.002 0.001 0.006 0.331 134 S 0.024 0.195 0.004 0.020 0.007 0.017 0.072 0.001 0.001 0.008 0.653 135 N 0.015 0.262 0.004 0.004 0.002 0.003 0.128 0.001 0.001 0.003 0.578 136 A 0.037 0.795 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.143 137 L 0.013 0.926 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.055 138 N 0.010 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.039 139 R 0.014 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 140 L 0.010 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 141 I 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 142 A 0.010 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.024 143 L 0.078 0.853 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.034 144 Q 0.087 0.846 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.034 145 K 0.110 0.568 0.045 0.004 0.002 0.002 0.009 0.050 0.001 0.001 0.210