# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.003 0.020 0.018 0.023 0.040 0.003 0.883 2 S 0.009 0.003 0.014 0.017 0.024 0.040 0.002 0.891 3 L 0.031 0.003 0.020 0.022 0.046 0.054 0.003 0.821 4 T 0.036 0.010 0.029 0.045 0.084 0.138 0.004 0.653 5 E 0.086 0.022 0.036 0.057 0.092 0.160 0.011 0.536 6 T 0.082 0.032 0.020 0.034 0.050 0.198 0.011 0.574 7 Y 0.118 0.044 0.034 0.052 0.082 0.115 0.018 0.537 8 G 0.060 0.046 0.036 0.076 0.073 0.146 0.024 0.539 9 L 0.095 0.023 0.034 0.065 0.103 0.143 0.019 0.518 10 W 0.115 0.030 0.042 0.156 0.269 0.121 0.011 0.255 11 S 0.073 0.015 0.033 0.263 0.439 0.073 0.005 0.098 12 I 0.013 0.014 0.032 0.339 0.404 0.028 0.003 0.169 13 N 0.009 0.014 0.023 0.356 0.527 0.020 0.002 0.049 14 C 0.013 0.012 0.019 0.426 0.448 0.014 0.003 0.065 15 G 0.015 0.011 0.017 0.304 0.460 0.032 0.004 0.159 16 I 0.025 0.009 0.020 0.183 0.446 0.051 0.004 0.262 17 Q 0.019 0.017 0.012 0.099 0.198 0.114 0.007 0.533 18 E 0.035 0.018 0.007 0.035 0.053 0.104 0.016 0.732 19 G 0.129 0.022 0.010 0.028 0.025 0.081 0.058 0.647 20 K 0.319 0.009 0.023 0.025 0.023 0.150 0.051 0.400 21 K 0.068 0.008 0.057 0.066 0.060 0.183 0.015 0.544 22 V 0.035 0.005 0.054 0.091 0.204 0.123 0.005 0.484 23 C 0.019 0.006 0.098 0.299 0.375 0.053 0.002 0.148 24 F 0.012 0.004 0.105 0.291 0.400 0.039 0.002 0.147 25 M 0.006 0.005 0.080 0.273 0.416 0.029 0.001 0.190 26 H 0.005 0.004 0.043 0.308 0.580 0.023 0.002 0.035 27 R 0.012 0.007 0.021 0.277 0.531 0.039 0.002 0.111 28 Q 0.013 0.009 0.036 0.302 0.424 0.041 0.005 0.170 29 E 0.020 0.008 0.018 0.203 0.278 0.063 0.004 0.406 30 V 0.027 0.017 0.018 0.217 0.324 0.052 0.005 0.340 31 N 0.021 0.020 0.014 0.133 0.300 0.067 0.008 0.436 32 D 0.052 0.021 0.010 0.041 0.077 0.094 0.018 0.687 33 Q 0.083 0.018 0.005 0.018 0.019 0.333 0.039 0.484 34 N 0.300 0.024 0.013 0.038 0.016 0.092 0.173 0.343 35 R 0.344 0.008 0.071 0.055 0.063 0.253 0.027 0.179 36 V 0.014 0.001 0.035 0.117 0.126 0.088 0.004 0.614 37 V 0.015 0.001 0.046 0.268 0.557 0.052 0.002 0.059 38 V 0.006 0.001 0.057 0.397 0.436 0.023 0.001 0.079 39 A 0.001 0.001 0.058 0.376 0.539 0.009 0.001 0.018 40 M 0.001 0.001 0.041 0.299 0.634 0.007 0.001 0.016 41 S 0.001 0.001 0.076 0.450 0.466 0.003 0.001 0.004 42 V 0.001 0.001 0.029 0.346 0.564 0.011 0.001 0.049 43 V 0.001 0.001 0.091 0.325 0.560 0.006 0.001 0.017 44 L 0.004 0.001 0.037 0.327 0.456 0.029 0.001 0.145 45 N 0.005 0.002 0.032 0.210 0.563 0.028 0.003 0.157 46 A 0.006 0.001 0.009 0.022 0.064 0.052 0.003 0.842 47 D 0.026 0.003 0.006 0.021 0.025 0.230 0.022 0.668 48 G 0.551 0.003 0.006 0.016 0.007 0.048 0.093 0.276 49 V 0.256 0.003 0.088 0.029 0.042 0.275 0.013 0.294 50 V 0.006 0.001 0.041 0.088 0.093 0.062 0.002 0.706 51 S 0.010 0.002 0.072 0.181 0.374 0.064 0.002 0.296 52 G 0.017 0.002 0.149 0.218 0.324 0.056 0.004 0.230 53 N 0.021 0.002 0.241 0.204 0.279 0.052 0.002 0.199 54 L 0.006 0.001 0.199 0.279 0.344 0.023 0.002 0.145 55 T 0.006 0.003 0.231 0.169 0.351 0.031 0.003 0.207 56 V 0.007 0.002 0.336 0.205 0.265 0.032 0.003 0.150 57 P 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.004 0.001 0.982 58 F 0.006 0.002 0.083 0.097 0.362 0.105 0.004 0.342 59 G 0.116 0.006 0.041 0.060 0.089 0.100 0.012 0.575 60 I 0.141 0.013 0.124 0.155 0.149 0.087 0.015 0.317 61 L 0.099 0.011 0.037 0.123 0.152 0.130 0.009 0.439 62 V 0.130 0.014 0.069 0.111 0.268 0.067 0.011 0.329 63 S 0.024 0.016 0.043 0.106 0.166 0.118 0.017 0.509 64 K 0.051 0.007 0.036 0.075 0.084 0.077 0.021 0.650 65 P 0.002 0.001 0.003 0.004 0.004 0.010 0.001 0.976 66 V 0.086 0.001 0.120 0.171 0.258 0.137 0.013 0.214 67 R 0.019 0.001 0.117 0.185 0.162 0.042 0.002 0.473 68 L 0.004 0.001 0.126 0.264 0.428 0.016 0.001 0.161 69 Q 0.007 0.001 0.212 0.272 0.323 0.025 0.001 0.159 70 V 0.005 0.001 0.148 0.198 0.260 0.029 0.001 0.357 71 D 0.003 0.002 0.093 0.186 0.378 0.078 0.001 0.259 72 E 0.009 0.002 0.026 0.034 0.094 0.074 0.003 0.758 73 G 0.031 0.003 0.015 0.015 0.032 0.461 0.013 0.430 74 K 0.393 0.003 0.012 0.014 0.014 0.280 0.024 0.259 75 A 0.036 0.018 0.036 0.032 0.025 0.102 0.006 0.745 76 V 0.032 0.013 0.054 0.063 0.183 0.146 0.009 0.499 77 I 0.050 0.031 0.091 0.169 0.220 0.084 0.007 0.348 78 E 0.027 0.028 0.061 0.121 0.237 0.063 0.009 0.455 79 T 0.048 0.027 0.089 0.159 0.253 0.060 0.010 0.354 80 G 0.059 0.016 0.067 0.141 0.180 0.083 0.017 0.436 81 I 0.036 0.013 0.089 0.120 0.172 0.085 0.006 0.478 82 R 0.035 0.020 0.100 0.262 0.311 0.069 0.006 0.198 83 T 0.034 0.014 0.064 0.123 0.201 0.053 0.009 0.502 84 C 0.043 0.020 0.151 0.170 0.259 0.044 0.015 0.298 85 V 0.025 0.017 0.106 0.172 0.199 0.077 0.007 0.396 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 87 A 0.018 0.008 0.042 0.067 0.127 0.138 0.012 0.588 88 G 0.423 0.008 0.036 0.032 0.022 0.048 0.037 0.396 89 C 0.239 0.008 0.295 0.110 0.110 0.056 0.017 0.165 90 I 0.055 0.008 0.127 0.086 0.163 0.061 0.006 0.493 91 V 0.033 0.004 0.258 0.190 0.299 0.035 0.003 0.179 92 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.992 93 I 0.011 0.004 0.078 0.078 0.282 0.089 0.004 0.455 94 V 0.094 0.014 0.060 0.088 0.084 0.085 0.008 0.567 95 F 0.135 0.021 0.046 0.043 0.077 0.153 0.008 0.517 96 D 0.106 0.021 0.036 0.013 0.049 0.253 0.007 0.514 97 K 0.022 0.025 0.007 0.002 0.007 0.038 0.002 0.898 98 N 0.012 0.039 0.002 0.001 0.002 0.282 0.003 0.661 99 Y 0.054 0.225 0.002 0.001 0.003 0.347 0.007 0.362 100 V 0.005 0.955 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.033 101 A 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 102 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 103 L 0.024 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 104 R 0.038 0.942 0.002 0.002 0.002 0.001 0.008 0.006 105 A 0.025 0.907 0.006 0.004 0.002 0.002 0.027 0.027 106 G 0.322 0.267 0.018 0.010 0.007 0.005 0.289 0.081 107 K 0.324 0.080 0.154 0.035 0.015 0.037 0.130 0.224 108 H 0.021 0.010 0.168 0.044 0.037 0.069 0.020 0.630 109 L 0.065 0.004 0.274 0.202 0.256 0.078 0.007 0.113 110 K 0.011 0.001 0.292 0.298 0.257 0.028 0.002 0.110 111 L 0.002 0.001 0.294 0.326 0.311 0.009 0.001 0.057 112 A 0.001 0.001 0.299 0.324 0.342 0.006 0.001 0.027 113 M 0.001 0.001 0.092 0.304 0.481 0.011 0.001 0.111 114 T 0.001 0.001 0.139 0.260 0.515 0.014 0.001 0.070 115 I 0.003 0.001 0.058 0.177 0.290 0.041 0.002 0.429 116 A 0.016 0.002 0.075 0.128 0.353 0.057 0.006 0.363 117 A 0.030 0.002 0.027 0.076 0.126 0.208 0.005 0.525 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 119 G 0.051 0.005 0.014 0.037 0.058 0.115 0.036 0.683 120 E 0.700 0.002 0.019 0.013 0.016 0.060 0.015 0.176 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 122 P 0.001 0.001 0.006 0.010 0.026 0.012 0.001 0.945 123 L 0.038 0.002 0.091 0.094 0.147 0.057 0.002 0.568 124 N 0.050 0.006 0.121 0.160 0.233 0.064 0.005 0.361 125 D 0.032 0.006 0.088 0.066 0.108 0.063 0.003 0.634 126 L 0.063 0.011 0.285 0.152 0.171 0.101 0.006 0.211 127 F 0.038 0.006 0.075 0.039 0.089 0.132 0.006 0.615 128 V 0.033 0.017 0.336 0.109 0.178 0.063 0.006 0.259 129 Q 0.011 0.043 0.103 0.058 0.091 0.129 0.004 0.560 130 L 0.096 0.076 0.116 0.035 0.132 0.106 0.015 0.423 131 N 0.131 0.099 0.085 0.028 0.038 0.230 0.019 0.370 132 G 0.367 0.026 0.019 0.007 0.010 0.156 0.038 0.377 133 F 0.287 0.142 0.162 0.011 0.022 0.099 0.016 0.261 134 S 0.024 0.161 0.039 0.006 0.030 0.217 0.009 0.514 135 N 0.045 0.248 0.008 0.002 0.009 0.149 0.005 0.533 136 A 0.040 0.665 0.003 0.001 0.003 0.107 0.004 0.178 137 L 0.034 0.876 0.003 0.001 0.002 0.012 0.005 0.068 138 N 0.036 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.054 139 R 0.067 0.834 0.008 0.001 0.001 0.003 0.015 0.071 140 L 0.034 0.878 0.009 0.001 0.003 0.003 0.009 0.062 141 I 0.013 0.841 0.010 0.002 0.008 0.011 0.005 0.109 142 A 0.017 0.854 0.005 0.001 0.002 0.017 0.006 0.097 143 L 0.056 0.878 0.007 0.001 0.001 0.007 0.013 0.037 144 Q 0.089 0.833 0.011 0.002 0.001 0.004 0.022 0.038 145 K 0.095 0.608 0.070 0.011 0.008 0.020 0.039 0.151