# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.208 0.171 0.265 0.102 0.130 0.032 0.034 0.018 0.018 0.021 0.001 2 S 0.160 0.248 0.288 0.097 0.108 0.042 0.024 0.005 0.022 0.006 0.001 3 L 0.268 0.254 0.298 0.072 0.036 0.039 0.007 0.001 0.022 0.001 0.002 4 T 0.262 0.328 0.237 0.070 0.055 0.026 0.006 0.001 0.013 0.002 0.001 5 E 0.274 0.275 0.248 0.059 0.071 0.035 0.011 0.004 0.018 0.004 0.001 6 T 0.258 0.368 0.199 0.075 0.036 0.029 0.010 0.001 0.022 0.002 0.001 7 Y 0.143 0.170 0.196 0.250 0.072 0.036 0.090 0.006 0.032 0.003 0.001 8 G 0.025 0.009 0.032 0.015 0.080 0.006 0.111 0.530 0.003 0.188 0.001 9 L 0.159 0.235 0.389 0.094 0.050 0.034 0.013 0.002 0.021 0.002 0.001 10 W 0.145 0.368 0.251 0.075 0.071 0.045 0.019 0.004 0.017 0.003 0.001 11 S 0.043 0.692 0.111 0.026 0.094 0.018 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 12 I 0.026 0.789 0.097 0.009 0.058 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 13 N 0.068 0.433 0.248 0.036 0.052 0.092 0.007 0.001 0.061 0.001 0.001 14 C 0.100 0.409 0.214 0.081 0.120 0.029 0.015 0.002 0.028 0.003 0.001 15 G 0.171 0.163 0.235 0.056 0.169 0.062 0.044 0.042 0.019 0.039 0.001 16 I 0.132 0.404 0.313 0.051 0.043 0.024 0.005 0.001 0.024 0.002 0.001 17 Q 0.268 0.146 0.307 0.101 0.052 0.047 0.027 0.007 0.031 0.012 0.002 18 E 0.189 0.060 0.250 0.352 0.028 0.021 0.073 0.007 0.012 0.005 0.002 19 G 0.018 0.003 0.015 0.011 0.040 0.003 0.090 0.639 0.003 0.177 0.001 20 K 0.166 0.109 0.510 0.100 0.045 0.023 0.020 0.005 0.013 0.007 0.002 21 K 0.156 0.225 0.408 0.064 0.033 0.070 0.020 0.004 0.013 0.003 0.004 22 V 0.180 0.441 0.243 0.039 0.034 0.034 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 23 C 0.167 0.437 0.201 0.032 0.108 0.028 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 24 F 0.201 0.390 0.181 0.038 0.068 0.085 0.007 0.001 0.028 0.001 0.001 25 M 0.271 0.430 0.166 0.036 0.032 0.040 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 26 H 0.261 0.384 0.127 0.104 0.073 0.027 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 27 R 0.110 0.499 0.136 0.061 0.130 0.023 0.013 0.002 0.025 0.001 0.001 28 Q 0.076 0.546 0.229 0.020 0.084 0.020 0.006 0.001 0.017 0.001 0.001 29 E 0.222 0.159 0.442 0.042 0.018 0.084 0.007 0.001 0.024 0.001 0.002 30 V 0.218 0.446 0.191 0.066 0.030 0.024 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 31 N 0.296 0.129 0.197 0.140 0.069 0.068 0.050 0.009 0.035 0.006 0.001 32 D 0.424 0.066 0.092 0.228 0.034 0.029 0.060 0.041 0.011 0.015 0.001 33 Q 0.184 0.078 0.093 0.477 0.018 0.014 0.111 0.009 0.010 0.004 0.001 34 N 0.030 0.022 0.040 0.086 0.035 0.016 0.482 0.255 0.012 0.023 0.001 35 R 0.018 0.432 0.414 0.032 0.040 0.012 0.023 0.002 0.025 0.002 0.001 36 V 0.024 0.252 0.630 0.016 0.014 0.042 0.005 0.001 0.013 0.001 0.005 37 V 0.012 0.693 0.220 0.008 0.040 0.014 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 38 V 0.004 0.824 0.077 0.003 0.079 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 39 A 0.002 0.853 0.077 0.002 0.046 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 M 0.001 0.933 0.014 0.001 0.048 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 41 S 0.001 0.911 0.030 0.001 0.051 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 42 V 0.003 0.828 0.086 0.002 0.031 0.033 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 43 V 0.007 0.802 0.088 0.005 0.062 0.015 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 44 L 0.021 0.544 0.253 0.025 0.058 0.063 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 45 N 0.020 0.176 0.515 0.014 0.062 0.060 0.012 0.002 0.131 0.008 0.001 46 A 0.738 0.020 0.143 0.055 0.010 0.012 0.006 0.004 0.002 0.005 0.007 47 D 0.047 0.018 0.041 0.656 0.012 0.009 0.194 0.011 0.010 0.002 0.001 48 G 0.014 0.004 0.014 0.013 0.030 0.003 0.123 0.705 0.003 0.090 0.001 49 V 0.129 0.184 0.535 0.087 0.024 0.018 0.009 0.001 0.009 0.003 0.001 50 V 0.101 0.456 0.332 0.050 0.027 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 51 S 0.082 0.440 0.187 0.117 0.108 0.019 0.024 0.001 0.019 0.001 0.001 52 G 0.016 0.157 0.104 0.021 0.402 0.013 0.073 0.155 0.018 0.041 0.001 53 N 0.013 0.689 0.228 0.007 0.034 0.012 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 54 L 0.012 0.598 0.316 0.006 0.013 0.036 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 55 T 0.024 0.622 0.212 0.019 0.035 0.063 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 56 V 0.010 0.523 0.234 0.002 0.083 0.016 0.001 0.001 0.128 0.001 0.001 57 P 0.138 0.012 0.769 0.012 0.004 0.027 0.002 0.001 0.007 0.001 0.027 58 F 0.258 0.111 0.228 0.281 0.044 0.014 0.041 0.009 0.010 0.003 0.002 59 G 0.026 0.020 0.049 0.018 0.135 0.011 0.072 0.523 0.008 0.138 0.001 60 I 0.029 0.640 0.225 0.018 0.060 0.011 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 61 L 0.050 0.174 0.583 0.029 0.013 0.100 0.007 0.001 0.031 0.001 0.011 62 V 0.056 0.403 0.384 0.044 0.034 0.039 0.005 0.001 0.032 0.001 0.001 63 S 0.079 0.186 0.518 0.051 0.057 0.042 0.009 0.002 0.046 0.004 0.007 64 K 0.039 0.178 0.620 0.012 0.064 0.014 0.008 0.002 0.053 0.005 0.003 65 P 0.108 0.025 0.746 0.036 0.008 0.026 0.009 0.004 0.007 0.001 0.030 66 V 0.040 0.620 0.213 0.046 0.058 0.006 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 67 R 0.013 0.595 0.301 0.012 0.046 0.014 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 68 L 0.004 0.768 0.175 0.004 0.024 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 69 Q 0.006 0.738 0.182 0.004 0.027 0.028 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 70 V 0.016 0.710 0.186 0.008 0.033 0.023 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 71 D 0.050 0.226 0.343 0.042 0.057 0.127 0.025 0.004 0.117 0.007 0.002 72 E 0.309 0.060 0.243 0.243 0.038 0.025 0.050 0.008 0.010 0.010 0.004 73 G 0.076 0.011 0.033 0.037 0.083 0.007 0.090 0.441 0.005 0.217 0.001 74 K 0.163 0.190 0.362 0.120 0.075 0.030 0.021 0.004 0.028 0.005 0.002 75 A 0.292 0.119 0.430 0.066 0.021 0.032 0.018 0.002 0.011 0.003 0.005 76 V 0.303 0.326 0.225 0.056 0.042 0.028 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 77 I 0.157 0.543 0.164 0.029 0.046 0.033 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 78 E 0.218 0.219 0.274 0.085 0.030 0.107 0.019 0.002 0.043 0.001 0.002 79 T 0.183 0.333 0.225 0.116 0.061 0.027 0.021 0.001 0.031 0.001 0.001 80 G 0.219 0.063 0.202 0.063 0.132 0.059 0.104 0.102 0.017 0.038 0.001 81 I 0.158 0.441 0.260 0.054 0.042 0.025 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 82 R 0.258 0.372 0.185 0.059 0.065 0.037 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 83 T 0.171 0.357 0.134 0.085 0.161 0.043 0.019 0.003 0.023 0.003 0.001 84 C 0.130 0.283 0.211 0.145 0.079 0.083 0.025 0.005 0.035 0.005 0.001 85 V 0.037 0.305 0.362 0.009 0.055 0.031 0.007 0.001 0.189 0.004 0.001 86 P 0.383 0.011 0.519 0.029 0.004 0.025 0.004 0.001 0.003 0.001 0.020 87 A 0.256 0.067 0.177 0.411 0.022 0.012 0.038 0.005 0.009 0.002 0.001 88 G 0.059 0.017 0.049 0.026 0.159 0.005 0.073 0.442 0.006 0.163 0.001 89 C 0.098 0.403 0.321 0.052 0.070 0.027 0.010 0.001 0.013 0.002 0.001 90 I 0.073 0.681 0.122 0.033 0.041 0.038 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 91 V 0.030 0.576 0.218 0.005 0.064 0.022 0.001 0.001 0.082 0.001 0.001 92 P 0.184 0.023 0.679 0.028 0.007 0.046 0.006 0.001 0.010 0.001 0.016 93 I 0.191 0.302 0.264 0.099 0.040 0.045 0.019 0.004 0.034 0.001 0.002 94 V 0.243 0.268 0.318 0.071 0.040 0.034 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 95 F 0.178 0.275 0.289 0.133 0.040 0.054 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 96 D 0.067 0.068 0.522 0.034 0.039 0.119 0.018 0.001 0.126 0.005 0.002 97 K 0.981 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.973 0.002 0.005 0.013 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.932 0.006 0.008 0.046 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.990 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.977 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.956 0.005 0.012 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 R 0.959 0.003 0.011 0.016 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 105 A 0.426 0.012 0.027 0.507 0.003 0.006 0.016 0.001 0.003 0.001 0.001 106 G 0.065 0.003 0.020 0.040 0.048 0.002 0.074 0.574 0.002 0.172 0.001 107 K 0.375 0.084 0.284 0.151 0.030 0.016 0.044 0.005 0.007 0.003 0.001 108 H 0.078 0.307 0.185 0.206 0.063 0.033 0.095 0.012 0.017 0.002 0.001 109 L 0.010 0.665 0.241 0.023 0.031 0.011 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 110 K 0.004 0.808 0.136 0.003 0.026 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 111 L 0.002 0.820 0.123 0.002 0.026 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 112 A 0.008 0.756 0.102 0.005 0.063 0.043 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 113 M 0.017 0.661 0.097 0.010 0.156 0.032 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 114 T 0.035 0.634 0.165 0.022 0.088 0.021 0.004 0.001 0.030 0.001 0.001 115 I 0.091 0.323 0.337 0.054 0.065 0.075 0.016 0.002 0.030 0.004 0.003 116 A 0.186 0.182 0.333 0.148 0.034 0.061 0.017 0.004 0.027 0.005 0.003 117 A 0.009 0.250 0.349 0.003 0.068 0.006 0.003 0.001 0.308 0.006 0.001 118 P 0.097 0.001 0.767 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.121 119 G 0.014 0.003 0.020 0.012 0.016 0.004 0.037 0.851 0.003 0.040 0.001 120 E 0.014 0.250 0.564 0.010 0.042 0.012 0.002 0.001 0.103 0.001 0.001 121 P 0.019 0.007 0.931 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 122 P 0.192 0.040 0.683 0.022 0.007 0.033 0.003 0.003 0.007 0.001 0.009 123 L 0.214 0.246 0.317 0.112 0.037 0.029 0.005 0.003 0.032 0.002 0.002 124 N 0.138 0.291 0.168 0.195 0.102 0.028 0.043 0.010 0.019 0.004 0.002 125 D 0.053 0.273 0.264 0.150 0.080 0.061 0.065 0.013 0.034 0.004 0.002 126 L 0.087 0.496 0.303 0.043 0.029 0.021 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 127 F 0.053 0.486 0.305 0.029 0.042 0.041 0.006 0.001 0.035 0.001 0.002 128 V 0.012 0.789 0.124 0.008 0.041 0.014 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 129 Q 0.038 0.319 0.428 0.008 0.033 0.104 0.003 0.001 0.066 0.001 0.001 130 L 0.502 0.105 0.226 0.055 0.028 0.064 0.005 0.001 0.009 0.003 0.002 131 N 0.427 0.085 0.097 0.274 0.033 0.021 0.038 0.002 0.020 0.003 0.001 132 G 0.187 0.009 0.049 0.021 0.131 0.022 0.097 0.293 0.004 0.186 0.001 133 F 0.792 0.030 0.081 0.056 0.010 0.023 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 134 S 0.973 0.005 0.009 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.988 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.986 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.988 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.978 0.002 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 141 I 0.990 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.973 0.001 0.004 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.818 0.005 0.010 0.159 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 144 Q 0.415 0.029 0.097 0.392 0.005 0.009 0.039 0.002 0.011 0.001 0.001 145 K 0.442 0.028 0.135 0.153 0.023 0.017 0.155 0.031 0.007 0.008 0.001