# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 215 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.064 0.183 0.110 0.035 0.135 0.041 0.048 0.153 0.109 0.089 0.033 2 S 0.127 0.188 0.066 0.014 0.244 0.012 0.031 0.145 0.066 0.063 0.044 3 L 0.169 0.138 0.029 0.010 0.225 0.015 0.026 0.154 0.093 0.068 0.074 4 T 0.089 0.156 0.045 0.016 0.216 0.035 0.057 0.193 0.091 0.067 0.034 5 E 0.131 0.139 0.083 0.013 0.229 0.016 0.038 0.183 0.074 0.058 0.036 6 T 0.149 0.122 0.066 0.024 0.190 0.032 0.072 0.192 0.057 0.055 0.041 7 Y 0.078 0.215 0.081 0.108 0.122 0.068 0.071 0.094 0.064 0.066 0.034 8 G 0.046 0.055 0.088 0.222 0.055 0.077 0.044 0.109 0.065 0.181 0.059 9 L 0.124 0.152 0.054 0.024 0.219 0.012 0.036 0.131 0.086 0.112 0.049 10 W 0.151 0.158 0.044 0.012 0.263 0.027 0.036 0.109 0.068 0.066 0.065 11 S 0.158 0.194 0.034 0.009 0.410 0.014 0.034 0.064 0.029 0.024 0.031 12 I 0.281 0.120 0.020 0.005 0.460 0.008 0.011 0.033 0.017 0.013 0.033 13 N 0.256 0.117 0.033 0.018 0.333 0.031 0.039 0.045 0.018 0.031 0.079 14 C 0.160 0.224 0.084 0.029 0.273 0.021 0.023 0.031 0.022 0.049 0.084 15 G 0.105 0.185 0.123 0.070 0.210 0.035 0.038 0.053 0.034 0.100 0.048 16 I 0.115 0.235 0.116 0.030 0.210 0.016 0.034 0.083 0.051 0.057 0.053 17 Q 0.091 0.088 0.136 0.103 0.086 0.101 0.086 0.121 0.075 0.058 0.056 18 E 0.015 0.103 0.086 0.217 0.030 0.116 0.168 0.131 0.087 0.035 0.013 19 G 0.033 0.026 0.046 0.150 0.024 0.034 0.018 0.033 0.039 0.491 0.108 20 K 0.067 0.353 0.162 0.024 0.181 0.014 0.016 0.033 0.034 0.076 0.040 21 K 0.181 0.218 0.043 0.006 0.417 0.013 0.026 0.029 0.017 0.019 0.031 22 V 0.380 0.097 0.010 0.006 0.410 0.008 0.015 0.020 0.012 0.007 0.037 23 C 0.194 0.131 0.015 0.005 0.573 0.014 0.017 0.018 0.006 0.006 0.022 24 F 0.272 0.072 0.006 0.001 0.608 0.003 0.005 0.007 0.003 0.004 0.018 25 M 0.358 0.067 0.007 0.003 0.492 0.003 0.004 0.009 0.004 0.007 0.047 26 H 0.209 0.140 0.023 0.013 0.449 0.020 0.024 0.028 0.012 0.021 0.063 27 R 0.250 0.154 0.041 0.015 0.335 0.012 0.017 0.030 0.024 0.045 0.077 28 Q 0.122 0.253 0.086 0.018 0.337 0.013 0.019 0.047 0.031 0.036 0.038 29 E 0.138 0.233 0.086 0.014 0.264 0.011 0.031 0.091 0.059 0.031 0.042 30 V 0.087 0.194 0.048 0.025 0.182 0.050 0.074 0.158 0.091 0.056 0.036 31 N 0.074 0.195 0.182 0.051 0.082 0.033 0.067 0.179 0.075 0.037 0.027 32 D 0.023 0.011 0.024 0.037 0.018 0.065 0.085 0.349 0.196 0.133 0.058 33 Q 0.017 0.503 0.167 0.058 0.062 0.042 0.069 0.033 0.022 0.021 0.005 34 N 0.037 0.007 0.009 0.032 0.012 0.020 0.009 0.011 0.018 0.566 0.278 35 R 0.040 0.551 0.133 0.006 0.223 0.004 0.008 0.007 0.007 0.011 0.010 36 V 0.289 0.078 0.006 0.001 0.588 0.005 0.011 0.004 0.003 0.003 0.012 37 V 0.400 0.058 0.003 0.003 0.499 0.004 0.006 0.002 0.002 0.002 0.021 38 V 0.187 0.078 0.006 0.002 0.688 0.010 0.011 0.001 0.001 0.002 0.014 39 A 0.363 0.021 0.001 0.001 0.601 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 40 M 0.299 0.058 0.003 0.001 0.611 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 41 S 0.221 0.062 0.003 0.001 0.692 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.015 42 V 0.351 0.050 0.003 0.001 0.503 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.088 43 V 0.247 0.155 0.024 0.011 0.424 0.010 0.010 0.003 0.003 0.015 0.098 44 L 0.112 0.299 0.070 0.023 0.400 0.023 0.019 0.005 0.005 0.016 0.029 45 N 0.087 0.215 0.497 0.045 0.105 0.008 0.005 0.007 0.006 0.008 0.017 46 A 0.005 0.007 0.012 0.026 0.007 0.063 0.221 0.386 0.256 0.011 0.007 47 D 0.013 0.276 0.151 0.198 0.026 0.065 0.100 0.036 0.041 0.082 0.012 48 G 0.023 0.021 0.036 0.084 0.020 0.020 0.006 0.014 0.020 0.553 0.203 49 V 0.071 0.407 0.169 0.012 0.244 0.005 0.011 0.018 0.017 0.026 0.021 50 V 0.268 0.139 0.044 0.029 0.266 0.055 0.035 0.017 0.024 0.029 0.093 51 S 0.155 0.116 0.063 0.164 0.142 0.092 0.103 0.027 0.031 0.048 0.059 52 G 0.166 0.212 0.092 0.033 0.292 0.020 0.020 0.018 0.022 0.054 0.073 53 N 0.156 0.188 0.027 0.003 0.588 0.003 0.005 0.005 0.005 0.006 0.013 54 L 0.250 0.115 0.008 0.002 0.548 0.003 0.004 0.005 0.005 0.006 0.054 55 T 0.305 0.118 0.025 0.014 0.352 0.017 0.018 0.008 0.008 0.036 0.098 56 V 0.074 0.324 0.259 0.043 0.206 0.029 0.016 0.009 0.007 0.014 0.020 57 P 0.231 0.183 0.165 0.054 0.241 0.023 0.021 0.014 0.014 0.018 0.035 58 F 0.054 0.177 0.066 0.066 0.112 0.081 0.146 0.066 0.145 0.057 0.029 59 G 0.118 0.138 0.074 0.079 0.133 0.034 0.043 0.031 0.052 0.181 0.118 60 I 0.152 0.202 0.032 0.004 0.535 0.003 0.004 0.006 0.008 0.017 0.038 61 L 0.252 0.140 0.020 0.005 0.487 0.010 0.013 0.012 0.008 0.012 0.040 62 V 0.252 0.179 0.063 0.041 0.227 0.035 0.030 0.021 0.020 0.033 0.099 63 S 0.077 0.118 0.306 0.184 0.097 0.076 0.042 0.024 0.020 0.029 0.028 64 K 0.028 0.193 0.135 0.076 0.072 0.059 0.148 0.111 0.122 0.039 0.018 65 P 0.148 0.098 0.036 0.024 0.120 0.017 0.026 0.021 0.030 0.315 0.166 66 V 0.105 0.227 0.020 0.004 0.568 0.008 0.013 0.006 0.006 0.013 0.028 67 R 0.293 0.057 0.004 0.002 0.601 0.005 0.015 0.003 0.003 0.003 0.015 68 L 0.210 0.098 0.014 0.002 0.655 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 69 Q 0.237 0.102 0.007 0.002 0.612 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.031 70 V 0.252 0.202 0.035 0.010 0.318 0.008 0.007 0.008 0.007 0.025 0.129 71 D 0.099 0.162 0.356 0.094 0.158 0.038 0.035 0.015 0.006 0.016 0.022 72 E 0.019 0.062 0.038 0.051 0.041 0.036 0.123 0.327 0.266 0.024 0.013 73 G 0.022 0.047 0.064 0.217 0.021 0.073 0.034 0.081 0.065 0.335 0.041 74 K 0.059 0.216 0.099 0.037 0.184 0.015 0.020 0.070 0.050 0.177 0.073 75 A 0.156 0.190 0.050 0.007 0.278 0.010 0.023 0.122 0.074 0.037 0.054 76 V 0.216 0.141 0.022 0.011 0.326 0.022 0.028 0.107 0.063 0.026 0.037 77 I 0.152 0.213 0.041 0.015 0.315 0.027 0.055 0.092 0.034 0.024 0.031 78 E 0.292 0.050 0.033 0.020 0.185 0.022 0.037 0.065 0.029 0.088 0.179 79 T 0.040 0.493 0.196 0.028 0.163 0.019 0.017 0.012 0.008 0.012 0.011 80 G 0.182 0.155 0.069 0.067 0.195 0.034 0.034 0.023 0.019 0.092 0.129 81 I 0.277 0.147 0.028 0.015 0.332 0.006 0.008 0.026 0.033 0.034 0.096 82 R 0.121 0.203 0.058 0.020 0.352 0.051 0.052 0.049 0.034 0.022 0.037 83 T 0.211 0.186 0.061 0.013 0.361 0.011 0.024 0.032 0.022 0.028 0.052 84 C 0.186 0.172 0.055 0.027 0.322 0.021 0.024 0.025 0.021 0.075 0.071 85 V 0.084 0.235 0.352 0.060 0.150 0.027 0.020 0.022 0.013 0.016 0.021 86 P 0.055 0.063 0.098 0.093 0.064 0.097 0.128 0.180 0.149 0.040 0.033 87 A 0.026 0.123 0.071 0.122 0.047 0.079 0.174 0.095 0.106 0.137 0.021 88 G 0.059 0.072 0.061 0.097 0.059 0.030 0.017 0.034 0.038 0.369 0.165 89 C 0.103 0.287 0.059 0.009 0.414 0.008 0.016 0.018 0.017 0.033 0.036 90 I 0.337 0.114 0.020 0.007 0.362 0.014 0.017 0.019 0.019 0.022 0.069 91 V 0.185 0.224 0.063 0.022 0.363 0.019 0.015 0.023 0.022 0.020 0.046 92 P 0.190 0.195 0.055 0.015 0.347 0.014 0.020 0.041 0.044 0.028 0.051 93 I 0.153 0.200 0.054 0.010 0.267 0.018 0.032 0.061 0.073 0.058 0.075 94 V 0.138 0.168 0.051 0.013 0.206 0.020 0.075 0.082 0.052 0.143 0.054 95 F 0.046 0.376 0.163 0.035 0.131 0.029 0.030 0.038 0.032 0.087 0.033 96 D 0.034 0.471 0.300 0.004 0.165 0.002 0.001 0.011 0.004 0.004 0.005 97 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.647 0.335 0.005 0.001 98 N 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.889 0.077 0.020 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.921 0.047 0.025 0.002 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.062 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.945 0.035 0.004 0.001 103 L 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.014 0.834 0.119 0.017 0.002 104 R 0.009 0.009 0.008 0.003 0.009 0.015 0.060 0.702 0.136 0.038 0.010 105 A 0.016 0.328 0.071 0.018 0.032 0.036 0.290 0.114 0.041 0.044 0.009 106 G 0.065 0.018 0.042 0.055 0.032 0.024 0.020 0.024 0.026 0.436 0.256 107 K 0.066 0.262 0.075 0.017 0.220 0.022 0.079 0.092 0.070 0.059 0.038 108 H 0.314 0.091 0.009 0.006 0.265 0.020 0.046 0.020 0.023 0.071 0.135 109 L 0.152 0.091 0.009 0.003 0.718 0.005 0.007 0.002 0.002 0.003 0.008 110 K 0.231 0.024 0.001 0.001 0.735 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 111 L 0.438 0.039 0.003 0.001 0.472 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 112 A 0.253 0.098 0.011 0.006 0.535 0.011 0.012 0.001 0.001 0.007 0.065 113 M 0.356 0.080 0.009 0.002 0.519 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.029 114 T 0.146 0.207 0.022 0.010 0.517 0.012 0.009 0.004 0.005 0.010 0.059 115 I 0.268 0.166 0.029 0.006 0.419 0.007 0.014 0.009 0.009 0.013 0.060 116 A 0.146 0.136 0.110 0.049 0.143 0.053 0.069 0.050 0.065 0.102 0.077 117 A 0.045 0.185 0.388 0.116 0.116 0.063 0.031 0.020 0.016 0.012 0.010 118 P 0.014 0.192 0.071 0.179 0.028 0.081 0.202 0.090 0.117 0.017 0.009 119 G 0.012 0.008 0.019 0.061 0.009 0.013 0.013 0.011 0.024 0.690 0.140 120 E 0.021 0.612 0.176 0.004 0.161 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 121 P 0.200 0.263 0.053 0.005 0.380 0.009 0.009 0.009 0.011 0.011 0.050 122 P 0.241 0.223 0.070 0.030 0.279 0.022 0.026 0.019 0.017 0.016 0.057 123 L 0.271 0.146 0.063 0.043 0.225 0.052 0.036 0.031 0.021 0.030 0.082 124 N 0.093 0.192 0.144 0.075 0.199 0.073 0.055 0.048 0.038 0.052 0.032 125 D 0.274 0.127 0.041 0.027 0.259 0.016 0.020 0.025 0.029 0.090 0.092 126 L 0.117 0.218 0.049 0.011 0.478 0.019 0.022 0.020 0.016 0.023 0.026 127 F 0.283 0.106 0.009 0.003 0.523 0.006 0.013 0.010 0.006 0.008 0.033 128 V 0.233 0.162 0.022 0.004 0.531 0.005 0.005 0.006 0.003 0.005 0.023 129 Q 0.225 0.230 0.036 0.010 0.380 0.011 0.013 0.017 0.003 0.010 0.066 130 L 0.182 0.087 0.031 0.027 0.172 0.026 0.018 0.146 0.089 0.067 0.155 131 N 0.013 0.052 0.043 0.089 0.021 0.145 0.171 0.290 0.084 0.082 0.010 132 G 0.033 0.091 0.066 0.036 0.043 0.011 0.014 0.308 0.071 0.285 0.043 133 F 0.019 0.019 0.005 0.003 0.021 0.003 0.004 0.723 0.152 0.040 0.012 134 S 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.003 0.840 0.141 0.004 0.001 135 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.933 0.055 0.003 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.040 0.013 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.071 0.002 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.949 0.049 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.959 0.031 0.004 0.001 140 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.918 0.067 0.007 0.001 141 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.839 0.152 0.003 0.001 142 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.038 0.859 0.086 0.009 0.001 143 L 0.014 0.017 0.010 0.003 0.016 0.005 0.123 0.599 0.115 0.086 0.013 144 Q 0.052 0.140 0.062 0.010 0.100 0.011 0.029 0.293 0.120 0.136 0.046 145 K 0.042 0.099 0.040 0.012 0.066 0.023 0.081 0.361 0.137 0.098 0.041