# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.016 0.640 0.006 0.016 0.010 0.001 0.001 0.012 0.174 0.043 0.031 0.046 2 S 0.008 0.024 0.555 0.012 0.044 0.028 0.002 0.001 0.020 0.102 0.054 0.050 0.101 3 L 0.020 0.035 0.341 0.024 0.079 0.051 0.009 0.002 0.040 0.053 0.074 0.068 0.204 4 T 0.032 0.032 0.299 0.032 0.085 0.052 0.011 0.003 0.034 0.052 0.055 0.130 0.182 5 E 0.028 0.031 0.263 0.015 0.055 0.047 0.008 0.003 0.027 0.088 0.058 0.176 0.199 6 T 0.025 0.030 0.290 0.016 0.031 0.027 0.005 0.002 0.019 0.102 0.116 0.113 0.224 7 Y 0.016 0.014 0.245 0.032 0.023 0.012 0.001 0.001 0.008 0.167 0.329 0.079 0.073 8 G 0.014 0.005 0.206 0.034 0.011 0.006 0.001 0.001 0.004 0.230 0.391 0.059 0.039 9 L 0.057 0.011 0.257 0.017 0.017 0.005 0.001 0.001 0.006 0.179 0.149 0.082 0.219 10 W 0.261 0.010 0.113 0.028 0.006 0.006 0.009 0.001 0.010 0.025 0.028 0.176 0.327 11 S 0.546 0.004 0.015 0.008 0.002 0.002 0.019 0.002 0.005 0.002 0.003 0.219 0.173 12 I 0.680 0.001 0.006 0.008 0.001 0.002 0.023 0.001 0.002 0.001 0.001 0.078 0.196 13 N 0.621 0.001 0.005 0.012 0.001 0.002 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.261 0.079 14 C 0.434 0.002 0.011 0.016 0.001 0.002 0.010 0.001 0.003 0.004 0.005 0.057 0.456 15 G 0.209 0.004 0.047 0.031 0.002 0.004 0.005 0.001 0.004 0.015 0.017 0.474 0.187 16 I 0.110 0.014 0.092 0.009 0.006 0.005 0.003 0.001 0.005 0.043 0.026 0.137 0.549 17 Q 0.025 0.013 0.262 0.014 0.012 0.006 0.002 0.001 0.003 0.093 0.095 0.259 0.217 18 E 0.003 0.005 0.070 0.015 0.017 0.008 0.001 0.001 0.001 0.114 0.714 0.020 0.032 19 G 0.002 0.005 0.072 0.006 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.237 0.638 0.017 0.011 20 K 0.007 0.018 0.411 0.009 0.008 0.005 0.001 0.001 0.003 0.347 0.059 0.054 0.079 21 K 0.037 0.032 0.315 0.031 0.005 0.011 0.005 0.001 0.017 0.078 0.020 0.205 0.244 22 V 0.207 0.014 0.062 0.047 0.005 0.010 0.021 0.003 0.023 0.009 0.009 0.142 0.448 23 C 0.399 0.005 0.022 0.063 0.003 0.009 0.044 0.007 0.014 0.003 0.003 0.232 0.196 24 F 0.584 0.002 0.006 0.009 0.001 0.006 0.053 0.007 0.009 0.001 0.001 0.165 0.156 25 M 0.719 0.001 0.005 0.012 0.001 0.007 0.035 0.006 0.008 0.001 0.002 0.074 0.128 26 H 0.536 0.003 0.020 0.053 0.003 0.018 0.028 0.004 0.015 0.005 0.008 0.212 0.094 27 R 0.401 0.006 0.057 0.036 0.007 0.025 0.016 0.002 0.015 0.020 0.022 0.109 0.283 28 Q 0.188 0.009 0.126 0.030 0.013 0.037 0.010 0.001 0.016 0.049 0.029 0.310 0.183 29 E 0.089 0.023 0.174 0.022 0.017 0.028 0.006 0.001 0.013 0.053 0.049 0.109 0.416 30 V 0.034 0.031 0.334 0.017 0.028 0.025 0.002 0.001 0.009 0.093 0.064 0.174 0.188 31 N 0.004 0.012 0.599 0.007 0.025 0.016 0.001 0.001 0.004 0.112 0.088 0.038 0.095 32 D 0.001 0.008 0.165 0.005 0.069 0.028 0.001 0.001 0.001 0.142 0.548 0.011 0.021 33 Q 0.001 0.003 0.040 0.003 0.022 0.012 0.001 0.001 0.001 0.102 0.809 0.004 0.004 34 N 0.001 0.010 0.111 0.004 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.318 0.514 0.007 0.011 35 R 0.011 0.021 0.475 0.013 0.007 0.006 0.001 0.001 0.006 0.213 0.025 0.136 0.085 36 V 0.071 0.017 0.108 0.031 0.003 0.003 0.007 0.001 0.028 0.017 0.006 0.086 0.622 37 V 0.378 0.002 0.013 0.058 0.001 0.001 0.015 0.003 0.009 0.002 0.002 0.326 0.192 38 V 0.701 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 0.041 0.006 0.005 0.001 0.001 0.088 0.118 39 A 0.915 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.038 0.026 40 M 0.936 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.024 41 S 0.809 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.040 0.002 0.003 0.001 0.001 0.129 0.013 42 V 0.766 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.183 43 V 0.440 0.001 0.008 0.028 0.001 0.001 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.434 0.067 44 L 0.183 0.006 0.026 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.008 0.002 0.053 0.703 45 N 0.010 0.003 0.610 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.008 0.154 0.172 46 A 0.001 0.001 0.029 0.005 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.864 0.005 0.009 47 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.936 0.001 0.001 48 G 0.001 0.018 0.116 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.667 0.173 0.005 0.009 49 V 0.008 0.043 0.610 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.098 0.008 0.109 0.104 50 V 0.066 0.038 0.160 0.028 0.003 0.001 0.008 0.002 0.047 0.019 0.008 0.136 0.483 51 S 0.146 0.006 0.084 0.326 0.003 0.001 0.017 0.004 0.029 0.011 0.010 0.175 0.187 52 G 0.249 0.002 0.059 0.070 0.002 0.001 0.055 0.006 0.029 0.014 0.007 0.288 0.217 53 N 0.398 0.002 0.030 0.021 0.001 0.001 0.140 0.021 0.049 0.005 0.002 0.065 0.266 54 L 0.369 0.002 0.013 0.010 0.001 0.001 0.156 0.040 0.061 0.003 0.002 0.288 0.055 55 T 0.475 0.004 0.020 0.014 0.001 0.001 0.083 0.046 0.050 0.004 0.003 0.030 0.270 56 V 0.142 0.006 0.096 0.023 0.002 0.002 0.029 0.019 0.059 0.026 0.003 0.543 0.050 57 P 0.064 0.007 0.270 0.024 0.009 0.006 0.019 0.011 0.098 0.056 0.026 0.029 0.381 58 F 0.022 0.008 0.206 0.095 0.064 0.020 0.008 0.004 0.044 0.116 0.272 0.096 0.046 59 G 0.032 0.018 0.219 0.033 0.061 0.018 0.005 0.002 0.026 0.205 0.251 0.036 0.092 60 I 0.045 0.024 0.322 0.006 0.056 0.020 0.006 0.002 0.024 0.154 0.031 0.188 0.121 61 L 0.045 0.052 0.255 0.011 0.029 0.017 0.011 0.004 0.032 0.045 0.039 0.051 0.411 62 V 0.032 0.030 0.395 0.030 0.036 0.011 0.005 0.003 0.024 0.087 0.059 0.172 0.116 63 S 0.025 0.005 0.460 0.032 0.017 0.004 0.002 0.001 0.013 0.163 0.109 0.067 0.103 64 K 0.014 0.011 0.205 0.035 0.044 0.004 0.001 0.001 0.019 0.316 0.240 0.065 0.046 65 P 0.021 0.006 0.481 0.052 0.013 0.002 0.005 0.002 0.037 0.104 0.091 0.039 0.147 66 V 0.099 0.005 0.329 0.052 0.007 0.001 0.026 0.011 0.201 0.039 0.006 0.128 0.098 67 R 0.227 0.005 0.071 0.035 0.002 0.001 0.163 0.050 0.194 0.013 0.003 0.108 0.129 68 L 0.258 0.004 0.016 0.016 0.001 0.001 0.309 0.101 0.075 0.003 0.001 0.060 0.155 69 Q 0.368 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.065 0.175 0.217 0.002 0.001 0.109 0.039 70 V 0.124 0.009 0.084 0.005 0.001 0.001 0.054 0.145 0.234 0.013 0.005 0.029 0.296 71 D 0.006 0.004 0.445 0.045 0.004 0.001 0.006 0.005 0.047 0.109 0.224 0.063 0.042 72 E 0.001 0.001 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.136 0.827 0.001 0.002 73 G 0.001 0.009 0.098 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.575 0.285 0.011 0.006 74 K 0.006 0.076 0.411 0.005 0.015 0.022 0.002 0.001 0.011 0.266 0.032 0.041 0.114 75 A 0.042 0.078 0.246 0.021 0.019 0.047 0.010 0.001 0.024 0.045 0.031 0.136 0.299 76 V 0.093 0.027 0.185 0.063 0.030 0.044 0.013 0.003 0.022 0.022 0.025 0.123 0.350 77 I 0.108 0.010 0.130 0.051 0.038 0.043 0.021 0.004 0.017 0.032 0.025 0.365 0.155 78 E 0.141 0.011 0.144 0.052 0.029 0.030 0.025 0.007 0.037 0.036 0.042 0.076 0.369 79 T 0.088 0.009 0.269 0.081 0.029 0.019 0.010 0.005 0.035 0.100 0.048 0.224 0.084 80 G 0.079 0.010 0.310 0.048 0.021 0.019 0.018 0.008 0.073 0.098 0.060 0.099 0.158 81 I 0.127 0.019 0.228 0.030 0.041 0.020 0.045 0.027 0.101 0.059 0.046 0.075 0.180 82 R 0.180 0.017 0.164 0.046 0.024 0.013 0.063 0.041 0.111 0.044 0.029 0.154 0.113 83 T 0.117 0.026 0.155 0.018 0.019 0.009 0.055 0.043 0.132 0.049 0.027 0.172 0.179 84 C 0.040 0.035 0.348 0.019 0.008 0.005 0.034 0.022 0.098 0.066 0.036 0.055 0.234 85 V 0.006 0.008 0.672 0.014 0.004 0.001 0.002 0.002 0.034 0.102 0.016 0.103 0.036 86 P 0.003 0.008 0.406 0.017 0.026 0.006 0.001 0.001 0.019 0.274 0.186 0.016 0.038 87 A 0.002 0.008 0.154 0.011 0.031 0.004 0.001 0.001 0.007 0.260 0.492 0.015 0.016 88 G 0.014 0.025 0.358 0.017 0.035 0.006 0.002 0.001 0.012 0.324 0.129 0.032 0.047 89 C 0.063 0.033 0.364 0.009 0.023 0.014 0.017 0.006 0.056 0.100 0.035 0.178 0.102 90 I 0.150 0.036 0.150 0.019 0.011 0.014 0.045 0.016 0.071 0.023 0.019 0.028 0.419 91 V 0.093 0.011 0.125 0.043 0.007 0.019 0.024 0.007 0.060 0.038 0.011 0.533 0.029 92 P 0.066 0.011 0.164 0.012 0.019 0.019 0.028 0.003 0.028 0.055 0.024 0.022 0.549 93 I 0.052 0.015 0.237 0.024 0.037 0.047 0.015 0.002 0.064 0.075 0.043 0.287 0.100 94 V 0.019 0.018 0.370 0.007 0.028 0.052 0.003 0.001 0.046 0.104 0.079 0.035 0.238 95 F 0.004 0.037 0.556 0.002 0.018 0.064 0.001 0.001 0.012 0.198 0.027 0.049 0.032 96 D 0.001 0.001 0.891 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 0.002 0.012 97 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.927 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.276 0.001 0.001 0.001 0.007 0.699 0.001 0.002 106 G 0.001 0.001 0.035 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.001 0.047 0.897 0.001 0.001 107 K 0.001 0.002 0.645 0.004 0.006 0.008 0.001 0.001 0.010 0.193 0.114 0.010 0.007 108 H 0.003 0.007 0.529 0.010 0.005 0.004 0.006 0.008 0.155 0.127 0.027 0.015 0.104 109 L 0.019 0.004 0.071 0.027 0.003 0.002 0.040 0.116 0.591 0.018 0.004 0.074 0.031 110 K 0.041 0.001 0.014 0.008 0.001 0.001 0.080 0.313 0.469 0.003 0.001 0.023 0.046 111 L 0.148 0.001 0.011 0.007 0.001 0.001 0.138 0.329 0.288 0.001 0.001 0.025 0.051 112 A 0.136 0.001 0.013 0.013 0.001 0.001 0.175 0.199 0.357 0.002 0.001 0.065 0.038 113 M 0.224 0.004 0.048 0.020 0.002 0.001 0.154 0.092 0.217 0.010 0.003 0.042 0.182 114 T 0.151 0.007 0.148 0.043 0.003 0.002 0.039 0.022 0.201 0.035 0.007 0.254 0.088 115 I 0.042 0.018 0.266 0.015 0.019 0.007 0.012 0.005 0.063 0.075 0.038 0.061 0.379 116 A 0.016 0.069 0.412 0.026 0.036 0.012 0.004 0.002 0.031 0.162 0.099 0.056 0.075 117 A 0.003 0.016 0.516 0.004 0.027 0.006 0.001 0.001 0.007 0.247 0.101 0.045 0.027 118 P 0.001 0.005 0.073 0.002 0.044 0.009 0.001 0.001 0.001 0.098 0.759 0.002 0.007 119 G 0.001 0.015 0.071 0.002 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 0.229 0.644 0.004 0.002 120 E 0.001 0.028 0.557 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.003 0.309 0.021 0.039 0.026 121 P 0.001 0.084 0.638 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.007 0.114 0.013 0.016 0.118 122 P 0.002 0.039 0.700 0.008 0.008 0.003 0.001 0.001 0.016 0.058 0.013 0.106 0.045 123 L 0.003 0.014 0.736 0.016 0.024 0.004 0.001 0.001 0.018 0.053 0.025 0.024 0.082 124 N 0.004 0.012 0.437 0.032 0.125 0.018 0.004 0.001 0.023 0.104 0.133 0.058 0.049 125 D 0.007 0.014 0.369 0.063 0.077 0.018 0.007 0.003 0.067 0.139 0.133 0.031 0.073 126 L 0.018 0.019 0.345 0.023 0.033 0.020 0.022 0.007 0.091 0.161 0.039 0.168 0.056 127 F 0.047 0.032 0.209 0.012 0.008 0.015 0.066 0.046 0.224 0.038 0.014 0.024 0.265 128 V 0.066 0.030 0.121 0.007 0.005 0.018 0.055 0.080 0.205 0.029 0.009 0.338 0.038 129 Q 0.025 0.028 0.360 0.009 0.008 0.054 0.025 0.053 0.160 0.051 0.015 0.020 0.192 130 L 0.004 0.010 0.273 0.017 0.087 0.381 0.005 0.004 0.023 0.088 0.058 0.036 0.014 131 N 0.002 0.005 0.080 0.006 0.107 0.473 0.001 0.001 0.013 0.073 0.232 0.002 0.007 132 G 0.002 0.009 0.063 0.001 0.085 0.531 0.001 0.001 0.003 0.115 0.184 0.003 0.004 133 F 0.001 0.007 0.047 0.001 0.017 0.864 0.001 0.001 0.001 0.029 0.030 0.001 0.004 134 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 0.931 0.001 0.001 0.001 0.014 0.020 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.910 0.001 0.001 0.001 0.002 0.075 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.005 0.001 0.015 0.874 0.001 0.001 0.001 0.004 0.102 0.001 0.001 140 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.020 0.921 0.001 0.001 0.001 0.008 0.032 0.001 0.001 141 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.043 0.883 0.001 0.001 0.001 0.007 0.057 0.001 0.001 142 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.088 0.843 0.001 0.001 0.002 0.005 0.054 0.001 0.001 143 L 0.001 0.002 0.045 0.001 0.072 0.781 0.001 0.001 0.004 0.029 0.062 0.001 0.003 144 Q 0.001 0.006 0.247 0.001 0.045 0.486 0.001 0.001 0.010 0.077 0.119 0.003 0.007 145 K 0.001 0.004 0.447 0.001 0.058 0.263 0.001 0.001 0.011 0.092 0.113 0.004 0.006