# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.027 0.016 0.001 0.030 0.043 0.060 0.105 0.002 0.001 0.046 0.671 2 S 0.025 0.010 0.001 0.032 0.051 0.094 0.097 0.002 0.001 0.067 0.621 3 L 0.032 0.015 0.002 0.037 0.073 0.089 0.129 0.002 0.001 0.082 0.539 4 T 0.039 0.012 0.002 0.046 0.075 0.081 0.114 0.002 0.001 0.073 0.557 5 E 0.059 0.015 0.001 0.024 0.047 0.078 0.116 0.002 0.001 0.049 0.608 6 T 0.070 0.019 0.001 0.023 0.041 0.065 0.098 0.002 0.001 0.049 0.631 7 Y 0.035 0.015 0.001 0.030 0.053 0.073 0.133 0.002 0.001 0.083 0.575 8 G 0.021 0.029 0.002 0.050 0.090 0.185 0.107 0.002 0.001 0.072 0.444 9 L 0.015 0.016 0.001 0.040 0.125 0.197 0.106 0.002 0.001 0.084 0.414 10 W 0.010 0.023 0.001 0.083 0.286 0.309 0.053 0.001 0.001 0.044 0.190 11 S 0.009 0.013 0.001 0.059 0.205 0.465 0.041 0.001 0.001 0.033 0.173 12 I 0.010 0.018 0.001 0.059 0.311 0.379 0.035 0.002 0.001 0.024 0.162 13 N 0.016 0.016 0.001 0.063 0.260 0.432 0.035 0.002 0.001 0.025 0.151 14 C 0.012 0.020 0.001 0.058 0.244 0.282 0.063 0.001 0.001 0.037 0.281 15 G 0.025 0.012 0.004 0.040 0.178 0.320 0.084 0.003 0.001 0.048 0.284 16 I 0.253 0.016 0.006 0.016 0.075 0.126 0.073 0.006 0.003 0.063 0.364 17 Q 0.431 0.004 0.002 0.011 0.031 0.040 0.044 0.003 0.001 0.029 0.404 18 E 0.024 0.002 0.001 0.005 0.009 0.015 0.092 0.001 0.001 0.009 0.842 19 G 0.007 0.003 0.001 0.007 0.018 0.045 0.123 0.001 0.001 0.019 0.778 20 K 0.006 0.005 0.001 0.020 0.112 0.151 0.136 0.001 0.001 0.037 0.533 21 K 0.007 0.008 0.001 0.042 0.176 0.390 0.066 0.001 0.001 0.035 0.275 22 V 0.004 0.009 0.001 0.063 0.268 0.278 0.058 0.001 0.001 0.042 0.277 23 C 0.004 0.015 0.001 0.123 0.280 0.383 0.038 0.001 0.001 0.044 0.113 24 F 0.009 0.026 0.001 0.093 0.204 0.452 0.030 0.001 0.001 0.050 0.135 25 M 0.013 0.035 0.001 0.067 0.301 0.368 0.026 0.001 0.001 0.039 0.148 26 H 0.022 0.048 0.001 0.060 0.194 0.415 0.042 0.002 0.001 0.040 0.175 27 R 0.023 0.038 0.001 0.064 0.169 0.336 0.046 0.003 0.001 0.056 0.263 28 Q 0.024 0.038 0.002 0.071 0.178 0.213 0.068 0.003 0.001 0.051 0.350 29 E 0.026 0.030 0.004 0.052 0.138 0.170 0.097 0.003 0.001 0.067 0.412 30 V 0.048 0.015 0.007 0.021 0.071 0.086 0.108 0.005 0.003 0.069 0.566 31 N 0.414 0.023 0.008 0.010 0.026 0.042 0.059 0.007 0.004 0.050 0.358 32 D 0.254 0.006 0.001 0.008 0.016 0.023 0.061 0.003 0.001 0.026 0.602 33 Q 0.017 0.006 0.001 0.007 0.009 0.019 0.158 0.001 0.001 0.018 0.764 34 N 0.009 0.007 0.001 0.015 0.038 0.105 0.145 0.001 0.001 0.050 0.630 35 R 0.006 0.007 0.001 0.042 0.145 0.176 0.137 0.001 0.001 0.079 0.407 36 V 0.004 0.004 0.001 0.070 0.224 0.427 0.052 0.001 0.001 0.065 0.153 37 V 0.002 0.001 0.001 0.069 0.259 0.334 0.053 0.001 0.001 0.103 0.178 38 V 0.001 0.003 0.001 0.226 0.292 0.376 0.023 0.001 0.001 0.026 0.053 39 A 0.001 0.001 0.001 0.078 0.206 0.653 0.008 0.001 0.001 0.014 0.039 40 M 0.001 0.001 0.001 0.059 0.344 0.531 0.009 0.001 0.001 0.017 0.038 41 S 0.002 0.001 0.001 0.073 0.274 0.590 0.009 0.001 0.001 0.014 0.036 42 V 0.003 0.001 0.001 0.142 0.298 0.327 0.036 0.001 0.001 0.033 0.161 43 V 0.002 0.001 0.001 0.148 0.244 0.334 0.091 0.001 0.001 0.030 0.150 44 L 0.016 0.003 0.002 0.048 0.117 0.220 0.136 0.001 0.001 0.048 0.408 45 N 0.788 0.004 0.001 0.010 0.018 0.026 0.017 0.004 0.001 0.023 0.109 46 A 0.288 0.002 0.001 0.008 0.008 0.013 0.062 0.001 0.001 0.012 0.605 47 D 0.008 0.001 0.001 0.006 0.004 0.013 0.134 0.001 0.001 0.017 0.816 48 G 0.013 0.001 0.001 0.011 0.035 0.076 0.163 0.001 0.001 0.045 0.654 49 V 0.027 0.001 0.001 0.017 0.104 0.147 0.115 0.001 0.001 0.043 0.543 50 V 0.016 0.001 0.001 0.021 0.154 0.199 0.067 0.001 0.001 0.024 0.518 51 S 0.003 0.001 0.001 0.034 0.204 0.236 0.079 0.001 0.001 0.031 0.412 52 G 0.001 0.001 0.001 0.075 0.194 0.529 0.052 0.001 0.001 0.031 0.117 53 N 0.001 0.001 0.001 0.093 0.244 0.514 0.028 0.001 0.001 0.032 0.086 54 L 0.001 0.001 0.001 0.137 0.349 0.410 0.018 0.001 0.001 0.015 0.070 55 T 0.003 0.002 0.001 0.203 0.197 0.324 0.076 0.001 0.001 0.034 0.161 56 V 0.027 0.016 0.002 0.156 0.165 0.219 0.075 0.002 0.001 0.038 0.301 57 P 0.253 0.024 0.001 0.074 0.052 0.080 0.092 0.008 0.001 0.052 0.365 58 F 0.088 0.025 0.002 0.065 0.055 0.082 0.102 0.003 0.001 0.028 0.551 59 G 0.024 0.007 0.001 0.045 0.046 0.142 0.097 0.002 0.001 0.030 0.607 60 I 0.030 0.010 0.002 0.080 0.137 0.204 0.088 0.003 0.001 0.043 0.402 61 L 0.019 0.003 0.003 0.054 0.174 0.182 0.137 0.002 0.001 0.047 0.380 62 V 0.033 0.003 0.002 0.039 0.123 0.150 0.099 0.002 0.001 0.035 0.514 63 S 0.078 0.002 0.001 0.032 0.051 0.081 0.110 0.002 0.001 0.040 0.604 64 K 0.014 0.001 0.001 0.039 0.079 0.124 0.145 0.001 0.001 0.032 0.566 65 P 0.003 0.001 0.001 0.057 0.057 0.149 0.086 0.001 0.001 0.040 0.608 66 V 0.002 0.001 0.001 0.143 0.165 0.337 0.071 0.001 0.001 0.055 0.226 67 R 0.001 0.001 0.001 0.202 0.191 0.247 0.060 0.001 0.001 0.046 0.252 68 L 0.001 0.001 0.001 0.395 0.204 0.203 0.032 0.001 0.001 0.033 0.133 69 Q 0.004 0.002 0.001 0.297 0.159 0.244 0.079 0.001 0.001 0.030 0.185 70 V 0.058 0.013 0.001 0.102 0.096 0.130 0.070 0.002 0.001 0.046 0.483 71 D 0.432 0.018 0.001 0.033 0.025 0.042 0.071 0.003 0.001 0.038 0.337 72 E 0.048 0.040 0.001 0.011 0.013 0.024 0.097 0.001 0.001 0.020 0.745 73 G 0.035 0.053 0.001 0.011 0.030 0.064 0.094 0.002 0.001 0.033 0.678 74 K 0.063 0.071 0.002 0.018 0.099 0.178 0.069 0.005 0.001 0.070 0.424 75 A 0.034 0.028 0.001 0.014 0.154 0.188 0.085 0.002 0.001 0.101 0.393 76 V 0.021 0.022 0.003 0.023 0.194 0.171 0.083 0.001 0.001 0.115 0.367 77 I 0.039 0.031 0.002 0.030 0.189 0.243 0.077 0.002 0.001 0.048 0.339 78 E 0.025 0.020 0.001 0.018 0.114 0.235 0.079 0.001 0.001 0.052 0.456 79 T 0.014 0.011 0.001 0.031 0.207 0.297 0.077 0.001 0.001 0.066 0.294 80 G 0.015 0.011 0.001 0.054 0.144 0.344 0.083 0.002 0.001 0.069 0.277 81 I 0.030 0.010 0.001 0.082 0.161 0.235 0.073 0.003 0.001 0.057 0.346 82 R 0.017 0.003 0.001 0.138 0.154 0.166 0.083 0.001 0.001 0.056 0.382 83 T 0.005 0.005 0.001 0.132 0.099 0.166 0.124 0.001 0.001 0.046 0.421 84 C 0.017 0.009 0.004 0.072 0.063 0.075 0.164 0.002 0.001 0.061 0.532 85 V 0.321 0.020 0.004 0.040 0.045 0.054 0.079 0.009 0.002 0.106 0.322 86 P 0.108 0.015 0.001 0.024 0.019 0.024 0.126 0.004 0.001 0.038 0.642 87 A 0.033 0.021 0.001 0.048 0.036 0.075 0.121 0.002 0.001 0.027 0.635 88 G 0.032 0.010 0.001 0.059 0.101 0.283 0.093 0.005 0.001 0.039 0.377 89 C 0.015 0.006 0.001 0.056 0.222 0.391 0.074 0.003 0.001 0.022 0.209 90 I 0.014 0.011 0.001 0.045 0.274 0.190 0.068 0.002 0.001 0.026 0.370 91 V 0.025 0.011 0.001 0.048 0.350 0.283 0.075 0.003 0.001 0.029 0.176 92 P 0.032 0.008 0.001 0.026 0.089 0.183 0.088 0.003 0.001 0.041 0.528 93 I 0.112 0.017 0.001 0.046 0.142 0.139 0.059 0.004 0.001 0.040 0.441 94 V 0.016 0.009 0.001 0.043 0.052 0.064 0.179 0.002 0.001 0.048 0.587 95 F 0.015 0.198 0.002 0.014 0.011 0.011 0.113 0.005 0.001 0.039 0.589 96 D 0.111 0.813 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 0.001 0.009 0.044 97 K 0.054 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.013 0.033 98 N 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 99 Y 0.006 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.017 0.010 100 V 0.010 0.958 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.010 101 A 0.031 0.756 0.021 0.003 0.009 0.006 0.007 0.005 0.006 0.082 0.072 102 A 0.071 0.103 0.209 0.008 0.014 0.014 0.049 0.018 0.060 0.283 0.170 103 L 0.659 0.020 0.052 0.005 0.003 0.012 0.028 0.010 0.037 0.042 0.133 104 R 0.224 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.068 0.002 0.002 0.019 0.674 105 A 0.006 0.001 0.001 0.008 0.003 0.005 0.106 0.001 0.001 0.010 0.859 106 G 0.017 0.001 0.001 0.009 0.004 0.014 0.235 0.001 0.001 0.042 0.677 107 K 0.009 0.001 0.001 0.063 0.026 0.032 0.160 0.001 0.001 0.044 0.664 108 H 0.001 0.001 0.001 0.085 0.029 0.046 0.118 0.001 0.001 0.040 0.680 109 L 0.001 0.001 0.001 0.372 0.106 0.213 0.052 0.001 0.001 0.049 0.206 110 K 0.001 0.001 0.001 0.460 0.110 0.218 0.029 0.001 0.001 0.056 0.126 111 L 0.001 0.001 0.001 0.386 0.197 0.260 0.016 0.001 0.001 0.051 0.089 112 A 0.002 0.001 0.001 0.339 0.201 0.308 0.023 0.001 0.001 0.029 0.097 113 M 0.007 0.003 0.001 0.218 0.156 0.368 0.033 0.001 0.001 0.052 0.162 114 T 0.019 0.003 0.001 0.176 0.151 0.231 0.064 0.001 0.001 0.084 0.271 115 I 0.015 0.003 0.001 0.082 0.115 0.204 0.166 0.001 0.001 0.048 0.365 116 A 0.057 0.003 0.001 0.022 0.040 0.076 0.089 0.001 0.001 0.027 0.684 117 A 0.387 0.001 0.001 0.013 0.027 0.051 0.083 0.002 0.001 0.042 0.393 118 P 0.011 0.001 0.001 0.007 0.019 0.039 0.083 0.001 0.001 0.008 0.832 119 G 0.009 0.001 0.001 0.010 0.024 0.066 0.116 0.001 0.001 0.016 0.758 120 E 0.014 0.001 0.001 0.013 0.102 0.139 0.089 0.001 0.001 0.022 0.620 121 P 0.006 0.001 0.001 0.011 0.068 0.085 0.149 0.001 0.001 0.039 0.641 122 P 0.007 0.001 0.001 0.029 0.134 0.217 0.077 0.001 0.001 0.031 0.503 123 L 0.011 0.002 0.001 0.028 0.110 0.188 0.085 0.001 0.001 0.034 0.543 124 N 0.020 0.007 0.001 0.063 0.147 0.363 0.076 0.001 0.001 0.039 0.285 125 D 0.006 0.004 0.001 0.063 0.120 0.298 0.083 0.001 0.001 0.042 0.384 126 L 0.007 0.010 0.001 0.177 0.184 0.307 0.082 0.001 0.001 0.041 0.191 127 F 0.003 0.007 0.001 0.223 0.108 0.191 0.130 0.001 0.001 0.064 0.274 128 V 0.004 0.024 0.003 0.177 0.168 0.179 0.124 0.001 0.001 0.079 0.239 129 Q 0.221 0.146 0.002 0.094 0.056 0.084 0.048 0.016 0.001 0.066 0.267 130 L 0.415 0.150 0.001 0.050 0.018 0.014 0.041 0.010 0.001 0.106 0.195 131 N 0.014 0.091 0.001 0.042 0.010 0.015 0.098 0.003 0.001 0.232 0.495 132 G 0.007 0.864 0.001 0.008 0.002 0.003 0.010 0.002 0.001 0.032 0.071 133 F 0.027 0.850 0.001 0.004 0.005 0.003 0.007 0.008 0.001 0.042 0.052 134 S 0.021 0.367 0.002 0.003 0.005 0.004 0.013 0.006 0.001 0.511 0.068 135 N 0.015 0.862 0.006 0.002 0.002 0.001 0.008 0.002 0.003 0.068 0.031 136 A 0.028 0.889 0.007 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.004 0.024 0.037 137 L 0.056 0.784 0.010 0.002 0.001 0.002 0.008 0.009 0.008 0.047 0.073 138 N 0.034 0.783 0.006 0.001 0.001 0.002 0.019 0.004 0.005 0.037 0.109 139 R 0.031 0.821 0.008 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.004 0.033 0.081 140 L 0.215 0.480 0.021 0.003 0.002 0.002 0.029 0.019 0.014 0.101 0.115 141 I 0.272 0.162 0.028 0.005 0.003 0.004 0.052 0.014 0.016 0.089 0.355 142 A 0.185 0.040 0.010 0.005 0.003 0.004 0.060 0.008 0.006 0.056 0.623 143 L 0.145 0.014 0.004 0.008 0.003 0.005 0.081 0.006 0.003 0.046 0.684 144 Q 0.045 0.005 0.001 0.008 0.003 0.005 0.105 0.002 0.001 0.026 0.798 145 K 0.017 0.006 0.001 0.008 0.005 0.007 0.101 0.001 0.001 0.020 0.833