# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.646 0.115 0.037 0.065 0.042 0.026 0.030 0.018 0.011 0.006 0.004 2 S 0.300 0.200 0.072 0.143 0.094 0.056 0.057 0.033 0.023 0.013 0.009 3 L 0.084 0.091 0.043 0.103 0.108 0.097 0.152 0.120 0.098 0.066 0.039 4 T 0.215 0.166 0.089 0.182 0.120 0.079 0.067 0.037 0.023 0.014 0.007 5 E 0.169 0.154 0.166 0.210 0.120 0.073 0.051 0.028 0.016 0.009 0.004 6 T 0.103 0.187 0.094 0.210 0.137 0.091 0.083 0.048 0.025 0.015 0.006 7 Y 0.036 0.028 0.022 0.057 0.072 0.102 0.181 0.165 0.151 0.118 0.068 8 G 0.319 0.200 0.169 0.167 0.072 0.032 0.021 0.010 0.006 0.003 0.001 9 L 0.062 0.064 0.101 0.167 0.151 0.122 0.139 0.085 0.054 0.037 0.019 10 W 0.015 0.019 0.020 0.037 0.052 0.087 0.174 0.164 0.191 0.156 0.084 11 S 0.067 0.094 0.085 0.181 0.151 0.119 0.120 0.074 0.057 0.035 0.017 12 I 0.028 0.022 0.067 0.077 0.089 0.128 0.188 0.149 0.120 0.087 0.046 13 N 0.050 0.081 0.070 0.171 0.146 0.131 0.162 0.085 0.055 0.033 0.016 14 C 0.011 0.007 0.011 0.020 0.032 0.044 0.123 0.173 0.213 0.192 0.174 15 G 0.182 0.154 0.121 0.193 0.134 0.069 0.065 0.036 0.024 0.015 0.008 16 I 0.067 0.082 0.080 0.146 0.132 0.128 0.172 0.082 0.058 0.035 0.017 17 Q 0.239 0.349 0.092 0.134 0.075 0.045 0.033 0.015 0.009 0.006 0.003 18 E 0.454 0.302 0.039 0.094 0.046 0.024 0.020 0.011 0.006 0.003 0.002 19 G 0.664 0.150 0.028 0.058 0.032 0.020 0.019 0.013 0.008 0.005 0.003 20 K 0.267 0.172 0.068 0.169 0.109 0.084 0.065 0.032 0.019 0.011 0.005 21 K 0.085 0.178 0.112 0.225 0.153 0.108 0.074 0.036 0.017 0.009 0.004 22 V 0.012 0.017 0.025 0.050 0.074 0.124 0.197 0.168 0.155 0.114 0.064 23 C 0.012 0.016 0.039 0.067 0.079 0.133 0.205 0.160 0.142 0.102 0.046 24 F 0.017 0.041 0.126 0.202 0.158 0.144 0.140 0.075 0.052 0.030 0.014 25 M 0.003 0.003 0.014 0.015 0.027 0.041 0.103 0.159 0.214 0.212 0.209 26 H 0.010 0.015 0.029 0.056 0.080 0.090 0.173 0.167 0.168 0.132 0.079 27 R 0.024 0.037 0.106 0.147 0.149 0.125 0.160 0.102 0.074 0.049 0.026 28 Q 0.054 0.052 0.104 0.138 0.142 0.140 0.162 0.094 0.058 0.036 0.019 29 E 0.111 0.092 0.068 0.128 0.112 0.105 0.163 0.098 0.065 0.040 0.018 30 V 0.086 0.093 0.058 0.098 0.093 0.114 0.180 0.105 0.083 0.061 0.029 31 N 0.210 0.291 0.139 0.163 0.082 0.048 0.036 0.014 0.009 0.006 0.003 32 D 0.426 0.287 0.069 0.102 0.047 0.028 0.021 0.010 0.005 0.003 0.002 33 Q 0.515 0.255 0.037 0.088 0.044 0.022 0.017 0.011 0.006 0.004 0.002 34 N 0.311 0.142 0.037 0.112 0.093 0.085 0.090 0.061 0.035 0.023 0.011 35 R 0.093 0.118 0.100 0.220 0.161 0.131 0.083 0.047 0.025 0.016 0.007 36 V 0.016 0.034 0.049 0.095 0.109 0.184 0.231 0.128 0.082 0.049 0.021 37 V 0.004 0.009 0.016 0.042 0.063 0.099 0.172 0.156 0.185 0.143 0.110 38 V 0.002 0.003 0.009 0.014 0.025 0.038 0.106 0.149 0.231 0.229 0.195 39 A 0.004 0.014 0.037 0.111 0.152 0.142 0.170 0.123 0.113 0.081 0.053 40 M 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.014 0.045 0.098 0.214 0.266 0.346 41 S 0.004 0.009 0.014 0.058 0.096 0.092 0.164 0.177 0.156 0.125 0.106 42 V 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.016 0.045 0.080 0.214 0.297 0.327 43 V 0.010 0.013 0.025 0.078 0.119 0.151 0.197 0.138 0.125 0.093 0.053 44 L 0.020 0.035 0.041 0.083 0.080 0.142 0.212 0.121 0.133 0.093 0.041 45 N 0.045 0.081 0.042 0.101 0.098 0.138 0.184 0.100 0.093 0.066 0.052 46 A 0.279 0.282 0.051 0.122 0.078 0.056 0.060 0.030 0.020 0.013 0.008 47 D 0.670 0.166 0.023 0.066 0.031 0.015 0.012 0.007 0.005 0.003 0.002 48 G 0.517 0.150 0.024 0.081 0.058 0.043 0.047 0.031 0.022 0.017 0.011 49 V 0.111 0.164 0.047 0.169 0.140 0.116 0.091 0.063 0.043 0.035 0.020 50 V 0.041 0.086 0.039 0.097 0.105 0.182 0.167 0.106 0.085 0.061 0.032 51 S 0.107 0.125 0.059 0.180 0.144 0.123 0.111 0.069 0.042 0.025 0.017 52 G 0.080 0.038 0.032 0.063 0.063 0.081 0.154 0.138 0.157 0.120 0.073 53 N 0.078 0.117 0.059 0.238 0.168 0.108 0.097 0.052 0.042 0.024 0.016 54 L 0.005 0.006 0.007 0.012 0.018 0.028 0.063 0.107 0.221 0.257 0.276 55 T 0.024 0.057 0.038 0.145 0.170 0.140 0.137 0.108 0.080 0.054 0.048 56 V 0.005 0.005 0.010 0.019 0.033 0.038 0.096 0.185 0.204 0.197 0.208 57 P 0.014 0.020 0.026 0.070 0.093 0.081 0.118 0.155 0.156 0.149 0.119 58 F 0.005 0.007 0.009 0.026 0.035 0.050 0.125 0.160 0.233 0.211 0.137 59 G 0.053 0.053 0.040 0.142 0.143 0.126 0.141 0.097 0.093 0.066 0.046 60 I 0.034 0.021 0.028 0.055 0.070 0.081 0.159 0.152 0.163 0.136 0.101 61 L 0.031 0.050 0.035 0.114 0.122 0.123 0.161 0.119 0.106 0.083 0.056 62 V 0.006 0.011 0.008 0.020 0.032 0.045 0.121 0.135 0.198 0.203 0.221 63 S 0.155 0.216 0.087 0.198 0.150 0.085 0.051 0.023 0.016 0.012 0.007 64 K 0.229 0.162 0.069 0.175 0.114 0.089 0.087 0.038 0.021 0.011 0.005 65 P 0.269 0.143 0.032 0.167 0.118 0.089 0.076 0.043 0.030 0.019 0.013 66 V 0.004 0.004 0.003 0.005 0.010 0.019 0.060 0.095 0.226 0.256 0.318 67 R 0.023 0.102 0.070 0.339 0.262 0.113 0.050 0.021 0.011 0.005 0.003 68 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.031 0.066 0.192 0.258 0.436 69 Q 0.028 0.083 0.057 0.332 0.289 0.098 0.062 0.030 0.012 0.004 0.004 70 V 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.012 0.043 0.083 0.192 0.259 0.390 71 D 0.039 0.116 0.064 0.237 0.228 0.138 0.086 0.042 0.025 0.015 0.010 72 E 0.355 0.277 0.072 0.134 0.057 0.036 0.033 0.016 0.011 0.006 0.003 73 G 0.414 0.119 0.032 0.111 0.082 0.074 0.073 0.042 0.026 0.016 0.010 74 K 0.299 0.276 0.064 0.163 0.078 0.045 0.035 0.018 0.011 0.007 0.003 75 A 0.071 0.058 0.037 0.104 0.113 0.149 0.165 0.118 0.088 0.062 0.036 76 V 0.053 0.087 0.068 0.141 0.133 0.130 0.132 0.097 0.070 0.056 0.033 77 I 0.017 0.024 0.033 0.069 0.085 0.144 0.211 0.151 0.130 0.092 0.043 78 E 0.088 0.143 0.116 0.253 0.161 0.096 0.069 0.035 0.020 0.012 0.007 79 T 0.033 0.018 0.022 0.039 0.052 0.077 0.146 0.154 0.183 0.151 0.126 80 G 0.144 0.141 0.054 0.206 0.163 0.087 0.087 0.056 0.032 0.018 0.012 81 I 0.007 0.007 0.010 0.016 0.024 0.039 0.080 0.107 0.218 0.246 0.246 82 R 0.042 0.057 0.053 0.148 0.179 0.157 0.146 0.091 0.062 0.039 0.026 83 T 0.074 0.079 0.081 0.168 0.136 0.114 0.133 0.086 0.064 0.041 0.024 84 C 0.010 0.012 0.010 0.022 0.032 0.066 0.121 0.124 0.193 0.202 0.207 85 V 0.048 0.076 0.028 0.120 0.128 0.108 0.161 0.121 0.098 0.071 0.042 86 P 0.211 0.138 0.074 0.173 0.119 0.091 0.076 0.047 0.034 0.024 0.013 87 A 0.148 0.106 0.051 0.151 0.126 0.112 0.133 0.076 0.051 0.029 0.017 88 G 0.062 0.065 0.028 0.117 0.115 0.118 0.149 0.114 0.102 0.075 0.056 89 C 0.005 0.006 0.007 0.013 0.021 0.039 0.080 0.112 0.220 0.222 0.275 90 I 0.014 0.029 0.033 0.096 0.132 0.126 0.152 0.121 0.122 0.096 0.080 91 V 0.004 0.004 0.008 0.014 0.023 0.034 0.088 0.141 0.227 0.224 0.231 92 P 0.080 0.123 0.058 0.240 0.191 0.107 0.093 0.047 0.032 0.017 0.011 93 I 0.027 0.010 0.014 0.028 0.045 0.051 0.133 0.168 0.191 0.162 0.172 94 V 0.156 0.176 0.078 0.237 0.157 0.077 0.053 0.029 0.018 0.011 0.007 95 F 0.013 0.031 0.014 0.031 0.045 0.078 0.178 0.148 0.181 0.170 0.111 96 D 0.117 0.359 0.071 0.178 0.112 0.071 0.047 0.020 0.013 0.008 0.004 97 K 0.713 0.102 0.046 0.075 0.031 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 98 N 0.485 0.154 0.056 0.143 0.076 0.037 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 99 Y 0.002 0.009 0.008 0.022 0.037 0.066 0.142 0.157 0.231 0.202 0.124 100 V 0.002 0.003 0.010 0.026 0.075 0.192 0.280 0.162 0.123 0.086 0.039 101 A 0.013 0.040 0.633 0.203 0.069 0.023 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 102 A 0.002 0.004 0.026 0.045 0.066 0.211 0.338 0.135 0.098 0.055 0.020 103 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.038 0.071 0.225 0.289 0.359 104 R 0.011 0.044 0.224 0.173 0.188 0.142 0.115 0.052 0.027 0.019 0.007 105 A 0.014 0.081 0.366 0.219 0.147 0.086 0.051 0.020 0.009 0.005 0.003 106 G 0.213 0.071 0.039 0.059 0.069 0.094 0.160 0.120 0.077 0.061 0.038 107 K 0.278 0.184 0.072 0.152 0.092 0.070 0.073 0.041 0.022 0.011 0.005 108 H 0.126 0.152 0.123 0.250 0.155 0.087 0.054 0.027 0.014 0.008 0.005 109 L 0.004 0.004 0.008 0.007 0.015 0.032 0.089 0.119 0.213 0.217 0.292 110 K 0.035 0.114 0.090 0.248 0.228 0.119 0.087 0.041 0.021 0.010 0.006 111 L 0.005 0.003 0.015 0.014 0.023 0.041 0.090 0.133 0.221 0.234 0.222 112 A 0.028 0.056 0.061 0.212 0.204 0.139 0.131 0.076 0.047 0.026 0.019 113 M 0.003 0.004 0.007 0.011 0.016 0.023 0.069 0.118 0.224 0.253 0.273 114 T 0.041 0.048 0.054 0.153 0.183 0.143 0.132 0.095 0.070 0.047 0.034 115 I 0.067 0.062 0.064 0.125 0.114 0.107 0.157 0.110 0.095 0.060 0.038 116 A 0.049 0.042 0.033 0.082 0.094 0.110 0.163 0.128 0.122 0.093 0.084 117 A 0.169 0.194 0.056 0.118 0.094 0.081 0.110 0.062 0.054 0.037 0.024 118 P 0.403 0.252 0.047 0.136 0.070 0.032 0.026 0.015 0.009 0.005 0.004 119 G 0.640 0.136 0.024 0.058 0.036 0.025 0.027 0.019 0.015 0.011 0.008 120 E 0.314 0.212 0.039 0.149 0.093 0.062 0.053 0.033 0.022 0.014 0.008 121 P 0.154 0.178 0.051 0.147 0.118 0.104 0.089 0.064 0.045 0.030 0.019 122 P 0.114 0.093 0.034 0.093 0.093 0.111 0.145 0.114 0.095 0.065 0.044 123 L 0.198 0.155 0.063 0.175 0.116 0.076 0.077 0.056 0.041 0.026 0.017 124 N 0.139 0.079 0.043 0.113 0.104 0.094 0.131 0.106 0.090 0.062 0.039 125 D 0.118 0.126 0.053 0.171 0.146 0.100 0.094 0.073 0.056 0.039 0.025 126 L 0.046 0.037 0.024 0.067 0.080 0.106 0.185 0.167 0.138 0.100 0.051 127 F 0.141 0.127 0.073 0.218 0.149 0.092 0.081 0.050 0.034 0.021 0.014 128 V 0.015 0.010 0.013 0.023 0.035 0.052 0.111 0.156 0.205 0.206 0.172 129 Q 0.047 0.120 0.071 0.222 0.180 0.100 0.098 0.066 0.048 0.030 0.016 130 L 0.006 0.006 0.009 0.019 0.033 0.063 0.140 0.146 0.208 0.200 0.169 131 N 0.187 0.141 0.134 0.230 0.146 0.067 0.045 0.024 0.014 0.008 0.005 132 G 0.074 0.066 0.038 0.118 0.125 0.121 0.192 0.116 0.077 0.046 0.025 133 F 0.002 0.003 0.004 0.007 0.013 0.020 0.057 0.094 0.211 0.260 0.329 134 S 0.075 0.068 0.080 0.183 0.199 0.142 0.137 0.057 0.035 0.017 0.008 135 N 0.120 0.110 0.251 0.260 0.130 0.061 0.038 0.015 0.007 0.004 0.002 136 A 0.003 0.005 0.010 0.016 0.030 0.054 0.143 0.154 0.220 0.193 0.172 137 L 0.002 0.003 0.005 0.015 0.032 0.067 0.181 0.169 0.216 0.195 0.115 138 N 0.030 0.063 0.494 0.214 0.106 0.050 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 139 R 0.021 0.040 0.160 0.176 0.178 0.160 0.157 0.062 0.026 0.013 0.007 140 L 0.006 0.006 0.010 0.012 0.018 0.031 0.103 0.140 0.230 0.244 0.200 141 I 0.087 0.083 0.132 0.191 0.173 0.120 0.116 0.052 0.026 0.014 0.006 142 A 0.074 0.093 0.433 0.207 0.099 0.048 0.026 0.011 0.006 0.003 0.002 143 L 0.040 0.055 0.078 0.088 0.106 0.125 0.214 0.130 0.080 0.051 0.032 144 Q 0.058 0.062 0.052 0.081 0.093 0.115 0.206 0.135 0.102 0.063 0.033 145 K 0.269 0.199 0.250 0.162 0.066 0.025 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001