# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.003 0.005 0.005 0.010 0.011 0.001 0.957 2 S 0.041 0.011 0.019 0.021 0.041 0.105 0.007 0.755 3 L 0.136 0.025 0.039 0.047 0.069 0.113 0.007 0.565 4 T 0.066 0.063 0.042 0.081 0.107 0.126 0.007 0.508 5 E 0.088 0.081 0.048 0.076 0.118 0.099 0.009 0.481 6 T 0.122 0.092 0.036 0.040 0.074 0.146 0.015 0.474 7 Y 0.089 0.135 0.059 0.077 0.128 0.051 0.019 0.441 8 G 0.066 0.072 0.040 0.085 0.146 0.062 0.027 0.502 9 L 0.149 0.044 0.048 0.089 0.098 0.195 0.021 0.358 10 W 0.062 0.046 0.057 0.206 0.249 0.041 0.012 0.326 11 S 0.021 0.030 0.042 0.300 0.453 0.045 0.005 0.103 12 I 0.016 0.017 0.044 0.397 0.415 0.014 0.002 0.095 13 N 0.007 0.019 0.028 0.361 0.519 0.019 0.002 0.045 14 C 0.010 0.008 0.013 0.399 0.475 0.011 0.002 0.081 15 G 0.006 0.010 0.018 0.306 0.525 0.024 0.002 0.109 16 I 0.008 0.008 0.011 0.256 0.434 0.030 0.003 0.250 17 Q 0.022 0.021 0.015 0.173 0.319 0.096 0.007 0.347 18 E 0.039 0.017 0.011 0.037 0.067 0.190 0.011 0.626 19 G 0.151 0.012 0.011 0.020 0.033 0.096 0.057 0.620 20 K 0.379 0.010 0.019 0.021 0.026 0.105 0.055 0.385 21 K 0.056 0.006 0.042 0.054 0.069 0.112 0.006 0.654 22 V 0.010 0.003 0.038 0.049 0.160 0.043 0.001 0.695 23 C 0.018 0.003 0.058 0.284 0.421 0.043 0.001 0.171 24 F 0.011 0.008 0.105 0.277 0.340 0.049 0.001 0.209 25 M 0.006 0.012 0.116 0.254 0.391 0.029 0.001 0.190 26 H 0.006 0.021 0.084 0.235 0.557 0.030 0.002 0.066 27 R 0.022 0.020 0.038 0.210 0.452 0.032 0.005 0.221 28 Q 0.033 0.032 0.042 0.239 0.363 0.042 0.009 0.240 29 E 0.043 0.024 0.020 0.179 0.311 0.036 0.010 0.375 30 V 0.037 0.032 0.021 0.175 0.362 0.053 0.009 0.311 31 N 0.053 0.036 0.017 0.160 0.232 0.085 0.015 0.402 32 D 0.073 0.025 0.012 0.038 0.051 0.068 0.013 0.719 33 Q 0.057 0.024 0.013 0.019 0.021 0.383 0.021 0.462 34 N 0.330 0.026 0.012 0.015 0.017 0.187 0.083 0.330 35 R 0.260 0.036 0.046 0.035 0.038 0.227 0.030 0.327 36 V 0.022 0.010 0.045 0.074 0.110 0.064 0.003 0.673 37 V 0.012 0.008 0.068 0.192 0.501 0.039 0.002 0.177 38 V 0.008 0.004 0.046 0.431 0.459 0.008 0.001 0.043 39 A 0.003 0.006 0.100 0.321 0.503 0.009 0.001 0.057 40 M 0.002 0.002 0.039 0.431 0.509 0.004 0.001 0.013 41 S 0.001 0.002 0.030 0.371 0.585 0.003 0.001 0.008 42 V 0.001 0.001 0.031 0.418 0.514 0.003 0.001 0.031 43 V 0.001 0.001 0.021 0.368 0.595 0.003 0.001 0.012 44 L 0.002 0.001 0.017 0.238 0.568 0.016 0.001 0.156 45 N 0.002 0.001 0.009 0.365 0.559 0.021 0.001 0.041 46 A 0.014 0.004 0.021 0.080 0.153 0.121 0.007 0.600 47 D 0.016 0.003 0.007 0.019 0.020 0.520 0.019 0.396 48 G 0.580 0.003 0.004 0.006 0.008 0.050 0.227 0.123 49 V 0.217 0.007 0.027 0.022 0.018 0.472 0.019 0.219 50 V 0.004 0.001 0.015 0.050 0.100 0.042 0.001 0.787 51 S 0.009 0.002 0.030 0.125 0.580 0.046 0.001 0.207 52 G 0.019 0.003 0.030 0.301 0.470 0.025 0.001 0.151 53 N 0.033 0.006 0.106 0.266 0.338 0.079 0.003 0.170 54 L 0.013 0.003 0.101 0.383 0.312 0.024 0.001 0.162 55 T 0.003 0.003 0.137 0.246 0.509 0.015 0.001 0.085 56 V 0.005 0.002 0.107 0.323 0.418 0.027 0.001 0.116 57 P 0.001 0.001 0.007 0.006 0.026 0.003 0.001 0.957 58 F 0.011 0.002 0.046 0.093 0.322 0.046 0.002 0.477 59 G 0.091 0.005 0.058 0.082 0.206 0.047 0.010 0.499 60 I 0.178 0.009 0.082 0.157 0.148 0.059 0.006 0.362 61 L 0.028 0.009 0.070 0.104 0.158 0.041 0.004 0.586 62 V 0.043 0.008 0.059 0.130 0.287 0.043 0.006 0.425 63 S 0.029 0.007 0.039 0.052 0.108 0.061 0.006 0.698 64 K 0.037 0.002 0.024 0.041 0.054 0.071 0.006 0.765 65 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.987 66 V 0.042 0.001 0.088 0.294 0.313 0.053 0.003 0.205 67 R 0.022 0.001 0.121 0.170 0.239 0.038 0.002 0.407 68 L 0.013 0.001 0.127 0.270 0.338 0.016 0.001 0.234 69 Q 0.006 0.001 0.169 0.245 0.423 0.021 0.001 0.135 70 V 0.005 0.001 0.151 0.300 0.303 0.036 0.001 0.204 71 D 0.002 0.001 0.095 0.298 0.306 0.109 0.001 0.187 72 E 0.003 0.001 0.011 0.006 0.017 0.075 0.001 0.886 73 G 0.024 0.001 0.008 0.010 0.018 0.704 0.013 0.222 74 K 0.522 0.003 0.005 0.007 0.009 0.211 0.038 0.207 75 A 0.044 0.012 0.022 0.050 0.054 0.060 0.003 0.754 76 V 0.013 0.013 0.049 0.099 0.288 0.095 0.002 0.441 77 I 0.032 0.015 0.036 0.198 0.382 0.032 0.001 0.302 78 E 0.024 0.044 0.048 0.107 0.290 0.062 0.004 0.422 79 T 0.075 0.035 0.062 0.118 0.204 0.058 0.010 0.437 80 G 0.063 0.021 0.072 0.043 0.090 0.053 0.012 0.646 81 I 0.041 0.019 0.128 0.097 0.124 0.065 0.007 0.517 82 R 0.041 0.026 0.151 0.180 0.193 0.117 0.008 0.284 83 T 0.076 0.021 0.119 0.090 0.135 0.081 0.008 0.469 84 C 0.057 0.022 0.144 0.084 0.185 0.065 0.008 0.436 85 V 0.048 0.021 0.109 0.123 0.168 0.154 0.008 0.370 86 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 87 A 0.023 0.007 0.039 0.036 0.111 0.110 0.009 0.665 88 G 0.368 0.006 0.037 0.029 0.036 0.057 0.029 0.439 89 C 0.259 0.015 0.112 0.187 0.110 0.064 0.012 0.242 90 I 0.028 0.013 0.154 0.118 0.207 0.054 0.004 0.421 91 V 0.018 0.005 0.146 0.277 0.366 0.030 0.001 0.157 92 P 0.001 0.001 0.003 0.002 0.011 0.001 0.001 0.981 93 I 0.017 0.003 0.069 0.084 0.185 0.087 0.002 0.553 94 V 0.029 0.003 0.033 0.025 0.066 0.024 0.001 0.819 95 F 0.069 0.011 0.041 0.025 0.073 0.124 0.004 0.654 96 D 0.071 0.022 0.018 0.014 0.029 0.270 0.006 0.571 97 K 0.020 0.013 0.002 0.001 0.001 0.054 0.002 0.908 98 N 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.591 0.001 0.386 99 Y 0.061 0.147 0.001 0.001 0.001 0.527 0.005 0.259 100 V 0.016 0.850 0.003 0.001 0.001 0.029 0.001 0.101 101 A 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 102 A 0.007 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 103 L 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 104 R 0.010 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 105 A 0.041 0.823 0.003 0.001 0.001 0.002 0.106 0.024 106 G 0.458 0.111 0.021 0.001 0.001 0.001 0.361 0.046 107 K 0.337 0.064 0.320 0.042 0.005 0.029 0.058 0.146 108 H 0.018 0.018 0.209 0.034 0.021 0.068 0.008 0.624 109 L 0.075 0.013 0.277 0.178 0.182 0.027 0.005 0.244 110 K 0.024 0.008 0.555 0.123 0.130 0.035 0.002 0.123 111 L 0.005 0.002 0.494 0.210 0.177 0.015 0.001 0.096 112 A 0.001 0.001 0.632 0.129 0.203 0.011 0.001 0.023 113 M 0.002 0.001 0.331 0.189 0.289 0.018 0.001 0.168 114 T 0.002 0.001 0.290 0.220 0.334 0.039 0.001 0.112 115 I 0.009 0.001 0.067 0.077 0.176 0.037 0.002 0.631 116 A 0.022 0.003 0.077 0.128 0.323 0.083 0.008 0.357 117 A 0.065 0.003 0.028 0.048 0.077 0.134 0.011 0.636 118 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 119 G 0.042 0.001 0.020 0.023 0.059 0.083 0.014 0.758 120 E 0.416 0.001 0.019 0.026 0.027 0.080 0.006 0.424 121 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.997 122 P 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.003 0.001 0.971 123 L 0.022 0.001 0.012 0.027 0.059 0.030 0.001 0.849 124 N 0.083 0.002 0.036 0.178 0.237 0.078 0.002 0.383 125 D 0.065 0.003 0.059 0.081 0.113 0.112 0.005 0.561 126 L 0.080 0.005 0.083 0.136 0.141 0.118 0.008 0.429 127 F 0.064 0.005 0.059 0.058 0.081 0.340 0.009 0.384 128 V 0.034 0.006 0.107 0.212 0.222 0.073 0.003 0.344 129 Q 0.009 0.010 0.099 0.069 0.177 0.156 0.002 0.478 130 L 0.023 0.017 0.065 0.054 0.101 0.122 0.003 0.616 131 N 0.023 0.035 0.037 0.015 0.045 0.294 0.006 0.546 132 G 0.183 0.026 0.013 0.004 0.009 0.399 0.022 0.345 133 F 0.328 0.140 0.080 0.008 0.012 0.170 0.017 0.245 134 S 0.023 0.201 0.023 0.008 0.009 0.305 0.004 0.426 135 N 0.028 0.327 0.022 0.002 0.008 0.056 0.003 0.554 136 A 0.035 0.715 0.015 0.001 0.003 0.073 0.004 0.155 137 L 0.034 0.740 0.001 0.001 0.001 0.068 0.006 0.149 138 N 0.040 0.901 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.037 139 R 0.047 0.912 0.006 0.001 0.001 0.002 0.008 0.026 140 L 0.020 0.919 0.010 0.001 0.001 0.005 0.005 0.041 141 I 0.015 0.896 0.003 0.001 0.001 0.013 0.005 0.067 142 A 0.026 0.908 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.048 143 L 0.043 0.883 0.009 0.001 0.001 0.007 0.016 0.041 144 Q 0.066 0.843 0.016 0.002 0.001 0.005 0.016 0.051 145 K 0.046 0.787 0.034 0.004 0.003 0.008 0.014 0.103