# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.192 0.185 0.309 0.090 0.089 0.037 0.044 0.018 0.017 0.016 0.003 2 S 0.159 0.334 0.249 0.083 0.077 0.036 0.028 0.005 0.026 0.002 0.001 3 L 0.146 0.373 0.327 0.036 0.035 0.051 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 4 T 0.239 0.353 0.218 0.090 0.036 0.035 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 5 E 0.153 0.429 0.213 0.047 0.081 0.028 0.017 0.003 0.026 0.002 0.001 6 T 0.177 0.417 0.179 0.095 0.043 0.047 0.010 0.002 0.027 0.001 0.002 7 Y 0.081 0.295 0.218 0.233 0.046 0.022 0.062 0.003 0.037 0.002 0.001 8 G 0.052 0.031 0.086 0.026 0.192 0.013 0.074 0.262 0.008 0.254 0.001 9 L 0.165 0.274 0.337 0.102 0.051 0.029 0.020 0.004 0.014 0.002 0.002 10 W 0.155 0.392 0.204 0.102 0.104 0.016 0.008 0.002 0.014 0.001 0.001 11 S 0.046 0.638 0.122 0.022 0.133 0.013 0.005 0.001 0.020 0.001 0.001 12 I 0.022 0.786 0.117 0.007 0.040 0.012 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 13 N 0.047 0.491 0.239 0.039 0.071 0.067 0.009 0.001 0.033 0.001 0.002 14 C 0.057 0.519 0.204 0.057 0.073 0.016 0.019 0.001 0.050 0.002 0.001 15 G 0.129 0.145 0.269 0.049 0.108 0.105 0.090 0.038 0.020 0.039 0.009 16 I 0.114 0.444 0.280 0.060 0.056 0.013 0.005 0.001 0.025 0.001 0.001 17 Q 0.163 0.223 0.407 0.032 0.020 0.051 0.017 0.002 0.068 0.008 0.009 18 E 0.247 0.077 0.251 0.269 0.016 0.011 0.099 0.003 0.015 0.004 0.008 19 G 0.003 0.001 0.005 0.003 0.014 0.001 0.101 0.762 0.001 0.109 0.001 20 K 0.059 0.163 0.596 0.077 0.029 0.030 0.027 0.007 0.007 0.003 0.001 21 K 0.054 0.296 0.501 0.046 0.018 0.067 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 22 V 0.065 0.574 0.223 0.049 0.021 0.055 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 23 C 0.055 0.539 0.212 0.030 0.091 0.057 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 24 F 0.065 0.615 0.118 0.018 0.120 0.040 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 25 M 0.067 0.683 0.128 0.013 0.055 0.025 0.003 0.001 0.026 0.001 0.001 26 H 0.106 0.453 0.167 0.103 0.102 0.035 0.009 0.001 0.022 0.001 0.001 27 R 0.080 0.412 0.152 0.072 0.172 0.025 0.041 0.004 0.039 0.002 0.001 28 Q 0.077 0.527 0.245 0.020 0.065 0.026 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 29 E 0.245 0.256 0.343 0.042 0.024 0.057 0.010 0.001 0.019 0.001 0.004 30 V 0.191 0.377 0.213 0.084 0.068 0.027 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 31 N 0.281 0.168 0.225 0.106 0.053 0.078 0.033 0.011 0.027 0.013 0.005 32 D 0.456 0.140 0.097 0.172 0.029 0.022 0.043 0.008 0.026 0.006 0.002 33 Q 0.295 0.049 0.062 0.450 0.018 0.006 0.100 0.007 0.008 0.003 0.001 34 N 0.006 0.007 0.011 0.064 0.015 0.005 0.764 0.121 0.003 0.004 0.001 35 R 0.010 0.188 0.666 0.015 0.020 0.046 0.039 0.006 0.008 0.002 0.001 36 V 0.033 0.266 0.579 0.056 0.003 0.057 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 37 V 0.022 0.757 0.137 0.024 0.027 0.026 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 38 V 0.010 0.752 0.044 0.006 0.171 0.010 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 A 0.001 0.684 0.042 0.001 0.261 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 40 M 0.001 0.885 0.028 0.001 0.073 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 41 S 0.001 0.837 0.057 0.001 0.091 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 42 V 0.002 0.896 0.056 0.002 0.020 0.014 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 43 V 0.005 0.823 0.084 0.002 0.050 0.017 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 44 L 0.038 0.344 0.412 0.025 0.023 0.120 0.006 0.001 0.027 0.001 0.004 45 N 0.027 0.189 0.447 0.014 0.061 0.053 0.018 0.002 0.178 0.012 0.002 46 A 0.830 0.009 0.103 0.030 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.007 0.011 47 D 0.018 0.007 0.014 0.847 0.005 0.003 0.099 0.004 0.003 0.001 0.001 48 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.001 0.092 0.821 0.001 0.063 0.001 49 V 0.035 0.252 0.604 0.045 0.018 0.021 0.011 0.002 0.008 0.002 0.002 50 V 0.029 0.477 0.385 0.039 0.015 0.038 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 51 S 0.044 0.512 0.224 0.072 0.086 0.019 0.013 0.001 0.025 0.001 0.001 52 G 0.009 0.147 0.137 0.015 0.544 0.022 0.043 0.051 0.008 0.023 0.001 53 N 0.006 0.649 0.226 0.005 0.071 0.023 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 54 L 0.006 0.553 0.346 0.005 0.015 0.058 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 55 T 0.023 0.667 0.173 0.015 0.021 0.081 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 56 V 0.007 0.562 0.241 0.001 0.059 0.022 0.002 0.001 0.105 0.001 0.001 57 P 0.070 0.015 0.763 0.007 0.010 0.061 0.002 0.001 0.008 0.006 0.057 58 F 0.121 0.190 0.302 0.210 0.059 0.015 0.049 0.007 0.040 0.003 0.003 59 G 0.018 0.026 0.067 0.016 0.137 0.016 0.122 0.463 0.005 0.127 0.002 60 I 0.026 0.552 0.287 0.026 0.075 0.017 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 61 L 0.029 0.259 0.478 0.031 0.017 0.142 0.008 0.001 0.027 0.001 0.007 62 V 0.052 0.499 0.261 0.052 0.033 0.045 0.009 0.001 0.045 0.001 0.002 63 S 0.042 0.258 0.446 0.031 0.052 0.050 0.045 0.006 0.054 0.010 0.006 64 K 0.016 0.155 0.643 0.008 0.095 0.013 0.005 0.001 0.052 0.009 0.002 65 P 0.049 0.036 0.804 0.012 0.016 0.030 0.006 0.001 0.005 0.003 0.038 66 V 0.008 0.652 0.195 0.014 0.102 0.009 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 67 R 0.003 0.632 0.251 0.003 0.046 0.041 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 68 L 0.001 0.725 0.167 0.001 0.065 0.031 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 69 Q 0.002 0.501 0.275 0.002 0.031 0.165 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 70 V 0.012 0.575 0.291 0.011 0.023 0.054 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 71 D 0.078 0.234 0.227 0.101 0.081 0.110 0.045 0.019 0.052 0.047 0.007 72 E 0.089 0.102 0.127 0.250 0.067 0.011 0.289 0.023 0.024 0.015 0.003 73 G 0.024 0.019 0.058 0.019 0.108 0.006 0.139 0.433 0.005 0.187 0.001 74 K 0.131 0.252 0.451 0.081 0.029 0.022 0.015 0.002 0.013 0.002 0.002 75 A 0.175 0.245 0.435 0.052 0.037 0.031 0.006 0.002 0.012 0.002 0.002 76 V 0.258 0.322 0.249 0.062 0.032 0.053 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 77 I 0.156 0.501 0.221 0.036 0.040 0.019 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 78 E 0.199 0.318 0.243 0.062 0.043 0.078 0.020 0.003 0.027 0.003 0.003 79 T 0.069 0.451 0.238 0.085 0.090 0.013 0.017 0.001 0.035 0.001 0.001 80 G 0.062 0.058 0.244 0.022 0.151 0.069 0.105 0.139 0.016 0.128 0.005 81 I 0.077 0.401 0.353 0.066 0.044 0.034 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 82 R 0.116 0.488 0.220 0.054 0.064 0.030 0.007 0.002 0.016 0.002 0.001 83 T 0.053 0.528 0.196 0.068 0.087 0.028 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 84 C 0.059 0.387 0.266 0.073 0.050 0.105 0.020 0.003 0.033 0.001 0.003 85 V 0.049 0.369 0.382 0.015 0.045 0.022 0.009 0.001 0.105 0.003 0.001 86 P 0.249 0.029 0.618 0.015 0.014 0.024 0.005 0.001 0.013 0.016 0.016 87 A 0.331 0.074 0.296 0.184 0.024 0.017 0.045 0.007 0.012 0.004 0.006 88 G 0.098 0.048 0.087 0.064 0.214 0.008 0.065 0.324 0.009 0.082 0.001 89 C 0.147 0.337 0.345 0.060 0.050 0.028 0.010 0.002 0.017 0.001 0.002 90 I 0.101 0.466 0.229 0.087 0.032 0.050 0.013 0.001 0.021 0.001 0.002 91 V 0.024 0.560 0.236 0.007 0.084 0.019 0.003 0.001 0.064 0.001 0.001 92 P 0.122 0.053 0.681 0.013 0.013 0.080 0.007 0.001 0.007 0.002 0.021 93 I 0.097 0.488 0.253 0.041 0.055 0.036 0.008 0.001 0.019 0.001 0.001 94 V 0.221 0.223 0.379 0.043 0.029 0.070 0.015 0.001 0.013 0.002 0.004 95 F 0.078 0.325 0.304 0.100 0.115 0.043 0.003 0.001 0.029 0.002 0.001 96 D 0.100 0.048 0.516 0.023 0.022 0.179 0.007 0.001 0.092 0.009 0.002 97 K 0.991 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.985 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.957 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.951 0.002 0.006 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.946 0.008 0.012 0.014 0.001 0.002 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 105 A 0.448 0.011 0.039 0.447 0.004 0.003 0.042 0.002 0.003 0.001 0.001 106 G 0.032 0.003 0.017 0.035 0.022 0.002 0.062 0.760 0.002 0.064 0.001 107 K 0.212 0.118 0.397 0.179 0.025 0.020 0.029 0.006 0.009 0.003 0.002 108 H 0.084 0.389 0.194 0.223 0.037 0.021 0.037 0.003 0.010 0.001 0.001 109 L 0.003 0.645 0.156 0.012 0.164 0.008 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 110 K 0.002 0.801 0.120 0.001 0.043 0.022 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 111 L 0.001 0.724 0.211 0.001 0.014 0.043 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 112 A 0.008 0.789 0.074 0.007 0.088 0.019 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 113 M 0.001 0.696 0.109 0.004 0.159 0.011 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 114 T 0.010 0.816 0.083 0.005 0.042 0.023 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 115 I 0.057 0.463 0.303 0.019 0.048 0.047 0.013 0.001 0.044 0.001 0.003 116 A 0.151 0.276 0.353 0.087 0.025 0.042 0.031 0.002 0.024 0.002 0.007 117 A 0.021 0.235 0.355 0.007 0.108 0.012 0.007 0.001 0.232 0.020 0.001 118 P 0.081 0.007 0.696 0.033 0.002 0.010 0.011 0.001 0.005 0.004 0.151 119 G 0.004 0.002 0.021 0.008 0.011 0.009 0.081 0.816 0.001 0.045 0.002 120 E 0.009 0.295 0.546 0.009 0.044 0.011 0.002 0.001 0.079 0.005 0.001 121 P 0.003 0.004 0.918 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.007 0.003 0.028 122 P 0.155 0.014 0.687 0.020 0.005 0.078 0.003 0.002 0.004 0.003 0.030 123 L 0.148 0.334 0.286 0.099 0.055 0.023 0.011 0.006 0.035 0.003 0.001 124 N 0.068 0.203 0.400 0.111 0.118 0.050 0.010 0.006 0.024 0.008 0.003 125 D 0.086 0.196 0.212 0.222 0.099 0.087 0.049 0.012 0.029 0.004 0.004 126 L 0.059 0.513 0.203 0.061 0.119 0.015 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 127 F 0.045 0.583 0.206 0.017 0.066 0.043 0.020 0.001 0.017 0.001 0.001 128 V 0.007 0.711 0.183 0.004 0.047 0.025 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 129 Q 0.023 0.309 0.467 0.003 0.019 0.129 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 130 L 0.723 0.041 0.145 0.046 0.004 0.031 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 131 N 0.420 0.050 0.085 0.272 0.022 0.010 0.120 0.008 0.009 0.004 0.001 132 G 0.160 0.006 0.027 0.027 0.158 0.007 0.026 0.364 0.002 0.224 0.001 133 F 0.868 0.031 0.047 0.037 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 134 S 0.987 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.987 0.003 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.988 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.955 0.002 0.004 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.972 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.971 0.005 0.009 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.941 0.007 0.011 0.032 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.792 0.011 0.043 0.141 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 144 Q 0.540 0.044 0.112 0.193 0.014 0.015 0.054 0.009 0.014 0.003 0.001 145 K 0.464 0.068 0.169 0.119 0.037 0.020 0.072 0.021 0.011 0.017 0.002