# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.863 0.094 0.035 0.006 0.001 0.001 0.001 2 S 0.704 0.191 0.084 0.016 0.004 0.001 0.001 3 L 0.324 0.246 0.200 0.154 0.064 0.012 0.001 4 T 0.560 0.229 0.135 0.058 0.015 0.003 0.001 5 E 0.687 0.206 0.071 0.029 0.007 0.002 0.001 6 T 0.499 0.248 0.164 0.057 0.026 0.006 0.001 7 Y 0.155 0.145 0.187 0.272 0.174 0.061 0.005 8 G 0.436 0.281 0.169 0.077 0.025 0.010 0.001 9 L 0.203 0.250 0.226 0.165 0.107 0.042 0.006 10 W 0.079 0.088 0.117 0.200 0.254 0.220 0.042 11 S 0.105 0.139 0.183 0.210 0.198 0.130 0.035 12 I 0.127 0.161 0.191 0.214 0.166 0.118 0.023 13 N 0.112 0.156 0.218 0.211 0.188 0.102 0.013 14 C 0.075 0.093 0.145 0.228 0.259 0.185 0.014 15 G 0.201 0.284 0.282 0.137 0.074 0.021 0.001 16 I 0.263 0.340 0.207 0.147 0.036 0.007 0.001 17 Q 0.657 0.242 0.076 0.021 0.004 0.001 0.001 18 E 0.724 0.209 0.052 0.013 0.002 0.001 0.001 19 G 0.682 0.232 0.069 0.015 0.002 0.001 0.001 20 K 0.482 0.332 0.137 0.041 0.007 0.001 0.001 21 K 0.156 0.337 0.282 0.155 0.061 0.008 0.001 22 V 0.010 0.045 0.133 0.281 0.376 0.149 0.007 23 C 0.004 0.016 0.055 0.102 0.260 0.508 0.054 24 F 0.013 0.054 0.130 0.290 0.272 0.180 0.061 25 M 0.004 0.007 0.013 0.026 0.097 0.479 0.375 26 H 0.010 0.026 0.057 0.175 0.290 0.335 0.107 27 R 0.038 0.102 0.198 0.238 0.216 0.174 0.034 28 Q 0.052 0.118 0.200 0.250 0.226 0.144 0.011 29 E 0.129 0.251 0.258 0.201 0.113 0.045 0.002 30 V 0.231 0.281 0.226 0.187 0.064 0.011 0.001 31 N 0.736 0.177 0.066 0.017 0.003 0.001 0.001 32 D 0.802 0.150 0.039 0.008 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.776 0.160 0.054 0.008 0.001 0.001 0.001 34 N 0.553 0.297 0.114 0.030 0.005 0.001 0.001 35 R 0.208 0.330 0.253 0.145 0.054 0.010 0.001 36 V 0.018 0.083 0.172 0.299 0.342 0.081 0.003 37 V 0.006 0.022 0.075 0.145 0.284 0.377 0.091 38 V 0.001 0.003 0.009 0.023 0.094 0.557 0.313 39 A 0.003 0.015 0.048 0.174 0.244 0.235 0.281 40 M 0.001 0.001 0.002 0.006 0.037 0.312 0.641 41 S 0.002 0.009 0.029 0.087 0.172 0.334 0.366 42 V 0.001 0.004 0.009 0.028 0.116 0.542 0.300 43 V 0.007 0.031 0.095 0.213 0.326 0.282 0.048 44 L 0.035 0.109 0.209 0.268 0.222 0.141 0.016 45 N 0.122 0.197 0.271 0.249 0.125 0.035 0.002 46 A 0.541 0.263 0.127 0.053 0.013 0.003 0.001 47 D 0.797 0.152 0.039 0.009 0.002 0.001 0.001 48 G 0.694 0.206 0.078 0.017 0.005 0.001 0.001 49 V 0.364 0.378 0.157 0.074 0.021 0.005 0.001 50 V 0.118 0.219 0.194 0.262 0.169 0.036 0.002 51 S 0.142 0.221 0.228 0.230 0.122 0.050 0.006 52 G 0.029 0.054 0.107 0.192 0.329 0.250 0.038 53 N 0.033 0.091 0.178 0.265 0.220 0.147 0.066 54 L 0.008 0.015 0.025 0.054 0.145 0.427 0.325 55 T 0.025 0.053 0.081 0.144 0.195 0.276 0.226 56 V 0.021 0.037 0.051 0.112 0.187 0.303 0.289 57 P 0.025 0.039 0.047 0.085 0.165 0.307 0.332 58 F 0.026 0.046 0.061 0.130 0.198 0.331 0.208 59 G 0.061 0.127 0.198 0.223 0.192 0.147 0.052 60 I 0.053 0.108 0.160 0.233 0.208 0.198 0.039 61 L 0.057 0.105 0.183 0.213 0.246 0.172 0.024 62 V 0.044 0.083 0.145 0.262 0.292 0.157 0.017 63 S 0.233 0.336 0.244 0.133 0.040 0.012 0.001 64 K 0.297 0.373 0.183 0.096 0.038 0.012 0.001 65 P 0.152 0.308 0.310 0.157 0.050 0.020 0.002 66 V 0.007 0.024 0.051 0.204 0.459 0.242 0.013 67 R 0.024 0.169 0.327 0.334 0.115 0.028 0.003 68 L 0.007 0.023 0.038 0.101 0.276 0.510 0.046 69 Q 0.024 0.163 0.329 0.341 0.116 0.025 0.002 70 V 0.012 0.023 0.062 0.244 0.457 0.189 0.012 71 D 0.156 0.306 0.304 0.166 0.055 0.011 0.001 72 E 0.488 0.314 0.143 0.042 0.010 0.003 0.001 73 G 0.500 0.304 0.141 0.041 0.012 0.002 0.001 74 K 0.502 0.344 0.101 0.043 0.008 0.002 0.001 75 A 0.160 0.220 0.220 0.235 0.137 0.028 0.001 76 V 0.198 0.247 0.265 0.176 0.082 0.029 0.002 77 I 0.095 0.160 0.199 0.264 0.212 0.064 0.006 78 E 0.191 0.334 0.239 0.151 0.057 0.024 0.004 79 T 0.072 0.127 0.168 0.243 0.256 0.120 0.015 80 G 0.092 0.222 0.243 0.254 0.124 0.052 0.013 81 I 0.019 0.026 0.049 0.117 0.288 0.392 0.109 82 R 0.046 0.118 0.169 0.245 0.213 0.168 0.042 83 T 0.064 0.173 0.220 0.250 0.162 0.101 0.030 84 C 0.032 0.050 0.083 0.163 0.267 0.305 0.101 85 V 0.037 0.100 0.126 0.209 0.220 0.208 0.099 86 P 0.052 0.134 0.154 0.206 0.194 0.174 0.085 87 A 0.033 0.105 0.155 0.248 0.214 0.172 0.073 88 G 0.022 0.066 0.127 0.184 0.254 0.254 0.093 89 C 0.008 0.018 0.033 0.082 0.206 0.430 0.223 90 I 0.010 0.015 0.032 0.066 0.147 0.380 0.349 91 V 0.006 0.013 0.025 0.062 0.165 0.460 0.269 92 P 0.017 0.082 0.213 0.310 0.217 0.125 0.035 93 I 0.010 0.031 0.066 0.184 0.304 0.354 0.051 94 V 0.040 0.184 0.293 0.222 0.167 0.086 0.009 95 F 0.015 0.042 0.099 0.314 0.356 0.164 0.012 96 D 0.206 0.332 0.276 0.131 0.041 0.013 0.001 97 K 0.450 0.314 0.173 0.049 0.011 0.003 0.001 98 N 0.185 0.353 0.321 0.101 0.032 0.007 0.001 99 Y 0.012 0.035 0.074 0.198 0.374 0.283 0.024 100 V 0.008 0.031 0.126 0.269 0.391 0.161 0.014 101 A 0.077 0.400 0.329 0.145 0.037 0.010 0.001 102 A 0.016 0.082 0.241 0.334 0.258 0.067 0.003 103 L 0.008 0.015 0.037 0.119 0.436 0.354 0.030 104 R 0.073 0.281 0.317 0.233 0.078 0.017 0.001 105 A 0.173 0.394 0.234 0.135 0.053 0.010 0.001 106 G 0.096 0.227 0.283 0.259 0.101 0.033 0.002 107 K 0.377 0.362 0.165 0.070 0.020 0.005 0.001 108 H 0.115 0.412 0.223 0.169 0.063 0.017 0.001 109 L 0.007 0.020 0.052 0.178 0.410 0.313 0.019 110 K 0.024 0.126 0.262 0.341 0.166 0.068 0.012 111 L 0.019 0.049 0.087 0.142 0.262 0.347 0.095 112 A 0.018 0.068 0.155 0.279 0.260 0.175 0.044 113 M 0.008 0.013 0.027 0.078 0.255 0.500 0.120 114 T 0.038 0.125 0.201 0.260 0.214 0.140 0.022 115 I 0.094 0.268 0.290 0.188 0.103 0.053 0.005 116 A 0.048 0.087 0.186 0.360 0.237 0.078 0.003 117 A 0.359 0.326 0.178 0.104 0.026 0.006 0.001 118 P 0.680 0.221 0.078 0.017 0.004 0.001 0.001 119 G 0.694 0.217 0.068 0.017 0.003 0.001 0.001 120 E 0.542 0.300 0.102 0.045 0.010 0.002 0.001 121 P 0.457 0.339 0.129 0.056 0.015 0.003 0.001 122 P 0.178 0.152 0.214 0.234 0.177 0.043 0.002 123 L 0.227 0.329 0.210 0.163 0.056 0.014 0.001 124 N 0.191 0.232 0.199 0.184 0.141 0.047 0.006 125 D 0.214 0.266 0.212 0.161 0.086 0.049 0.012 126 L 0.040 0.082 0.112 0.204 0.292 0.217 0.051 127 F 0.059 0.143 0.221 0.245 0.192 0.111 0.030 128 V 0.013 0.025 0.049 0.101 0.238 0.426 0.148 129 Q 0.026 0.074 0.119 0.202 0.217 0.245 0.117 130 L 0.008 0.022 0.053 0.112 0.286 0.371 0.148 131 N 0.039 0.194 0.265 0.290 0.122 0.068 0.022 132 G 0.009 0.038 0.105 0.209 0.337 0.240 0.062 133 F 0.003 0.009 0.019 0.065 0.218 0.547 0.138 134 S 0.024 0.123 0.305 0.317 0.166 0.055 0.009 135 N 0.047 0.283 0.355 0.203 0.079 0.027 0.006 136 A 0.010 0.033 0.079 0.194 0.353 0.302 0.029 137 L 0.011 0.026 0.080 0.223 0.409 0.224 0.027 138 N 0.167 0.428 0.280 0.097 0.022 0.005 0.001 139 R 0.084 0.292 0.313 0.215 0.082 0.013 0.001 140 L 0.038 0.065 0.130 0.231 0.385 0.145 0.005 141 I 0.270 0.450 0.162 0.096 0.018 0.003 0.001 142 A 0.429 0.393 0.112 0.049 0.015 0.002 0.001 143 L 0.263 0.279 0.232 0.161 0.057 0.008 0.001 144 Q 0.360 0.299 0.208 0.108 0.023 0.003 0.001 145 K 0.758 0.202 0.029 0.009 0.001 0.001 0.001