# TARGET T0514 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 202 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.637 0.149 0.080 0.049 0.031 0.022 0.019 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 S 0.324 0.182 0.144 0.123 0.092 0.069 0.036 0.015 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 3 L 0.150 0.092 0.093 0.139 0.183 0.137 0.090 0.060 0.029 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 4 T 0.304 0.161 0.167 0.132 0.093 0.058 0.038 0.020 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 5 E 0.482 0.149 0.104 0.094 0.067 0.042 0.031 0.013 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 6 T 0.214 0.154 0.146 0.149 0.128 0.095 0.054 0.027 0.019 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 7 Y 0.106 0.081 0.096 0.149 0.178 0.149 0.090 0.072 0.038 0.021 0.009 0.006 0.002 0.001 8 G 0.381 0.175 0.127 0.096 0.069 0.059 0.042 0.019 0.018 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 9 L 0.141 0.114 0.120 0.144 0.145 0.123 0.076 0.052 0.040 0.021 0.013 0.007 0.003 0.001 10 W 0.039 0.034 0.045 0.076 0.132 0.149 0.148 0.134 0.091 0.069 0.044 0.024 0.010 0.004 11 S 0.068 0.061 0.085 0.111 0.141 0.125 0.114 0.099 0.079 0.055 0.036 0.015 0.006 0.005 12 I 0.054 0.034 0.043 0.059 0.084 0.098 0.113 0.132 0.126 0.107 0.082 0.043 0.018 0.007 13 N 0.064 0.069 0.082 0.115 0.133 0.129 0.123 0.103 0.074 0.050 0.033 0.014 0.006 0.005 14 C 0.056 0.040 0.051 0.087 0.111 0.126 0.133 0.129 0.101 0.073 0.050 0.026 0.012 0.005 15 G 0.150 0.148 0.135 0.173 0.155 0.086 0.067 0.043 0.024 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 16 I 0.227 0.164 0.153 0.153 0.124 0.080 0.044 0.031 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.505 0.191 0.117 0.075 0.050 0.023 0.025 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.486 0.217 0.119 0.072 0.040 0.033 0.022 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 G 0.405 0.195 0.183 0.091 0.057 0.033 0.024 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 K 0.208 0.213 0.202 0.141 0.098 0.069 0.040 0.013 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 21 K 0.062 0.101 0.117 0.180 0.180 0.162 0.089 0.053 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 0.001 22 V 0.015 0.017 0.026 0.064 0.132 0.146 0.167 0.155 0.121 0.079 0.033 0.029 0.013 0.004 23 C 0.008 0.006 0.012 0.019 0.041 0.066 0.111 0.142 0.161 0.149 0.137 0.093 0.043 0.013 24 F 0.014 0.011 0.017 0.027 0.050 0.064 0.087 0.128 0.138 0.135 0.142 0.109 0.048 0.031 25 M 0.005 0.005 0.006 0.011 0.019 0.034 0.052 0.083 0.154 0.181 0.167 0.151 0.095 0.037 26 H 0.010 0.015 0.018 0.038 0.068 0.093 0.136 0.164 0.147 0.126 0.099 0.047 0.023 0.018 27 R 0.029 0.046 0.060 0.084 0.112 0.127 0.146 0.128 0.117 0.068 0.055 0.014 0.006 0.006 28 Q 0.051 0.063 0.074 0.129 0.150 0.155 0.120 0.102 0.076 0.041 0.022 0.009 0.004 0.002 29 E 0.141 0.146 0.139 0.172 0.148 0.105 0.069 0.036 0.027 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 30 V 0.179 0.172 0.161 0.165 0.140 0.086 0.047 0.029 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 31 N 0.471 0.221 0.133 0.078 0.048 0.022 0.018 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 D 0.554 0.224 0.096 0.056 0.028 0.020 0.015 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.456 0.192 0.146 0.089 0.052 0.030 0.026 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 N 0.181 0.185 0.227 0.156 0.111 0.074 0.039 0.012 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.044 0.088 0.116 0.176 0.205 0.164 0.092 0.053 0.038 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 36 V 0.006 0.010 0.017 0.047 0.096 0.123 0.176 0.186 0.135 0.099 0.045 0.038 0.018 0.004 37 V 0.001 0.002 0.004 0.011 0.030 0.050 0.097 0.143 0.174 0.143 0.144 0.116 0.053 0.033 38 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.035 0.121 0.186 0.198 0.259 0.129 0.048 39 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.022 0.045 0.106 0.159 0.238 0.168 0.107 0.141 40 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.015 0.075 0.162 0.257 0.232 0.163 0.085 41 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.016 0.044 0.098 0.124 0.188 0.177 0.132 0.099 0.110 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.027 0.054 0.147 0.212 0.201 0.197 0.101 0.045 43 V 0.001 0.005 0.008 0.020 0.039 0.079 0.137 0.189 0.162 0.144 0.110 0.051 0.031 0.023 44 L 0.008 0.030 0.050 0.086 0.127 0.137 0.147 0.137 0.111 0.069 0.058 0.024 0.009 0.008 45 N 0.028 0.078 0.100 0.188 0.185 0.160 0.091 0.087 0.044 0.021 0.009 0.004 0.002 0.001 46 A 0.114 0.177 0.174 0.203 0.135 0.097 0.048 0.025 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 47 D 0.336 0.230 0.194 0.094 0.056 0.042 0.025 0.009 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 48 G 0.364 0.225 0.171 0.099 0.054 0.040 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 V 0.213 0.174 0.123 0.144 0.124 0.088 0.076 0.023 0.019 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 50 V 0.049 0.058 0.071 0.114 0.152 0.165 0.136 0.126 0.059 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 51 S 0.058 0.051 0.064 0.101 0.154 0.131 0.110 0.109 0.087 0.061 0.038 0.020 0.007 0.006 52 G 0.016 0.011 0.015 0.027 0.041 0.065 0.081 0.115 0.160 0.168 0.118 0.114 0.056 0.013 53 N 0.016 0.021 0.027 0.055 0.093 0.098 0.142 0.178 0.105 0.088 0.086 0.049 0.019 0.024 54 L 0.003 0.002 0.004 0.006 0.012 0.026 0.047 0.069 0.162 0.202 0.172 0.169 0.095 0.032 55 T 0.008 0.011 0.014 0.027 0.053 0.082 0.131 0.160 0.151 0.132 0.120 0.053 0.031 0.027 56 V 0.008 0.007 0.011 0.017 0.032 0.046 0.082 0.099 0.138 0.169 0.183 0.123 0.055 0.030 57 P 0.009 0.015 0.019 0.038 0.064 0.095 0.109 0.147 0.161 0.137 0.087 0.058 0.038 0.023 58 F 0.010 0.011 0.015 0.030 0.053 0.085 0.121 0.131 0.155 0.165 0.098 0.078 0.035 0.014 59 G 0.029 0.053 0.069 0.112 0.151 0.147 0.145 0.127 0.077 0.045 0.026 0.010 0.004 0.004 60 I 0.049 0.041 0.051 0.067 0.108 0.119 0.130 0.121 0.106 0.086 0.065 0.032 0.019 0.006 61 L 0.033 0.059 0.071 0.125 0.161 0.165 0.137 0.124 0.063 0.032 0.017 0.007 0.004 0.003 62 V 0.030 0.034 0.040 0.077 0.129 0.151 0.153 0.137 0.104 0.070 0.039 0.023 0.010 0.004 63 S 0.067 0.117 0.135 0.160 0.152 0.132 0.092 0.060 0.049 0.018 0.013 0.003 0.001 0.001 64 K 0.108 0.109 0.143 0.157 0.131 0.118 0.074 0.061 0.043 0.026 0.019 0.007 0.003 0.002 65 P 0.035 0.057 0.062 0.112 0.161 0.159 0.133 0.104 0.087 0.048 0.022 0.011 0.005 0.005 66 V 0.006 0.006 0.009 0.016 0.033 0.072 0.104 0.133 0.178 0.182 0.132 0.074 0.045 0.011 67 R 0.014 0.027 0.036 0.071 0.123 0.122 0.167 0.178 0.106 0.070 0.051 0.017 0.008 0.012 68 L 0.008 0.006 0.009 0.013 0.017 0.030 0.048 0.073 0.151 0.190 0.214 0.146 0.075 0.022 69 Q 0.023 0.041 0.055 0.114 0.135 0.144 0.137 0.141 0.087 0.052 0.035 0.018 0.009 0.009 70 V 0.013 0.017 0.024 0.047 0.085 0.096 0.152 0.147 0.166 0.100 0.081 0.042 0.020 0.010 71 D 0.059 0.128 0.104 0.180 0.196 0.132 0.082 0.064 0.031 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 72 E 0.376 0.242 0.141 0.081 0.044 0.055 0.031 0.010 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 73 G 0.292 0.159 0.154 0.127 0.102 0.059 0.072 0.014 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.376 0.197 0.179 0.087 0.059 0.047 0.030 0.009 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 75 A 0.146 0.119 0.099 0.148 0.161 0.132 0.091 0.058 0.021 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 76 V 0.135 0.114 0.094 0.138 0.165 0.112 0.100 0.054 0.044 0.026 0.011 0.005 0.001 0.001 77 I 0.062 0.047 0.073 0.095 0.124 0.131 0.109 0.124 0.091 0.067 0.040 0.025 0.009 0.003 78 E 0.142 0.124 0.103 0.120 0.137 0.106 0.081 0.057 0.053 0.034 0.026 0.009 0.003 0.004 79 T 0.042 0.029 0.040 0.050 0.061 0.098 0.083 0.108 0.136 0.130 0.091 0.076 0.047 0.009 80 G 0.050 0.065 0.073 0.134 0.180 0.128 0.137 0.112 0.050 0.034 0.021 0.008 0.003 0.004 81 I 0.018 0.015 0.023 0.036 0.052 0.083 0.089 0.121 0.180 0.138 0.096 0.091 0.046 0.012 82 R 0.082 0.086 0.083 0.110 0.132 0.132 0.124 0.099 0.065 0.040 0.031 0.009 0.004 0.003 83 T 0.089 0.103 0.124 0.131 0.138 0.123 0.088 0.068 0.055 0.034 0.025 0.013 0.005 0.003 84 C 0.029 0.045 0.050 0.095 0.154 0.155 0.142 0.132 0.088 0.051 0.034 0.013 0.009 0.004 85 V 0.072 0.109 0.117 0.198 0.167 0.124 0.077 0.057 0.038 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 86 P 0.121 0.135 0.130 0.134 0.122 0.117 0.093 0.062 0.043 0.020 0.017 0.003 0.001 0.001 87 A 0.049 0.070 0.086 0.121 0.157 0.153 0.116 0.088 0.073 0.044 0.021 0.013 0.005 0.003 88 G 0.021 0.024 0.033 0.057 0.100 0.134 0.156 0.142 0.138 0.101 0.042 0.029 0.016 0.008 89 C 0.008 0.006 0.010 0.015 0.032 0.057 0.109 0.139 0.151 0.169 0.156 0.088 0.042 0.016 90 I 0.010 0.011 0.016 0.027 0.048 0.065 0.091 0.135 0.152 0.126 0.127 0.098 0.052 0.043 91 V 0.004 0.004 0.005 0.009 0.015 0.030 0.052 0.077 0.159 0.212 0.176 0.155 0.075 0.028 92 P 0.016 0.032 0.039 0.073 0.107 0.119 0.160 0.153 0.110 0.079 0.065 0.021 0.010 0.015 93 I 0.016 0.016 0.021 0.036 0.068 0.090 0.122 0.150 0.145 0.129 0.118 0.049 0.028 0.013 94 V 0.040 0.076 0.079 0.141 0.168 0.147 0.123 0.112 0.058 0.032 0.013 0.005 0.003 0.002 95 F 0.038 0.056 0.066 0.138 0.191 0.172 0.131 0.097 0.069 0.025 0.008 0.006 0.002 0.001 96 D 0.111 0.150 0.192 0.145 0.144 0.119 0.070 0.024 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 97 K 0.438 0.244 0.165 0.073 0.034 0.028 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.381 0.258 0.175 0.090 0.050 0.025 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.024 0.039 0.051 0.131 0.200 0.218 0.162 0.104 0.054 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 100 V 0.027 0.056 0.060 0.171 0.239 0.190 0.125 0.080 0.037 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 101 A 0.526 0.294 0.113 0.031 0.013 0.016 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.050 0.084 0.141 0.247 0.223 0.152 0.056 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.023 0.029 0.038 0.110 0.191 0.191 0.198 0.139 0.052 0.012 0.010 0.003 0.002 0.001 104 R 0.182 0.216 0.202 0.182 0.120 0.066 0.018 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 A 0.483 0.210 0.138 0.068 0.042 0.036 0.012 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.074 0.097 0.147 0.216 0.223 0.137 0.067 0.019 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 107 K 0.261 0.222 0.198 0.116 0.070 0.075 0.034 0.010 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 108 H 0.113 0.145 0.112 0.165 0.178 0.135 0.077 0.040 0.021 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 109 L 0.008 0.009 0.011 0.031 0.070 0.119 0.182 0.202 0.136 0.096 0.070 0.039 0.020 0.006 110 K 0.014 0.019 0.031 0.060 0.110 0.130 0.134 0.147 0.130 0.095 0.059 0.038 0.014 0.017 111 L 0.006 0.003 0.004 0.006 0.011 0.021 0.041 0.061 0.136 0.194 0.238 0.162 0.088 0.027 112 A 0.005 0.007 0.011 0.023 0.045 0.066 0.095 0.143 0.130 0.136 0.144 0.096 0.046 0.053 113 M 0.002 0.002 0.003 0.006 0.011 0.023 0.043 0.073 0.152 0.201 0.181 0.160 0.101 0.043 114 T 0.009 0.016 0.018 0.038 0.064 0.094 0.141 0.168 0.150 0.129 0.092 0.041 0.023 0.016 115 I 0.017 0.034 0.054 0.081 0.126 0.128 0.149 0.127 0.110 0.069 0.065 0.023 0.009 0.009 116 A 0.021 0.037 0.047 0.095 0.146 0.154 0.134 0.147 0.093 0.059 0.037 0.016 0.010 0.005 117 A 0.104 0.150 0.155 0.186 0.144 0.108 0.065 0.042 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 118 P 0.218 0.192 0.171 0.148 0.101 0.076 0.044 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 119 G 0.374 0.196 0.152 0.098 0.066 0.049 0.036 0.013 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 120 E 0.374 0.200 0.140 0.107 0.066 0.054 0.033 0.012 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 121 P 0.207 0.157 0.119 0.146 0.133 0.105 0.061 0.036 0.018 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 122 P 0.117 0.084 0.091 0.131 0.161 0.127 0.105 0.083 0.045 0.031 0.013 0.007 0.003 0.001 123 L 0.106 0.098 0.107 0.151 0.161 0.117 0.086 0.072 0.047 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 124 N 0.111 0.083 0.087 0.124 0.125 0.117 0.090 0.089 0.062 0.050 0.033 0.018 0.008 0.003 125 D 0.112 0.111 0.112 0.130 0.138 0.110 0.097 0.071 0.050 0.033 0.022 0.007 0.003 0.003 126 L 0.030 0.023 0.033 0.054 0.088 0.123 0.128 0.142 0.126 0.108 0.067 0.046 0.025 0.008 127 F 0.049 0.050 0.057 0.094 0.138 0.133 0.137 0.131 0.087 0.061 0.033 0.017 0.008 0.006 128 V 0.045 0.024 0.032 0.037 0.055 0.080 0.113 0.125 0.143 0.132 0.101 0.070 0.034 0.009 129 Q 0.041 0.052 0.062 0.107 0.146 0.163 0.138 0.115 0.087 0.046 0.025 0.010 0.004 0.004 130 L 0.030 0.025 0.036 0.066 0.094 0.120 0.139 0.145 0.120 0.097 0.061 0.038 0.021 0.007 131 N 0.185 0.190 0.135 0.139 0.116 0.086 0.065 0.043 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 132 G 0.058 0.070 0.097 0.128 0.164 0.159 0.127 0.088 0.062 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 133 F 0.011 0.018 0.022 0.066 0.124 0.198 0.224 0.197 0.079 0.034 0.019 0.004 0.003 0.001 134 S 0.163 0.204 0.186 0.194 0.118 0.074 0.032 0.013 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.231 0.238 0.227 0.144 0.088 0.041 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.020 0.025 0.037 0.093 0.155 0.198 0.204 0.148 0.079 0.020 0.014 0.004 0.002 0.001 137 L 0.019 0.048 0.073 0.161 0.252 0.203 0.136 0.065 0.032 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 138 N 0.624 0.244 0.091 0.024 0.008 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.124 0.162 0.187 0.234 0.156 0.098 0.025 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.026 0.023 0.038 0.100 0.201 0.203 0.227 0.117 0.047 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 141 I 0.251 0.233 0.172 0.138 0.110 0.059 0.024 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.719 0.171 0.044 0.027 0.015 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.128 0.105 0.107 0.183 0.212 0.153 0.073 0.022 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 144 Q 0.159 0.102 0.151 0.160 0.184 0.121 0.065 0.031 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 145 K 0.608 0.173 0.087 0.053 0.035 0.022 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001