# TARGET T0514 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.009 0.698 0.007 0.056 0.083 0.001 0.001 0.006 0.040 0.042 0.013 0.044 2 S 0.011 0.063 0.417 0.004 0.095 0.146 0.003 0.002 0.028 0.047 0.084 0.034 0.066 3 L 0.018 0.029 0.298 0.010 0.053 0.142 0.003 0.003 0.028 0.145 0.116 0.054 0.101 4 T 0.024 0.013 0.343 0.079 0.026 0.095 0.003 0.002 0.021 0.147 0.112 0.047 0.088 5 E 0.030 0.028 0.334 0.005 0.017 0.062 0.004 0.002 0.013 0.131 0.047 0.205 0.121 6 T 0.022 0.056 0.310 0.009 0.019 0.040 0.004 0.003 0.011 0.080 0.074 0.037 0.336 7 Y 0.013 0.025 0.356 0.019 0.032 0.043 0.001 0.001 0.007 0.157 0.169 0.100 0.076 8 G 0.007 0.016 0.248 0.037 0.025 0.017 0.001 0.001 0.004 0.301 0.259 0.031 0.054 9 L 0.009 0.013 0.433 0.029 0.031 0.014 0.002 0.001 0.006 0.232 0.132 0.033 0.068 10 W 0.082 0.017 0.372 0.014 0.026 0.016 0.006 0.001 0.010 0.112 0.076 0.096 0.172 11 S 0.275 0.018 0.174 0.004 0.013 0.010 0.017 0.001 0.012 0.035 0.024 0.217 0.200 12 I 0.400 0.008 0.078 0.013 0.009 0.011 0.019 0.002 0.009 0.029 0.008 0.108 0.304 13 N 0.467 0.005 0.073 0.014 0.005 0.013 0.011 0.001 0.007 0.015 0.005 0.222 0.163 14 C 0.358 0.008 0.079 0.026 0.011 0.015 0.012 0.001 0.005 0.016 0.009 0.075 0.385 15 G 0.312 0.012 0.117 0.015 0.020 0.015 0.009 0.001 0.005 0.043 0.025 0.238 0.188 16 I 0.077 0.017 0.274 0.014 0.021 0.023 0.003 0.001 0.007 0.122 0.045 0.093 0.304 17 Q 0.009 0.012 0.544 0.005 0.018 0.012 0.001 0.001 0.002 0.136 0.071 0.058 0.134 18 E 0.002 0.004 0.137 0.010 0.023 0.015 0.001 0.001 0.001 0.220 0.556 0.015 0.018 19 G 0.002 0.002 0.153 0.008 0.014 0.012 0.001 0.001 0.001 0.280 0.492 0.018 0.016 20 K 0.020 0.011 0.499 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.003 0.176 0.045 0.040 0.174 21 K 0.089 0.025 0.375 0.008 0.001 0.028 0.008 0.001 0.009 0.047 0.012 0.252 0.146 22 V 0.155 0.013 0.141 0.009 0.002 0.047 0.020 0.002 0.012 0.013 0.005 0.043 0.540 23 C 0.254 0.005 0.104 0.100 0.004 0.125 0.039 0.007 0.018 0.016 0.006 0.205 0.118 24 F 0.346 0.006 0.044 0.008 0.005 0.142 0.060 0.005 0.026 0.014 0.006 0.097 0.241 25 M 0.430 0.004 0.031 0.007 0.008 0.137 0.065 0.006 0.017 0.007 0.007 0.091 0.190 26 H 0.397 0.004 0.046 0.035 0.014 0.163 0.058 0.005 0.017 0.012 0.016 0.081 0.152 27 R 0.474 0.002 0.026 0.016 0.008 0.133 0.041 0.001 0.010 0.009 0.014 0.163 0.102 28 Q 0.374 0.001 0.033 0.015 0.007 0.142 0.030 0.001 0.006 0.006 0.018 0.039 0.328 29 E 0.357 0.008 0.050 0.024 0.007 0.149 0.033 0.001 0.004 0.012 0.025 0.219 0.112 30 V 0.218 0.018 0.091 0.005 0.007 0.162 0.023 0.001 0.003 0.046 0.045 0.062 0.321 31 N 0.021 0.010 0.323 0.003 0.017 0.147 0.003 0.001 0.002 0.099 0.222 0.021 0.129 32 D 0.002 0.002 0.058 0.001 0.014 0.079 0.001 0.001 0.001 0.106 0.712 0.014 0.010 33 Q 0.001 0.001 0.024 0.004 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 0.071 0.879 0.001 0.002 34 N 0.001 0.001 0.171 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.355 0.429 0.011 0.011 35 R 0.003 0.011 0.660 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.137 0.008 0.086 0.088 36 V 0.018 0.048 0.186 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.016 0.005 0.001 0.020 0.689 37 V 0.224 0.004 0.080 0.193 0.001 0.001 0.091 0.002 0.025 0.004 0.001 0.228 0.147 38 V 0.613 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.083 0.001 0.014 0.002 0.001 0.134 0.132 39 A 0.751 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.056 0.001 0.004 0.001 0.001 0.036 0.140 40 M 0.815 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.043 0.001 0.004 0.001 0.001 0.077 0.047 41 S 0.774 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.077 0.108 42 V 0.652 0.001 0.009 0.014 0.001 0.001 0.027 0.001 0.006 0.001 0.001 0.058 0.230 43 V 0.418 0.002 0.033 0.053 0.001 0.001 0.027 0.001 0.009 0.009 0.001 0.320 0.125 44 L 0.119 0.012 0.114 0.006 0.002 0.001 0.009 0.001 0.009 0.021 0.005 0.094 0.608 45 N 0.016 0.015 0.473 0.010 0.019 0.007 0.002 0.001 0.004 0.090 0.071 0.065 0.229 46 A 0.002 0.006 0.100 0.008 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.261 0.539 0.024 0.027 47 D 0.001 0.002 0.055 0.009 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.264 0.641 0.004 0.007 48 G 0.002 0.004 0.242 0.012 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.499 0.186 0.022 0.022 49 V 0.037 0.029 0.398 0.008 0.002 0.001 0.011 0.001 0.014 0.112 0.023 0.102 0.264 50 V 0.170 0.015 0.172 0.019 0.001 0.001 0.046 0.008 0.039 0.024 0.003 0.159 0.345 51 S 0.352 0.002 0.058 0.111 0.001 0.001 0.111 0.012 0.031 0.014 0.001 0.139 0.169 52 G 0.531 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.228 0.030 0.039 0.001 0.001 0.084 0.073 53 N 0.610 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.227 0.033 0.020 0.001 0.001 0.022 0.071 54 L 0.500 0.001 0.022 0.003 0.001 0.001 0.213 0.044 0.053 0.001 0.001 0.116 0.046 55 T 0.349 0.002 0.041 0.008 0.001 0.001 0.174 0.035 0.101 0.009 0.001 0.029 0.251 56 V 0.092 0.005 0.210 0.015 0.002 0.001 0.041 0.009 0.069 0.036 0.005 0.445 0.070 57 P 0.019 0.008 0.506 0.021 0.009 0.002 0.007 0.001 0.037 0.081 0.029 0.022 0.258 58 F 0.012 0.016 0.196 0.017 0.115 0.008 0.002 0.001 0.012 0.119 0.456 0.020 0.027 59 G 0.037 0.009 0.154 0.007 0.136 0.009 0.005 0.001 0.008 0.161 0.376 0.039 0.058 60 I 0.045 0.017 0.287 0.004 0.138 0.017 0.012 0.002 0.015 0.136 0.064 0.096 0.165 61 L 0.066 0.045 0.232 0.007 0.071 0.019 0.022 0.022 0.020 0.086 0.040 0.042 0.329 62 V 0.020 0.065 0.303 0.040 0.053 0.016 0.009 0.006 0.018 0.172 0.034 0.180 0.085 63 S 0.003 0.007 0.463 0.034 0.089 0.007 0.001 0.001 0.007 0.188 0.081 0.027 0.093 64 K 0.001 0.006 0.084 0.035 0.123 0.007 0.001 0.001 0.003 0.184 0.525 0.009 0.021 65 P 0.008 0.008 0.135 0.037 0.074 0.007 0.002 0.001 0.022 0.102 0.521 0.043 0.038 66 V 0.049 0.018 0.407 0.011 0.012 0.005 0.017 0.007 0.070 0.077 0.012 0.074 0.240 67 R 0.138 0.030 0.152 0.018 0.002 0.003 0.067 0.040 0.162 0.013 0.006 0.263 0.106 68 L 0.357 0.017 0.051 0.009 0.003 0.002 0.136 0.071 0.078 0.009 0.004 0.029 0.233 69 Q 0.260 0.004 0.073 0.002 0.001 0.001 0.059 0.074 0.170 0.006 0.003 0.297 0.049 70 V 0.152 0.021 0.128 0.003 0.007 0.003 0.029 0.048 0.138 0.034 0.019 0.031 0.388 71 D 0.023 0.039 0.408 0.026 0.015 0.005 0.003 0.003 0.047 0.209 0.090 0.073 0.058 72 E 0.003 0.009 0.286 0.011 0.033 0.015 0.001 0.001 0.005 0.302 0.299 0.005 0.032 73 G 0.001 0.008 0.182 0.005 0.065 0.044 0.001 0.001 0.001 0.297 0.378 0.012 0.007 74 K 0.001 0.009 0.235 0.004 0.092 0.063 0.001 0.001 0.001 0.319 0.255 0.005 0.015 75 A 0.001 0.018 0.348 0.004 0.106 0.079 0.001 0.001 0.001 0.219 0.197 0.008 0.019 76 V 0.006 0.048 0.388 0.004 0.126 0.078 0.005 0.002 0.004 0.118 0.140 0.019 0.064 77 I 0.016 0.046 0.331 0.036 0.122 0.057 0.010 0.003 0.009 0.131 0.109 0.058 0.073 78 E 0.021 0.032 0.281 0.090 0.092 0.035 0.009 0.002 0.016 0.152 0.090 0.042 0.137 79 T 0.013 0.017 0.444 0.063 0.025 0.017 0.004 0.001 0.021 0.136 0.018 0.184 0.057 80 G 0.019 0.017 0.418 0.070 0.030 0.013 0.010 0.002 0.033 0.082 0.043 0.038 0.225 81 I 0.092 0.033 0.216 0.017 0.033 0.015 0.054 0.020 0.139 0.050 0.042 0.133 0.157 82 R 0.191 0.027 0.130 0.024 0.021 0.012 0.089 0.041 0.140 0.034 0.020 0.090 0.182 83 T 0.162 0.029 0.127 0.014 0.013 0.008 0.122 0.039 0.135 0.035 0.024 0.163 0.129 84 C 0.065 0.022 0.271 0.011 0.012 0.005 0.049 0.055 0.117 0.082 0.035 0.054 0.221 85 V 0.009 0.035 0.421 0.010 0.011 0.003 0.003 0.003 0.031 0.242 0.055 0.109 0.069 86 P 0.001 0.004 0.212 0.035 0.040 0.003 0.001 0.001 0.003 0.333 0.343 0.004 0.023 87 A 0.003 0.008 0.117 0.022 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.372 0.413 0.015 0.012 88 G 0.027 0.012 0.262 0.031 0.029 0.004 0.002 0.001 0.008 0.234 0.211 0.040 0.140 89 C 0.112 0.007 0.324 0.003 0.005 0.004 0.009 0.001 0.014 0.090 0.015 0.266 0.151 90 I 0.247 0.013 0.084 0.015 0.001 0.008 0.039 0.003 0.027 0.024 0.005 0.038 0.498 91 V 0.129 0.004 0.059 0.005 0.001 0.005 0.049 0.002 0.031 0.010 0.001 0.668 0.034 92 P 0.143 0.008 0.092 0.009 0.001 0.006 0.069 0.003 0.061 0.007 0.002 0.011 0.587 93 I 0.074 0.013 0.158 0.022 0.007 0.008 0.033 0.003 0.088 0.029 0.005 0.516 0.045 94 V 0.035 0.013 0.249 0.008 0.009 0.006 0.019 0.001 0.110 0.053 0.008 0.016 0.472 95 F 0.008 0.058 0.542 0.001 0.014 0.009 0.005 0.001 0.068 0.124 0.007 0.127 0.036 96 D 0.001 0.004 0.812 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 0.007 0.104 0.003 0.001 0.041 97 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.935 0.001 0.001 0.001 0.007 0.032 0.001 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 100 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.016 0.876 0.001 0.001 0.001 0.004 0.093 0.001 0.001 105 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.009 0.503 0.001 0.001 0.001 0.014 0.466 0.001 0.001 106 G 0.001 0.001 0.061 0.001 0.006 0.030 0.001 0.001 0.001 0.062 0.840 0.001 0.001 107 K 0.001 0.002 0.574 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.007 0.232 0.168 0.003 0.003 108 H 0.005 0.009 0.472 0.006 0.005 0.005 0.012 0.008 0.164 0.189 0.029 0.016 0.080 109 L 0.050 0.011 0.144 0.004 0.002 0.005 0.053 0.091 0.388 0.022 0.003 0.160 0.068 110 K 0.097 0.003 0.021 0.012 0.001 0.003 0.219 0.273 0.257 0.004 0.001 0.017 0.093 111 L 0.126 0.001 0.021 0.004 0.001 0.002 0.206 0.366 0.179 0.001 0.001 0.069 0.024 112 A 0.159 0.002 0.037 0.070 0.001 0.002 0.209 0.181 0.215 0.006 0.002 0.016 0.100 113 M 0.102 0.003 0.150 0.011 0.002 0.004 0.153 0.061 0.207 0.023 0.005 0.214 0.065 114 T 0.110 0.007 0.191 0.015 0.003 0.005 0.082 0.013 0.120 0.042 0.007 0.026 0.378 115 I 0.022 0.011 0.352 0.013 0.006 0.007 0.009 0.002 0.068 0.087 0.006 0.359 0.059 116 A 0.006 0.016 0.433 0.016 0.044 0.026 0.007 0.002 0.024 0.099 0.066 0.008 0.255 117 A 0.003 0.014 0.318 0.008 0.134 0.059 0.002 0.001 0.012 0.249 0.133 0.051 0.019 118 P 0.001 0.039 0.530 0.003 0.094 0.027 0.001 0.001 0.004 0.127 0.131 0.006 0.037 119 G 0.001 0.026 0.507 0.002 0.129 0.016 0.001 0.001 0.005 0.164 0.134 0.007 0.010 120 E 0.001 0.006 0.160 0.002 0.102 0.010 0.001 0.001 0.001 0.185 0.526 0.003 0.005 121 P 0.001 0.008 0.188 0.004 0.060 0.003 0.001 0.001 0.002 0.253 0.467 0.002 0.012 122 P 0.002 0.018 0.423 0.005 0.020 0.002 0.001 0.001 0.005 0.365 0.084 0.059 0.016 123 L 0.010 0.010 0.473 0.034 0.004 0.002 0.002 0.001 0.023 0.139 0.034 0.006 0.261 124 N 0.033 0.009 0.198 0.004 0.001 0.001 0.007 0.003 0.083 0.026 0.003 0.598 0.034 125 D 0.056 0.008 0.104 0.015 0.001 0.002 0.030 0.008 0.104 0.019 0.002 0.010 0.642 126 L 0.036 0.005 0.103 0.004 0.001 0.001 0.025 0.011 0.114 0.010 0.001 0.676 0.014 127 F 0.042 0.005 0.114 0.009 0.001 0.002 0.044 0.017 0.222 0.008 0.001 0.006 0.530 128 V 0.030 0.019 0.193 0.008 0.004 0.003 0.035 0.010 0.159 0.028 0.003 0.489 0.018 129 Q 0.022 0.011 0.351 0.002 0.007 0.004 0.011 0.003 0.111 0.056 0.009 0.008 0.405 130 L 0.006 0.017 0.267 0.004 0.344 0.039 0.004 0.001 0.036 0.100 0.142 0.008 0.033 131 N 0.002 0.004 0.060 0.002 0.362 0.125 0.001 0.001 0.003 0.132 0.302 0.005 0.003 132 G 0.001 0.016 0.175 0.001 0.212 0.163 0.001 0.001 0.004 0.169 0.238 0.002 0.020 133 F 0.001 0.002 0.158 0.001 0.021 0.691 0.001 0.001 0.001 0.086 0.037 0.001 0.003 134 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 135 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 136 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 137 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 138 N 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 139 R 0.001 0.001 0.009 0.001 0.007 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.049 0.001 0.001 140 L 0.001 0.002 0.027 0.001 0.015 0.878 0.001 0.001 0.001 0.018 0.057 0.001 0.001 141 I 0.001 0.002 0.058 0.001 0.046 0.759 0.001 0.001 0.001 0.029 0.099 0.002 0.002 142 A 0.002 0.004 0.050 0.001 0.049 0.760 0.001 0.001 0.001 0.046 0.079 0.003 0.005 143 L 0.001 0.011 0.107 0.001 0.031 0.622 0.001 0.001 0.002 0.068 0.142 0.003 0.011 144 Q 0.001 0.011 0.425 0.001 0.013 0.359 0.001 0.001 0.007 0.024 0.138 0.008 0.012 145 K 0.001 0.001 0.960 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.002