# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 74.7131 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.259 0.149 0.061 0.130 0.096 0.080 0.078 0.051 0.044 0.030 0.021 2 S 0.093 0.126 0.061 0.160 0.137 0.111 0.123 0.075 0.057 0.035 0.022 3 L 0.047 0.024 0.013 0.036 0.050 0.074 0.146 0.164 0.182 0.156 0.108 4 T 0.112 0.169 0.081 0.232 0.182 0.101 0.065 0.029 0.017 0.008 0.004 5 E 0.076 0.062 0.063 0.113 0.108 0.100 0.128 0.111 0.103 0.078 0.058 6 T 0.140 0.173 0.078 0.211 0.152 0.095 0.081 0.034 0.019 0.010 0.006 7 Y 0.028 0.032 0.020 0.064 0.080 0.115 0.199 0.157 0.141 0.105 0.057 8 G 0.295 0.171 0.064 0.154 0.101 0.072 0.062 0.032 0.023 0.016 0.010 9 L 0.109 0.118 0.079 0.194 0.136 0.108 0.110 0.059 0.044 0.027 0.016 10 W 0.015 0.014 0.011 0.033 0.044 0.068 0.166 0.177 0.193 0.166 0.114 11 S 0.043 0.115 0.066 0.250 0.189 0.125 0.099 0.049 0.032 0.019 0.013 12 I 0.013 0.017 0.023 0.056 0.082 0.111 0.182 0.164 0.169 0.120 0.064 13 N 0.068 0.137 0.107 0.277 0.195 0.108 0.064 0.022 0.013 0.005 0.002 14 C 0.006 0.010 0.008 0.025 0.035 0.052 0.165 0.184 0.212 0.193 0.110 15 G 0.127 0.156 0.078 0.175 0.145 0.098 0.101 0.050 0.036 0.021 0.014 16 I 0.046 0.099 0.068 0.181 0.165 0.146 0.148 0.069 0.042 0.022 0.013 17 Q 0.236 0.234 0.114 0.155 0.096 0.066 0.050 0.021 0.015 0.008 0.005 18 E 0.350 0.207 0.077 0.156 0.095 0.052 0.038 0.014 0.006 0.003 0.001 19 G 0.779 0.127 0.022 0.035 0.018 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 20 K 0.064 0.122 0.066 0.223 0.198 0.152 0.103 0.040 0.020 0.009 0.003 21 K 0.285 0.253 0.100 0.181 0.095 0.049 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 22 V 0.004 0.012 0.011 0.039 0.057 0.094 0.206 0.196 0.185 0.125 0.072 23 C 0.006 0.011 0.008 0.032 0.060 0.118 0.247 0.195 0.163 0.107 0.054 24 F 0.016 0.032 0.045 0.115 0.116 0.136 0.195 0.128 0.110 0.067 0.040 25 M 0.011 0.012 0.020 0.058 0.056 0.074 0.162 0.164 0.175 0.163 0.105 26 H 0.006 0.013 0.028 0.061 0.062 0.076 0.147 0.164 0.187 0.151 0.105 27 R 0.006 0.014 0.038 0.097 0.118 0.133 0.210 0.159 0.123 0.073 0.030 28 Q 0.013 0.026 0.122 0.119 0.139 0.135 0.175 0.108 0.086 0.051 0.026 29 E 0.009 0.027 0.056 0.107 0.136 0.150 0.232 0.115 0.087 0.055 0.025 30 V 0.031 0.037 0.034 0.066 0.072 0.093 0.202 0.155 0.154 0.101 0.054 31 N 0.115 0.135 0.090 0.165 0.132 0.129 0.121 0.055 0.031 0.017 0.010 32 D 0.476 0.244 0.127 0.088 0.036 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 33 Q 0.370 0.194 0.075 0.148 0.087 0.057 0.043 0.014 0.007 0.003 0.001 34 N 0.560 0.178 0.058 0.093 0.055 0.027 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 35 R 0.010 0.056 0.043 0.153 0.192 0.195 0.201 0.083 0.043 0.017 0.006 36 V 0.022 0.054 0.058 0.169 0.188 0.203 0.172 0.067 0.038 0.020 0.010 37 V 0.003 0.003 0.008 0.015 0.023 0.041 0.126 0.159 0.227 0.218 0.177 38 V 0.004 0.006 0.015 0.040 0.049 0.077 0.219 0.209 0.182 0.132 0.066 39 A 0.002 0.009 0.029 0.070 0.068 0.095 0.165 0.157 0.165 0.142 0.097 40 M 0.002 0.004 0.022 0.019 0.018 0.032 0.103 0.149 0.238 0.246 0.167 41 S 0.005 0.013 0.040 0.094 0.124 0.149 0.225 0.151 0.110 0.062 0.028 42 V 0.002 0.006 0.028 0.020 0.019 0.023 0.080 0.115 0.217 0.264 0.225 43 V 0.005 0.017 0.043 0.120 0.173 0.181 0.221 0.113 0.077 0.034 0.014 44 L 0.015 0.039 0.043 0.096 0.110 0.136 0.215 0.139 0.111 0.064 0.032 45 N 0.037 0.055 0.050 0.130 0.147 0.158 0.180 0.107 0.075 0.042 0.019 46 A 0.344 0.159 0.069 0.124 0.081 0.068 0.068 0.036 0.025 0.015 0.010 47 D 0.600 0.196 0.050 0.077 0.034 0.017 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 48 G 0.442 0.186 0.039 0.111 0.070 0.054 0.041 0.022 0.016 0.011 0.008 49 V 0.124 0.203 0.061 0.184 0.146 0.097 0.081 0.041 0.030 0.019 0.014 50 V 0.034 0.036 0.023 0.088 0.111 0.142 0.193 0.129 0.118 0.078 0.049 51 S 0.063 0.098 0.056 0.196 0.200 0.143 0.120 0.057 0.036 0.019 0.012 52 G 0.016 0.013 0.011 0.040 0.054 0.072 0.155 0.184 0.187 0.157 0.111 53 N 0.014 0.037 0.041 0.155 0.194 0.197 0.162 0.085 0.059 0.034 0.023 54 L 0.003 0.004 0.005 0.010 0.010 0.017 0.069 0.125 0.220 0.274 0.264 55 T 0.012 0.018 0.015 0.063 0.087 0.104 0.182 0.170 0.150 0.111 0.088 56 V 0.006 0.008 0.006 0.014 0.015 0.022 0.074 0.124 0.223 0.249 0.259 57 P 0.023 0.035 0.030 0.098 0.110 0.127 0.158 0.127 0.124 0.093 0.073 58 F 0.021 0.023 0.021 0.052 0.055 0.071 0.150 0.151 0.171 0.157 0.127 59 G 0.113 0.074 0.055 0.141 0.128 0.116 0.120 0.086 0.072 0.053 0.042 60 I 0.016 0.026 0.020 0.054 0.064 0.092 0.178 0.154 0.168 0.131 0.098 61 L 0.044 0.062 0.043 0.098 0.102 0.107 0.152 0.113 0.114 0.093 0.071 62 V 0.004 0.005 0.004 0.014 0.020 0.030 0.074 0.104 0.179 0.213 0.354 63 S 0.123 0.161 0.105 0.213 0.174 0.094 0.069 0.030 0.018 0.009 0.005 64 K 0.373 0.161 0.051 0.189 0.102 0.062 0.039 0.013 0.006 0.003 0.001 65 P 0.310 0.154 0.070 0.208 0.123 0.070 0.037 0.014 0.007 0.004 0.003 66 V 0.002 0.003 0.002 0.011 0.019 0.044 0.124 0.165 0.234 0.218 0.180 67 R 0.030 0.147 0.095 0.357 0.215 0.098 0.042 0.010 0.004 0.002 0.001 68 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.079 0.216 0.309 0.353 69 Q 0.034 0.137 0.083 0.382 0.233 0.083 0.036 0.008 0.003 0.001 0.001 70 V 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.011 0.044 0.087 0.202 0.293 0.346 71 D 0.025 0.104 0.064 0.265 0.224 0.153 0.100 0.033 0.018 0.008 0.006 72 E 0.297 0.265 0.079 0.163 0.086 0.046 0.037 0.013 0.008 0.004 0.002 73 G 0.498 0.138 0.056 0.137 0.067 0.041 0.029 0.013 0.010 0.007 0.004 74 K 0.421 0.218 0.069 0.119 0.064 0.039 0.030 0.014 0.013 0.007 0.005 75 A 0.193 0.131 0.056 0.140 0.103 0.103 0.116 0.062 0.051 0.029 0.019 76 V 0.107 0.083 0.052 0.106 0.096 0.114 0.140 0.100 0.091 0.064 0.046 77 I 0.066 0.079 0.098 0.166 0.144 0.137 0.127 0.073 0.055 0.035 0.021 78 E 0.208 0.145 0.129 0.208 0.136 0.075 0.047 0.023 0.016 0.009 0.006 79 T 0.037 0.034 0.028 0.067 0.080 0.107 0.177 0.154 0.145 0.110 0.061 80 G 0.136 0.163 0.070 0.191 0.165 0.118 0.089 0.033 0.020 0.009 0.005 81 I 0.009 0.008 0.007 0.017 0.020 0.028 0.078 0.118 0.203 0.234 0.276 82 R 0.032 0.069 0.057 0.179 0.186 0.151 0.147 0.076 0.051 0.029 0.021 83 T 0.044 0.086 0.050 0.138 0.129 0.120 0.152 0.106 0.089 0.052 0.033 84 C 0.019 0.018 0.010 0.039 0.050 0.075 0.146 0.156 0.172 0.167 0.148 85 V 0.044 0.046 0.022 0.085 0.105 0.106 0.158 0.130 0.125 0.095 0.084 86 P 0.158 0.121 0.059 0.136 0.112 0.098 0.111 0.071 0.065 0.043 0.027 87 A 0.143 0.103 0.047 0.152 0.125 0.112 0.123 0.072 0.055 0.041 0.027 88 G 0.132 0.082 0.035 0.102 0.096 0.095 0.115 0.103 0.100 0.081 0.058 89 C 0.023 0.032 0.019 0.071 0.091 0.121 0.194 0.155 0.134 0.093 0.068 90 I 0.013 0.020 0.021 0.060 0.062 0.083 0.143 0.154 0.164 0.150 0.130 91 V 0.010 0.008 0.008 0.023 0.032 0.050 0.127 0.164 0.206 0.196 0.176 92 P 0.064 0.106 0.092 0.278 0.192 0.110 0.077 0.038 0.023 0.012 0.008 93 I 0.012 0.011 0.010 0.024 0.031 0.049 0.127 0.146 0.214 0.208 0.168 94 V 0.158 0.168 0.108 0.201 0.142 0.087 0.076 0.029 0.017 0.009 0.006 95 F 0.002 0.006 0.003 0.009 0.016 0.029 0.088 0.117 0.206 0.262 0.262 96 D 0.039 0.331 0.124 0.191 0.130 0.080 0.059 0.022 0.013 0.007 0.004 97 K 0.502 0.132 0.079 0.158 0.081 0.030 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 98 N 0.760 0.102 0.055 0.050 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.002 0.007 0.011 0.040 0.057 0.135 0.255 0.186 0.168 0.090 0.049 100 V 0.007 0.006 0.027 0.029 0.053 0.127 0.276 0.185 0.151 0.086 0.052 101 A 0.030 0.036 0.752 0.120 0.038 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.005 0.020 0.153 0.119 0.151 0.186 0.205 0.078 0.047 0.025 0.012 103 L 0.002 0.002 0.006 0.005 0.006 0.010 0.040 0.070 0.168 0.266 0.424 104 R 0.045 0.066 0.189 0.145 0.172 0.173 0.129 0.041 0.024 0.011 0.005 105 A 0.048 0.112 0.363 0.214 0.118 0.073 0.045 0.014 0.008 0.004 0.002 106 G 0.178 0.077 0.057 0.084 0.101 0.115 0.163 0.084 0.063 0.044 0.034 107 K 0.130 0.122 0.096 0.189 0.126 0.112 0.117 0.048 0.029 0.017 0.014 108 H 0.129 0.184 0.183 0.213 0.137 0.079 0.044 0.015 0.009 0.005 0.003 109 L 0.007 0.004 0.005 0.008 0.011 0.023 0.100 0.154 0.235 0.239 0.214 110 K 0.049 0.122 0.135 0.295 0.196 0.105 0.061 0.019 0.010 0.005 0.003 111 L 0.004 0.007 0.011 0.015 0.016 0.026 0.079 0.120 0.225 0.246 0.252 112 A 0.020 0.030 0.049 0.128 0.130 0.142 0.176 0.116 0.097 0.063 0.051 113 M 0.014 0.015 0.016 0.026 0.027 0.043 0.141 0.159 0.221 0.195 0.144 114 T 0.029 0.053 0.063 0.151 0.145 0.143 0.149 0.100 0.085 0.052 0.030 115 I 0.020 0.035 0.027 0.050 0.062 0.070 0.138 0.149 0.184 0.153 0.113 116 A 0.128 0.106 0.061 0.145 0.126 0.094 0.118 0.082 0.070 0.045 0.026 117 A 0.132 0.085 0.036 0.104 0.118 0.121 0.168 0.096 0.074 0.044 0.022 118 P 0.307 0.133 0.048 0.126 0.094 0.076 0.083 0.052 0.041 0.025 0.014 119 G 0.305 0.113 0.038 0.074 0.068 0.074 0.089 0.071 0.068 0.059 0.041 120 E 0.299 0.263 0.072 0.140 0.076 0.051 0.043 0.023 0.016 0.011 0.007 121 P 0.317 0.129 0.036 0.085 0.091 0.092 0.098 0.063 0.047 0.029 0.013 122 P 0.491 0.203 0.065 0.126 0.062 0.025 0.015 0.006 0.003 0.002 0.001 123 L 0.112 0.113 0.080 0.215 0.181 0.116 0.092 0.043 0.026 0.014 0.008 124 N 0.031 0.027 0.020 0.067 0.096 0.129 0.199 0.159 0.134 0.083 0.054 125 D 0.104 0.169 0.116 0.295 0.173 0.081 0.041 0.013 0.006 0.002 0.001 126 L 0.007 0.008 0.007 0.016 0.022 0.035 0.108 0.162 0.222 0.230 0.183 127 F 0.058 0.115 0.099 0.316 0.204 0.111 0.060 0.018 0.010 0.005 0.003 128 V 0.005 0.006 0.004 0.011 0.016 0.025 0.085 0.130 0.221 0.250 0.247 129 Q 0.036 0.190 0.104 0.274 0.171 0.096 0.068 0.028 0.017 0.009 0.007 130 L 0.025 0.017 0.011 0.029 0.047 0.077 0.166 0.150 0.194 0.155 0.128 131 N 0.298 0.182 0.091 0.181 0.114 0.060 0.041 0.015 0.009 0.005 0.004 132 G 0.018 0.102 0.044 0.151 0.142 0.139 0.157 0.090 0.071 0.050 0.037 133 F 0.007 0.012 0.015 0.022 0.028 0.042 0.113 0.135 0.202 0.202 0.222 134 S 0.260 0.111 0.136 0.213 0.134 0.083 0.045 0.010 0.005 0.002 0.001 135 N 0.058 0.102 0.292 0.285 0.140 0.069 0.040 0.009 0.003 0.001 0.001 136 A 0.002 0.004 0.021 0.017 0.016 0.036 0.131 0.145 0.209 0.216 0.203 137 L 0.005 0.003 0.028 0.028 0.043 0.109 0.321 0.194 0.150 0.081 0.038 138 N 0.012 0.023 0.718 0.173 0.050 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.001 0.006 0.069 0.055 0.093 0.218 0.350 0.112 0.056 0.029 0.010 140 L 0.002 0.003 0.063 0.012 0.008 0.012 0.071 0.118 0.233 0.270 0.209 141 I 0.009 0.021 0.366 0.174 0.148 0.125 0.110 0.031 0.011 0.005 0.001 142 A 0.007 0.023 0.645 0.144 0.097 0.052 0.023 0.005 0.002 0.001 0.001 143 L 0.006 0.010 0.142 0.031 0.035 0.064 0.204 0.140 0.160 0.132 0.075 144 Q 0.021 0.036 0.134 0.134 0.142 0.127 0.200 0.101 0.065 0.030 0.010 145 K 0.064 0.104 0.342 0.167 0.129 0.075 0.056 0.031 0.017 0.011 0.005