# TARGET T0514 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 74.7131 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.296 0.171 0.244 0.107 0.119 0.008 0.019 0.013 0.007 0.015 0.001 2 S 0.226 0.216 0.224 0.108 0.132 0.020 0.026 0.025 0.012 0.011 0.001 3 L 0.109 0.488 0.249 0.044 0.062 0.027 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 4 T 0.170 0.497 0.193 0.043 0.054 0.022 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 5 E 0.083 0.610 0.165 0.012 0.093 0.015 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 6 T 0.194 0.468 0.217 0.036 0.023 0.034 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 7 Y 0.073 0.303 0.157 0.177 0.111 0.014 0.079 0.005 0.073 0.006 0.001 8 G 0.027 0.008 0.037 0.009 0.068 0.002 0.065 0.425 0.001 0.358 0.001 9 L 0.108 0.374 0.269 0.114 0.073 0.034 0.008 0.003 0.013 0.002 0.001 10 W 0.068 0.458 0.233 0.058 0.128 0.022 0.011 0.003 0.014 0.004 0.001 11 S 0.029 0.690 0.131 0.009 0.122 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 12 I 0.032 0.807 0.063 0.011 0.060 0.011 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 13 N 0.042 0.613 0.159 0.019 0.076 0.047 0.007 0.001 0.034 0.001 0.001 14 C 0.099 0.393 0.167 0.120 0.121 0.021 0.022 0.002 0.051 0.003 0.001 15 G 0.091 0.051 0.181 0.066 0.139 0.014 0.063 0.261 0.008 0.124 0.002 16 I 0.109 0.367 0.421 0.035 0.030 0.019 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 17 Q 0.191 0.199 0.380 0.078 0.020 0.055 0.021 0.003 0.044 0.007 0.002 18 E 0.207 0.066 0.367 0.139 0.037 0.016 0.113 0.011 0.016 0.024 0.002 19 G 0.064 0.008 0.040 0.048 0.034 0.003 0.137 0.587 0.001 0.077 0.001 20 K 0.111 0.307 0.334 0.124 0.057 0.022 0.021 0.005 0.015 0.002 0.001 21 K 0.020 0.493 0.390 0.009 0.029 0.028 0.008 0.001 0.021 0.001 0.001 22 V 0.021 0.633 0.282 0.005 0.013 0.029 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 23 C 0.032 0.653 0.226 0.009 0.040 0.023 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 24 F 0.020 0.706 0.156 0.006 0.069 0.026 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 25 M 0.023 0.761 0.114 0.006 0.069 0.013 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 26 H 0.018 0.802 0.082 0.005 0.061 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 27 R 0.054 0.546 0.256 0.010 0.042 0.056 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 28 Q 0.092 0.637 0.114 0.015 0.088 0.025 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 29 E 0.138 0.580 0.167 0.029 0.040 0.025 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 30 V 0.151 0.542 0.124 0.074 0.023 0.040 0.003 0.001 0.042 0.001 0.001 31 N 0.165 0.150 0.282 0.101 0.063 0.088 0.072 0.005 0.056 0.017 0.001 32 D 0.513 0.031 0.035 0.246 0.009 0.028 0.093 0.015 0.026 0.002 0.001 33 Q 0.436 0.043 0.156 0.331 0.006 0.003 0.018 0.001 0.001 0.005 0.001 34 N 0.013 0.004 0.010 0.107 0.004 0.006 0.666 0.184 0.004 0.002 0.001 35 R 0.003 0.519 0.423 0.001 0.006 0.012 0.004 0.001 0.032 0.001 0.001 36 V 0.002 0.053 0.906 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 V 0.013 0.780 0.174 0.002 0.009 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 38 V 0.013 0.804 0.092 0.005 0.072 0.008 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 39 A 0.001 0.811 0.124 0.001 0.050 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 40 M 0.002 0.889 0.036 0.001 0.060 0.004 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 41 S 0.002 0.839 0.055 0.001 0.090 0.006 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 42 V 0.005 0.795 0.123 0.003 0.046 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 43 V 0.004 0.799 0.073 0.003 0.079 0.013 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 44 L 0.018 0.454 0.458 0.006 0.014 0.034 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 45 N 0.023 0.210 0.617 0.019 0.033 0.049 0.005 0.001 0.039 0.003 0.001 46 A 0.696 0.076 0.077 0.071 0.018 0.015 0.012 0.006 0.010 0.018 0.001 47 D 0.020 0.002 0.010 0.465 0.002 0.005 0.473 0.010 0.010 0.001 0.001 48 G 0.002 0.002 0.047 0.009 0.025 0.001 0.070 0.778 0.001 0.065 0.001 49 V 0.013 0.582 0.335 0.011 0.038 0.009 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 50 V 0.016 0.346 0.553 0.007 0.021 0.041 0.002 0.001 0.012 0.002 0.001 51 S 0.024 0.729 0.056 0.043 0.130 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 52 G 0.002 0.393 0.067 0.004 0.523 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 53 N 0.002 0.841 0.091 0.001 0.042 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 54 L 0.001 0.865 0.076 0.001 0.029 0.013 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 55 T 0.002 0.631 0.281 0.001 0.006 0.054 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 56 V 0.001 0.664 0.154 0.001 0.015 0.025 0.002 0.001 0.139 0.001 0.001 57 P 0.012 0.018 0.761 0.001 0.001 0.151 0.001 0.001 0.011 0.001 0.045 58 F 0.189 0.064 0.559 0.086 0.006 0.047 0.026 0.004 0.011 0.002 0.006 59 G 0.053 0.025 0.034 0.023 0.152 0.006 0.315 0.332 0.004 0.055 0.001 60 I 0.106 0.615 0.181 0.046 0.031 0.012 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 61 L 0.048 0.310 0.359 0.034 0.014 0.167 0.016 0.002 0.049 0.001 0.001 62 V 0.033 0.656 0.124 0.031 0.036 0.039 0.004 0.001 0.076 0.001 0.001 63 S 0.052 0.093 0.671 0.020 0.034 0.042 0.019 0.002 0.047 0.010 0.010 64 K 0.060 0.086 0.745 0.003 0.055 0.007 0.004 0.002 0.007 0.009 0.022 65 P 0.049 0.030 0.790 0.016 0.001 0.061 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 66 V 0.006 0.563 0.263 0.013 0.051 0.051 0.005 0.001 0.046 0.001 0.001 67 R 0.005 0.812 0.081 0.004 0.026 0.030 0.003 0.001 0.039 0.001 0.001 68 L 0.003 0.785 0.156 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 69 Q 0.004 0.577 0.254 0.002 0.009 0.109 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 70 V 0.027 0.680 0.161 0.014 0.018 0.056 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 71 D 0.058 0.202 0.171 0.069 0.095 0.205 0.023 0.001 0.168 0.008 0.001 72 E 0.230 0.019 0.070 0.465 0.012 0.019 0.154 0.011 0.011 0.005 0.003 73 G 0.193 0.016 0.100 0.082 0.034 0.003 0.046 0.444 0.003 0.077 0.001 74 K 0.281 0.186 0.368 0.051 0.029 0.016 0.024 0.007 0.031 0.005 0.002 75 A 0.224 0.068 0.528 0.044 0.011 0.065 0.028 0.005 0.011 0.007 0.009 76 V 0.287 0.269 0.233 0.100 0.053 0.029 0.006 0.004 0.015 0.002 0.001 77 I 0.232 0.398 0.231 0.038 0.059 0.017 0.006 0.001 0.015 0.002 0.001 78 E 0.199 0.244 0.386 0.043 0.019 0.076 0.008 0.002 0.020 0.001 0.004 79 T 0.120 0.395 0.193 0.112 0.125 0.009 0.015 0.003 0.025 0.002 0.001 80 G 0.071 0.099 0.210 0.020 0.294 0.010 0.041 0.116 0.007 0.131 0.001 81 I 0.096 0.482 0.287 0.024 0.067 0.030 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 82 R 0.286 0.411 0.078 0.134 0.048 0.019 0.003 0.001 0.018 0.002 0.001 83 T 0.070 0.639 0.088 0.028 0.149 0.011 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 84 C 0.094 0.389 0.203 0.066 0.064 0.090 0.022 0.005 0.060 0.004 0.002 85 V 0.016 0.412 0.143 0.004 0.037 0.026 0.009 0.001 0.351 0.001 0.001 86 P 0.194 0.011 0.668 0.014 0.002 0.043 0.003 0.001 0.002 0.003 0.060 87 A 0.175 0.106 0.277 0.240 0.092 0.017 0.042 0.032 0.008 0.009 0.002 88 G 0.040 0.049 0.074 0.026 0.331 0.002 0.044 0.260 0.004 0.169 0.001 89 C 0.059 0.265 0.469 0.039 0.092 0.051 0.006 0.002 0.009 0.004 0.004 90 I 0.051 0.588 0.167 0.071 0.019 0.037 0.006 0.001 0.059 0.001 0.001 91 V 0.010 0.562 0.226 0.002 0.099 0.021 0.008 0.001 0.071 0.001 0.001 92 P 0.032 0.039 0.803 0.003 0.001 0.084 0.001 0.001 0.006 0.001 0.033 93 I 0.037 0.620 0.169 0.017 0.041 0.055 0.005 0.001 0.054 0.001 0.001 94 V 0.029 0.404 0.404 0.011 0.021 0.086 0.010 0.001 0.032 0.001 0.001 95 F 0.033 0.362 0.454 0.049 0.035 0.048 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 96 D 0.006 0.068 0.769 0.001 0.034 0.077 0.001 0.001 0.041 0.004 0.001 97 K 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 N 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 Y 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.995 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.985 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 A 0.325 0.001 0.005 0.668 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 G 0.042 0.005 0.272 0.035 0.006 0.024 0.304 0.278 0.022 0.011 0.001 107 K 0.229 0.154 0.363 0.184 0.016 0.033 0.012 0.002 0.005 0.002 0.001 108 H 0.043 0.613 0.142 0.064 0.086 0.019 0.014 0.002 0.017 0.001 0.001 109 L 0.005 0.605 0.315 0.003 0.033 0.021 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 110 K 0.005 0.798 0.117 0.003 0.029 0.027 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 111 L 0.005 0.812 0.113 0.001 0.031 0.026 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 112 A 0.017 0.813 0.092 0.007 0.025 0.028 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 113 M 0.008 0.731 0.096 0.003 0.124 0.015 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 114 T 0.025 0.660 0.185 0.005 0.053 0.038 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 115 I 0.059 0.495 0.289 0.015 0.029 0.064 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 116 A 0.244 0.122 0.432 0.116 0.013 0.044 0.004 0.001 0.017 0.002 0.003 117 A 0.033 0.314 0.443 0.002 0.133 0.008 0.016 0.001 0.044 0.005 0.001 118 P 0.154 0.021 0.701 0.030 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 119 G 0.058 0.102 0.220 0.056 0.221 0.009 0.032 0.175 0.009 0.119 0.001 120 E 0.020 0.246 0.392 0.006 0.035 0.044 0.031 0.001 0.220 0.003 0.003 121 P 0.032 0.009 0.893 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.005 0.002 0.047 122 P 0.077 0.009 0.798 0.005 0.001 0.049 0.001 0.001 0.002 0.001 0.059 123 L 0.152 0.211 0.479 0.047 0.013 0.067 0.005 0.003 0.017 0.001 0.005 124 N 0.069 0.434 0.138 0.140 0.118 0.041 0.016 0.002 0.041 0.001 0.001 125 D 0.030 0.480 0.303 0.056 0.056 0.041 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 126 L 0.002 0.812 0.089 0.002 0.061 0.011 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 127 F 0.005 0.517 0.365 0.002 0.006 0.076 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 128 V 0.003 0.813 0.077 0.001 0.049 0.018 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 129 Q 0.012 0.467 0.347 0.002 0.008 0.115 0.002 0.001 0.046 0.001 0.001 130 L 0.126 0.321 0.312 0.047 0.017 0.126 0.009 0.001 0.036 0.002 0.003 131 N 0.135 0.192 0.240 0.059 0.163 0.039 0.111 0.009 0.034 0.018 0.001 132 G 0.125 0.007 0.056 0.022 0.107 0.010 0.029 0.130 0.004 0.509 0.002 133 F 0.923 0.004 0.017 0.035 0.002 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 134 S 0.991 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 N 0.984 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 A 0.984 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 R 0.957 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 L 0.965 0.002 0.006 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 I 0.983 0.002 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 A 0.966 0.003 0.005 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 L 0.871 0.006 0.025 0.091 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 144 Q 0.553 0.069 0.104 0.184 0.010 0.031 0.014 0.004 0.031 0.001 0.001 145 K 0.522 0.074 0.201 0.095 0.023 0.015 0.026 0.014 0.008 0.022 0.001