# TARGET T0514 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.106 0.129 0.066 0.032 0.178 0.023 0.053 0.147 0.113 0.108 0.046 2 S 0.136 0.186 0.086 0.022 0.244 0.011 0.016 0.067 0.064 0.120 0.048 3 L 0.165 0.191 0.065 0.017 0.305 0.013 0.019 0.098 0.053 0.038 0.036 4 T 0.127 0.161 0.077 0.026 0.208 0.032 0.052 0.121 0.069 0.075 0.052 5 E 0.168 0.200 0.092 0.031 0.233 0.022 0.042 0.088 0.040 0.034 0.051 6 T 0.109 0.106 0.103 0.082 0.154 0.087 0.084 0.097 0.051 0.078 0.049 7 Y 0.039 0.185 0.137 0.192 0.101 0.081 0.074 0.073 0.045 0.056 0.019 8 G 0.026 0.046 0.073 0.194 0.038 0.086 0.062 0.078 0.078 0.269 0.049 9 L 0.121 0.201 0.093 0.041 0.216 0.014 0.022 0.047 0.059 0.112 0.074 10 W 0.214 0.178 0.037 0.013 0.402 0.008 0.011 0.018 0.018 0.041 0.061 11 S 0.192 0.185 0.024 0.003 0.539 0.003 0.006 0.008 0.005 0.010 0.025 12 I 0.362 0.087 0.009 0.003 0.466 0.005 0.005 0.010 0.004 0.006 0.042 13 N 0.238 0.143 0.034 0.015 0.443 0.019 0.013 0.012 0.006 0.017 0.058 14 C 0.242 0.164 0.035 0.009 0.437 0.005 0.006 0.016 0.009 0.016 0.060 15 G 0.137 0.114 0.044 0.029 0.186 0.031 0.057 0.075 0.067 0.178 0.084 16 I 0.067 0.304 0.230 0.078 0.163 0.021 0.026 0.039 0.019 0.027 0.025 17 Q 0.078 0.194 0.187 0.097 0.117 0.060 0.044 0.093 0.050 0.045 0.035 18 E 0.016 0.072 0.088 0.156 0.030 0.134 0.161 0.178 0.094 0.055 0.015 19 G 0.041 0.063 0.052 0.077 0.051 0.059 0.053 0.096 0.095 0.342 0.071 20 K 0.067 0.233 0.157 0.047 0.131 0.027 0.027 0.071 0.064 0.126 0.052 21 K 0.094 0.290 0.172 0.013 0.254 0.007 0.013 0.074 0.029 0.029 0.025 22 V 0.165 0.173 0.047 0.012 0.205 0.011 0.024 0.210 0.072 0.039 0.043 23 C 0.123 0.121 0.051 0.023 0.191 0.025 0.047 0.280 0.065 0.037 0.037 24 F 0.111 0.161 0.039 0.011 0.203 0.012 0.020 0.318 0.057 0.037 0.032 25 M 0.301 0.058 0.008 0.007 0.289 0.013 0.021 0.221 0.029 0.018 0.036 26 H 0.187 0.091 0.015 0.019 0.352 0.047 0.024 0.194 0.034 0.016 0.022 27 R 0.249 0.076 0.012 0.005 0.370 0.009 0.013 0.148 0.032 0.020 0.067 28 Q 0.255 0.119 0.019 0.008 0.302 0.014 0.018 0.116 0.030 0.043 0.075 29 E 0.177 0.117 0.026 0.008 0.277 0.017 0.040 0.168 0.049 0.054 0.068 30 V 0.122 0.154 0.039 0.026 0.288 0.034 0.041 0.114 0.056 0.080 0.047 31 N 0.073 0.191 0.208 0.114 0.105 0.041 0.059 0.118 0.044 0.027 0.018 32 D 0.012 0.024 0.081 0.122 0.014 0.207 0.128 0.226 0.109 0.063 0.014 33 Q 0.008 0.416 0.115 0.100 0.063 0.062 0.128 0.070 0.028 0.007 0.003 34 N 0.013 0.003 0.003 0.012 0.007 0.009 0.008 0.012 0.037 0.738 0.159 35 R 0.010 0.603 0.220 0.003 0.155 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 36 V 0.385 0.079 0.016 0.001 0.462 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.049 37 V 0.241 0.189 0.028 0.021 0.394 0.030 0.032 0.009 0.004 0.008 0.044 38 V 0.190 0.196 0.016 0.006 0.551 0.011 0.006 0.002 0.001 0.005 0.017 39 A 0.421 0.029 0.001 0.001 0.526 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 40 M 0.393 0.049 0.002 0.002 0.530 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 41 S 0.191 0.087 0.005 0.001 0.684 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 42 V 0.560 0.019 0.002 0.001 0.293 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.114 43 V 0.135 0.279 0.067 0.030 0.384 0.022 0.017 0.010 0.007 0.016 0.033 44 L 0.187 0.284 0.075 0.012 0.351 0.005 0.004 0.007 0.005 0.019 0.050 45 N 0.121 0.253 0.340 0.043 0.128 0.012 0.012 0.028 0.020 0.012 0.030 46 A 0.008 0.020 0.037 0.093 0.010 0.189 0.260 0.240 0.121 0.017 0.005 47 D 0.017 0.230 0.236 0.225 0.048 0.042 0.033 0.034 0.035 0.082 0.018 48 G 0.036 0.068 0.059 0.075 0.051 0.037 0.027 0.044 0.085 0.384 0.136 49 V 0.121 0.315 0.089 0.010 0.297 0.014 0.017 0.023 0.035 0.051 0.030 50 V 0.243 0.163 0.033 0.009 0.412 0.008 0.015 0.013 0.016 0.037 0.053 51 S 0.389 0.054 0.015 0.012 0.345 0.014 0.016 0.006 0.007 0.027 0.114 52 G 0.221 0.160 0.023 0.017 0.533 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.032 53 N 0.174 0.108 0.011 0.002 0.688 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 54 L 0.324 0.043 0.002 0.001 0.614 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 55 T 0.348 0.055 0.004 0.002 0.493 0.002 0.003 0.002 0.001 0.009 0.081 56 V 0.073 0.345 0.205 0.015 0.332 0.004 0.005 0.003 0.001 0.004 0.015 57 P 0.154 0.242 0.213 0.039 0.222 0.019 0.010 0.020 0.011 0.013 0.058 58 F 0.032 0.070 0.021 0.067 0.077 0.120 0.232 0.162 0.148 0.051 0.019 59 G 0.058 0.048 0.056 0.092 0.052 0.048 0.036 0.064 0.116 0.317 0.114 60 I 0.141 0.268 0.026 0.005 0.331 0.009 0.023 0.057 0.058 0.052 0.030 61 L 0.179 0.052 0.018 0.010 0.162 0.006 0.015 0.022 0.048 0.291 0.196 62 V 0.015 0.285 0.519 0.081 0.060 0.005 0.005 0.012 0.007 0.006 0.003 63 S 0.010 0.191 0.538 0.133 0.030 0.017 0.009 0.043 0.017 0.008 0.005 64 K 0.002 0.029 0.020 0.027 0.008 0.115 0.575 0.148 0.067 0.008 0.001 65 P 0.070 0.013 0.009 0.004 0.035 0.003 0.004 0.011 0.039 0.473 0.337 66 V 0.143 0.284 0.014 0.002 0.509 0.002 0.001 0.003 0.004 0.013 0.025 67 R 0.361 0.027 0.007 0.004 0.468 0.008 0.016 0.009 0.008 0.020 0.071 68 L 0.172 0.173 0.011 0.004 0.605 0.002 0.001 0.004 0.003 0.007 0.019 69 Q 0.283 0.087 0.009 0.001 0.563 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.046 70 V 0.221 0.163 0.076 0.027 0.242 0.019 0.009 0.017 0.013 0.053 0.161 71 D 0.060 0.200 0.206 0.196 0.139 0.040 0.027 0.041 0.027 0.033 0.031 72 E 0.032 0.081 0.062 0.130 0.048 0.063 0.075 0.158 0.137 0.179 0.035 73 G 0.026 0.117 0.103 0.081 0.054 0.036 0.059 0.131 0.112 0.237 0.044 74 K 0.057 0.294 0.128 0.030 0.151 0.023 0.039 0.089 0.081 0.079 0.028 75 A 0.119 0.213 0.144 0.030 0.190 0.014 0.039 0.083 0.063 0.050 0.054 76 V 0.111 0.252 0.113 0.025 0.205 0.028 0.036 0.070 0.069 0.050 0.039 77 I 0.126 0.229 0.086 0.015 0.335 0.012 0.022 0.066 0.048 0.031 0.030 78 E 0.308 0.049 0.023 0.020 0.194 0.021 0.026 0.026 0.039 0.149 0.145 79 T 0.082 0.387 0.139 0.049 0.264 0.011 0.007 0.012 0.009 0.019 0.022 80 G 0.177 0.193 0.053 0.010 0.367 0.022 0.026 0.036 0.026 0.040 0.050 81 I 0.314 0.103 0.017 0.004 0.460 0.001 0.002 0.011 0.009 0.015 0.064 82 R 0.199 0.087 0.020 0.022 0.349 0.046 0.080 0.076 0.031 0.041 0.048 83 T 0.156 0.202 0.047 0.010 0.430 0.005 0.009 0.024 0.016 0.044 0.056 84 C 0.237 0.128 0.027 0.016 0.336 0.011 0.014 0.024 0.023 0.084 0.099 85 V 0.075 0.291 0.254 0.048 0.177 0.015 0.019 0.025 0.026 0.042 0.028 86 P 0.053 0.114 0.096 0.059 0.076 0.075 0.149 0.202 0.109 0.038 0.029 87 A 0.060 0.167 0.106 0.049 0.140 0.023 0.055 0.088 0.107 0.159 0.047 88 G 0.053 0.160 0.162 0.164 0.117 0.045 0.030 0.043 0.045 0.120 0.061 89 C 0.131 0.211 0.040 0.007 0.398 0.009 0.026 0.065 0.032 0.057 0.025 90 I 0.317 0.115 0.023 0.007 0.330 0.009 0.015 0.027 0.022 0.043 0.092 91 V 0.099 0.319 0.080 0.019 0.384 0.013 0.011 0.031 0.012 0.012 0.020 92 P 0.213 0.119 0.020 0.006 0.387 0.014 0.026 0.060 0.049 0.042 0.064 93 I 0.097 0.257 0.133 0.022 0.335 0.012 0.013 0.027 0.030 0.032 0.041 94 V 0.196 0.244 0.051 0.003 0.316 0.004 0.012 0.019 0.019 0.060 0.077 95 F 0.045 0.465 0.207 0.014 0.159 0.008 0.009 0.011 0.011 0.051 0.020 96 D 0.012 0.631 0.277 0.006 0.065 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 97 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.729 0.259 0.005 0.001 98 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.923 0.071 0.002 0.001 99 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.934 0.054 0.010 0.001 100 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.060 0.002 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.049 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.899 0.057 0.031 0.001 103 L 0.013 0.038 0.006 0.001 0.016 0.001 0.017 0.748 0.121 0.031 0.007 104 R 0.005 0.017 0.014 0.010 0.006 0.014 0.069 0.678 0.134 0.048 0.005 105 A 0.003 0.356 0.241 0.061 0.024 0.031 0.107 0.123 0.024 0.026 0.004 106 G 0.038 0.042 0.031 0.017 0.025 0.005 0.005 0.020 0.019 0.476 0.323 107 K 0.050 0.210 0.051 0.019 0.146 0.062 0.113 0.106 0.067 0.137 0.039 108 H 0.256 0.103 0.013 0.006 0.440 0.006 0.011 0.027 0.019 0.053 0.066 109 L 0.212 0.174 0.017 0.008 0.533 0.006 0.004 0.006 0.003 0.008 0.028 110 K 0.186 0.097 0.009 0.002 0.671 0.005 0.006 0.005 0.002 0.004 0.014 111 L 0.392 0.034 0.004 0.001 0.531 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 112 A 0.263 0.072 0.009 0.009 0.587 0.009 0.005 0.003 0.001 0.006 0.036 113 M 0.200 0.125 0.019 0.001 0.629 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.020 114 T 0.252 0.133 0.023 0.002 0.541 0.002 0.003 0.006 0.002 0.006 0.033 115 I 0.167 0.249 0.087 0.016 0.412 0.008 0.005 0.009 0.004 0.007 0.036 116 A 0.219 0.174 0.079 0.024 0.296 0.018 0.020 0.041 0.024 0.036 0.068 117 A 0.055 0.281 0.121 0.030 0.208 0.021 0.049 0.107 0.060 0.050 0.017 118 P 0.143 0.121 0.069 0.035 0.127 0.037 0.070 0.126 0.066 0.123 0.081 119 G 0.030 0.127 0.240 0.235 0.070 0.074 0.037 0.076 0.039 0.051 0.021 120 E 0.012 0.082 0.057 0.148 0.029 0.112 0.239 0.198 0.083 0.033 0.008 121 P 0.029 0.023 0.023 0.026 0.023 0.022 0.030 0.051 0.127 0.559 0.087 122 P 0.041 0.478 0.188 0.014 0.198 0.005 0.008 0.017 0.021 0.017 0.014 123 L 0.324 0.106 0.022 0.003 0.386 0.006 0.008 0.012 0.025 0.031 0.076 124 N 0.132 0.299 0.055 0.006 0.457 0.002 0.003 0.006 0.007 0.010 0.023 125 D 0.379 0.068 0.014 0.005 0.361 0.012 0.023 0.014 0.015 0.031 0.081 126 L 0.052 0.486 0.114 0.015 0.304 0.004 0.002 0.004 0.004 0.005 0.009 127 F 0.425 0.058 0.009 0.001 0.379 0.002 0.006 0.007 0.007 0.022 0.085 128 V 0.089 0.409 0.105 0.017 0.327 0.006 0.004 0.005 0.006 0.012 0.022 129 Q 0.075 0.468 0.166 0.009 0.244 0.002 0.003 0.005 0.003 0.005 0.020 130 L 0.110 0.033 0.009 0.010 0.120 0.021 0.039 0.209 0.301 0.089 0.060 131 N 0.002 0.012 0.014 0.089 0.006 0.140 0.180 0.321 0.194 0.037 0.005 132 G 0.026 0.065 0.075 0.061 0.033 0.014 0.016 0.185 0.092 0.383 0.051 133 F 0.037 0.058 0.030 0.011 0.035 0.010 0.009 0.431 0.204 0.138 0.037 134 S 0.005 0.054 0.036 0.017 0.014 0.012 0.016 0.682 0.136 0.021 0.007 135 N 0.002 0.023 0.009 0.002 0.006 0.001 0.009 0.794 0.122 0.030 0.003 136 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.860 0.115 0.013 0.001 137 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.848 0.125 0.009 0.001 138 N 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.847 0.109 0.012 0.003 139 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 0.682 0.177 0.113 0.004 140 L 0.016 0.062 0.007 0.001 0.048 0.001 0.006 0.567 0.218 0.059 0.015 141 I 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.006 0.039 0.723 0.196 0.019 0.004 142 A 0.005 0.010 0.011 0.006 0.009 0.005 0.039 0.654 0.161 0.097 0.005 143 L 0.030 0.074 0.019 0.008 0.070 0.009 0.044 0.480 0.168 0.082 0.015 144 Q 0.044 0.145 0.050 0.013 0.106 0.013 0.044 0.344 0.147 0.072 0.021 145 K 0.038 0.089 0.048 0.021 0.083 0.028 0.090 0.332 0.118 0.120 0.033