# TARGET T0514 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0514.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 84 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.691 0.214 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 2 S 0.487 0.324 0.121 0.053 0.013 0.002 0.001 3 L 0.244 0.203 0.186 0.210 0.125 0.031 0.001 4 T 0.466 0.325 0.134 0.057 0.015 0.003 0.001 5 E 0.375 0.268 0.177 0.122 0.048 0.009 0.001 6 T 0.476 0.321 0.124 0.058 0.018 0.003 0.001 7 Y 0.228 0.262 0.254 0.195 0.053 0.008 0.001 8 G 0.540 0.296 0.101 0.046 0.014 0.003 0.001 9 L 0.278 0.411 0.218 0.073 0.017 0.003 0.001 10 W 0.053 0.075 0.142 0.331 0.317 0.079 0.003 11 S 0.111 0.261 0.304 0.215 0.091 0.016 0.001 12 I 0.076 0.144 0.192 0.281 0.242 0.063 0.002 13 N 0.046 0.185 0.348 0.293 0.112 0.015 0.001 14 C 0.048 0.104 0.157 0.307 0.296 0.086 0.003 15 G 0.173 0.338 0.270 0.164 0.049 0.007 0.001 16 I 0.369 0.336 0.170 0.094 0.026 0.004 0.001 17 Q 0.550 0.256 0.118 0.057 0.016 0.003 0.001 18 E 0.716 0.186 0.065 0.026 0.006 0.001 0.001 19 G 0.799 0.148 0.038 0.012 0.003 0.001 0.001 20 K 0.669 0.237 0.067 0.021 0.005 0.001 0.001 21 K 0.442 0.332 0.150 0.058 0.014 0.003 0.001 22 V 0.073 0.147 0.217 0.298 0.201 0.060 0.005 23 C 0.055 0.095 0.155 0.237 0.275 0.162 0.021 24 F 0.063 0.126 0.190 0.265 0.212 0.124 0.021 25 M 0.049 0.051 0.082 0.166 0.249 0.308 0.095 26 H 0.044 0.066 0.104 0.196 0.278 0.242 0.071 27 R 0.080 0.113 0.152 0.213 0.238 0.160 0.044 28 Q 0.084 0.155 0.178 0.196 0.196 0.145 0.045 29 E 0.071 0.122 0.174 0.238 0.219 0.152 0.024 30 V 0.121 0.202 0.221 0.251 0.148 0.052 0.005 31 N 0.403 0.320 0.173 0.076 0.022 0.005 0.001 32 D 0.637 0.201 0.091 0.050 0.017 0.004 0.001 33 Q 0.781 0.153 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001 34 N 0.702 0.212 0.059 0.021 0.005 0.001 0.001 35 R 0.183 0.280 0.249 0.194 0.076 0.016 0.002 36 V 0.080 0.252 0.266 0.250 0.115 0.034 0.003 37 V 0.009 0.025 0.066 0.182 0.336 0.324 0.059 38 V 0.009 0.024 0.062 0.166 0.295 0.356 0.088 39 A 0.013 0.036 0.082 0.177 0.249 0.325 0.119 40 M 0.005 0.011 0.027 0.080 0.212 0.447 0.218 41 S 0.007 0.030 0.077 0.174 0.295 0.330 0.089 42 V 0.006 0.020 0.050 0.136 0.286 0.395 0.107 43 V 0.027 0.097 0.171 0.256 0.281 0.152 0.015 44 L 0.093 0.255 0.293 0.241 0.092 0.023 0.001 45 N 0.165 0.241 0.218 0.234 0.119 0.022 0.001 46 A 0.654 0.251 0.070 0.021 0.004 0.001 0.001 47 D 0.722 0.206 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 48 G 0.517 0.302 0.124 0.047 0.009 0.001 0.001 49 V 0.177 0.386 0.264 0.132 0.036 0.004 0.001 50 V 0.020 0.077 0.164 0.346 0.299 0.089 0.005 51 S 0.007 0.075 0.203 0.338 0.275 0.095 0.007 52 G 0.001 0.002 0.005 0.030 0.144 0.522 0.297 53 N 0.001 0.007 0.025 0.097 0.237 0.413 0.219 54 L 0.001 0.002 0.005 0.016 0.054 0.300 0.622 55 T 0.001 0.003 0.008 0.027 0.085 0.286 0.590 56 V 0.002 0.008 0.020 0.048 0.109 0.316 0.498 57 P 0.008 0.023 0.045 0.104 0.191 0.322 0.309 58 F 0.014 0.039 0.061 0.113 0.190 0.328 0.254 59 G 0.041 0.100 0.115 0.167 0.215 0.262 0.099 60 I 0.035 0.078 0.125 0.212 0.233 0.231 0.086 61 L 0.055 0.154 0.185 0.223 0.194 0.159 0.030 62 V 0.017 0.039 0.085 0.236 0.362 0.224 0.038 63 S 0.089 0.245 0.267 0.235 0.122 0.036 0.005 64 K 0.181 0.383 0.275 0.122 0.030 0.007 0.001 65 P 0.136 0.362 0.303 0.145 0.045 0.009 0.001 66 V 0.001 0.011 0.057 0.251 0.455 0.216 0.008 67 R 0.008 0.105 0.327 0.346 0.172 0.041 0.001 68 L 0.001 0.002 0.009 0.056 0.291 0.571 0.069 69 Q 0.011 0.158 0.385 0.315 0.111 0.019 0.001 70 V 0.007 0.036 0.128 0.325 0.368 0.131 0.004 71 D 0.191 0.384 0.225 0.136 0.050 0.012 0.001 72 E 0.455 0.318 0.137 0.065 0.021 0.005 0.001 73 G 0.625 0.238 0.089 0.035 0.010 0.003 0.001 74 K 0.601 0.264 0.085 0.037 0.010 0.002 0.001 75 A 0.355 0.274 0.195 0.123 0.044 0.007 0.001 76 V 0.243 0.306 0.219 0.158 0.061 0.012 0.001 77 I 0.167 0.293 0.254 0.194 0.077 0.016 0.001 78 E 0.195 0.369 0.252 0.136 0.041 0.007 0.001 79 T 0.031 0.077 0.132 0.283 0.331 0.135 0.010 80 G 0.054 0.215 0.305 0.265 0.122 0.036 0.003 81 I 0.020 0.035 0.066 0.180 0.335 0.316 0.047 82 R 0.062 0.178 0.217 0.260 0.193 0.080 0.009 83 T 0.065 0.143 0.201 0.252 0.197 0.123 0.018 84 C 0.070 0.107 0.132 0.215 0.263 0.188 0.025 85 V 0.089 0.200 0.226 0.249 0.161 0.064 0.010 86 P 0.196 0.241 0.186 0.178 0.116 0.068 0.016 87 A 0.196 0.297 0.219 0.155 0.088 0.035 0.009 88 G 0.089 0.210 0.217 0.215 0.151 0.095 0.024 89 C 0.014 0.039 0.085 0.198 0.302 0.289 0.073 90 I 0.038 0.098 0.172 0.247 0.243 0.162 0.038 91 V 0.010 0.027 0.045 0.103 0.249 0.417 0.150 92 P 0.011 0.069 0.230 0.371 0.216 0.089 0.013 93 I 0.007 0.024 0.044 0.156 0.335 0.390 0.045 94 V 0.026 0.170 0.289 0.274 0.169 0.065 0.006 95 F 0.008 0.038 0.099 0.312 0.384 0.150 0.010 96 D 0.101 0.437 0.316 0.115 0.026 0.004 0.001 97 K 0.456 0.418 0.103 0.020 0.003 0.001 0.001 98 N 0.334 0.498 0.142 0.022 0.003 0.001 0.001 99 Y 0.005 0.029 0.116 0.315 0.436 0.097 0.002 100 V 0.011 0.081 0.245 0.378 0.237 0.046 0.001 101 A 0.208 0.560 0.178 0.045 0.008 0.001 0.001 102 A 0.030 0.177 0.397 0.310 0.077 0.008 0.001 103 L 0.014 0.033 0.062 0.218 0.461 0.206 0.006 104 R 0.070 0.187 0.309 0.296 0.114 0.023 0.002 105 A 0.464 0.376 0.123 0.031 0.005 0.001 0.001 106 G 0.201 0.334 0.246 0.153 0.056 0.010 0.001 107 K 0.151 0.304 0.281 0.182 0.066 0.014 0.001 108 H 0.250 0.365 0.219 0.115 0.041 0.010 0.001 109 L 0.011 0.029 0.069 0.228 0.397 0.239 0.026 110 K 0.018 0.093 0.232 0.331 0.232 0.085 0.008 111 L 0.008 0.014 0.030 0.088 0.233 0.450 0.178 112 A 0.017 0.042 0.084 0.189 0.256 0.296 0.117 113 M 0.015 0.026 0.046 0.108 0.206 0.385 0.214 114 T 0.051 0.091 0.123 0.173 0.246 0.236 0.081 115 I 0.056 0.117 0.149 0.201 0.240 0.197 0.040 116 A 0.097 0.169 0.212 0.250 0.172 0.089 0.011 117 A 0.168 0.265 0.229 0.202 0.105 0.029 0.002 118 P 0.398 0.351 0.165 0.066 0.017 0.003 0.001 119 G 0.432 0.268 0.151 0.106 0.036 0.007 0.001 120 E 0.788 0.164 0.035 0.010 0.002 0.001 0.001 121 P 0.681 0.219 0.065 0.028 0.006 0.001 0.001 122 P 0.556 0.298 0.107 0.033 0.005 0.001 0.001 123 L 0.318 0.438 0.165 0.062 0.015 0.002 0.001 124 N 0.027 0.108 0.243 0.372 0.214 0.035 0.001 125 D 0.056 0.336 0.348 0.203 0.050 0.008 0.001 126 L 0.001 0.008 0.029 0.158 0.462 0.325 0.016 127 F 0.010 0.129 0.361 0.362 0.118 0.020 0.001 128 V 0.002 0.016 0.043 0.178 0.459 0.289 0.014 129 Q 0.016 0.221 0.374 0.287 0.086 0.017 0.001 130 L 0.006 0.051 0.133 0.317 0.373 0.117 0.003 131 N 0.118 0.487 0.292 0.084 0.015 0.003 0.001 132 G 0.023 0.164 0.285 0.353 0.148 0.025 0.001 133 F 0.016 0.058 0.106 0.218 0.403 0.193 0.007 134 S 0.107 0.445 0.302 0.120 0.023 0.002 0.001 135 N 0.126 0.469 0.306 0.087 0.011 0.001 0.001 136 A 0.048 0.065 0.093 0.216 0.370 0.198 0.010 137 L 0.031 0.088 0.210 0.375 0.246 0.049 0.002 138 N 0.270 0.522 0.177 0.028 0.003 0.001 0.001 139 R 0.198 0.258 0.299 0.185 0.053 0.006 0.001 140 L 0.072 0.086 0.144 0.294 0.313 0.088 0.003 141 I 0.341 0.397 0.195 0.057 0.009 0.001 0.001 142 A 0.614 0.290 0.074 0.019 0.003 0.001 0.001 143 L 0.217 0.234 0.253 0.211 0.076 0.008 0.001 144 Q 0.620 0.246 0.094 0.034 0.005 0.001 0.001 145 K 0.839 0.125 0.026 0.007 0.002 0.001 0.001